傅斯年的建议，从某个意义上说是孙中山遗嘱的阐释，即要求国民党注意加强自身建设，取得工农群众的支持，联合国际上弱小民族和不发达国家。这些建议，当时的国民党自然不可能接受，况且当时国民党政权内部矛盾重重，呈分裂之势，亦无暇顾及这些事。但这却反映出傅斯年对当时国内外形势的认识，也间接反映了傅斯年对国民党政权的态度。
傅斯年在广州不到三年，在中山大学工作不满两年，但其人生事业与社会思想却发生了重要转折。学术事业方面，他由高校任教转向专门学术研究机构，为其取得学术成就奠定了基础。社会政治方面，虽然他在此期间退出了国民党，但却在思想意识方面完成了对国民党政权的认同，从此以后，作为无党派民主人士参与社会工作，但始终以国民党政权为合法的中央政权，并且为维护其统治而进行各种形式的努力。尽管他不满意国民党政权的统治，不时地对它批评和抨击，但所做的努力都是试图使其完善，而不是促其灭亡。
政治清流
仔细阅读傅斯年的论著，考察其言行，会发现以“七七”卢沟桥事变为转折，其政治思想与行为前后有一变化。全面抗战爆发以前，鉴于国民党政权内部纷争，有分崩之势，全国面对强敌入侵，不知如何应对，社会各界思想混乱，他的言论侧重于呼吁全民族团结，联合一体，共同奋斗，救亡图存。日寇全面侵华，全国民众上下一心，共赴国难，但处于领导地位的国民党政府在全面抗战期间暴露出许多矛盾和弊端，削弱了自身组织领导能力，影响了全民的向心力和凝聚力。傅斯年长期担任国民参政会参政员，与国民政府上层接触较多，了解国民党政权许多上层内幕，所以他的努力侧重于国民党政权改革与全民族团结并重，为此驰驱奔走，不遗余力。
自抗战开始，蒋介石就是国民党政权的主要领导人和决策者。傅斯年对蒋介石的认识前后有所变化，两人的关系逐渐由疏到亲。人们对傅斯年的认识和评价因此而受到影响。全面论述和评价傅斯年在抗战时期的思想和实践，有必要论述他对蒋介石的认识和两人的关系的变化。
在“九一八”事变前，傅斯年与蒋介石不熟悉，“九一八”事变时，蒋介石与粤方的政争正在激烈进行，他对蒋介石的武人专权，穷兵黩武，欲建立个人独裁统治不满。在《中国现在要有政府》一文中，傅斯年对当时中国政坛的情况进行了分析。当时汪精卫任行政院长，蒋介石任军事委员会委员长；一些人对汪任行政院长不满。傅斯年认为，汪精卫政府虽然不值得赞美，但若汪精卫下台，没有合适的人可以继任。他分析说：“汪之行政院如塌台，则继承者当不出两个方式，一，出来一个居政府虚名而毫无政府效用的。这样是万万不得了的。二，蒋之复政。这是行不通的。前年去年蒋确曾有过把政治建设起来的机会，然而他把那个千载一时的机会放弃了。今日长江流域地方秩序之丧失，外交布置之忽略，极多用非其才之大官，国家实力之消耗，他负的责任至少不比任何一人小，所以他现在是不能单身出马的，他出来便是一阵大紊乱。《水浒》所说‘一条棍棒等身齐，打得出四百座军州都姓赵’的方式，在中国的其他时候未必不是一个可用的政治实策，然而现在的中国此法是行不来了。愈顺民之欲者，愈能以强力专政，而求专政必先顺民之欲。我们姑且卑之无甚高论，亦应知道人民安居乐业然后天下归心。现在国人对蒋公之感想又何如？”从中可以看出，他是反对蒋介石再次出山主政的。可是随着形势的变化，抗日救国的时代主题越来越明确，蒋介石在国民党政府中的地位逐步确立，抗日的态度逐步明确，傅斯年对蒋介石的认识开始有了变化。
1937年“七七”事变不久，蒋介石在庐山举行各界知名人士暑期谈话会，发表讲话强调对日要积极抵抗，明确表示：“我们希望和平，而不求苟安；准备应战，而决不求战。我们知道全国应战以后之局势，就只有牺牲到底，无丝毫侥幸求免之理。如果战端一开，那就是地无分南北，年无分老幼，无论何人，皆有守土抗战之责任，皆应报定牺牲一切之决心。”蒋介石的讲话一反往日妥协、求和、退让的态度，是自“九一八”事变后，第一个坚决抵抗日本侵略的声明，受到全国人民和各界人士的热烈欢迎和赞扬。傅斯年参加了此次谈话会，接着又参加了在南京举行的国防参议会。蒋介石在两次会议期间的表现使傅斯年对其认识有很大改变，认为蒋介石是领导全国人民抗战的领袖人物，蒋介石此间也开始注意傅斯年。1938年3月，国民党临时全代会决议：“在非常时期，应设一国民参政会，其职权及组织方法，交中央执行委员会详细讨论，妥定法规。”4月，国民党五届四中全会通过了国民参政会组织条例及各省市应出参政员名额表，经蒋介石核定，傅斯年是国防参议会参议员，此次自然被推荐为参政员，但傅斯年坚决推辞，蒋介石不同意，让朱家骅转告傅斯年。朱家骅5月14日致信傅斯年，转达了蒋介石的口信，信中说：“吾兄已为山东推出之（参政员）候选人，兄虽不愿，恐难摆脱。介公星期会谈，亦嘱特约参加，且时时提及兄之近况。”说明蒋介石已注意到傅斯年，并留下了较为深刻的印象。
