有人把傅斯年的“史学只是史料学”的思想说得一无是处，视之为旧史学的余毒，这是有失公允的。其实，傅斯年的史学思想是时代的产物，是史学发展的结果，无论是从理论上，还是从实践上来看，它在中国现代史学史上都有着重要的地位。
首先，傅斯年“史学只是史料学”的思想，纠正了中国传统史学之重视史书编纂，忽视史料搜集整理的偏向。他指出，中国史学界自古就有广泛搜求史料，精心鉴别史料，力图再现历史真实的优良传统。司马迁作《史记》，司马光写《资治通鉴》，清代考据学家们对史料的考订，都是这种优良传统的结晶。但是也有些史学家，不去采集史料，专门对于前人提供的第一手材料进行雕饰、润色和加工，然后撰写成史书，这就不是“客观的史学”。元朝、清朝政府“最忌真史学”的发达，以致采集整理新史料的优良传统日渐衰竭，编纂史书的风气日益昌炽，时至今日，不知多少人在那里“照着司马子长的旧公式，去写纪表书传”，搞“化石的史学”，也不知有多少人在那里“修元史修清史”，做官样文章。这样下去，真正的历史学是不会发达起来的。他提出，只有“由主观的哲学及伦理价值论变作客观的史料学”，“由人文的手段，变作如生物学、地质学一般的事业”，中国的史学才会进步，才有可能赶上世界史学发展的潮流。
傅斯年着力扭转史学界那种用个人主观意识曲解史实，依照伦理观念斫饰历史，按照政治需要写作帝王将相家谱、教科书的封建主义史学观点，使史学向着“存真”、“求实”的方向发展。由是观之，他的思想取向是正确的，有进步意义的。至于说用这种立意偏颇的口号去纠正旧的史学观念，难免有矫枉过正之失，容易走向另一个极端，这恐怕是他所始料不及的。
其次，傅斯年号召人们“扩张研究的材料”，“随时扩大旧范围”，拓宽了史学研究的领域，开创了史学研究的新局面。在“史学只是史料学”的旗帜下，傅斯年对历史学的外治作了狭义的界定，但同时也把历史学特别是史料学的内容作了充分的开拓。凡古往今来人们生活的一切遗存，不论是物质的还是观念的遗留，统统被当做史料看待：地下埋藏的古文字、古器物，地上遗存的庙宇建筑、石刻雕塑，文化史方面的民俗传说、观念信仰，民族学方面的各族语言文字，文献学方面的群经旧籍方志自不必说，凡档案、笔记、小说、戏曲、诗文、宗教典籍等等一切文字记录，全部纳入了史料的范围。这使人们对史料的意蕴有了新的认识，对历史研究的观念大为扩展，摆脱了千百年来由文献到文献的书蠹式的研究方式，开辟了一个个崭新的史学领域。他将上述理论贯彻到实践中去，邀请全国许多著名的学问家，组成历史语言研究所，在许多新的史学领域中进行了开创性的工作。安阳殷墟的考古发掘、清内阁大库档案的整理、民族学语言学方面的实地调查等等，所有这些成就，都是在傅斯年的扩张史料的史学思想指导下取得的。
再次，有人单从“史学只是史料学”这个简短的结论着眼，说傅斯年鼓吹史料至上，妨害了马克思主义史学理论的发展，扭偏了中国史学发展的方向。这种看法是不全面的。实际上，傅斯年的史学思想和马克思主义历史观虽然有相互矛盾的一面，但也有相互一致的方面。马克思主义史学理论比历史上任何一种史学理论都更加强调史料的重要性，更加重视使用直接的、原始的、可靠的和最大量的史料。它不仅不排斥史料学的发展，而且正是建立在近代史料学的基础之上的。在20世纪初中国史料学不甚发达的情况下，马克思主义史学在中国的发展受到一定的局限，当时人们只是一般地介绍历史唯物主义原理，一旦拿这个原理说明中国历史，解决社会历史问题，便遇到了很大的困难，其中主要的问题是史料不足。所以马克思主义史学家们没有忽视史料学的工作，而是把史料与理论放到了同等重要的位置上。他们动手搜集整理史料，也注意接受、使用现代史料学派、新考据学派的研究成果。如果我们不存偏见的话，应该承认，以傅斯年为首的现代史料学派是中国史学发展史上必然出现的学术派别，他们在史料搜集整理方面的卓有成效的工作，加速了史学科学化的进程，为马克思主义史学的健康发展作了资料方面的准备。
（三）理论局限
历史哲学、史论、史书写作和史料学是历史学的几个有机组成部分，它们之间有不可分割的联系。傅斯年硬是把前三者从史学中分离出去，把它们和史料学对立起来，这就不可避免地走入一个理论的误区，并导致他的史学理论与史学实践之间出现矛盾。
