18日，事情逐渐出现转机，主要是国民党政府开始作出一些让步。蒋介石明令学生复课的最后期限可缓至20日，届时有未复课学生对他们的处罚也不再那么严厉，只是开除了事。注意到蒋介石的态度变化，教育部长朱家骅明显地意识到危机正在过去。他马上将蒋令转发到昆明地方政府及傅斯年等人手里，特地告诫傅斯年以及卢汉等，强调对“如何与何时执行”蒋令，务必“妥慎办理”。言外之意，即使限期已到，也要留有余地，不可仓促行事，以免再次造成流血事件，无法收场。因此，他明确要求联大和云大两校当局：“再尽最大之努力，恺切劝导学生即日复课，以重学业，以副期望。”
19日，在有傅斯年和梅贻琦出席的教授会上，通过了再度以书面形式劝告学生的决议，同时推冯友兰等为代表，面见卢汉，请取消禁止自由集会之前令，卢汉随后痛快允诺，部分满足了学生们的要求。政府方面有了一点让步，学生方面也明显地开始发生了分化。从20日开始，联大除师范学院外，学生陆续复课了。
从整个过程来看，傅斯年明显偏袒国民党政府，处理学潮中争取使大事化小，小事化了。傅斯年反对学生罢课，并不等于说傅斯年就站在了学生的对立面上，充当了国民党走狗的角色。傅斯年对学生们的这一正义行动是给予极大的支持和同情的，傅斯年从不怀疑学生们的爱国心，他所反对的只是学生们的方法。动辄罢课，学业损失太大，对大学和国家学术文化发展不利。况且对共产党有着很深成见的傅斯年，自始至终认为这次学潮是共产党煽动起来的，学生只不过是共产党手里利用的工具。所以在处理学潮中，他尽量安抚学生们的情绪，满足他们的要求，采取各种方法使学生们尽快复课，使学生们从“党派斗争”的漩涡中摆脱出来。当然他的这种认识是错误的。尽管傅斯年在处理学潮中不能尽如人意，但从使学生避免国民党当局再次镇压，遭受更大的流血牺牲这个角度上来说，傅斯年的上述做法是有爱护学生、保护学生用意的。
（三）坚拒文化汉奸
傅斯年任北京大学代理校长，其间最重要的工作就是将西南联大分开，并将北京大学迁回北京。傅斯年虽然任北大代理校长只有一年，但这一年多的时间对傅斯年来说，是不平静的。他为北京大学复原和整顿，呕心沥血、艰苦备尝，付出巨大的劳动，从某种意义上说，这一年是他对教育，尤其是北京大学做出卓越贡献的一年。
傅斯年这个时期对北大的贡献主要分三个方面。一是将北京大学从云南迁回北京，完成北京大学复员；二是扩大北京大学规模。北京大学原来只有文理法三个学院，复员后又扩增了工农医三个学院。三是坚决拒绝接受伪北京大学教职人员，保持北京大学纯洁。傅斯年在北京大学代理校长卸任时，颇为自豪地说：“我这几个月负北京大学的责任，实在一无贡献，所做都是些杂务的事，只有一条颇自负的，便是‘分别泾渭’，为北京大学保持一个干净的记录。为这事，我曾对人说：‘要命有命，更改这办法决不可能。’所以如此正是为北大将来的学风着想。”从某种意义上说，他当时最费心力，最感棘手的是拒绝接受伪北京大学教职人员，处理此事也最凸显他的民族意识和爱国情操，他所标榜的“汉贼不两立”观念此时表现得最为突出，与汉奸文人的斗争十分坚决。现就此问题进行客观论述。
1937年底，日寇占领北平后，收罗了一些汉奸文人，利用原北京大学的校舍和某些图书设备，成立伪“国立北京大学”，下设文理法工农医六个学院，汤尔和、钱稻荪、鲍鉴清等先后任“总监督”和“校长”。日伪设立所谓“北京大学”的目的是对中国青年进行奴化教育，这在日伪制定的教育方针中有充分显示。1938年5月，日寇控制下的所谓北平临时政府教育部制定的教育方针主要有两条：①根绝党化及排外容共等思想；②依据东亚民族集团的精神，发扬中国传统的美德，以完成新中国的使命。很明显，这是配合日军侵略所实施的奴化教育。伪北京大学于1937年建立，到1945年日军投降，一直是日伪在北京进行奴化教育和文化侵略的主要机构，也是汉奸文人相对集中的地方。
1945年9月，重庆善后教育会议不久，为北京大学复原之事，傅斯年派郑天挺去北平进行筹备。郑由于路上耽误，直到11月才到北京。10月，傅斯年又派陈雪屏去北平接收北京大学校产，为学校复原作准备。北上途中，陈雪屏接到教育部的命令，接受北京日伪各校学生，办理北平临时大学补习班。傅斯年在重庆发表声明，保持北京大学的纯洁，坚决不录用伪北京大学的教职员。但学生经过甄别和补习，可以接受。陈雪屏、郑天挺先后到了北京，教育部又任命陈雪屏为北平临时大学补习班主任，各学校先由补习班接管。陈雪屏根据教育部命令，将北平12所伪大专院校学生编成8个分班，基本仍在各校上课，由于北上人手有限，聘用了一些伪教员讲课。为便于管理，伪北大六个学院的学生，每个学院编成一个班，故补习班1—6班都是伪北大的学生，第7分班是伪北师大的学生，第8分班是伪北京艺专等校的学生。陈雪屏兼第一班主任，郑天挺任总务长兼第2班主任。
