傅斯年直接给蒋介石写信指斥孔祥熙任用私人，没有得力的财政措施支持抗战，虽未公开，但亦不是秘密，社会肯定有所流传，尤其社会上层许多人有所闻知。时任军委会参事室主任的王世杰，在3月4日的日记中就曾记述：“近日外面对于孔之长行政院，王亮畴长外交，颇多不满。昨闻傅斯年君（国防参议会委员）曾以长函致蒋先生，指责孔、王甚力”。孔祥熙很快知道了此事，对于傅斯年的指责又怨又惧，于是以退为进，4月25日致信蒋介石，请求辞职。信中说：弟自由欧奉召返国，参加国难工作，倏忽半载。遵命担任行政，亦已四月……弟以时值国家艰危，我兄忧劳逾恒，遂不得不暂承其乏，冀我兄专心军事，求取抗战之胜利。所幸抗战初起，中央即有决议，党政军统归我兄领导，而政院诸务，早有成规可循，曹随萧后，自亦不必另有主张，另有政策。惟数月以来，外间或不加察，责弟无主张，无政策，在非常时期，更无特别办法……弟近年来身体多病，精力远逊于昔，前为我兄分劳，应付难局起见，暂任行政，尚能勉强支持，如使长负重责，深惧自误误国，即负我兄推许之意，亦累我兄知人之明。……长财数年，幸赖我兄信任，虽有谣谤，均置不理，始能放手做去，即近来稍有成就，亦系我兄指导之力，就积极方面言，因整顿旧税，兴办新税，为国库增加数万万元，就消极方面言，因购置消费躬亲核实，为国库亦节省数千万元……惟前以国家前景欠佳，未敢提及下忱。今幸行政组织大致妥贴，战事前途又形好转，而财政亦筹有办法。弟之去留，当不致影响大局。现拟提出辞呈，自不能不先商我兄，披沥直陈，敬祈垂察。可以说，孔祥熙针对傅斯年的上书，有辩白，有表功，亦有反击。
众所周知，孔祥熙既是蒋介石连襟，亦是蒋介石亲信。自二十年代追随蒋介石，在国民党政府担任工商部长、财政部长、行政院副院长等职，以善于理财著称，是蒋介石财政方面的主要助手，对蒋介石忠心耿耿，唯命是从，深得蒋介石信任。蒋介石接到孔祥熙的信后，让陈布雷退给孔祥熙并表示“致慰鼓励”，对傅斯年的信则置之不理。
傅斯年第一次对孔祥熙进行揭露和指责没有结果，虽心情苦恼但没有丧气，决心继续努力，收集孔祥熙祸国殃民、贪污腐败的资料，联络正义敢言之士，公开与孔祥熙进行斗争，利用合法手段将孔祥熙赶下台去。这在他1938年6月20日致胡适的信中有所叙述：
……此信为肥贼（指孔祥熙——作者注）所见，于是在财政部大闹三日，在国防最高会议大骂研究院，弄得汉口遍知，人人称快，而无人敢继我而起——中国人只是打死老虎的。当时我想再写一信，而苦于无材料，先生之信到，正是一个好材料……但是我究竟能弄到几分，也并无把握，Roosevelt（当时某人外号，所指待查。——作者注）劝我暗中作动（动作）而不出头。盖出头，则人以为只是我一人之私见。此见有“中国道理”，但我不能接受。我要与人一齐出头，三、五个人便足。如真找不到人时，然后一人出头也……
因此想到，“将军一去，大树飘零”，如果先生在国内，由先生号召，力量岂止十倍于我！先生信中所说“外交结构”、“外交政策”，我都万分同意，但是我的看法：肥贼不去一切无办法。目下之外交，主持于“宫妾”、“外戚”、“宦官”之手，如说他没有政策、结构，他说都有，就是这三人为结构、为政策。
先生不知道我心中的苦恼，我的无力量。我真觉得活着没有价值！希望我这信不使先生悲观。为老百姓要乐观，要努力。
