历史语言研究所的建立
（一）创办中山大学语言历史研究所
1926年秋，傅斯年离开德国，返回阔别已久的家乡。10月30日抵达香港，继而北上，回聊城省亲。12月，携胞弟斯岩赴广州，应聘出任中山大学文学院院长兼国文、历史两系主任。
1924年孙中山于广州创办广东大学，由邹鲁任校长。当时广东大学与黄埔军校并称文、武两校：前者旨在培养文职官员，而后者旨在培养军职人员。1925年孙中山病逝于北京，邹鲁因参与“西山会议派”活动被免职，广东大学一时陷入混乱状态，教职员、学生中出现许多派系，其中有政治上右倾的西山会议派、“士的”(英文stick的音译，意思是用棍子打共产党)党，有属于中间势力的中社，也有左派的共产主义青年团、国民党青年团。各派政治势力之间斗争激烈，不相水火。“中山舰事件”之后，国民党右派在中山大学逐渐得势。
1926年7月，广东大学改名为中山大学，戴季陶出任校长。戴季陶看到校内一片混乱，乃建议国民党予以整顿。一方面延聘知名学者来校任教，先后聘得在北京大学任教的朱家骅为地质系教授兼系主任；在厦门大学任教的鲁迅任文科教授兼教务主任。另一方面对学校领导机构进行组织上的改造，改校长制为委员长制，戴季陶任委员长，顾孟余为副委员长，朱家骅、丁惟汾、徐谦为委员。
10月17日，委员会宣布就职，接着对学校各项事务进行整顿：裁减解聘不合格的教员，原来的400多名教员只留下了70多人；甄别淘汰程度太差的学生，2000多学生中有400人被逐出学校的大门。同时继续延揽各方面的人才来校任教。当时文学院教学力量薄弱，亟须聘请一位在文学、史学方面有新见、有造诣的学者主持教学工作，朱家骅极力推荐傅斯年。
朱家骅曾于1914年赴德国留学，l917年回国。在一次闲谈中，沈尹默对他说，“傅孟真这个人才气非凡！”朱家骅虽未曾与傅斯年谋面，但却把他的名字深深地记在了脑子里。1918年至1924年，朱家骅再度赴德国留学，对傅斯年的情况有了进一步了解。当中山大学打算聘请文科学长（文学院长）的时候，朱家骅马上想到了傅斯年。朱家骅极力举荐，校务委员长戴季陶、校务委员顾孟余亦表示同意。于是傅斯年应聘担任了中山大学教授兼任文科学长及国文、历史两系主任。
傅斯年来到中山大学时，学生期末考试刚刚结束。根据学校的安排，成绩及格的学生按程度区分等级，补习国文、数学、外语三科。傅斯年精通国文、外语，虽未专攻数学，但也不是门外汉。所以进校伊始，便忙于课程的安排和指导。次年3月1日新学期开始，他便登台讲课。在此后的一年多时间里，他开设了《古代文学史》、《尚书》、《陶渊明诗》、《心理学》等四、五门课程。傅斯年博闻强记，许多古籍的原文和训释都谙熟于胸中。据听过他讲课的学生回忆说：
孟真师博学多才，开的课很多，而且不限中文系的。我记得有《中国文学史》、《尚书》等五门课……《尚书》除《盘庚》、《康诰》等二三篇外，其余他都可背诵。常常在黑板上一段一段地写，并没有《尚书》在手里……孟真师上堂不带书，只带几支粉笔，登台后就坐在藤椅上，滔滔不绝的讲，讲的很快，无法笔记。他随着兴之所至写黑板，常常不管下课钟声的。
他开《古代文学史》课，没有现成的讲义，于是便动手编写。他自己刻钢板，在蜡纸上起草，稍加修改，即付油印。所以学生拿到的讲义，常有增删涂改的地方。他在《诗经讲义稿》的序言中谈及当时编写讲义的情况说：
