中山大学初涉政
傅斯年以学者身份参与政治，其底线是不从政，不到政府中担任行政职务。他不止一次表明自己对政治不感兴趣，不愿意参与实际政治。而参政、议政只是尽自己的责任。他曾反思自己参政、议政的原因，说：“我之性格，虽有长有短，而实在是一个爱国之人，虽也不免好名，然总比别人好名少多矣。心地十分淡泊，欢喜田园舒服。在太平之世，必可以学问见长，若为政府Persecuted（[政治]迫害——著者注）也还如是，惜乎其不然也……我本心不满于政治社会，又看不出好路线之故，而思进入学问，偏又不能忘此生民，于是在此门里门外跑去跑来，至于咆哮，出也出不远，进也住不久，此其所以一事无成也。”傅斯年一生行为皆可以此信作注，他的志趣在于学术研究，但因生于外敌入侵、内乱不已的乱世，知识分子的责任感使他无法安坐书斋，只得参与政治，为国家安危、生民休戚而奔走呼号。并且他以毕生的实践兑现了参政而不从政的志向。正如有人所评论：“俗谓：‘百无一用是书生’。我觉得有孟真先生在，已为天下书生一雪奇冤。过去，一般人都以学者视傅先生，以博学多才称赞。孰不知读书对傅先生而言，仅是个习惯，是种储藏。傅先生的治世之心实大于治学之心……独傅先生有血有肉有骨头，随时随地读书，而不为书卷所困；随时随地报国，而不为峨冠所炫。傅先生这种品格，一半由于修养，一半也由于本性。”综合傅斯年的一生，他参政、议政可划分为三个时期：1926~1928年，参与中山大学的改造与建设；1931~1945年，为抗日救国而参政；1945~1949年，为调解国共矛盾而参政。参政议政实践中表现了他的政治思想与倾向。
1926年10月，傅斯年从欧洲回国。当时朱家骅在中山大学负责，经与中山大学委员长戴季陶商议，决定聘傅斯年为中山大学教授，兼任文史科主任（后改为文学院长）和国文、历史两系主任。12月，傅斯年自家乡聊城携弟傅斯岩赴广州中山大学任职。傅斯年到职之日，正值中山大学混乱之时，故到职之初首先参与了中山大学的整顿和改造。
中山大学原名广东大学，是孙中山先生1924年亲手创建的，与黄埔军校合称文武两校。黄埔军校主要是培养军队干部，而广东大学主要是培养文职干部。广东大学初建时，孙中山亲临该校讲演，三民主义就是在此处讲演时提出和阐发的。为加强对学校的领导，当时任命国民党元老邹鲁为广东大学校长。
广东大学建立不到一年，孙中山北上，不久病逝于北京。邹鲁因西山会议问题被免职，金享颐代理校长。广东大学一度陷入混乱，校内教职员工和学生，形成许多派系，组成各种团体，主要的有西山会议派、“士的”党（取英文stick的字音，意思是用棍子打共产党人）、中社、共产主义青年团、国民党青年团，也有部分共产党。政治观念和信仰划分，西山会议派、“士的”党为右派，中社等组织是中间派，共产主义青年团、国民党青年团为左派组织。各派政治势力之间明争暗斗，教师无心教课，学生无心读书，整个学校乱成一团。
1926年中山舰事件以后，国民党右派逐步得势，7月将广东大学改名为中山大学，任命戴季陶为校长。当时戴季陶正在潮州养病，国民党中央派秘书长周柏年到潮州动员戴季陶到中山大学任职，又聘正在北京大学任教的朱家骅为地质系教授兼系主任。9月，朱家骅和戴季陶先后到校。戴季陶到校后，看到校内一片混乱，建议国民党进行整顿，改校长制为委员制。国民党政府接受戴季陶的建议，任命戴季陶为委员长，顾孟余为副委员长，徐谦、丁惟汾、朱家骅为委员，10月17日委员会就职。领导体制确立后，开始对学校进行整顿和改革。
