傅斯年和顾颉刚之所以发生矛盾和冲突，是因为二人的志向、性格和工作作风存在很大的差异：顾是一位纯粹的学者，而傅是学者兼思想家、政治家；顾温文尔雅，待人谦和，然性格坚韧，追求执著，办事认真且极有章法，是典型的学者气质，而傅坦率直爽，大气磅礴，仗义执言，敢作敢为，有人说他“霸道”，有人送给他“傅大炮”的绰号，他所具备的是政治家的大气豪爽的性格。但是二人的冲突还有更深层次的原因，那就是他们的治学观念有了根本的的差异。
傅斯年从欧洲归国前夕，顾颉刚寄论文给他请求指正。傅斯年在回信中除对一些具体问题发表了不同的见解外，对顾氏辨古史时的治学态度和使用的方法也委婉地提出了批评。他提醒顾颉刚“应该充量用尚存的材料”，而若干材料缺的地方，即让它“缺着”，“切不可从这不足的材料中抽结论”，“不勉强补苴罅漏”。同时对顾颉刚提出这样的忠告：
找出证据来者，可断其有，不曾找出证据来者，亦不能断其为无”。
这实际上是在提醒顾颉刚应在搜集整理史料上下功夫，十分委婉地批评他过多地使用了默证的方法。时过不久，他便在中山大学的讲堂上对学生讲道：
以不知为不有，是谈史学者极大的罪恶。
这样的不指名的批评，显然是对顾颉刚为首的疑古学派而发的。在傅斯年看来，顾氏“层累地造成的古史说”的根本缺陷是材料不足而强作定论，己所不知者便断定其为虚无。后来他在笔记本上写了一则名为《戏论》的寓言性文章(草稿，未发表)，用嘲笑讽讥的手法，从史学方法论的角度揭示了疑古学派的谬误。
《戏论》说：有一个生活于民国33世纪的名叫“理必有”的人，“好为系统之疑古，曾做《古史续辨》十大册”。“理必有”认为民国初年的学人故意编造一些人名，以迷惑后人。根据“理必有”的“研究”，孙文、黄兴实无其人，孙文乃《西游记》中孙行者的人间化、当时化，黄兴也不过是根据“黄龙见”一类的迷信而编造的人名。“此等议论盛行一时，若干代人都惊奇他是一位精辟的思想家”。如果从尧舜时代算起的话，顾颉刚不正是33个世纪之后的人么。显然，这里的“好为系统之疑古”的“理必有”，就是“处处求符合理性”“凡事为他求一个理性的因”的顾颉刚。在傅斯年看来，顾之怀疑尧舜，正与“理必有”怀疑孙文、黄兴相同，都是由那种默证的方法造就的幻觉。接着，《戏论》使用疑古派的论证方法，与其灵魂人物钱玄同开了个玩笑说：民国初年实无钱玄同其人，因为玄是最道士气的，而钱正与玄相反，充满着铜臭味，“姑名为玄同，以张其虚；姓之曰钱，以表其实。世无有虚过于玄而实过于钱者，以此相反之词为名，实系一小小迷阵。”故此可作结论说，钱玄同“实一非有先生、亡是公子”。
傅斯年在《戏论》中告诉人们这样一个道理：如果按照疑古派的推理方法，三千年以后的人不仅要否认孙中山、黄兴的存在，就连疑古学派的主帅钱玄同也视其为虚构之人了。用这样的方法研究历史，真正是“极大的罪恶”，是历史学的悲剧了。后来，他仍时常发为议论，力戒同仁不可使用疑古派的理论和方法：
古文者，劫灰中之烬余也，若干轮廓有时可以推知，然其不可知者亦多矣。以不知为不有，以或然为必然，既违逻辑之戒律，又蔽事实之概观，诚不可以为术也。今日固当据可知者尽力推至逻辑所容许之极度，然若以或然为必然则陷矣。
在傅斯年看来，疑古学派的根本缺陷是把自己不知道、不能证实的史事看作是子虚乌有，从而使历史学脱离科学的轨迹，成为一门主观的学问。有鉴于此，他提出了建立科学的史学、使历史学成为与自然科学同列之学科的主张。