日中无暇，每晚十一时动笔写之。一日之劳，已感倦怠，日之夕矣乃须抽思，故文辞不遑修饰，思想偶涉枝节。讲义之用，本以代言，事既同于谈话，理无取乎斫饰，则文言白话参差不齐之语，疏说校订交错无分之章，聊借此意自解而已。其中颇有新义，深愧语焉不详。此实初稿，将随时删定。一年之后，此时面目，最好无一存也。
其日常工作之繁忙，教学活动之紧张，只此可见一斑。
在教学方法上，傅斯年力斥中国传统的冬烘先生式的陈腐说教，摒弃一般国学大师那样的高头讲章，把教育的重点放在培养学生获取新知的方法和运用资料的能力方面，力求将学生引入学术研究的殿堂。他在讲课的时候，特别强调学生做到两个方面：其一，阅读原始资料。他讲《中国文学史》课时告诉学生，研习文学，“第一要避免的，是太看重了后来人的述说，批评，整理的著作，以及叙录的通书，而不看重原书”。只要能够细心地读一部古籍，就比读一切近年出版的文学史著作都要好。他告诫学生不可把读教师的讲义代替读专门的古籍资料，恰恰相反，教师讲义的作用只是用来刺激学生读原始资料。其二，学会思考问题。他说：
我的“卮言日出”，非供诸君以结论，乃赠诸君以问题，有时或觉说的话仿佛徘徊歧路，毫无定见样的，这正因为我们不便“今日适越而昔至”。且把一切可能的设定存在心中，随时推端引绪，证实证虚。假如这些问题刺激得诸君心上不安宁，而愿工作，以求解决，便达到这讲义的目的了。
关于高等教育的培养目标，傅斯年也提出了很有价值的看法。他说，现在凡是“一切在水平线上的国家”，无不“以大学为他的社会生命上一个重要机关”，主要原因在于：（1）在近代社会中，一个有用的人才，必须掌握一定的知识，这样的知识不是每个人都能在社会上学得到的，在没有走向社会之前就应进行系统的学习。（2）在近代社会中，一个工作有成效的人，必须有良好的品性，这也不是在社会上能够自然养成的，须先在学校这样一个“健康的自由的环境”中获得。（3）在近代社会里，人们是分工而又合作的，故须有“专门的技能”，“大学正为训练这种技能而设。”
在傅斯年看来，高等学校的功能不仅仅在于向学生传授文化知识，它要培养学生的品德和技能；教师要指导学生阅读原始资料，教会学生学习的方法，启发学生提出问题、思考问题，从而达到培养学生素质和能力的目的。傅斯年在上个世纪前期就提出了这样的高校教学原则和学生培养目标，其远见卓识的确让人叹服。几十年来，我们一直提倡这样的原则和目标，一直朝着这个方向努力，其效果至今仍不尽如人意。重新审视教育先贤们的理论和实践，对于我们的工作大有裨益。
1927年初，中山大学聘得鲁迅、施存统、许德珩、容肇祖等知名学者。为了充实文学院师资队伍，傅斯年又延聘吴梅、丁山、罗常培、顾颉刚等人前来任教。他还与朱家骅筹划“一齐聘北大文理等科之良教授来此”，使他们既可免受军阀政府之压迫，又可开中山大学之风气。他们派人去请马叔平、李玄伯、丁山、魏建功、刘半农、周作人、李圣章、徐旭生、李润章等人，同时筹集了三万元资金，准备给北大贫寒学生提供“贷金”，“请一切被压迫之同学来。”
