1945年11月28日，傅斯年对《大公报》记者发表谈话，再次强调：“北京大学将来复校时，决不延聘任何伪北大之教职员。”他对此解释说：“伪校之教职员均系伪组织之公职人员，应属附逆之列，将来不可担任教职。至于伪北大之学生，应以其学业为重，现已开始补习，俟补习期满，教育部发给证书后，可以转入北京大学各系科相当年级，学校将予以收容。闻伪北大参加补习学生共四千余人。”傅斯年在北平期间，看到陈雪屏等人把十几所伪专科以上的学生都集中起来进行补习，所用主要是伪教职人员，很是不满，在给夫人的信中说，陈雪屏把此事办糟了。再加上经常有伪职人员运用各种手段给他施加压力，傅斯年对此态度严正，毫不妥协。12月初，他接受《世界日报》采访，发表谈话仍坚持原来立场，记者称他对伪北大教职员“好像抱有一种义愤填膺、不共戴天的愤怒”，是一位“爱国狂热”的人士。傅斯年在谈话中首先发表了四点声明，申述了不接受伪教人员的理由和决心。他说：“一、专科以上学校，必须要在礼义廉耻四字上，做一个不折不扣的榜样，给学生们、下一代的青年们看看！北大原先是请全体教员内迁的，事实上除开周作人等一二人外，没有内迁的少数教员也转入辅仁、燕京任教。伪北大创办人钱稻荪，则原来就不是北大的教授。所以现在伪北大的教授，与北大根本毫无关系。二、朱部长（骝先）向我说过，伪北大教员绝无全体由补习班聘请任教之事，而系按照陆军总部征调敌伪人员服务办法，征调其中一部服务，不发聘书，与北大亦无关系。三、北大有绝对自由，不聘请任何伪校伪组织之人任教。四、在大的观点上说，如本校前任校长蒋梦麟先生，明春返国的胡适校长，北大教授团体及渝昆两地同学会，和我的意见是完全一致的。无论现在和将来，北大都不容伪校组织的人插足其间。”
傅斯年在声明中强调决不录用伪北大教职员，不是出于个人恩怨，而是要保持北京大学纯正的校风。他认为：教师是教育人的，为人师表，更应该先正己再正人，为学生作志节的表率。他承认由于长期战乱，高校缺乏师资，但不能因此而放弃最基本的原则。他申述说：“人才缺乏是事实，从别的方面考虑征用未尝不可，但学校是陶冶培植后一代青年的地方，必须要能首先正是非，辨忠奸。否则下一代的青年不知所取，今天负教育责任的人，岂不都成了国家的罪人？”傅斯年最后表明自己的态度说：“我的职务是叫我想尽一切的办法让北大保持一个干干净净的身子。”并特别强调：“这些话就是打死我也是要说的！”表示了自己态度的坚决和严正。对于青年学生，傅斯年则是另一种态度。他认为青年是无辜的，在日寇侵略中国时，他们都还是十多岁的孩子，应该受教育，日伪政府对他们进行奴化教育，他们是迫不得已的。为了争取和改造他们，傅斯年主张经过补习班学习，允许他们按志愿入北京大学学习。他在声明中强调指出：“青年何辜，现在二十岁的大学生，抗战爆发时还不过是十二岁的孩子，我是主张善为待之，予以就学便利。”他在11月份去北平时，陈雪屏、郑天挺向他汇报了接受北京伪大专学校补习班情况，建议将补习班1—6班学生补习完并入北京大学。傅斯年亲自进行考察后答应了此事，并报告了胡适和国民党教育部，得到认可，于是北平数千名学生得到了继续学习的机会。
傅斯年在1946年1月给夫人的信中，曾谈到他在北大复原中遇到的困难，和他坚决不录用伪教人员的原因。他说：“北京大学可以说两头着火，昆明情形已如上述，究竟如何自联大脱离，大费事，正想中。而北平方面，又为陈雪屏等弄得很糟。陈雪屏办了补习班，大妥协。大批伪教职员进来。这是暑假后北大开办的大障碍，但我决心扫荡之，决不为北大留此劣迹。实在说这样局面之下，胡先生办远不如我，我在这几个月给他打平天下，他好办下去。”傅斯年认为，陈雪屏在北平办补习班时，录用了大批伪教人员，做得不对，因为补习班学生经过补习都并入北大，而参与补习的伪教职员一概加以摒弃，这些人将因此而失业，他们自然不甘心，要千方百计纠缠。事实也确实如此，傅斯年虽一再严正声明，这些伪教人员仍多方活动，希图继续留用，保持在北大的教席。虽然此事给傅斯年工作增添了许多困难，但他态度坚决，毫不妥协。
1946年4月初，傅斯年去北平筹备北京大学复原。为了保持北京大学的纯洁，杜绝伪教职人员进入，傅斯年采取了三个方面的措施。