从傅斯年致胡适的信中，可以看出以下几个问题：其一，傅斯年上书蒋介石，揭露指责孔祥熙纯属个人行为，是自己意志的体现，没有受任何人指示或影响，更不是受某种势力和某个政治集团操纵，充当打手和工具。其二，第一次上书没有达到“除奸”的目的，但产生了积极的影响，孔祥熙上书蒋介石请求辞职和在财政部大骂中央研究院，都表明他对傅斯年上书很在意，有应对的动作。其三，傅斯年一击不中没有退缩，积极筹划，准备在国民参政会上采取更大行动。1938年7月6日，国民参政会第一届会议在武汉召开，傅斯年提前到会，按照原来的设想与黄炎培等人联系。7月12日起草了上蒋介石书，从孔祥熙的才能、信望、用人、友邦观感和持家失检五个方面，论述其不能胜任行政院长。信中列举大量事例为证，明确指出：“孔院长之身兼各职，皆不胜任，固为□□等之定见，亦为全国之公言，今辱承温问，敢不尽其所知。既以报国家历年养士之恩泽，亦以答我公尽瘁报国之赤诚。今全国一致竭诚维护我公，则政府尤不可不健全。如承观察事实，当机立断，以慰四海之望，则抗战前途幸甚矣。”
傅斯年自上次上书后，即准备联络众人再次上书，并准备见蒋介石面折廷争，所以积极收集有关孔祥熙祸国、误国、贪污、任人唯亲，包括对蒋介石不忠、不敬等方面资料，洋洋数千言，其上书可谓事实充分，证据确凿，令人触目惊心，其要求也相当明确，即要求蒋介石“审察事实，当机立断，以慰四海之望。”无奈蒋介石对孔祥熙依赖方殷，充分信任，难以听从傅斯年等人的意见，可谓言者谆谆，听者藐藐。更令人气愤的是，傅斯年收集资料，准备在参政会上联络参政员，上书揭露孔祥熙的事已为蒋介石探知，不但不感念众人抗日救国的真诚，反而“闻之甚不悦。”这样，傅斯年等人上书，结果可想而知。
傅斯年第二次上书未起作用，感到只用上书蒋介石的办法难以奏效，决心采取公开揭露，制造舆论和更大规模联名提案等形式，数箭齐发，将孔祥熙拉下马。1938年10月28日，国民参政会第一届第二次会议在重庆召开。傅斯年决心利用此次机会，组织更大规模的讨孔行动。
傅斯年在第一届国民参政会中被选为驻会委员。全会召开的前4天，傅斯年等发表激烈的抨击孔祥熙的谈话，获得许多参政员的同情和支持。经傅斯年提议，由傅斯年与胡景伊、张君劢、马君武等七人起草，共同上书蒋介石。起草后，傅斯年修改定稿，在参政员中讨论通过。考虑到当时抗战形势，决定“密陈左右”，许多参政员闻知，纷纷签名附属，最后多达52人。其信主要内容如下：
初夏屡获侍座，高山仰止，景佩弥深。时日推进，又复三月，瞻念我公干惕劳勤，导率抗战，以一身而支全局，凭精诚以敌众难，国命赖以不坠，前途犹有可为。静言思之，感激涕零；再造邦族，我公是望。惟军事之成功，系（关）乎政治之运用，政治若有重要之缺陷，则虽具精兵良将，效命疆场，无以操胜利之左券。我公之领导将士，布置战略，国人上下对之不特未有间言，亦且服膺信赖。若政务各端是否妥善，则有不能默尔者。今危急至此，更不敢不贡此丹心。□□等追维年余以来抗战之经过，以为政治之最大症结，得有两端，敢析陈之：