1938年1月，国民党政府进行改革，蒋介石辞去行政院长职务，改由孔祥熙任此职，张群任副院长。3月，国民党临时代表大会在武汉召开，蒋介石被选为国民党总裁，汪精卫为副总裁，实际是一个陪衬，没有任何实权。国民党及其政府的一系列调整，结果是蒋介石及其亲信分掌实权，而与蒋介石有矛盾分歧的派系，个人权力地位大大下降。这样的局面不利于团结抗战，尤其是孔祥熙升任行政院长，明显带有家族政治色彩。此局面的出现引起舆论界的不满。傅斯年从抗日救国的大局出发，上书蒋介石，对蒋介石领导的军事战争进行了充分肯定，而对外交、行政，特别是对行政院长孔祥熙、外交部长王宠惠进行了评论，认为两人皆不能胜任其职，要求给予调整。傅斯年在不久致胡适的信中谈到对蒋介石的评价，认为“蒋先生之治军，是世界上稀有的天才，其政治是初中一年级程度。”傅斯年这次上书没有产生多大影响。时隔不久，国民参政会在武汉召开，傅斯年联络一些参政员再次上书蒋介石，对孔祥熙才能物望不能胜任行政院长，及其种种劣绩进行了系统陈述。蒋介石对傅斯年等人的两次上书没有明确答复，亦没有怪罪，这个时期蒋介石为团结抗战，经常召见学术界、文化界的知名人士征询意见，有时态度相当诚恳。傅斯年数次被召见，坦诚相对，知无不言，言必有据，颇为蒋介石推重。据粗略统计，从1938年到1947年，在不到10年的时间内，傅斯年致蒋介石信共21封，内容涉及国家政治、军事、经济等各个方面，但没有一封涉及个人私事。在各种记载中，蒋介石以各种形式召见傅斯年达数十次。在各种形式的交往中，两人的关系日见密切，蒋介石以国士待傅斯年，傅斯年也常怀知遇之感。综合有关材料，傅斯年与蒋介石两人关系应作如下认识。
（1） 傅斯年对蒋介石领导中国人民抗日救国的行为表示敬佩，并且承认蒋介石的领袖地位。傅斯年不论在致蒋介石的信中，还是在平时的言论中对蒋介石领导抗日救国的行为都表示敬佩。1938年，他上书蒋介石曾表示自己的敬意，说：“自抗战以来，我公领导将士官民，为民族生存作空前之奋斗，精灵感照，国民一心，士卒致命，友邦倾服，人类共仰，固中国历史上所希（稀）有也……斯年缅怀国步之艰难，瞻念我公尽瘁报国之赤心，不能不有所直言。”1938年6月开始，蒋介石坐镇武汉，指挥武汉保卫战，广大军民在武汉周围与日军奋勇作战，消灭了敌军大量有生力量，坚持两个多月，撤出武汉。蒋介石在10月30日发表《为国军退出武汉告全国国民书》，表示要坚持抗战到底，“宁为玉碎，不为瓦全”。号召全国同胞贯彻持久抗战，争取主动之一贯方针，更勇猛奋进，造成最后的胜利，对武汉失守后，军队对日战略进行了部署。傅斯年了解抗战形势后特别致信蒋介石，对蒋介石领导抗战、挽救民族危亡的行为给予高度赞扬，信中说：
瞻念我公干惕劳勤，导率抗战，以一身而支全局，凭精诚以敌众难，国命赖以不坠，前途犹有可为，静言思之，感激涕零，再造邦族，我公是望。犹忆去年12月南京陷落后，人心惶惶，赖我公镇定布置，卒开第二段抗战之局。今广州不守，武汉撤退，故人心再度摇动，谣诼于以繁兴，此时亦非我公镇定布置，明示国策，无以安众心而资抗战，此固不待□□等言之者也。又，广州沦陷，情况不明，江上允战，损失谅多，必收拾力量，减少遗失，以为下一期抗战之资，更速补缺陷，全盘布置，以开下一段有利之形势，此中节目我公尤洞悉无遗，亦不待□□等备述也。……我公之领导将士，布置战略，国人上下对之不特未有间言，亦足服膺信赖；若政务各端是否妥善，则有不能默尔者。今危急至此，更不敢不负此丹心，□□等追维年余以来抗战之经过，以为政治之最大症结得有两端，敢析陈之。
傅斯年致蒋介石的信中对蒋氏赞颂虽有过誉之嫌，却出于真诚，他在其他场合和言论中，对蒋介石在抗战救国中的行为亦表示推崇，并在行为中自觉维护蒋氏的威信。如他在致胡适信中谈轰击孔祥熙的原因时，总结六点，一半是爱护蒋介石、维护蒋介石的信誉。