其一，抓紧筹备复原，不使以北京大学名义办的补习班长期延续，以免伪北大教职人员进入北大成为既成事实。傅斯年4月5日在致汤用彤的信中，详细谈了自己的想法，说：“日下形势，清华、南开实可羡慕他们有决定他们走不走的自由，北大则无之。假如弟在清华，弟将主张只在北平开一年级，其余缓一年，以便观望（明年未必好，观望即是好的安心丸）。但北大情形不如此。北平有几千学生，假如北大不去，他们必要求挂起北大（至少分校）的牌子来。日下政府尚未民主，而威权已一落千丈，是会答应的（去年李宗仁便要答应）。伪校教员又必因北大继续开班而留下，则那时无论用何名意开班（本年暑假），他们必会（摆）架子，而要求正式聘请，继续任用……地方政府以及教育部是会答应的（骝先到北平妥协了一下，归来实有惭德，以后还不错），而地方政权（李）甚不帮忙。骝先将离教部，来者对此事必更妥协无疑也。共产党一面责备政府偏袒汉奸，一面责备政府甄审伪教员，故教育部让步，‘社会’上不会制裁。然则，我们如不于暑假在北平升旗，北平必出来‘北大’，也许客气些，叫北京大学分班，或更客气些，叫北平临时大学（无补习班三字），然必有‘北’、‘大’二字，必简称北大，从此据我们的房子，用我们的仪器，而以正统自居。即使明年我们能再去，亦将托庇于他。于是北大以伪教授主身，尚堪问乎？此乃必然之演变，决非弟想入非（非）之谈也，但陈雪屏的组织，如不于六、七月间断然结束，而延长之，必反客为主。学生必不容‘补习班’三字之存在，其教员（绝大多数是伪教员）必要求为正式教授，所以北大之存亡系于今夏之搬与不搬。清华、南开皆无此困难，可以自由选择，我们无此自由的。”傅斯年为实现北京大学在暑假后于北平正始开学，到北平多方工作，落实校舍、仪器、设备等，终于9月份正式开学，实现了预期目标。
其二，寻求有关方面的支持。傅斯年到北平后先后致信教育部、北平行营主任李宗仁、北平主要驻军第十一战区司令长官孙连仲、北平市政府市长熊斌，要求在学校使用土地、房舍、资金、校产等方面给予帮助和支持。这期间蒋介石曾去北平视察，傅斯年陪同时特邀其同游文丞相（天祥）祠，并在祠中正殿的“万古纲常”匾额下合影并通过报刊向外公布，表明蒋介石支持他傅斯年“正是非，辨忠奸”，维护民族气节，坚决不接受伪教职人员的正义举措。
其三，向司法机关控告著名的文化汉奸，请求给予惩治，用以警告伪教人员。傅斯年为了清除伪教人员的纠缠和请托，选择伪北大校长鲍鉴清等文化汉奸为靶子，警告其他伪教人员。鲍鉴清等人是日伪时著名的文化汉奸，附敌有据，日本投降后被国民党政府逮捕，但河北高等法院却判决鲍无罪释放。傅斯年收集鲍鉴清等人罪证，向河北高等法院提出控告，要求重新审理，对其他文化汉奸也要从严治罪。又亲自写信给国民党政府司法部长谢冠生，提供证据，要求对鲍鉴清等人依法惩治，以正国纪，打击奸伪气焰。信中说：
冠生先生部长左右：
关于北平汉奸惩治事件，有三件事不获已上陈，敬乞台察。
一、报载伪北京大学校长鲍鉴清在河北高院判决无罪，至堪骇异。查鲍逆神通广大，早经保释，今复判决无罪，实留学术界莫大之隐患。该逆在伪职任内，勾结日寇，在伪校遍布日本顾问及特务，以实行奴化政策，何得无罪？何得无罪？北平情形特殊，汉奸势力不小。此案仍待最高法院复判，拟请大部依据成例，提来首都复审，以正事非，而申国纪。否则，“无罪”之例一开，后患不堪设想矣。除呈最高法院外，谨此奉陈。
二、巨奸王荫泰正在苏高审判，该逆逢迎日寇意旨，挤走其前任而代之，变本加厉，即以献物资为约。在其任内，剥削华北民食，使人吃“混合面”。更大搜五金，故宫铜缸、历史博物馆古炮，皆被搜罗，献出凡数百万斤。故王逆揖唐、王逆克敏之罪恶，尚不足以比之。拟请大部特予注意，尽法惩治，以伸华北人民之愤。
三、文化汉奸钱逆稻荪，在北平有特殊势力，似可一并调京审讯。
以上各事，关系国法人纪，故敢负责上陈，敬乞采纳，至荷！”
傅斯年这些举动，主要是打击奸伪气焰，伸张学术界正气，也是对伪教人员所谓附敌不得已而为之，非但无罪，而且有功论的变相驳斥。傅斯年用此方式申明立场，在某种程度上也避免了一些伪教人员四处活动，打破他们企图在北大谋一席位的幻想。当时，北平报纸曾评论说，傅斯年对伪教人员抱有一种“不共戴天的愤怒”，虽近似玩笑，但可说明傅斯年在此问题上的严正立场。
