1938年10月30日，孔祥熙出席国民参政院第一届第二次全会作报告，受到傅斯年等人的质询。会后举行茶会，孔祥熙故作轻松状，在茶会上“专说笑话”，更引起参政员的不满。傅斯年决定以提案的形式发动攻击，于是就写了上面的提案。在此提案的开头有“临时动议，秘”的字样，很可能是在起草“上蒋介石书”前后为提醒参政员认识慎选行政院长、财政部长的重要性，加强蒋介石对更换行政院长，财政部长的重视。提案中一方面强调了行政、财政在抗战大业中的地位，“在此抗战大业中，军事、外交、财政三事，实具不可分之相倚性，故如仅有二事健全，其一不足以辅之，则三皆丧其效用，而国危殆矣”。当时蒋介石和许多上层人士，都把主要注意力放在军事战略方面，忽视财政经济的作用，故傅斯年呼吁应三者并重。傅斯年在肯定军事和外交以后，对孔祥熙担任行政院长兼财政部长，主管战时财政经济表示深切的忧虑，“独以财政言之，自参政会成立之始，同人即已忧怀满胸，深虑此人之或难当重任，今则所虑者迅速实现。……民怨沸腾，群伦失望。似此情形，未知何以策将来？何以定人心？何以固抗战之根本？”他把行政院长、财政部长与整个财政经济状况联系在一起，提高到关系抗战前途、国家安危存亡的高度，以便引起人们的高度关注。傅斯年最后特别强调：“我等深信：抗战救国大业之成，必须巩固政府之信望，而巩固政府之信望，必须贤者在位，能者在职，百僚皆然，行政之首领关系尤重。”傅斯年在提案末写了一个附语，云：“宜得才能出众，信望孚于国人之贤才，无取民怨，所集百僚”。傅斯年要求提案在国民参政会中“公决”。实际是希望广大参政员对此问题达成共识，争取更多人对罢免孔祥熙同情和支持。应该说，傅斯年的努力取得了良好的效果，他与黄炎培等七人起草的上蒋介石书很快得到52位参政员的签名，另有一些参政员要求签名因信已密封没有签上，总计要求签名的达一百多人，占参政员总数的80%以上，很能说明傅斯年此次行动的影响力和效果。
傅斯年等在1938年的国民参政会两次全会上，对孔祥熙发动攻击，数箭齐发，得到多数参政员的同情和支持，动摇了孔祥熙的基础。紧接着，傅斯年利用国民参政会这个合法舞台，提出了一系列提案和质询，其中重要的如：《关于法币暴跌及政府稳定办法的提案》、《关于编制外汇之质询》、《关于振济及中外捐款事项之质询》、《关于财政人员风纪之质询》等，篇篇针对孔祥熙个人及主管部门的要害，再加上孔祥熙利用权势巧取豪夺，囤积居奇，发国难财的劣迹不断败露，主管的财政经济出现严重危机，同时，外界舆论不时对其指斥和攻击，在各种因素的共同作用下，1939年11月召开的国民党五届六中第七次全会，免去了孔祥熙的行政院长职务，由蒋介石兼任。傅斯年对孔祥熙的连续攻击有了初步结果。
2.乘势猛击，动摇孔祥熙根基
1939年11月，孔祥熙虽被免去行政院长职务，但转任行政院副院长兼财政部长、中央银行总裁，仍主管国家财政金融。此时抗战转入相持阶段，西南一方相对安定，孔祥熙及其家庭利用特权贪污受贿，大做投机生意，侵吞兼并，囤积居奇，把国有资产和外援物资大批窃为己有。这些投机走私、贪污受贿案件不时被揭露和曝光，如比较重要的业务局长郭景琨黄金案、税务署长高秉坊贪污案、中央信托局运输处经理林世良云南走私案等，都曾轰动一时，孔祥熙成为社会舆论攻击的主要对象。另外还纵容家人和属下凭借其政治特权专横跋扈，为所欲为，致使民怨沸腾。举一例可以说明：1941年12月8日，太平洋战争爆发，日军乘机攻占香港，国民党政府许多党政要人居住香港未及转移，紧急派飞机去香港迎接，最后一班飞机未接滞留香港的政要，却接回了孔祥熙一家大批箱笼、佣人和几条洋狗。飞机到重庆机场，孔祥熙女儿孔令俊指挥，用汽车将其运走。消息传出后，舆论大哗，民愤极大，在遵义的浙江大学和昆明的西南联合大学学生举行大规模的游行示威，高呼“打倒孔祥熙”，孔祥熙成为社会各界抨击指斥的对象。正如傅斯年1940年8月致胡适的信中所说，他对孔祥熙祸国殃民的揭露和抨击，已经引起社会各界的关注，孔祥熙在人们心目中的地位和形象大为下降，“若说有无效力，诚然可惭，然非绝无影响，去年几几干掉了，因南宁一段而停顿耳，故维持之者实倭寇也。至少可以说，他以前是个taboo（禁忌），无人敢指名，今则成一溺尿桶，人人加以触物（侮？）耳。”可见孔祥熙被免去行政院长以后，虽然仍以行政院副院长兼财政部长的身份主管财政经济，但已从权力和地位的顶峰跌落下来，开始走下坡路了。
