普通的四年级学生米娜和卡奇在博物馆内遇到了有着非凡超能力的神奇男孩莱恩，他从一个妄图征服地球的黑暗兵团里逃到日本，希望能拯救日本。受莱恩的影响，米娜和卡奇也参与了这个保卫日本、对抗黑暗兵团的冒险，他们一起躲过混乱能剧场的危险，勇斗相扑高手，揭穿凯瑟琳的阴谋，历经浅草寺和富士山的险阻，终于找出了幕后凶手，将黑暗兵团打败……