傅斯年之所以坚决不录用伪教人员，既与他教育思想有关，也是他志节人格的外在表现。
其一，就教育角度而言，几乎每一个教育家都明了，教育的目的主要二：一是思想品德教育；二是知识的传授。中国对人的要求也总是德才兼备，品学兼优，并且总把德才并称，把德放在才之上。历史事实也无数次证明，社会生活中，人的品德比才能更重要。有德少才，尚不至于为大奸大恶；有才无德，则对社会危害极大。这是人们更加重视品德的基本原因。但品德教育不是空泛的，不同阶级有不同标准，不同历史时期有着不同的实际内容。中国抗日战争时期，是中华民族生死存亡的时期，中国一旦失败，将亡国灭种，沦为奴隶。因此，在这个时期判断人们品德的最基本标准，便是立场和气节。为挽救民族危亡而斗争的人们自然受到人们的赞扬，而任何卖国附敌的人，必为人民所不齿。傅斯年在这个时期对民族气节看得特别重，从某种意义上说，民族观念是他判断当时人的基本标准，尤其是在教育文化界。正因为如此，他极力反对伪教职人员进入北京大学。他曾反复强调：不接受伪教人员观点十分明确，学校是教育人的地方，这些人大节有亏，不配从事教育事业，正如他在声明中所说：学校首先要正是非，明忠奸，否则下一代青年将不知所守，我们今天负教育责任的人，都将成为历史的罪人。由此可以看出，傅斯年坚决不录用伪教人员，并非他思想偏激或一时义愤，而是他爱国民族思想的体现。
其二，就社会现象而论，傅斯年必须如此。自从抗日战争开始，甚至从“九一八”事变开始，日本长期控制北方，烧杀掳掠，无所不为，中国人民受尽了欺凌，更有些汉奸，为虎作伥，对日寇百般奉迎，大者出卖中国的领土和主权，小者借日人势力为害地方，更有文化汉奸，美化敌人，丑化自己的同胞，进行奴化教育。这些汉奸的行为，代表了中国文化中最丑陋的一部分，严重损害了中国人的形象和民族自尊心。抗战中，他们与日寇一起杀人放火，无恶不作，甚至比日军还要凶狠无耻，办了许多日寇想办而办不到的事，激起了中国人民极大的愤怒。现在中国人民经过八年的浴血奋战，忍受了无数的苦痛，承担了巨大的牺牲，终于取得了全面胜利，中国人民对汉奸的仇恨并不亚于对日寇的仇恨，因此，在全国抗战胜利后，惩治汉奸便成为民众的公意。文化教育界最注重民族气节的独立自尊，像北大这样的全国最高学府，更不应藏垢纳污，容纳汉奸文人。反之，如果用了伪教人员，会给学校带来许多消极影响，败坏学校风气。从当时社会现实出发，为北京大学的前途着想，傅斯年此举完全是必要的。
北京大学复原和复原后经过傅斯年等人规划、调整，成为一个师资雄厚、门类齐全、院系规范的综合性大学。在这期间，傅斯年花费了很大力气，倾注了大量心血，实现了他为胡适打平天下的设想。胡适于1946年5月回国，9月正式就任北京大学校长，傅斯年与胡适进行了交接。
9月20日，北京大学教职员为傅斯年举行卸任代理校长的茶话会，胡适亲自主持。胡适对傅斯年一年来为北大复原所做的各方面努力进行了高度评价和赞扬，许多教授相继致词，对傅斯年在抗战最艰苦时期力谋恢复和主持北大文科研究所，复原时多方设法聘请一批知名教授，争取到大批校产和数倍于前的校舍，进行了赞扬和感谢。傅斯年在答词中谦虚地说，过去为北大办理成功之事，百分之七十为机会，百分之三十为努力；所谓百分之三十为努力，亦为教授不辞万里归来之结果。不论怎么说，傅斯年对北大是有贡献的，并且这种贡献得到了北大教职员工的承认。
1950年12月17日，傅斯年去世前三天，在台湾举行庆祝北京大学建校52周年纪念会，傅斯年到会并发表演说，在谈到他所熟悉的几位北京大学校长时进行了一番评论，他说：蒋梦麟先生学问不如蔡孑民先生，办事却比蔡先生高明；我自己的学问比不上胡适之先生，但办事却比胡先生高明。最后笑着批评蔡、胡两位先生说：“这两位先生的办事，真不敢恭维。” 正好蒋梦麟也出席了这次庆祝会，傅斯年演讲完后，蒋梦麟笑着对傅斯年说：“孟真你这话对极了。所以他们两位是北大的功臣，我们两个人不过是北大的功狗。”功臣也好，功狗也罢，这四个人都是北大历史上有影响的人物，至于功过是非自有历史评说。