1926年10月16日，国民政府发布命令称：“中山大学为中央最高学府……政府决意振兴，已明令改中山大学为委员制，期集一时之人望，为根本之改造。应责成委员会努力前进，彻底改革，一切规章制度，重行厘定。”戴季陶等人遵照国民政府的训令，制定了各种改革措施，其中重要的是教职员重新聘请，学生严加甄别。
经过详细调查，原来四百多名教职员只重聘了七十多人，学生二千多人，甄别后淘汰了四百名。由于需要新聘大批教师，学生一时无法上课，留下的学生先开设补习班，补习国文、英文、数学等课程。
1926年10月22日，委员会召开第四次会议，有两项决定对中山大学发展有重要意义，一是募集建设图书馆及各种实验室基金，用以建筑图书馆、实验室及购置必要书籍及设备；二是添聘教员，延聘国内知名学者到中山大学任教。在决议具体执行过程中，五个委员中戴季陶、顾孟余、徐谦、丁惟汾在国民政府中都另有职务，多数情况由朱家骅主持中山大学的工作。傅斯年是在这样的背景下，受聘到中山大学任教的。
朱家骅字骝先，浙江吴兴县人，出身于商业家庭，父亲早亡，兄长朱祥生将其抚养。朱祥生曾任国民党元老、盐商豪绅张静江下面的账房，积蓄了一些钱财，一生未担任一官半职，遂把希望寄托于弟弟身上，全力供朱家骅读书上进。朱家骅不负兄长厚望，曾先后赴德国、瑞士留学。第一次赴德留学，学习矿业，回国后曾在北京大学教德文，后又赴瑞士学地质。1925年3月，因姨丈周觉与张静江是同乡和亲戚，被推荐到中山大学任职。先后任中山大学教授、地质系主任、校务委员、副委员长职务。朱家骅是国民党右翼的代表人物，以后曾任国民党政府的教育部长、组织部长、中央研究院总干事、代院长、行政院副院长等职，虽是政客，但和学术界的代表人物胡适、傅斯年等一生保持着良好关系。傅斯年在政治上逐步接近国民党政府也与朱家骅有重要关系。对聘请傅斯年到中山大学任教，他曾回忆说：“到了民国十五年我在中山大学，为了充实文学院，要找一位对新文学有创造力，并对治新史学负有时名的学者来主持国文系和史学系，和戴季陶、顾孟余两先生商量，聘请他（指傅斯年）来担任院长兼两系主任。是年冬，他从德国回来到校，马上全力以赴，他延聘有名教授，自任功课亦甚多。十六年春，更在文学院内，创办历史语言研究所，当时中山大学的声誉隆盛，他出力很多。”
傅斯年到校之初，正赶上学校为学生补习功课。傅斯年当时尚无明确的政治倾向，只致力于知识的传授。他对补习的课程全部熟悉，一进校，就忙于指导学生和教课。与傅斯年同时应聘，略早于傅斯年到校的何思源任经济学教授、系主任兼图书馆长，两位好友再度在中山大学相聚，一起参与了中山大学的整顿和改造。
鲁迅先生于1927年应聘到中山大学任教，任教务主任和中文系教授。傅斯年早在北大读书时和鲁迅先生就有了文字之交。《新青年》1917年迁往北大后，鲁迅先生曾为之撰稿，1918年5月，在《新青年》4卷5号上发表了他的第一篇白话小说《狂人日记》，傅斯年读后大为感佩，撰写了《疯子》等文介绍和高度评价鲁迅的著作。《新潮》杂志创刊后，傅斯年专门去信征求鲁迅先生的意见，鲁迅回信谈了自己对《新潮》所刊载文章的评价和想法。对《新潮》杂志基本上是推许的，他称道傅斯年的文章为其中上乘作品。这个时期，两人虽年龄有较大差别，但在五四运动和新文化运动中称得上同一战壕的战友。