一、明定各主要部署之职权，以清责任而责事功。吾国历久之积习，第只问人而不问制度，故一事而属之数人，庶事或综于一手。下夺上权，上侵下职，积之既久，浸成淆乱。凡事之有利可图、有权可把持者，群争而众夺之；凡事之无利可图、无权可把持者，群去而众遗之；凡事之责任重大，乃至关系国家安危者，每自设法而避去云。及事之既坏，遂无以指明负责之人，而正其罪。且因此发生之摩擦，既坐失时机，更每引起甚危机之人事纠纷。举例言之，数月来对外贸易之未有成绩，其责任在行政院长乎？抑在经济部长乎？抑在贸易调整委员会乎？西南交通事项之进展不速，其责任在交通部乎？抑在他人乎？又如西南三省应统筹之事项，其责在行政院长乎？抑在重庆行营主任乎？又如今日之外交部，国人皆指为不努力，而外交部自谓权不在手，故只能如书办之坐待吩咐，其信然乎？充此习惯，恐已有结构，亦失作用，遑论改善。夫一手而操庶事，一事而归数人，固无人可尸其功，亦无人肯任其过，驯致上下推诿，左右争执，此在太平已可为寒心，此时尤不足以应付战局也。□□等不揣愚憨，敢请我公严明指定各事之负责人，且明定职权，其功归之，其过亦归之，既不容越权，亦不容避责。此所以增效能，振纪纲者也。
二、严考关系国家存亡诸大政负责人之功过与声名，分别进黜，以固人心而增国力。□□等备位议职，深自思维，实觉目下政治之缺陷，虽有关结构固鲜在政策，而在人事者实为最大。盖虽有良善政策，若执行者不得其人，终于存亡无补也。抗战以来，论外交，只见长持松懈坐待之态度，则当事者之努力，似尚有所阙；论财政，则筹款、借款每有贻误，只取坐吃山空之办法，致失时机。所有因迟缓、疏忽、懈怠以及人事纠纷而招致之损失，不可不归咎于人之不称职也。即如行政院长之大任，在平时已略如外国之首相，在此时尤关战事之前途。若其人一切措施不副内外之望，则国家之力量，因以减少者多矣。夫政策决之中枢，大计秉之我公，□□等衷心信赖，然若执行者不得其人，恐亦无益于国事也。
□□等救国无术，忧国弥深，至于今日不能不尽其所欲言，此固以求心之所安，亦由我公精诚感召，仰企佩戴而不能自己也。上列各事未便于会中讨论，以滋误会，故密陈左右，未使外知，谨呈鉴察。万幸万幸。
再陈者：
此启中各意见均系于十月廿四日谈话会中同人发表，当指定七人起草，经数次讨论修改，于廿七日谈话会中决定本文，并于是日谈话会中及卅日聚餐会中签毕。所有签名原纸，附呈，钧见。
敬再陈者：
此启正本（附入原签名单者）于十月三十一日共同密封送至国民参政会秘书处转呈。五日后秘书处发还，不允转呈。同人等因不知驻节所在，遂托马君武先生于会毕之次日，持原密封之函返桂转衡面呈，或派专人访递。兹恐道路稽延，更抄此副本上呈。再，此启签名人均在两次集会中自行签名，未向一切到会同人征求同意，封后有来请补签者十余人，因已封好作罢。谨以附闻。
此信因蒋介石未与会无法面呈，密封送至国民参政会秘书处转呈又被退回。当时闻知蒋介石在湖南衡山一带指挥军事，正好信件起草人之一马君武参政会结束返回桂林，遂托马君武转赴衡山面呈。傅斯年又将副本送交蒋介石侍从室主任陈布雷转呈，为此傅斯年给陈布雷写了一封信，信中特别强调此信代表了许多参政员的意见，请陈布雷重视此事。信中说：