(二)建立“科学的东方学”
傅斯年之所以没有加入到疑古学派的营垒中去，而树起科学历史学的旗帜，与他早年的生活环境、学术经历有很大的关系。
“五四”运动前后，在中国的青年学子中兴起了“科学热”。这股“科学热”形成了两大潮流，一是渴望学习西方自然科学知识，把欧美诸国先进的科学技术引进到中国来，以改变中国贫穷落后、受人欺凌的局面。二是渴望学到西方的学术理论和方法，用来治中国传统的学问，破除陈旧学风，振兴中华学术。傅斯年作为北京大学的高材生、《新潮》的创办者、“五四”运动的健将，曾为这股潮流推波助澜，而这股潮流也给了他治学的动力，规范了他的学术方向。
在“五四”新文化运动中，他虽然充当过疑古史的急先锋，但似乎并不以这种“破坏”性的工作为归宿，而对“建设”性的工作更有兴致。他说：
长期的破坏，不见建设的事业，要渐渐失去信用的。若把长期的破坏的精神，留几分用在建设上，成绩总比长期破坏多。
他曾在《新潮》杂志上每期刊登几篇纯粹介绍自然科学知识的文章，后经鲁迅劝说而取消，但对于“用科学方法”整理国故，其兴致仍高得很。他认为清代学者治学问的方法是科学的，但更重要的是学习西方的科学知识、方法，用它来治中国传统的学问，否则将一无是处，毫无结果。在科学热的推动下，他怀着渴求西方科学知识、科学方法的心情，踏上了西进留学的道路。在长达7个年头的留学生涯中，他曾致力于学习西方的自然科学知识，但是用西方科学方法治中国传统学问的思想始终萦绕在他的心头。他写信给胡适，说“整理国故也是现在很重要的事情”，“可以化成一种不磨灭的大事业”。虽然他的学术兴趣发生了几次转移，但他对科学知识、科学方法的追求却始终没有发生过动摇。他的用科学方法治中国史学的思想也由此奠定了初基。
傅斯年在英德留学时，西欧史学界对于历史是科学还是艺术的论争已经历了上百年，这时仍是众说纷纭，不得结果。在过去的一个世纪里，认定历史是科学的人很多，除了马克思、恩格斯创立了唯物史观，将历史置于科学基础之上外，许多资产阶级学者也认定历史演进有规律可循，历史可以成为科学；抑或认为历史发展没有规律，但是可以用科学的方法对它进行研究，因此历史学可以成为科学。19世纪至20世纪之交，历史是科学的说法更是风靡一时。英国史学家、剑桥学派的代表人物比瑞（J.B.Bury）便断然宣布，“历史是科学，不多也不少！”否定历史是科学的理论也没有销声匿迹，他们认为人类历史的演进没有如同自然界演变一样的定律，没有定律就不是科学。还有的史学家转换了论证的角度，避开了关于历史客体之有没有规律的讨论，而从史学的主体方面予以界说，认为史学家研究史料、发现真理的过程是科学的，但他们要用语言文字把真理表达出来，必然取艺术的形式。因而他们的结论是：历史是科学，又是艺术。傅斯年虽然没有直接参加这场讨论，也没有就此发表过什么评论，但是在他的史学著作和言论中，却经常提起或论述这场论争中的某些根本性问题。他的建设科学的历史学的思想，亦直接导源于这场论争。当然，在这个问题上他并不注重理论的辩解——他常把这种理论上的探究称为“空论”而痛加批评——而是努力付诸学术实践。
从欧洲留学归来不久，傅斯年就公开表明自己的观点，说要“以自然科学看待语言历史之学”，要把历史学建设成“与自然科学同列之事业”。后来在《历史语言研究所工作之旨趣》中更明确提出要进行“科学的研究”，把历史学语言学“建设得和生物学地质学等同样”，使之成为“客观的史学”、“科学的东方学”。从字面上看，科学的史学、科学的东方学意义十分明确，无须繁言。但事实上，傅斯年往往对它们作不同常规的解释，赋予其特定的含义，于是这几句话所蕴含的史学思想就变得扑朔迷离了。