傅斯年将历史哲学、史观、史论看作是“空论”、“简单公式”、“主观价值论”，进而否定其在史学领域中的地位及其学科价值。事实上，无论哪一种学问都无法脱离作为世界观、方法论的哲学思想的指导，这是不以人们的好恶为取舍，不以人们的意志为转移的。傅斯年对历史哲学、史论取否定或存而不论的态度，但是在他的学术言论和论文著作中，处处反映出他的历史哲学思想和史学观点。他否认历史发展的规律性，认定史料学是科学而将史学的其他分支均排除在科学之外，这本身就是一种历史哲学、一种历史观念。翻开他的史学论著看看，谈论史观、发表史论的文字比比皆是。比如他在《历史语言研究所工作之旨趣》中说司马迁写作历史的“若干观念比十九世纪的大名家还近代些”，说欧阳修的《五代史》、朱熹的《通鉴纲目》“代表中世古世的思想”，提出反对“国故”这个“观念”，如此等等，无异是在发表历史哲学和史学评论的演说。在《闲谈历史教科书》中，他提出中小学开设历史课的意义是增进学生对于“人类”及“人性”的了解，“借历史说明生命界最近一段的进化论”；“借历史事件做榜样，启发爱国心，民族向上心，民族不屈性”，说明“文化演进之阶段”。所有这些，都是属于历史哲学、历史评论、史学评论方面的问题。
傅斯年把史料学作为历史研究的重要对象和逻辑起点，这是无可非议的，但是他把史料学的地位提高到不合适的高度上，认为历史学科里唯一可以称得上科学的是史料学，历史学的功夫全要看处理史料的能力如何，于是在史学研究中不可避免地出现重史料轻理论、重考据轻思辩的倾向。在这种学术思想的指导下，史学家们仍承袭清人的治史风气，专门在个别的、具体的问题上下功夫，不能够全面地、历史地看待社会的发展，不能够写出贯通古今的历史著作。而且在研究具体的史学问题时，也往往不能置之于整个历史发展的进程或特定的历史环境中加以考察，以至陷入繁冗琐细的考证中，难以发现历史事物、现象的内在的、本质的特征及其联系。
“要科学的东方学之正统在中国”
（一）走出疑古的误区
“五四”时期，傅斯年治学的路向是用近代科学的观点、方法研究中国学术，从而寻绎某些“有系统的”、有规律的东西。他说：
把我国已往的学术，政治，社会等等做材料，研究出些有系统的事物来，不特有益于中国学问界，或者有补于“世界的”科学。
他强调说，“国故是材料不是主义”，“研究国故必须用科学的主义和方法”。他反对在训释古籍时只罗列材料而无心得，说“凡谈故训，当以条理为先，发明为要，并不贵乎罗列群书，多所抄写”，“大凡著述之业，有得则识之，无得则缺之，不烦广抄多写，成其博异。”他批评谢无量的《中国大文学史》只是一部“材料书”，“里面通是抄写的，不曾丝毫消化得来。”可见当时他对于学术的定位是，以“科学的主义”作指导，使用“科学的方法”，研究分析各种材料，从而发现某些“系统”的事物，找出某种规律。
基于这样的指导思想，他在“五四”时期很少作具体、微观的研究，大都是宏观的通论。或比较东方西方之差异，或纵论古往今来之变迁。他在《中国历史分期之研究》一文中提出，凡以时间变迁为基本线索的学科，在研究过程中皆应“分期别世，以御繁纷”，“察其递变之迹，然后得其概括。”他提出“以种族之变迁升降为分期之标准”，在每一具体的历史时期中，又分别以“政治变迁”、“风俗改易”、“种族代替”为标准划分作若干历史阶段。他讨论文学革命的有关问题时，同样把文学的发展演进作了阶段的划分。他虽然对王国维的政治态度予以激烈的抨击，但对他的《宋元戏曲史》一书仍大加赞扬，原因在于这部书不仅取材富瞻，更可贵的是它“条贯秩然，能深寻曲剧进步变迁之阶级”。
1920年到达欧洲以后，傅斯年的治学方向发生了大转变。他认为在北大预科和文科国文门学习6年是误入歧途，说自己“受国文的累已经不浅”，一成“文人”，“便脱离了这个真的世界而入一梦的世界”，甚至把“性情都变了些”。当时他对于文学已不感兴趣，甚至认为中国文学的教育和熏陶把自己引入了治学的误区。他到伦敦大学后，选择心理学作为主攻方向，并打算“以此终身”。他曾在笔记本上写道“不要唐吉诃德主义”、“不要哈姆雷特主义”、“不要中了（小说家）哈代的毒”。他在极力告诫自己，要摆脱文人富于空想的积习，不要进入“梦的世界”。从根本上否认了自己在中国史学方面的造诣和成绩，就连原来最感兴趣的哲学，在他心目中的地位也发生了变化。