从1940年到1943年，傅斯年主要忙于中央研究院和历史语言研究所的迁徙，加上他长期生病，故对社会政治的关注有所减少，但抗日救亡的责任感仍使他在学术与政治之间“跑来跑去”，“出也出不远，进也住不久”，不时地关注着社会政治的变化。
1944年6月，抗日战争进入关键时期。世界局势开始发生转折，中国抗战形势处于黎明前的黑暗，尤其是经济形势相当严峻。国民党政府为了加强战时物资管制，计划设立物资统监本部。这个时期孔祥熙仍是行政院副院长兼财政部长，主管国家财政经济。傅斯年担心孔祥熙出任物资统监本部长官，财政物资方面的权力更加集中于孔祥熙一人之手，于是上书蒋介石。信中分析了国际局势和日军近期的战略，着重论述了经济机构改革与人事机构的关系，信中说：
物资统监本部之设置，以经济局势之迫切言，如孤注一掷，不得不求其必成，防其有失也。今日孔副院长继续负行政之重责，又把握财政、经济、金融之全权，则以彼兼此重任，自为逻辑上顺理之事，亦为确定责任必要之方。然兹事为国家革命所系，不容其失败。治法虽具，犹有待于治人，机构徒换，往者未著成效。大凡机构之改革，每与人事之改革同办，方可生效。此事虽尚未发表，社会上已多知之，似皆以为人事不变，机构之更改难如预期，其结果或仅是孔副院长更加一官。斯年以为今既有此转机，若能至公至平，绝无瞻徇，应可办不少之事。惟亦不能不虑及孔先生观念之不易遂改，用人之仍是各辈也。设若任务不达，则负责者将诿过于军事之变迂，此必造成一空前之危机，尽其形势有如最后一著也。敢望钧座随时留神，万一进行鲜效，则改弦更张，似乎宜早不宜迟，人事革新必可振作，有补于大政。如待失败之形毕露，有不可挽救者矣。心所谓危，越分言之，深怀罪戾。
傅斯年致蒋介石的信写于1944年6月15日。或许傅斯年的上书起了作用，或许出于政治原因，物资统监部没有设置。而此时，蒋介石任命孔祥熙为出席国际基金会议的全权代表。6月中旬，孔祥熙率代表团赴美。孔祥熙此次赴美是他人生的重要转折。在此期间，面对国内各种形式的抨击和指斥，他已没有了防御和遮掩的能力，其政治生命趋于结束。
孔祥熙出国前后，他本人及其亲属以权谋私、侵吞国家财富的劣迹不断被社会各界揭露，社会纷纷谈论。傅斯年与社会各层有着广泛联系，孔祥熙祸国殃民，破坏抗战的行为激起了他的义愤，他注意收集孔祥熙劣迹的材料，系统整理，准备利用有效途径进行攻击。1944年9月，国民参政会第三届第三次全会在重庆召开，傅斯年决定利用会议对孔祥熙进行揭露和炮轰。9月7日，傅斯年在会上提出口头质询，其内容分四个方面：
①官吏不能做买卖，曾有法律规定，就是官吏不能直接经营商业，因为官吏经营商业可以利用政治特殊权力做到普通商人不能做到的事……现在举一件实事，就是孔兼部长办有祥记公司，虽然这个公司成立已经很久，但近又继续成立广茂新商号，此由孔家经营之。……现在可否请政府查祥记公司、广茂新商号及一切有无囤积居奇情事，违反国家总动员会议法令情事，并请政府查裕华银行同国家银行往来帐目。清查的结果，报告本会驻渝委员会，同时请驻渝委员会注意这件事情。
②中央银行可以说是一个谜，因为许多情形我们不知道，不过里面山西同乡很多……总之，中央银行的情形，请政府查明报告本会驻渝委员会。这个银行究竟是国家一个机关，抑是私人的结合。是国家的组织，何必一定用山西人。我们希望中央银行国家化，机关化。
③黄金问题。我们知道去年黄金发售，裕华银行买大批黄金。他卖出金价高，买进金价低，这是重庆社会上都知道的。上两个星期，黄金停止出售，而黑市高出一万。又美国借给我们的黄金，据孔副院长报告，这个黄金用飞机运到后作调剂金融之用，请财政部报告美国的黄金运到的多少？要卖的多少？以及每周出卖的情形与以后还卖不卖，运不运？请财政部报告。我们觉得，对于美借给的黄金应用到最需要的地方，不能枝枝节节为私人发财之用。
