胡适虽然也以国民党的诤友自命，主张参政而不从政，但对国民党政府的亲近程度比傅斯年更甚，蒋介石一再拉他进入政府时，他一度发生动摇。3月6日，胡适去上海参加“协和医学院董事会”，傅斯年担心蒋介石对胡适纠缠不休，让胡适开完会不要去南京，直接回北平。可是胡适开完会，仍去南京参加“中基会”，期间两次谒见蒋介石。蒋介石的劝说，令胡适想改变初衷，担任国民党政府委员。傅斯年听说后，非常生气，函电并发，力劝胡适不要上当，其语言颇为尖锐，言词中含责备之意。电报说：“示悉，至深惊愕，此事如先生坚持不可，非任何人所得勉强，如自身太客气，我在此何从为力？国府委员纯在政府地位，五院院长为当然委员，绝与参政会不同。北大应振兴之事多矣，如兼职在三千里之外，全蹈孟邻(蒋梦麟)先生复辙，三十年之盛名，为社会国家计，不可废于一旦，使亲者痛心，学校瓦解。故再进忠言”。在信中傅斯年为劝胡适不要去政府任职，把自己对国民党政权及蒋介石的认识作了坦白的陈述。信中说：
一、参政会决不与国府委员同，五院院长为当然，知其是政府也。且为中央政治会议国防最高委员会之续，尤知其是政府也。其法定名词为“最高决策机关”，决策非政府而何哉，信中所云，欺人之谈也。此等欺人之说，我闻多矣。
二、“政府决心改革政治之诚意”，我也疑之，盖不能不疑也。现在改革政治之起码诚意，是没收孔宋家产，然蒋公在全会骂人时仍言孔宋不贪污也。孔宋是不能办的，CC是不能不靠的，军人是不能上轨道的。借重先生，全为大粪堆上插一朵花。假如先生在京听到蒋公教训中委的一段话(……)，当知此公表面之诚恳，与其内心之上海派决不相同。我八、九年经历，知之深矣。此公只了解压力，不懂任何其他。今之表面，美国之压力也……。
三、此事全在先生一颗不动摇之心，我代辞多少次了，是无用的，尤其是先生那样客气之下。我们又不是一个政党，谁也替谁保不了，只在自己而已。我要作官之说，嚷了一年多了，然我心中全无恐惧，因我自有决心也。即最后决裂，辞此教官，亦所不惜，——所以全不着急。我知道先生是决不要做的，但要更进一步，即无论如何也不做，尤其那样信，岂可动心？
由此可见，傅斯年对蒋介石及国民党政府的认识较前深刻得多，对国民党政府的态度也有很大转变。在傅斯年的反复劝说下，胡适打消了从政的念头。傅斯年和胡适不入政府，并非不热心政治，实际他们时常以在野身份参与政治，这种参政主要表现为不时地批评现实政治，特别是对贪污腐化的国民党要员进行坚决斗争。傅斯年对孔祥熙、宋子文的抨击就是典型的例子。
傅斯年拒绝蒋介石邀请，自己决不从政，又阻止胡适从政，其根本原因是蒋介石及其政府坚持独裁。傅斯年认为要推动政府改革，实行民主政治，只有以在野的身份，利用报刊等舆论力量，对蒋介石施加压力。他曾说三点：一是不进入政府，办报造舆论监督政府，“我们自己要有办法，一入政府即全无办法。与其入政府，不如组党，与其组党，不如办报。”二是蒋介石和国民党政府没有改革、实行民主的决心，拉拢自由民主人士进入政府，只是屈于美国的压力，把民主人士拉进政府装饰门面。三是民主人士要促进政府改革，只能在野利用社会舆论监督政府，他说：“我们是要奋斗的，惟其如此，应永久在野。盖一入政府，无法奋斗也。”坚持个性独立，坚持改革独裁政治，不依附现实政权，这是傅斯年的基本属性。
⑶ 蒋介石对傅斯年重而不亲，和而不同。有人评论傅斯年多次抨击时弊，讨伐权贵而没有受到严重伤害，其原因一半是其幸运，一半由于时代环境。从深层次看，蒋介石对他的了解和推重也是其中原因。傅斯年一生抨击时弊，危言高论，目的是要消除政治弊端，改革政治，促使政权完善，而不是要推翻政权，所以蒋介石能够容忍他。但蒋介石始终没有视傅斯年为自己的亲信，直到两人都到了台湾，也仅保持工作关系，而互相利用。据记载，傅斯年任台湾校长时，坚持教育独立，当时台湾正处于白色恐怖中，国民党军警特务可随意到大学逮捕师生，并要求大学师生实行联保，傅斯年对此坚决抵制。他对国民党当局说：台湾大学他一个人作保，军警特务到台大逮捕师生必须经他批准。当时正值蒋经国主持“情治”，蒋介石明确告诉他：台湾大学的事咱们管不了，所以若要求调查传讯台大师生首先致信傅斯年，得到其批准才能进行。由此可看出傅斯年与蒋氏父子关系的另一面。傅斯年与蒋介石的关系，是傅斯年与国民党政权关系的缩影，从某种程度上反映了傅斯年的思想与个性。