未获侍教，匆匆半年。每怀清仪，曷胜驰会。比维道履康健，为祷，为祷。兹有陈者，第二次参政会开会之前数日，若干同人颇思有所进言于委座，而深虞会中言之不便，故于公开之一谈话会中推定七人起草，写成一启，上陈委座。此稿经次期谈话会修改，由到场人中之十人签名，旋更于开会后一次聚餐会中签名，共五十二人，送参政会秘书处恳其转呈。秘书处将原件搁五六日，原封退回。当时同人又不知委座所在，深虑遗失，乃于开会之第三日，因马君武先生返桂之便，请其先带至桂林，便即等人探呈。惟此件曾上达否，此间同人未得消息；乃再抄一本。思寄达先生处转呈。重以屡访先生所在，未得准息，延搁至今。留渝若干同人，深觉此件既系五十二人所自动签名，且蓄此意见者，尚不止到会人中之五十二人。只以签名仅于两次集会中行之，并未传签；又以开会之第二日即封送秘书处，故见解相同、而以后来或未见到之故，不便签入者甚多。若普遍传签，至少尚有七十余人之数。设不能上达委座之听闻，殊违会中多数人忧国之诚意。故不揣冒昧，敢以此副本送上先生处。若正本未达介公，万乞以此副本上呈。弟等公、私均感激无既矣。瞻念邦国，忧心如捣，书不尽意。
傅斯年在1938年6月致胡适的信中提出在国民参政会与孔祥熙决战，其策略分三层：a、即用提案的形式请求法治；b、质问财政之情形；c、推一队人面见蒋介石，与之面折廷争。考察傅斯年在国民参政会一、二次全体会议上的行为，确是三种办法同时进行，因蒋介石未与会，所以在两次会议期间联络参政员上书蒋介石，从不同角度入手，把孔祥熙不胜任、不称职以及种种劣迹上达蒋介石。同时傅斯年又以提案和质询形式揭露和抨击孔祥熙，大造舆论，以期得到广大参政员的支持。他在国民参政会第二次全体会上，撰写了《慎选行政院长、财政部长人选提案》，从另一个角度要求更换孔祥熙。提案主要内容如下：
在此抗战之大业中，军事、外交、财政三事，实具不可分之相倚性，故如仅有两事健全，其一不足以辅之，则三事皆丧其效用，而国家危殆矣！以军事言，此时战争，固是以青年之血肉当炮火，以人民之生命筑堡塞，然今日士兵效命疆场，久而弥勇；人民涂炭沟壑，困而无怨者，诚由近若干年中人民爱国心激发之功，尤赖我最高领袖精诚感召之效。今日有知之士，无不信抗战必胜者，以在军事上绝对信赖最高领袖（蒋委员长）之领导也。以外交言，我本弱国，樽俎上发动力有限，但求当事者功劳努力，不误时机之来临，不失正义之立场，亦足以告无罪于国家。独以财政言之，自参政会成立之始，同人即已忧怀满胸，深虑其人之或难当此大任，今则所虑者迅速实现。近两、三月之间，财政部每布一办法，或一度表示其维持金融之决心，必继以法币之暴跌。其于未来，并未自信真有把握，则静聆报告，其事已详。其办理紧急措置中手绩之紊乱，则报告于驻会委员会者，已颇露其故。民怨沸腾，群伦失望。似此情形，未知何以策将来？何以定人心？何以固抗战之根本？又行政院长一职，表率百僚，民俱尔瞻。如得其人，固国家之大幸；今失其人，诚抗战之隐忧。我等虽无官守，而有言责，值此危机，如再默尔无辞，既无以报政府推诚之雅，尤无以符国民责备之殷。故敢抒其忠荩，拟由本会决议，提请蒋委员长及国防最高委员会注意此事，于行政院长、财政部长之人选，详加考虑，以务求官得良才、政致清明，则抗战前途受赐多矣。我等深信，抗战建国大业之成，必须巩固政府之信望，而巩固政府之信望，必须贤者在位，能者在职，百僚皆然，行政之首领关系尤重。惟爱政府，故望政府之臻于至善；惟信政府之不可移动，故望其根本永固而无堕功妨事者尸大位以招民怨也。国事危急，情无择言，是否有常，仍待公决。