（2） 傅斯年不满蒋介石专权、独裁的个性，坚持参政而不从政，始终保持着自由主义知识分子的独立人格。从全面抗战开始，直到蒋介石败退台湾，傅斯年与蒋介石交往颇为密切，在无党派民主人士中，蒋介石相当欣赏和推重傅斯年，不仅连续四届都让傅斯年担任国民参政会政员，且在数量较少的国防参议会和战后政治协商会议委员中都以无党派人士吸收傅斯年，许多大政方针都征询傅斯年的意见，几次想把傅斯年拉入政府，让其从政。但傅斯年对蒋介石坚持独裁统治，不进行改革不满，坚持不从政。1945年，抗日战争结束后，国民党政府曾做出改组政府的姿态。蒋介石与其幕僚长陈布雷商议，打算在北方人士中补充政府委员，陈布雷认为：北方人不易找到可做国府委员的人，党内外皆如此。蒋介石于是想到了傅斯年，对陈布雷说：“找傅孟真最相宜。”陈布雷比较了解傅斯年的秉性，对蒋介石说：“他怕不干吧。”蒋介石满怀信心地说：“大家劝他。”不久蒋介石召见傅斯年，当面提出让他出任政府委员，傅斯年极力推辞。回家后又给蒋介石写信，表示他坚决不在政府任职的志向。信中说：
顷间侍坐，承以国府委员之任谆谆相勉，厚蒙眷顾，感何有极！……惟斯年实一愚憨之书生，世务非其所能，如在政府，于政府一无裨益，若在社会，或可偶为一介之用。盖平日言语但求其自信，行迹复流于自适，在政府或可为政府招致困难，在社会偶可有报于国家也……参政员之事，亦缘国家抗战，义等于征兵，故未敢不来。今战事结束，当随以结束。此后惟有整理旧业，亦偶凭心之所安，发抒所见于报纸，书生报国，如此而已。
傅斯年担心蒋介石强拉自己入彀，便利用和陈布雷的私交，写信给陈布雷，让他向蒋介石进言，以打消蒋介石拉他到政府任职的念头。为了阻止各方面的劝驾，他特意发表了《中国要和东北共存亡》一文，此文除了表明他对苏联军队存有某些偏见，另有其微妙目的。他在给夫人俞大綵的信中透露了这个意思，信中说：“我半月前写的那篇《中国要与东北共存亡》，有个附带的目的，即既发这样的言论，即不可再入政府了，落得少麻烦（人家来劝）。”傅斯年用多种方法拒绝了国民党政府的拉拢，坚持了不从政的志向。
傅斯年坚持不到国民党政府任职，以保留自己的个性独立。有时也反对别的学者从政，尤其对知己好友，总是极力劝阻，他阻止胡适从政就是一例。1946年，胡适从美国回国担任北京大学校长，在学术界、文化界颇有声望，是当时学术界的代表人物。蒋介石为装潢门面，很想把胡适拉入政府，傅斯年对此始终持反对态度。1947年1月，蒋介石请傅斯年吃饭，向傅斯年透露想让胡适担任国府委员兼考试院长的意向，委托傅斯年出面做胡适的工作，劝胡适就任。傅斯年不仅没有答应，反而极力劝说蒋介石打消此意。回去后不但没有替蒋介石做劝说工作，而且力劝胡适不要丧失学者领袖地位去政府任职，他在2月4日给胡适的信中叙述了此事的全过程：
他(指蒋介石)请先生担任国府委员兼考试院长。我力陈其不便：自大者言，政府之外应有帮助政府之人，必要时说说话，如皆在政府，转失效用；……自小者言，北大亦不易办，校长实不易找人，北大关系北方学界前途甚大。他说可以兼着。我说不方便，且不合大学组织法。他说不要紧(此公法治观念极微)。如此谈了许久，我反复陈说其不便，他未放松。……昨天雪艇来，问下文，我发了一套议论。他说：“我一听说，便知此事错托了人，不过受人之托，不要从中打岔”。
此信的后半部分，傅斯年谈了自己对于政治的立场和见解，共六点，其中四、五点都是谈对当时政府所持态度，系统谈了对现实政权的认识和自己的立场。他说：“……四，政府今日尚无真正开明、改变作风的象征，一切恐为美国压力，装饰一下子。政府之主体在行政院，其他院长是清中季以后的大学士，对宋(指宋子文)尚无决心，其他实看不出光明来。五，我们是要奋斗的，惟其如此，应永久在野，盖一入政府，无法奋斗也。”总结这两点的中心思想，可以看出傅斯年的政治态度是欲以在野身份监督、关心政府，他所说的要奋斗就必须永久在野，是知识分子参政的基本方式，以保留自己的独立意识和言论自由，也就是傅斯年所说的“言语但求其自信，行迹复流于自适”。傅斯年劝胡适不要进入国民党政府，而以在野身份进行奋斗，其用意就在于此。