由于傅斯年的努力，北方学者南下任教者甚多，其中何思源、赵元任、罗常培、汪敬熙、杨振声等，都是留学归国的知名学者，他们既熟翻中国传统文化，又系统接受了西方学术思想、理论和方法。傅斯年选聘教师，不重资历而重实学，且遵循蔡元培先生“兼容并包”的原则，既聘掌握现代科学知识、科学方法的“新派学者”，也聘对于国学有造诣的“耆旧宿儒”。1927年冬，吴梅告假返里，处理家务，旋因交通困难，不便回校，乃辞去教职。次年暑假，傅斯年亲自赶赴上海，欲聘请当代词宗朱祖谋来文学院任教。当时朱氏年事已高，不便登台讲课，感此盛情，乃转荐广东新会人陈询以自代。陈氏于词作方面造诣颇深，素为朱氏所推重，然年近六旬，穷老乡里，不为世人所知。傅斯年破格聘用，遂使陈氏入主堂堂大学之讲台，学界一时传为佳话。
在课堂上，傅斯年是学生的“良师”，在课下，他也是学生的“益友”。他虽然工作异常繁忙，但仍喜欢抽时间与学生谈天，诱掖引导他们多读书、求真知。曾在中山大学就学的温梓川回忆对傅斯年的印象说：
记得那年秋季开学时，中山大学请来了一个肥头胖耳的大块头，他有一头蓬松的乱发，一对玳瑁的罗克式的大眼镜，他经常穿着那时最流行的大反领的ABC衬衫，没有打领带，外面罩上一套白哔叽西装，那副形容，说起来就是那类不修边幅的典型，但却显出了与众不同的风度。他似乎永远是那么满头大汗，跟你说不上三两句话，便要掏出一方洁白的手巾揩抹他的汗珠，他老坐在中大出版部附设的民俗学会内，埋头伏在室中央的一张大方桌上写着什么。
当温梓川提出要买一本《民间文艺丛话》的时候，傅斯年便耐心地询问他是哪个班级的学生，是否喜欢研究民间文学，对于本校编印的这类书有何意见。温说这书封面装帧缺乏美感，傅斯年提醒他说，如果书的内容吸引了你，那就不必过分注重书的封面，其实做人也是一样，“要朴实无华才好”，即便家庭生活富裕，也不可有纨绔习气。同时告诉他，如果喜欢看历史资料的话，有空就可以来这里看。
傅斯年喜欢和青年学生接触，尤其关心爱护那些聪明好学、成绩优秀的学生。他在中山大学亲自教诲指导过的学生，后来成为名家的不少，陈槃就是其中的一个。傅斯年来到中山大学时，陈槃正就读于中文系本科二年级，他除了按课程表的安排听傅斯年的课之外，平日与之并无接触。1928年上学期，傅斯年讲授《中国文学史》课，要求学生作一篇关于《离骚》的作业，他发现陈槃的文章写得有新意，便欣然写下一大段评语，并亲自把陈槃找来面谈，予以鼓励。就在当天下午，陈槃被一名居心不良的同乡诬陷而遭逮捕。傅斯年听说后，一面拿出一百块大洋打点“狱卒”，使陈槃免受皮肉之苦，一面设法营救。他亲自找有关当局交涉，很快将陈槃保释出狱。若非傅斯年全力救助，那后果是不堪设想的。每当谈起这件事情的时候，陈槃总是感恩涕零，对于傅斯年的再造之恩没齿不忘。
对于学习成绩好但家境贫寒的学生，傅斯年尽量想法帮助他们解决生活困难，完成学业。他担任历史语言研究所所长以后，得知陈槃经济困难，便让他承担史语所的一些研究任务，每月给他25元补助。后来受聘到史语所整理《明实录》的李晋华，当初也是因为得到了傅斯年提供的这种补助才最终完成学业的。
傅斯年热爱教育，重视教育，尤其重视培养选拔有才华的学生，视此为振兴中华学术的根本保证。但是他的理想不只是做一个大学教员，也不只是做一般的教学行政工作，他要将自己学到的科学知识、方法付诸实践，组织起一批优秀的学者进行“集众”的研究，成就中华学术的大事业。