傅斯年在谈论中国古代学术史时，对史学这个概念的使用比较宽泛，他把史书写作、历史观点、历史研究都归于史学的范畴。但当他讨论近代学术时，则将史学的使用范围作了严格的限定。把史书写作、史观、历史哲学统统排除在史学之外，把史料学当作史学的唯一对象。那么他所说的科学的史学，也就是科学的史料学，换句话说，便是在历史诸学科中，只有史料学才是科学。
傅斯年所说的“科学”的内涵是什么？为什么只有史料学才是科学？如前文所说，傅斯年不承认历史的发展具有规律性，他说：
历史本是一个破罐子，缺边掉底，折把残嘴，果真由我们一齐整齐了，便有我们的主观分数加进去了。
既然史事的留存是残缺不全的，我们就无法获得一个规律性的、整体性的认识，只能认识历史上个别的、具体的事物，研究局部的历史现象。如果硬要取得一般性总体性的认识，硬要研究出一个普遍性的规律，那就不可避免地加入一些主观因素，而有违历史真实。他还用自然科学与社会科学的差异论证其观点。他说，数学、物理学可以拿“大原则”概括同类的事，这个办法用在生物学、地质学中就困难了，在历史学中更不能应用。我们所说的历史学的科学性，是指对历史客观过程及其规律性的认识，傅斯年既然不承认历史的发展具有规律性，那么他所说的科学是指什么？
傅斯年在中山大学创办语言历史研究所时说：“语言历史学也正和其它的自然科学同手段，所差只是一个分工。”后来他又说：现代的历史学研究，须使用“各种科学的方法”，地质学、地理学、考古学、生物学、气象学、天文学等，都为历史学提供了研究的工具。很明显，傅斯年所说的科学的历史学，只不过是用科学方法研究的历史学，更准确地说是用科学方法研究的史料学。说到底，历史学，即史料学的科学性，只在于它的研究方法的科学性，在于能用科学的手段，去研究直接的史料，去搜集和使用新材料。
傅斯年所说的科学方法包括两个方面，一是史料比较的方法，“以科学的比较手段，去处理不同的记载”。二是自然科学的方法，“利用自然科学供给我们的一切工具，整理一切可逢着的史料”。至于史料学之外的其他历史学科，那是配不上“科学”二字的。他强调史书的写作必须建立在科学的史料学基础上，必须做到使用史料准确无误，即便如此，著史也不是科学的事业，因为著史必定有学术之外的其他目的，不可避免地受某些政治、哲学、伦理观念的影响，有“传统的或自造的‘仁义理智’和其他的主观”加入进去。在语言的表述中，也难免修饰雕斫，使用艺术的表现手法。所有这些，都是与科学不相干，甚至是相悖的。既然在写作史书时无法排除非科学因素，所以它就不能成为科学。至于历史哲学、史论那些距离史料学较远、理论性比较强的学科，无法施用“科学手段”，更不能成为科学的学科。
傅斯年虽然打起科学史学的旗帜，高倡建设科学的东方学口号，但他并不反对“科学”之外的其他史学工作，也不反对著史时使用“科学”之外的手法。早在“五四”时期，他就曾专门著文，指出不应把文学史写成“材料书”，写成文学资料长编。主张把材料加以“消化”，“用文学史的作法”，写成一部著作。什么是“文学史的作法”？后来他在中山大学讲授《中国古代文学史》时作了具体的说明：
