对于另一位老臣裴寂，李世民一直以礼相待。有一次李世民去郊外祀天，还请他与长孙无忌同升金骆。可是裴寂自己不争气，偏要去相信妖言，有人上折子来告他。李世民只好以妖言惑众罪将裴寂免官，削去封邑一半，放归故里。事情到此还没完，归故里的裴寂在家乡有人颂扬他有“天分”，是做皇帝的丕子。裴寂听了正在高兴，又被一受罪的家奴揭发，告到朝廷。裴寂知道后，担心受罚，结果杀人灭口。“有天分”的说法还没了解，裴寂又犯杀人之罪。李世民没法不办他，就将他流放静州。到静州之后，裴寂来了晚运，赶上山羌叛乱，裴寂率领家奴勇敢平息。李世民听了，认为裴寂平乱有功，下诏令他回朝做官。可裴寂无命承受，诏到之时，裴寂因病身亡。这年，裴寂刚过花甲。李世民伤心感慨之余，追赠他为相州刺史、工部尚书、河东郡公。这也是后话。
李世民刚从渭河之畔回来时，裴寂、萧瑀等一干老臣虽然还在，但因“自古理政得失”的讨论开展了之后，李世民已经深知这些老臣，与自己的治国方略认识不同，故而在心里早疏远他们，虽然表面上对他们还是礼遇有佳，但却不再重用他们。因此，李世民回朝后的第一件事——论功行赏时，他就想大胆地将谋士房玄龄、杜如晦的功劳列为第一，委以宰相重任，让他们共同执掌朝政。
从某种程度上来说，房玄龄与杜如晦的资历尚浅了些，他们仅仅是原秦王府里的臣僚。况且，原秦王府里的臣僚中还有许多人，如长孙顺德、侯君集、李绩、殷开山，等等都在他俩之前。然而，就过往所建立的功劳和所表现的能力来看，他俩确实无人能及。对原秦王府里的人，李世民有把握说服。难说服的，是武德年间太上皇李渊的旧臣，清一色皇亲国戚，显赫家族出生，相比而言，房玄龄与杜如晦就相差了许多。
房玄龄家族上并无傲人之处，全凭自己学而优则仕，从州举进士一步步做起来。杜如晦的祖父，最大的官也只做到隋朝的工部尚书，到其父亲，就只能做到昌州长史了。而今要使他们位居当朝宰相，自然会有些议论。可是，要治理好国家，又必须用最有才德的人。这么想着，李世民便果断地下达了圣旨：
“委房玄龄、杜如晦宰相之职，共同执掌朝政。”
圣旨宣读以后，下面果是哗然，只是李世民不曾料到：声音最大的，竟是许多武将，特别是他的叔父淮安王李神通和骁将尉迟敬德。他们竟然蔑视皇权，当廷表示出极大的不满。
李世民静静地望着他们，酸甜苦辣，种种感受，独自慢慢地咀嚼。他一声也不吭，只是想让他们将该说的都说完。
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李神通，名寿，是与李渊同父亲的弟弟，因李渊起兵受到炀帝追捕，曾不得不跑到中南山中避祸。在山里，他过了一段非常困苦的逃亡生活，没有吃的，就让儿子李道彦下山去要饭。直到李渊的三女儿平阳公主到了中南山中后，才随公主举兵一道响应李渊，被任命为关中道行军总管。李渊攻占长安，拜李神通为右翊卫大将军，封永康王。后来，李神通跟着李世民平定刘黑闼，在一次激战中，还救过李世民的命，由此迁升左武卫大将军。
听了皇上的圣旨，李神通不敢对皇上不敬，却直径走到房玄龄面前，大声喝斥：
“你有何功，敢居相位？”
是啊，这问问得好！朕一直也在想这个问题，而且想了很久，想了很多。李世民在心里对自己说。他最后定下了两个标准，这就是：才干和德行。对这两个标准，他作了较为详细的考虑：
六品以下官吏，应该以身（体貌丰伟）、言（言辞辨正）、书（楷法遒美）判（文理优长）为基本的四个标准。在这个基础上，按德、才、劳三个标准逐级次第选拔。至于五品以上的官吏，则应该根据他的政绩考核，最后由皇帝亲自来裁定。对于选拔官吏，李世民虽说是这样的如饥似渴，却不愿因此就降低选贤的标准。他认为，只有严格按照才干和贤能的要求来衡量，才能真正做到：“内举不避亲，外举不避仇”，让所有真正有才干又贤能的人，都来为大唐王朝的兴盛舍身献力。李世民这么想着、想着，最后还考虑到地方官吏的选拔。
地方官是代表国家直接管理百姓，与百姓打交道的，他们的素质高低、态度优劣，直接影响到百姓对国家的印象。由此，李世民对他们的要求，一点降低，决定县令由京城五品以上的官吏推荐，而刺史则由皇上自己，亲手来选派。
为了选好刺史，李世民将全国刺史的名字及其有关情况写在了自己书房中的屏风上面，根据各方面的信息及时地记录他们的功过，作为以后考核的重要参考。另外，他还考虑到地方官要在每年的年终进京述职，其政绩则由吏部全权考核，最后根据平定的等级来决定升级或降级。
除了这些选拔和考核的措施之外，李世民还开始考虑利用在隋朝就开始实行的科举考试制度，使选官的途径增多，选择的范围也扩大，为一般的读书人提供更好的入仕机会，使之比原来的推荐制度更加合理。对于任命官员的事，李世民确实想了很多，也想得很细，却没有料到，当他将自认为考虑成熟了的意见颁布出来后，武官们的反应竟是这么的强烈。