1923年夏入德国柏林大学以后，他的治学方向发生了第二次大转变。这个时期，他对自己苦心钻研的实验心理学乃至集体心理学的功能及价值产生了怀疑，进而对于哲学的学科性质的认知也发生了根本的变化，他不再把哲学看作是“比饭碗还要紧”的世界观，也不把它看作是指导其他学科的普通的方法论，而是看作世界上个别民族所独有的、固守系统而不求实用的“玄学”。于是出国前拟定的由学习自然科学进而攻读哲学的计划也最终付之东流了。大约在德国留学的后期，他治学的兴奋点已明显地转到了语言学方面。他修习梵文、藏文、缅甸文和语言学、语音学等方面的课程，大量阅读这方面的书籍。他似已选择了语言学作为主攻的方向。
就在这个时候，顾颉刚疑古史的论著传到了德国。傅斯年读后一赞三叹，推崇备至，他写信给顾，说顾提出的“层累地造成的中国古史”是“史学的中央题目”，“是一切经传子家的总锁钥，一部中国古代方术史的真线索，一个周汉思想的摄镜，一个古史学的新大成。”傅斯年对顾的称誉，一方面说明了他们之间友谊的真挚，但另一方面或者说更重要的方面是“疑古”之说唤起了他对自己当年史学见解的回味。
1918年初，在《新潮》的创刊号上，傅斯年发表了评论梁玉绳《〈史记〉志疑》的文章，其中提到了疑古的问题：
今国人之通病，在乎信所不当信，此书独能疑所不当疑。无论所疑诸端，条理毕张，即此敢于疑古之精神，已可作范后昆矣。
在他看来，真正的学术是以怀疑作为出发点建立起来的，“可知学术之用，始于疑而终于信，不疑无以见信。”大胆的怀疑对学术很有好处，“与其过而信之，毋宁过而疑之。”当时，这样的学术见解是仅见的。所以有人把傅斯年称作“疑古的先锋”，并认为傅斯年提出的疑古史的某些主张，不仅比起顾颉刚来早得多，甚至连胡适都有“抄袭傅斯年的嫌疑”。
傅斯年和顾颉刚于1916年一起入北京大学文科读书，后来又一起住进了西斋十二号宿舍，他们一起听胡适的《中国哲学史课程》，且常出入其门探讨学问，在政治思想和学术观念上深受胡适影响。傅斯年创办《新潮》杂志，顾颉刚参与其中。1919年傅斯年赴欧洲留学，顾颉刚则于1920年北大毕业后留校任教。当年傅斯年给顾颉刚写信的时候，常用“我的颉刚”这样十分亲昵的称呼。而顾颉刚也曾用“埙篪相应”说明他与傅斯年在大学时代的友谊，而且在写给傅斯年的信中说“我在师友中，最敬爱的是你”。后来顾颉刚在钱玄同、胡适的鼓励下，努力探索，大胆地怀疑古史，提出了“层累地造成的中国古史”的理论，轰动了学术界。但是他并没有忘记远在异国他乡的好友傅斯年。他常写信给傅，讨论古史方面的问题。
傅斯年读过顾颉刚的疑古史的文章后，他既为顾的史学成就大唱赞歌，又庆幸自己因“不弄史学”而免于像别人一样“非拜倒不可”，他只是以“光武故人”的心境欣赏顾的学问和成就。后来，大概是受了顾颉刚学术成就的刺动，他对史学重新产生了浓厚的兴趣，决心在史学领域有所作为。从《与顾颉刚论古史书》那篇傅写给顾的长信中似乎可以看出，起初傅斯年只是想写几句祝贺的话给顾，以示对老朋友的鼓励。可是他下笔以后，觉得有许多话要说，而且有许多话难于一下子说明白。据顾颉刚说，这封信自1924年1月写起，一直写到1926年10月30日傅斯年乘船回到香港为止还没有写完。一封信写了将近3年的时间还没完成，很有些耐人寻味，个中原因也颇复杂。不过最根本的原因是傅斯年的思想变了，他意识到疑古是一个误区，其致命的缺点就是“以不知为不有”，“据不充分之材料，作逾分的断定”。他决心走出这个误区，重建中国的新史学。
在欧洲留学的后期，傅斯年修习了《方法论》之类的课程，注重阅读西方史学名著和史学理论方面的书籍，比较系统地接受了以朗克为代表的历史语言考据学派的学术观点和方法。从他留学后期到回国途中所作的手记来看，他对于其他学科不再关注，只是对中国史学的路向及史学研究中的具体问题作了认真的思考，这说明他已经最终完成了自己学术研究目标的定位。
1926年底，傅斯年受聘任广州中山大学文科学长兼文学、史学两系主任。他认为，要把中山大学史学系办好，必须聘请一些如顾颉刚那样的有学问、有研究能力的学者。此前顾颉刚在厦门大学与鲁迅、潘家洵结怨，处境十分窘迫。1927年初鲁迅来广州中山大学任教，听说傅斯年要请顾颉刚来，乃极力反对。傅斯年执意请顾前来，4月底，鲁迅愤然离去。顾颉刚来到了中山大学历史学系任教，协助傅斯年创办语言历史研究所。孰料刚刚过了半年时间，两个人的亲密关系就出现了裂痕。至1928年春，二人矛盾激化，终于产生公开冲突，始而言语不合，继而破口相骂，虽经多人调和劝解，终无补于事，至隔阂愈来愈深。不久，顾颉刚离开广州，赴北平燕京大学任教，顾、傅二人“十五年之交谊臻于破灭”。此后二人虽未产生直接冲突，但当日亲密友谊已无法恢复。