写文学史应当无异于写音乐史或绘画史者。所要写的题目是艺术，艺术不是一件可以略去感情的东西，而写一种史，总应该有一个客观的设施做根基，所用的材料可靠，所谈的人和物有个客观的真实，然后可得真知识，把感情寄托在真知识上，然后是有着落的感情……宋人谈古代，每每于事实未彰之先，即动感情，这是不可以的；若十足的汉学家，把事实排比一下就算了事，也不是对付文学的手段，因为文学毕竟是艺术……希望诸君能发乎考证，止乎欣感，以语学始，以“波涛动荡”终。
在这里，他把史料考证和史书写作的关系讲得很明白：史料考证为文学史提供资料，立下客观的根基；有了客观的根基，便可激发感情，运用艺术手法，以达到“波涛动荡”的目的。二者互相联系，不可或缺。文学史是这样，那么一般的史书可否如此？傅斯年说，文学史是“通史之一枝”，“要求只是一般史学的要求，方法只是一般史料的方法”。这就是说，上述写作文学史的原则，也适用于一般通史的写作。
傅斯年曾专门著文谈历史教科书的写法，说“编历史教科书，大体上等于修史，才学识三难皆在此需要，决不是随便的事”。他提出了编历史教科书的基本原则和方法，其中不少与艺术手法有涉而与“科学方法”相悖。他说历史教科书应该有很强的可读性，应尽量使之生动，“增加兴味”，“应该把‘故事’、‘传记’的艺术作用，酌情引到教科书的正文中。”又说“教科书本身应当是一部有形体、有神采、能激发人、能锻炼人的书。”要编写这样的“活的教科书”，就必须“将散碎的事件，连贯起来”，“将民族中伟大人物的性格行事选几件形容出来。”所有这些，都离不开艺术的手法。
总的说来，傅斯年认为社会历史诸学科中，只有史料学可以完全使用科学的方法，可以称得上科学。所谓科学的史学，“史学只是史料学”等命题的提出，皆以此为立论的基点。他认为史书的写作，虽然能够以客观的历史知识、真实的史料为基础，但在叙述的过程中一定要使用艺术的手法。其余如史论、历史哲学等，不能使用科学的方法进行研究，所以它们都不是史学研究的对象、不能成为科学。
傅斯年认为史料学可以成为科学，而著史离不开艺术，这与欧洲史学家所谓历史是科学又是艺术的说法是不同的。后者认为，摆在历史学家面前的任务是双重性的工作，他们为探究某一史实，搜集整理史料，努力发现寻求历史的真相，这是科学的工作。当他们把历史的真相用语言文字进行叙述的时候，便加入了个人的主观意念，这种工作则是艺术的，是非科学的。据此他们作出结论：历史既是科学，又是艺术。他们看到了历史客体与历史主体之间的差别和对立，但是将这些差别和对立绝对化，否认二者之间的统一性，否认人的主观意识能够正确地反映客观史实。从认识论和方法论上看是机械的、形而上学的。傅斯年的观点与此不同，他不否认历史主体与历史客体之间的统一性，认为只要“客观地处理实在问题”，“客观地处理历史学和语言学的题目”，就可以得到“客观的知识”，就可以辨明历史事实，决不会因为人们的语言表述使之成为主观的、非科学的东西。但史料学之外的历史学科，史论、历史哲学和著史等，由于研究对象和表述方法不同，主观的、非科学的因素加入在所难免。它们不能成为科学，并非由历史的主体、客体的差异产生，而是由其学科的内容特点所致。傅斯年的科学历史学思想在“历史是科学还是艺术”之争的大环境中产生，明显地受到这场论争的影响，但他不以西方史学理论为雷池，而是继承中国的史学传统，根据中国的学术现状，提出了用科学的方法搜集整理史料的思想，从这个角度讲，他的史学思想是有价值的，尽管其中存在着不少的缺陷。