④黄金储蓄券。去年大家知道，市场上固然有这个东西，据孔副院长说，过去很少买。可是有人过去曾买过却没有买到，而且中央信托局，中央各银行分到孔副院长最近出国之前，以大批储蓄券分送给，在一重要会议之后开秘密会，当场送给大家，人家不受，孔就云：“我暂为你们留着，兑换了再给你们。”这券是国家的不能分送，个人的不必开会，这种情形是否有对国家大员行贿之嫌，我刚才的询问对本会负责，对会外也负法律责任。
傅斯年的质询，财政部给予了答复，但从答复的内容看，有些地方敷衍塞责，有些则给予坚决否认，如有关美金储蓄券的答复就是如此：“美金储蓄券初发行时，多方劝募，购者甚少，嗣因涨价，又争先恐后，此系社会人心关系，一则发财念切，一则可以觇其希望胜利之心。买不到者，或因步入后尘；买得多者，当系捷足先登。至分送黄金储蓄券一节，并无此事。”
傅斯年自然对财政部的答复不满，但从提案的内容看，尤其是关于黄金储蓄公债一事只是了解到了一些信息，还没有搜集到真凭实据。有关此事，我们从傅斯年档案中，看到的两份质询案草稿更能说明此点。傅斯年首先要求对孔祥熙经营的企业进行调查，强调：“法律的规定只有‘兼理事’，但挟著大批资本，且可利用国家银行之通融大批囤积货物是违法……‘法之不行，自上犯之’，“官之失德，宠赂彰也”，所以应自上层起，设立祥记公司有年矣，更设广茂新商号者，裕华银行渝、陕两分行，所有孔氏之各项管业，更设一联合办事处，设于林森路裕华银行三楼，并以其家人为总经理，而梁子美即为重要人物。及其他各银行大量借款”，傅斯年要求对此事进行调查。其次要求对中国农民银行（孔所主持）进行调查，他提出：“去年私提美金储蓄券分配行员，孔自得五万，中央银行及中央信托局均有类似之分配，孔氏此次临行，竟于行政院会定案后，对各部长施行贿赂之云，提出美券五百万津贴各部长作为特别费，当时改开秘密会商量分配后，由各部长拒绝而还。”
抗战期间，国民党政府为了解决战争造成的巨大财政支出，利用各种方式争取国际援助，美、英、苏等同盟国为了让中国在远东战场牵扯日本，给予了中国一定的财政经济援助。但争取到的美、英援助的一部分被孔祥熙等人贪污中饱。对此，美、英政界和舆论界了解许多内幕，他们或利用舆论进行揭露和批评，或通过政界人士发表谈话进行提示或指责。1944年9月，傅斯年将收集到的信息整理后，给蒋介石写了一封长信，利用国外的批评对蒋介石施加影响，要求蒋介石迅速进行改革，惩治孔祥熙等人的以权谋私，贪污中饱。此信长达7000余字，内容共分三部分：
其一，关于美国批评和中美邦交。信中说：
斯年因私事在渝居两月，颇闻国外近对吾国内事有不少批评。思祛心中之疑，曾极力搜集在此可见此类文字，兼访美国近日一般之政论，分解体会之后，以为此等批评之各种背景，与其在外交上可能之影响，不可不恰如其量而推测之，一面无需遇以刺激感情之反应，一面亦应当把握其关键，而以实事答复之。庶几中美合作益臻亲切，而战后之建设得以发挥，即对俄、对共亦予此中获得莫大之助。
傅斯年在这里抓住蒋介石政治、经济都有求于美国帮助，急切发展中美关系的心理，要求蒋介石认真对待美国的批评。信中进一步对蒋介石施加压力，指出：
远在美国作战前，罗斯福总统即已关心中国政治将来之趋势。然则，美国一部分舆论之批评，其确在我所有缺陷者，如不迅速以事实纠正之，听其蔓延，未必不于将来影响邦交上有重大反应。……美国舆论批评中国之项目，大致可分为下列各题：一、办事之无能。二，灾重而不努力救济，反有中饱，遂致动辄有数百万人之死亡。三、通货膨胀，物价不可控制。四、各层之贪污。五、若干部队作战之不努力，及部队中之若干情况。六、所谓***运动。七、所谓准备内战。
傅斯年认为，美国政府得到的中国各方面的信息，比报刊等发表的信息要多不止十倍，其对中国有批评，美国目前采取的政策没有受所获信息的影响，是美国政府识大体，中国政府应当对其批评的事实认真加以改正。
其二，关于内政。傅斯年在信中根据掌握的信息和资料对存在的问题及解决方法进行了论述，其中关于内政部分，信中说：