傅斯年是在国内形势十分复杂的情况下回国并到中山大学任教的。中山大学是国民党政权重点控制的学校，是他们培养人才的基地。进入中山大学后，傅斯年的思想逐步向国民党政府靠拢。其原因主要有以下几个：
一，国民党政权在傅斯年初入中山大学时虽然开始走向独裁，但名义上还打着忠实孙中山遗志的旗号，宣传继续实行“三民主义”和“三大政策”，和共产党虽有矛盾，但统一战线还没有破裂，因此国民党政权与北洋政府相比，是代表新生力量的政权。傅斯年具有强烈的民主个人主义思想，不论从阶级意识和政治倾向，都与国民党政权有很多的相通之处，这是他与国民党政权关系日趋密切的基础。
二，傅斯年在中山大学工作期间与国民党政权的一些上层人士戴季陶、吴稚晖、朱家骅等人渐趋亲密。在他们的影响下，傅斯年加入了国民党，成为国民党政权的支持者，在国民党清党、镇压学生运动、广州起义期间，傅斯年一直站在国民党政权一边。
1927年4月，国共两党关系恶化，蒋介石率北伐军到达上海，发动反革命政变，大肆屠杀共产党人。蒋介石北伐时，李济深任总参谋之职留守广州。4月15日，留守广州的国民党右翼分子发动清党，以各种名义逮捕中山大学的进步师生。鲁迅先生时任教务主任，召集各系负责人会议，商议营救学生。朱家骅坚决反对，两人针锋相对。傅斯年站在朱家骅一边。身在其中的何思源回忆说：“中山大学在政局动荡中内外不安，内部路线斗争表现为鲁迅与朱家骅、傅斯年的矛盾日益尖锐。……‘四·一五’这一天，学生被捕数百人。当天下午，鲁迅以教务主任名义召开营救被捕学生的紧急会议，参加会议的有各院、科主任、各部门负责人及部分教授，我也参加了。鲁迅说：‘学生被抓走了，学校有责任。校长不出面，现在我来召开这次会，请大家说话，我们应当像是学生的家长，要对学生负责，希望学校把他们保出来。我们也要知道为什么抓走他们，他们有什么罪？被抓的不是一两个人，而是几百人！’朱家骅坐在鲁迅对面，这时他说：‘学生被捕，是政府的事，我们不要与政府对立。’鲁迅对朱家骅说：‘学生被抓走，这是公开的事实，他们究竟违背了孙总理三大政策的哪一条政策？’朱家骅以势压人，说：‘我们要听政治分会的，党有党纪，我们要服从。’鲁迅继续驳斥：“五四运动时，学生被抓走，我们营救学生，甚至不惜发动全国罢工罢市。那时候你、傅斯年、何思源都参加过，我们都是‘五四’时候的人，都是‘北大派’，为什么现在成百成千的学生被抓走，我们不营救呢？’朱家骅说：‘那是反对北洋军阀，现在是我们自己的天下，教育要有领导地进行。’鲁迅坚决地说：‘现在根据三大政策进行的活动，就是要防止新的军阀统治。’”由于朱家骅的坚决反对，会议没有结果，鲁迅愤而辞职。由此事可以看出，朱家骅在当时代表了国民党政府，站在了进步师生的对立面。傅斯年则是朱家骅的支持者。
在朱家骅与鲁迅先生因国民党逮捕学生发生矛盾和冲突时，傅斯年站在朱家骅一边，与鲁迅出现了分歧。以后又因聘顾颉刚到中山大学任教问题，再次与鲁迅发生冲突，这是当时教育界的一桩公案。此案所牵的三人都已作古，不应该对个人妄加品评和褒贬，但作为历史上的公案，应使后人了解来龙去脉，并从中窥视他们思想与行为的社会政治倾向。
