离开伊甸园后，亚当活了930岁，他和夏娃生了许许多多的子女，他们的后代子孙，越来越多，遍布了整个大地。但土地受到上帝的诅咒，生满了荆棘和杂草，人们不得不付出艰辛的劳动，长时间地在田间劳作，与风霜雨露争斗才有可能收获庄稼，勉强糊口。一些企图不劳而获的人开始无休止地争斗、抢夺，人世间的暴力和犯罪越来越可怕，谁也无法阻止罪恶的蔓延与升级。
上帝在天空中巡游，看到人借助获得的智慧所造成的种种灾难、痛苦，非常后悔造了人。“我要将所造的人和兽类以及所有的昆虫甚至天上的飞鸟都消灭掉，让世界重新回到原来的纯洁与清静当中。”
可是，要亲手毁灭自己辛辛苦苦所造的一切毕竟不是一件容易的事，何况仁慈宽厚的上帝还想给人类一个机会，希望他们能总结祖先的过错，重新保持纯洁的心灵，创建一个理想、和平、人人富足的社会。于是他开始在满是罪恶的人群中寻找能够作为新人类始祖的幸运儿。在亚当无数的后裔中，有一个叫做挪亚的得到了上帝的认可。上帝认为他是一个“义人”，很守本分，从来没有做过什么有罪的事；在他的严格教育下，三个儿子也老实本分，既善良又谦逊。
终于有一天，上帝决定让挪亚一家：挪亚夫妇、三个儿子及其妻子，作为新一代人类的始祖保存下来。上帝悄悄地告诉他们七天之后他就要实施大毁灭，要他们赶快用歌斐木造一艘方舟，并把造船的要求告诉了他们：船舱要分成一间一间的，里外抹上松香；整个方舟要长300肘（古代长度单位，1肘=0 44米）、宽50肘、高30肘；方舟上边要开有透光的窗户，旁边要开一道门，并且方舟要分为上中下三层。挪亚一家人立即照办。上帝看到方舟造好了，就说：“挪亚，我忠实的孩子呀，我就要在大地上掀起无边的洪水，毁灭世界，凡一切有血有肉的生物都会死去。我却要与你立约，让你和你的妻子、儿子、儿媳都通过方舟的救助而活下去。你要按照我的话去做：把各种飞禽、走兽、爬虫，每种两只，雌雄各一只带上方舟。这些都可以留种，让它们将来在地上重新繁殖、生存。你要赶快去做，记住不要违背我的命令！”于是，挪亚开始四处寻找各种动物，地上的老虎、狮子、大象呀，天上的乌鸦、天鹅、大雁呀等等都被选中并被带上了挪亚方舟。
在挪亚满600岁的那天，也就是2月17日，海洋的泉源都裂开了，巨大的水柱从地下狂涌而出，一发不可收拾；天上的窗户都敞开了，瓢泼的大雨日夜不停，降了整整40天。地上越来越多的水无处可流，迅速地上涨，比最高的山峰都要高出15肘。这可怕的洪水淹没了大地上一切城市、乡镇、村庄和森林、平原，凡是地上有血肉的动物以及所有的人都死了，只留下方舟里的人和动物躲过了这可怕的一劫，安然无恙地活了下来。漫无边际的洪水共泛滥了150天，方舟上的粮食也只够一年的了。上帝为方舟里面的人类和生灵的命运担忧，停住了大雨，封住了海中的泉源，再唤来大风吹拂地面，洪水开始慢慢退去。但是这实在是太慢了，雨停了150天还看不到一片陆地。
7月17日，挪亚让方舟停在亚拉腊山上等待洪水的退去，可直到10月1日，山顶才渐渐地露出水面。又过了40天，挪亚想大水应该退完了吧，于是他打开了方舟的窗户，放出一只乌鸦，希望它能够找到一片陆地。但是那只乌鸦不一会儿就飞了回来。“莫非乌鸦太懒了，没有好好去找寻陆地？”他又放出一只鸽子，可是那只鸽子也很快飞回来了，因为它同样找不到落脚休息的地方。挪亚遗憾地伸手把鸽子接进了方舟。又过了七天，挪亚怀着忐忑不安的心情再次将那只鸽子放出去。黄昏将近的时候，鸽子噙着一根橄榄枝飞了回来，无疑大地上已经有某块土地露出了水面并且长出了橄榄树。挪亚兴奋地再等了七天，又把鸽子放出去，直到第二天鸽子也没有飞回来，挪亚知道洪水已经完全退去，鸽子肯定在大陆的某处落脚休息了。衔着橄榄枝的鸽子表明灾难已经过去，告诉人们安宁、美好的生活即将来到。后来，人们就把衔着橄榄枝的鸽子当成平安、和平的象征，并流传至今。
元月1日，挪亚打开方舟所有的门窗与盖子，看到地面已经变得干爽了。他和家人走出方舟来到大地上，仔细勘察大地是否已经适合动物生存，随后把方舟上的动物也都放了出来，让它们重新回到大地上生存、繁衍。挪亚一家又筑了一座祭坛，拿各类洁净的牲畜供在坛上奉献给上帝，以感谢他的仁慈和宽恕。上帝闻到献祭的馨香之气又想起人类的诸多好处，眼前又浮现出当年仿照自己的模样创造亚当的情景，以及亚当和夏娃如何在伊甸园中愉快地生活。他就在心里说：“我不再因人的缘故诅咒他，也不再按着我的独断消灭各种活物了。当大地还存在的时候，稼穑、寒暑冬夏、昼夜就将会永不停息。”上帝并赐福给挪亚和他的儿子们说：“你们要生养众多，遍布满地。因为你的忠诚与功绩，你将重新成为万灵的主宰，替我照顾地上、空中、海里的一切。
为此，凡地上的走兽和空中的飞鸟都必惊恐惧怕你们，连地上一切的昆虫和海里一切的鱼都交付你们。凡活着的动物，都可以做你们的食物，这一切我都赐给你们，如同蔬菜一样。流你们血、害你们命的，无论是兽是人，我必讨他的罪，就是各人的弟兄也是如此。你们要在地上昌盛繁茂。”上帝看着大洪水后荒凉、冷清的大地与方舟上活下来的瘦弱的动物，不禁又动了恻隐之心。他再次与人和其他一切生灵立约，决定以后再也不毁灭世界：“凡有血肉的不再被洪水灭绝，也不再有洪水毁坏大地了。”为了证明自己的誓言，上帝将天上的七色彩虹作为盟约的标志，“当我又用乌云覆盖整个大地的时候，这七色的彩虹就将出现在天空，提醒我不要忘了今天与大地众生的盟约。”因此，每当大雨过后，天空中总会出现彩虹，这是上帝在昭告世人他正履行着对人类的盟誓，也提醒世人多行善事，不要忘了祖先的悲剧。
从此，人类又开始了幸福的生活。