1927年8月，傅斯年刚来到中山大学半年多时间，便开始实施他的“集众”研究的计划，创办了“中山大学语言历史研究所”，并出任研究所筹备主任。不久，语言历史研究所正式成立。10月16日，傅斯年召集有关人员开会，商议出版学术刊物事宜。会议决定由杨振声、顾颉刚、余永梁、罗常培、商承祚等人编辑《国立中山大学语言历史研究所周刊》，顾颉刚、杨振声、杜定友等人编辑《图书馆周刊》，钟敬文、董作宾等人编辑《歌谣周刊》（出版时改名为《民间文艺》）。关于创办语言历史研究所的目的，当年11月1日出版的《研究所周刊》第一集第一期的《发刊词》讲得很清楚：
语言学和历史学在中国发端甚早，中国所有的学问比较成绩最丰富的，也应推这两样。但为历史上种种势力所束缚，经历了二千余年还不曾打下一个坚实的基础。我们生当现在，既没有功利的成见，知道一切学问，不都是致用的。又打破了崇拜偶像的陋习，不愿把自己的理性屈服于前人的权威之下。所以我们正可承受了现代研究学问的最适当的方法，来开辟这些方面的新世界。语言历史学也正和其他自然科学同手段，所差只是一个分工。
我们要实地搜罗材料，到民众中寻方言，到古文化遗址发掘，到各种的人间社会去采风问俗，建设许多的新学问。
语言历史研究所成立后，傅斯年一面安排出版《国立中山大学语言历史研究所周刊》、《国立中山大学图书馆周刊》、《民俗》周刊（由《民间文艺》扩充而来）、《语言历史学丛书》，另一方面，积极进行考古调查、采集方音方言的准备工作。1928年4月初，有几位瑶民来广州，傅斯年听说后，乃与顾颉刚、何思敬、史禄国（苏联人，时任中山大学人类学教授）同往造访，询问民俗及瑶族文字，并观看他们跳舞。后来还曾派史禄国、杨志成等赴滇调查少数民族风俗，派容肇祖赴北路考察古物。同时派顾颉刚前往上海、杭州等地购买图书，共购得书籍12万册，价值5万6千多元，计有丛书150种，地方志600种，科举书约600种，家谱约50种，考古学书约250种，近代史料书约800种，民间文艺约500种，民间信仰方面的书籍约400种，碑帖约3万张。其中善本稿本甚多。
（二）建立中央研究院历史语言研究所
1927年初，随着北伐战争的节节胜利，国民党政府在南方的统治巩固了下来，于是开始考虑发展文化教育事业，建立学术研究机构。1927年5月9日，国民党中央执行委员会政治会议第九十次会议通过决议，成立中央研究院筹备处。6月，通过了蔡元培、李煜瀛、褚民谊等人关于成立中华民国大学院为全国最高学术教育行政机关的提议。7月，国民党政府颁布《中华民国大学院组织法》，明确规定大学院为“全国最高学术教育机关，承国民政府之命，管理全国学术及教育行政事宜”。大学院下设秘书处、教育行政处和中央研究院三个机构。10月，中华民国大学院成立，蔡元培任院长。根据大学院的组织条例，蔡元培聘请了中央研究院筹备委员30余人，傅斯年为筹备委员之一。11月20日，中央研究院筹备委员会召开成立大会，通过了《中央研究院组织大纲》，确定设立理化研究所、地质研究所、社会科学（即社会学）研究所、观象台四个研究机构，待条件成熟后再陆续增设其他研究机构。
从中央研究院的下属研究机构设置来看，它最初的研究方向偏重于自然科学方面。傅斯年认为，现代的历史学、语言学与传统的学术有根本的区别，它使用的是科学方法，是与生物学、地质学等自然科学相同的手段，它与自然科学的差别，仅在于学科的分工不同。就是说，历史学、语言学可以建设得如同生物学、地质学一样，成为一门科学。1928年1月，他极力向蔡元培陈述这两项研究工作的重要性，建议在中央研究院中设立历史语言研究所。