其实，对于这个问题，李世民应该首先想到，因为李世民非常清楚一直以来重武轻文的传统。从魏晋南北朝时期，这个传统就一直流传下来，至今并没有多大的改变。这是一个很正常的现象，天下必须靠武力争来，所谓胜者王侯败者贼，自古而然。这结果是一个新的国家刚建成时，他的大臣差不多全是行伍出身，是战争的行家、英雄。嗨！这个问题我怎么就给忘记了呢？李世民在心里问自己。
是啊，这些人都立过战功，为大唐王朝的建立，流过许多血汗。这些人，打仗很有一套，一个个都是一等一的沙场悍将。可是，对于治理国家，处理政务，他们就不再是那么内行了。这，真是此一时彼一时也。同样是为了国家，李世民这时候就得让有些人受些委屈。对于李世民来说，这也是件十分痛心的事情，还是件十分棘手的事情！这样的内情，能有几人知道啊！
但是，李世民必须得这么来做，否则就治理不好这个国家。当李世民想清了这些以后，对于怎样处理眼前的这场风波，心里已经有了底。他的脸上，挂着微微的笑意，静静地望着他的大臣们。
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李神通声色具厉地喝斥房玄龄，因其为太上皇之弟，房玄龄只是看了看他，然后闭上双眼，再不作理会。在一旁的尉迟敬德见了，心中恼怒，上前再厉声喝斥房玄龄，说：
“永康王问你话，为何不答？”
在房玄龄旁的侯君集急了，过来拦住尉迟敬德说：“将军，有话慢说。”
话音刚落，李神通早伸过手来，抓住侯君集：
“你是何人，也敢在此说话？”
早在太原起兵前，侯君集就跟着李世民。他与皇上，情同手足。李世民刚做皇帝，就封他为潞国公，食邑一千户。一直都春光得意的侯君集，哪由得李神通如此轻视，不由一用力，挣脱李神通的手臂，说：
“大殿之上，我怎不可以言？”
李神通此时年事稍大，力气不佳，伸手欲再抓侯君集，已是无力。尉迟敬德见了，伸出手来，一把再次抓住侯君集。对于李神通，侯君集还有几份顾及，因他毕竟是李世民的亲叔叔，可对尉迟敬德，尽管他作战勇猛，屡建功勋，侯君集还是毫无畏惧。前胸衣襟被尉迟敬德抓住后，侯君集竟挥起拳来，照尉迟敬德伸来的手臂打去。尉迟敬德见了，也挥起另一只拳头还击。一时间，俩人在朝上拳脚相加。
“来人！”李世民突然大喝一声。双方闻听，一时都住了手。十几名威武的卫士闻呼奔来，站在殿里等候李世民的旨意。李世民见双方都住了手，威严地望着李神通与尉迟敬德，好一会，才对卫士挥了挥手，让他们立即撤出去。
“成何体统！”李世民脸色泛红、脖子变粗，这回是真正生了气：“自恃战功显赫，资深位高，口出怨言，扰乱庆功秩序，还敢挥拳伤人！”李世民一字一句地说到这里，凌利的目光集中在李神通身上，棣棣严威地说：“叔父，尔在义旗初举起之时，有首倡之功，后来在与刘黑闼的战斗中，你还救过朕的命。可是，当你单独领军作战时，却从来没有赢过，要不就是全军覆没，要不就是望风逃窜。玄龄和如晦，跟随我转战南北，打了多少胜仗？他们替朕运筹帷幄，所出计谋，从未失算过。现在，朕论功行赏，不是论宗室封王，他们为何不是第一？理当第一！谁还能与之相比。你是朕的叔父，是国家的贵戚，也是朕的救命恩人。但是，朕岂能以这些私亲私恩，而不来论功行赏国之功勋啊？！”
李神通闻言，心中生畏，不敢再辩，垂头丧气，悄然退出大殿。目送叔父离开，李世民转向尉迟敬德，较前温和地说：
“朕往日读《汉书》，见汉高祖刘邦的开国将领差不多都被诛杀，心里对高祖刘邦非常不满，怪他狡兔尽，良弓藏，过河撤桥，没有人性。为此，朕曾暗下决心，要引以为鉴，尽力保护功臣，绝不滥杀。然而，现如今，将军却经常居功自傲，触犯法律。朕因念你作战英勇，屡建战功，从不予以追究。没想到，你还敢当廷动手，不把朕放在眼里，尔是不是要让朕一改初衷，认为高祖刘邦杀戮大将韩信和彭越等人，并非是高祖的过失？！”
尉迟敬德听了，心中赫然，跪倒在地，连声说：“请陛下恕罪！”
“念及你以往的功劳，朕可以恕尔的罪。”李世民俯首望着尉迟敬德说：“但尔必须明白：国家大事，只有赏罚两种，非分之恩，不可兼行。尔虽功劳屡屡，过失也是很多的，一切请尔自珍自爱，以保一生的荣华富贵。”
尉迟敬德听了，连连拜谢，动情地说：“谢皇上隆恩，从今往后，臣一定自珍自爱，效忠陛下。”
李世民听了，满意地微微一笑。
经此风波，武将们都能明白皇上一片苦心，各自安享自己的太平生活。第三年，李神通病逝，李世民赶去拜祭，哭得非常伤心。尉迟敬德当年被封为吴国公，后又封为鄂国公，册拜为宣州刺史，并准其可以世袭。同时，还给尉迟敬德诸多的赏赐。其中单是丝绢，就过万匹。还使尉迟敬德食实封一千三百户，与长孙无忌、房玄龄、杜如晦相同。不料，生活优裕祥和的尉迟敬德，担心命短，最后信了方术，渴望长生，再不出门，直至老死。其享年73岁，这是后话。