抨击时弊
（一） 讨伐孔祥熙
抗日战争全面开始后，傅斯年走出书斋，投身社会，参与政治。在长达八年的抗日战争中，他做得有声有色。曾轰动一时的是连续轰击行政院长兼财政部长孔祥熙以权谋私的贪腐行为。为此事，他曾十几次上书蒋介石，二十多次在国民参政会提案和质询，同时利用各种方式揭露和抨击孔氏以权谋私、任人唯亲、祸国殃民的劣迹，终于将其轰下了政治舞台。对于此事，当时和后世有许多议论。有些人认为，傅斯年受某种政治势力的指示和支持，充当别人的枪手，是国民党统治集团上层争权夺利的工具；也有人认为傅斯年是自由知识分子的代表，向执政的国民党争取权力。真正了解内情的人则认为，傅斯年是为抗日救国而与邪恶势力进行斗争，没有任何政治背景。正如程沧波所说：“孟真参与政治，还是‘七七’以后的事。……从那时起，孟真对政治的兴趣，偏重在内政方面，尤其在澄清内政的空气。他对孔宋的攻击，至今还有人诬陷他受什么人利用。据我所知，这绝对不确，凡知孟真的人，均深信没有人可利用他，也正为当时冲锋攻击的是他，所以在社会上发生相当的效力。此中许多事实，终有一天为历史所揭露。”的确，随着时间的推移，大量原始资料公布，尤其是傅斯年档案资料的逐步面世，傅斯年攻击孔祥熙的原因，动机和过程已经大体明确了。今就傅斯年抨击孔祥熙的言论进行简要叙述，让人们了解此事件的曲折过程和事实真相。
1.抗战救国必须贤者在位
1937年“七七”事变后，日本全面侵华，短短几个月，日寇占领了大半个中国，民族危机日趋严重，全民都意识到亡国灭种之祸已经降临。严重的危机激发了广大民众的爱国救国热情，各阶层除极少数民族败类外，都化除彼此间的仇恨和矛盾，空前地团结起来，有钱出钱，有力出力，为抗日救国而积极努力。
傅斯年是一位具有浓厚民族意识的知识分子。“九一八”事变后，他发表了一系列言论充分表现了爱国救亡的激情。“七七”事变后，他更是全身心地投入到抗日救国事业中。正如当时人所记述：“庐山谈话会结束后，跟着就是‘八一三’，当时南京成立了一个国防参议会，大概各党各派领袖及文化教育界名流，均有少数的领袖人物参加，孟真便是其中的一位。”傅斯年投身社会政治，为抗日救国建言献策，其努力方向在于“澄清内政的空气”，是基于他对当时国家形势的认识。1937年9月，胡适受国民政府派遣，去美国争取对中国抗日的支持。傅斯年给胡适写信报告国内的抗战形势，信中对国人与日军作战形势分十一个方面进行了介绍。尤其对各条战线军队与民众英勇的牺牲精神大加赞扬，对政治特别是官场的腐败进行了痛斥。信中说：“国内抗战之意识有增无减，老百姓苦极而无怨言。上海前敌兵士，真是再好也不能了。这次最可佩的是革命军将士，最无聊的是南京官僚”。“两广对出兵助战之卖力气，可算一百分。广西军大批北上，全省总动员，广东军在上海战死、伤数万人，看来历年的‘人事问题’算一扫而空了。”傅斯年虽然批评了二十九军和北方几个战场的地方军队，但对整个军队和领导人的抗战精神是满意的。随着形势的发展，傅斯年对经济和财政状况，尤其是对主持财政工作的孔祥熙等人开始不满。孔祥熙利用职权走私、贪污和在财政方面举措失当，严重影响了全国抗战大局，引起了广大爱国人士的义愤。傅斯年决心将孔祥熙赶下台去。正如有些人所说，傅斯年抨击孔祥熙并坚决与之斗争，完全是出于抗日救国的公心和作为一个知识分子的良心。
孔祥熙1933年10月始任行政院副院长，同年11月又兼财政部长，从此一直是国民党政权主管财政经济的首脑人物。1938年1月1日，国民党政府改组，实施战时体制，孔祥熙由行政院副院长升任院长。孔祥熙在抗战前长期主管经济，劣迹斑斑，才不堪任，在民族危亡、全民抗战热潮兴起时又升任行政院长兼财政部长，显然不利于抗日救国。傅斯年激于社会责任感，以私人身份上书蒋介石，认为孔祥熙不胜任行政院长，信中说：
斯年缅怀国步之艰难，瞻念我公尽瘁报国之赤心，不能不有所直言。以为今日外交，行政之未能发挥效能，固有众多原因，而当官之人实为主要关键，以我公之睿哲乾断，决策于中枢，则行政、外交之专责者，但能一心为国，奋发自励，即足有为。无如负责人另是一格，故虽有上命，而作来一切皆不似也。