北平的伪教人员，尤其是在补习班任教的伪教人员，听说傅斯年在重庆发表声明，坚决不录用他们，便开始四处活动，并联合起来向北平行营主任李宗仁请愿。李宗仁虽没有答应他们的请求，但对他们持同情态度，这使伪职人员气焰更加嚣张，他们认为傅斯年是他们留北大任教的最大障碍，于是把矛头对准了傅斯年。1945年11月7日，他们以容庚领衔发表了致傅斯年的公开信，在信中对自己降日的汉奸行为多方辩护，申述了他们在日寇占领北平时留下的原因和理由。其中述其原因说：“日寇必败，无劳跋涉，一也。喜整理而绌玄想，舍书本不能写作，二也。二十年来搜集之书籍彝器，世所希有，未忍舍弃，三也。‘不曰坚乎，磨而不磷；不曰白乎，涅而不缁。’素性倔强，将以一试余之坚白，四也。”谈到出任伪教员的理由时说：“沦陷区之人民，势不能尽室以内迁；政府军队，仓皇撤退，亦未与人民以内迁之机会。荼毒蹂躏，被日寇之害为独深；大旱云霓，望政府之来为独切。我有子女，待教于人；人有子女，亦待教于我。则出而任教，余之责也。策日寇之必败，鼓励学生以胜利终属于我者，亦余之责也。”“坚苦卓绝，极人世悲惨之境，果何为乎？固知吾国之不亡，教育之不当停顿，故忍受而无悔也。汉奸乎，汉忠乎，事实俱在，非巧言所能蒙蔽者。”更为可恶的是，他们威胁傅斯年说：“天下汹汹不安，是非难定。公等所以为伪为逆者，安知不复有伪公逆公者乎？”气焰相当嚣张。容庚字希白，广东东莞人，从青年起，致力金文、甲骨文研究，曾就读于北京大学研究所国学门。1929年，历史语言研究所迁至北平，傅斯年聘容庚为所外特约研究员，继续从事金文研究，并派所内成员何承宠、瞿润缗、孙海波协助其研究。此间，傅斯年与容庚交往颇多。1937年全面抗战开始，燕京大学南迁成都，容庚留在北平，伪北京大学建立，容庚曾任教其中，堕落为伪教人员。所以他在致傅斯年信中特别叙述两人关系：“公尝自负为‘喑呜叱咤，千人皆废’之西楚霸王。庚辱知交十余年，未尝不冀公能变化气质，为豁达大度，‘善于将将’之汉高祖。”从公开信可以看出，容庚等人软硬兼施，试图让傅斯年收回成命，向伪教职人员妥协。有记载说：容庚这期间还专门去重庆面见傅斯年进行游说，“抗战胜利后，在敌伪所办的‘伪北大’任事的容庚来重庆活动，拜访傅斯年，傅拍案大骂：‘你这民族败类，无耻汉奸快滚，不用见我！’第二天，《新民报》登载此事，标题是‘傅孟真拍案大骂文化汉奸，声震屋瓦’。后来，容又拜访了他，要谢罪改过，傅才接见了他。”此事真相如何，尚难定论，但最终容庚没有留在北京大学，去了南方一所大学任教，直至去世。
与此同时，周作人也曾致信傅斯年，要求傅斯年接受伪教职人员。周作人与傅斯年有师生关系。1917年9月，周作人被聘为北京大学文科教授，为文科国学门开设罗马文学史与欧洲文学史。傅斯年当时正是国学门学生，听过周作人的课，两人都曾积极参加新文化运动。1919年，傅斯年、罗家伦等人组织新潮社，出版《新潮》杂志，周作人曾为《新潮》杂志写稿，并曾参加新潮社，与傅斯年先后任《新潮》杂志主编。应该说两人曾有较多的交往。傅斯年10月份在重庆发表声明坚决不接受伪北京大学教职人员后，周作人曾致信傅斯年，为自己和汉奸文人辩解。曾目睹周作人致傅斯年信件的邓广铭回忆说：“由周作人、容庚领头纠集了一些人，也写了一些公开信，对傅先生的不用从伪人员的主张大肆攻击。他们还把这一公开信专函抄寄傅先生，署名的却没有容庚以下诸人，只是周作人一个人。我当时也正从北碚到重庆看望傅先生，傅先生立即把此信转与我看，并要我代他写一回信给周。我看了周的来件后，觉得非常奇怪：他对自己置身汉奸群丑之间达八年之久，在信中并无丝毫忏悔和自怨自艾的表示，而竟然理直气壮地对傅先生无理取闹，甚至向傅先生发狂言说，你今日以我为伪，安知今后不有人以你为伪等等，实在是无耻之尤。傅先生当即痛斥他说，今后即使真有以我为‘伪’的，那也是属于国内党派斗争的问题，却决不会说我作汉奸；而你周作人之为大汉奸，却是已经刻在耻辱柱上，永世无法改变了。对于写回信给周作人一事，我却表示无力承担，因为不在沦陷区，对周作人做汉奸期内背叛国家民族的具体罪行，我都不甚了然，无法加以揭露和声讨。”周作人不久因汉奸罪被国民党政府逮捕，审讯期间，胡适、蒋梦麟都出具证明，为周作人开脱，傅斯年激于民族大义，不仅没有袒护周作人，还致信胡适，反对他为周作人开脱，可见傅斯年对汉奸文人的仇恨和民族立场的坚定。
1945年11月中旬，傅斯年到达北平，陈雪屏等人到机场迎接。傅斯年走下飞机第一句话，就是问陈雪屏与伪大学的教师有无交往，陈雪屏回答在必要的场合有过接触。傅斯年听后十分不满，强调说：“‘汉贼不两立’，连握手都不应该。”陈雪屏解释了自己的难处，说接收的学生多，北上的教师太少，根本忙不过来，只好录用了伪校一些教授。傅斯年仍然坚持，伪校教职员要一概摒弃，坚决不录用。