傅斯年、鲁迅、顾颉刚都曾积极参加新文化运动，青年时代在文化和历史研究方面都颇有建树，在不同领域给后世以深刻影响，但在许多方面人们对于三人品评不一。
鲁迅先生与顾颉刚一度在厦门大学同事，两人关系不洽。起因是鲁迅在北京大学兼课时写过一部书叫《中国小说史略》，可是有人说鲁迅此书是抄写日本人盐谷温的著作。顾颉刚未经核实，人云亦云，也宣扬这种论点，鲁迅知道后很是愤怒，从此两人结怨。1927年，鲁迅离开厦门大学到中山大学任教。在厦门大学的顾颉刚，因人事关系处理得不好，心情苦闷，傅斯年听说后想伸出援助之手，让顾颉刚到中山大学任教，就商于鲁迅，鲁迅坚决反对，并明确告诉傅斯年，顾某若来，我就走。傅斯年开始进行调解，但鲁迅素来爱憎分明，傅斯年在朱家骅支持下不顾鲁迅反对，坚聘顾颉刚，这样，鲁迅与傅斯年关系恶化。何思源后来曾回忆说：“我曾见傅斯年与鲁迅吵闹，傅大哭大叫。”很可能就是指此事。顾颉刚1927年写给胡适的信中也曾说：“孟真见招，因拟到粤。鲁迅在粤任中文教务主任，宣言顾某来，周某即去。适厦门邮局罢工十天，孟真来书未能接到，我就单身到粤观看情形。孟真告鲁迅后，鲁迅立即辞职。”鲁迅辞职后，中山大学一些师生不满，对顾颉刚和傅斯年颇有非议，傅斯年不得已提交了辞呈。文学、历史两系一时乱纷纷，后学生开会决定挽留三人，而鲁迅因国民党逮捕学生，营救受朱家骅阻挠，终未复职。
傅斯年与鲁迅发生矛盾和冲突的主要原因是政治倾向不同，主要是对国民党政权的认识有分歧。鲁迅认为国民党政权镇压学生运动，逮捕进步学生，标志着国民党政权已脱离了民主革命，演变为新的军阀；而傅斯年则认为国民党政权是合法政府，学生受共产党操纵反对合法政府，理应受到镇压，因此，站在国民党政权一边。至于因聘请顾颉刚而与鲁迅冲突，也存在党同伐异的因素。从此以后，傅斯年与鲁迅、顾颉刚各自分道扬镳了，但与鲁迅的分歧方面，主要责任在傅斯年一边。
就政治态度而言，傅斯年虽然右转，在思想倾向上站在国民党政权一边，但他仍以一个知识分子的身份和价值观参与政治，在谋求国家统一、社会进步方面支持国民党政权。他当时认为国民党政权是代表进步的合法政府，能够推翻北洋政府的腐朽统治，建立统一的国家政权。这个时期他没有担任国民党政权内的任何行政职务，而是以在野的身份参政、议政，对国民党政权的举措则不时进行批评，希望其不断完善。他写信给李石曾、吴稚晖，在信中尖锐指出：政权应不断完善自己，注意团结民众，取得民众的支持。他向李石曾、吴稚晖提了三项建议，颇能代表其当时的观点，他说：
（一）“子产杀邓析而用其竹刑。”国民党在组织上，颇有些应当改善的地方，如照现在的样子下去，待“四万万同胞”都进了国民党，恐怕党就亡了。原来以党建国，而不容有他党者，以中国散沙一般之社会，无统治者之组织。欲集合肯革命能革命之分子，以为中心组织而革命建设也。今若组织涣散，训练不周，则其腐化可立而待。如何训练青年、组织有效，先生必有以策也。
（二）农工问题，国民党之成功与失败，有一时与永久之别，此时之成功，仅是一时的。若农工总是不完满解决，若民众对之无兴味，这成功不能为永久的。
（三）国际的理想主义，对帝国资本主义应打到底……其宗旨在解放遗传文化的、经济的、民族的拘束，颠覆资本主义及殖民政策，而成就一切民族之自决与独立。