傅斯年在信中概述孔祥熙行政、外交方面不能胜任以后，又从国际影响、社会民众意识、孔祥熙专权自恣等方面批评孔祥熙，其主要内容包括以下几个方面：
（1） 孔祥熙为盟国所轻视。其升任行政院长，难获国际支持和帮助。傅斯年论述说：
在孔院长任内英美之财政协助，事实上恐不可能也。按历年来在中国之英、美人士对孔院长颇多不满，以整理公债及施行法币两事，在宣布前上海市场紊乱十余日，为讥评之要点，当时各外报攻击不留余地，甚至伦敦、纽约报纸亦有所讽刺。其奉命贺英皇加冕也，英国报纸自其出国之时起作各种嘲笑之论调，法国报纸并出恶言。中国广派随员，则英政府直函驻英大使云，“不胜惶感”。孔院长既为专使，英国自不得不待以国宾，然于中国协会欢迎席上，外相艾登致其关于财政建设之“友谊的警告”，商务大臣西曼在另一宴会中演说：“一国之财政必须求收支相抵，然后可谓有政策，不然者将破产。”长篇大论直是一篇教训，李滋罗斯更直谓在英中国人云：“中国财政之最大危机，在财政当局之不得其人。”□□推寻英国人态度如此，总有三因：一由于政策者，英国财政当局认为孔部（院）长无一个财政政策。二由于故事者。上述两次上海市场之紊乱，自英、美政治之标准看，是头等官邪案件，故印象深刻。第三由于态度者。闻孔院长在英议论甚随便（如于演说中谓中国关税可增至五倍等类）于是伦敦财界乃扬言曰，英国甚愿帮助中国，然孔为财长，一切困难矣……至于美国，与中国财政关系较浅，其对孔院长亦复同样好少感（少好感）。□□恐孔院长任中，外国帮助一语，徒成空言矣。
傅斯年运用大量事例，说明孔祥熙国际形象和威望太差，他在位不能获得各友好国家的信任，也无法得到各国的经济支持。
（2） 孔祥熙出任行政院长，全国人民甚感失望。他在位难以凝聚人心，团结抗战。傅斯年在信中说：
“孔院长之实任院长，在国人心理中深感失望，其最近言语行止深致社会不安也。抗战以来，政治上有一甚大之危险，即一般人，尤其是青年，急剧左倾是也。夫左倾一事，在常时不足为病，在抗战中则易招致失却重心之危险。è尝遇投效陕北，醉心所谓‘文化人’之宣传者而问其故，其答语几若一致：“蒋先生领导之军事是无可议的，而中央之政治却并无出路，若与之辩，则必举例曰：[若孔氏者，非贪污，腐败之结晶乎？]此中是非，非è今日所深论，然即有此普遍的影响，似不可不留意其根源，且此评价不待在一般民中为然，即文武百僚，亦多心怀此意，私下议论，而不敢昌言耳。
又，孔院长久任其幼稚之子管理要政，竟于财政部指挥大员，更以其不成年之小女管理机要电报。似此公私不分，未有近代国家可以如此立国者。又孔氏在国防最高会议中及其他重要场合频发怪论，肆诋宋前部长，群伦惊骇，因而社会中纷纷议论，一若财政崩溃即在目前者然，武汉人心于以不安矣。è所知孔氏不满中外人望之事，什倍于此，今姑举其最足危及国家者。窃以为今日之局，在外必求友邦协助，在内必求上下一心，若以孔院长一人为之梗，似不可不早计之也”。
傅斯年所列举的，多是社会所广为流传的事实，自然能使人深信不疑。
（3） 孔祥熙当政，外交难以开展。孔祥熙出任行政院长后，任命王宠惠为外交部长。王宠惠本来才不堪任，孔祥熙又特别专权。孔祥熙、王宠惠执政，外交工作难以开展。傅斯年说：“在此时负外交之责者必须用心，必须努力，用心然后可以默识列国大势之演变，把住机会；努力然后可以有为，今王外长绝不努力，绝不用心，中外皆以为话柄。不特不能勤听勤读，细研情报，即驻华之外交人员亦少来往。各使馆中人见其毫无精神，鲜谈正事，时对国人有怨言曰：‘中国何以不重视外交至此。’至于我国在外使馆，于重要关头每不能如期收到训令，空为焦急，即部内员司，亦每言长官不动作之苦，此似非济时之外交也。其实王部长亦有不能负其泄泄责任者，盖上有孔氏指挥自决，外长等于书班。纵外长为用心之人，亦不能发挥其作用，且孔氏无权不揽，无事不自负，再积以时日，恐各部皆成备位之官，不只外交失其作用而已。”
显然，傅斯年批判王宠惠在外交方面消极，不胜任外交部长之职，根本原因是孔祥熙专权，无法自主地开展工作。