所谓美金公债案真相是这样的：太平洋战争爆发后，美政府为了稳住中国抗战局面，同意借给中国5亿美元贷款，1942春正式签订协定。孔祥熙决定从5亿美元中拿出1亿美元用作发行美金储蓄券准备，规定中国法币20元可购1美元储蓄券，抗战结束后以此券兑换美元。最初，由于社会上不知此项公债有美金作准备，见其还本还息期长，购买者甚少，到1943年秋，实际售出的美券数额不到一半，后因通货膨胀，官价已达40元法币兑美金1元，黑市上则高至250多元法币购买美金1元，孔祥熙见有利可图，便下令停止出售美元储蓄券，其剩余部分，由中央银行业务局购进，接着由中央银行国库局局长吕咸拟具签呈。签呈说：“查该项美券销售余额，为数不赀，拟请特准所属职员，按照官价购进，符合政府吸收游资原旨，并以调剂同人战时生活”。此呈由孔祥熙亲自批准，并盖了“中央银行总裁”官章。据当时云南劝储分会委员兼主任干事陈赓雅回忆：吕咸取得合法手续后，第一批购买美元券余额3504260美元，照官价折合法币70085200元，全部送给了孔祥熙一人。第二批又购买7995470美元，照官价折合法币159914800元，两批共购进11509920美元，合当时国币近30亿元，去除成本，贪污26.4亿多元，其中孔祥熙一人得70%，其余30%分给了各职员，这就是美金公债案。
傅斯年、陈赓雅等人准备将惩治孔祥熙等人侵吞美金公债的提案提交大会通过，这在参政会引起了强大反响，参政员们议论纷纷，对孔祥熙等人贪污如此大笔款项义愤异常，自然也传到参政会主席团诸人耳内。大会主席王世杰害怕事态扩大，出面找提案人和联署人谈话，劝傅斯年等人不要把此提案正式提出，以免被外人借为口实，攻击政府，影响抗日。王世杰以威胁的口气说：“案情性质尚属嫌疑，若政府调查事实有所出入，恐怕对于提案人、联署人以及大会的信誉，都会有损的。”傅斯年等人不怕这一套，对王世杰说，证据确凿，请不必代为顾虑，丝毫不退缩。与傅斯年私交甚好的陈布雷感到事关重大，恐惧后果严重，向蒋介石报告了此事。他对蒋介石说：“蒋先生，参政员提案，庸之先生鲸吞美金公债。此事言之确凿，恐对庸之先生大大不利。布雷想，当此国难时期，庸之先生趁火打劫，置国计民生于不顾，实在太失公职人员体统……”当时蒋介石叹了一口气说：这事很糟糕，庸之只好辞职，所吞美券只好分期吐出。但是还是不宜在参政会公开提出，一列入提案，对友邦将造成极坏影响，对我们抗战将不予继续支持。布雷先生，我看你是不是以新闻界前辈身份给参政员说一说这种利害关系，就将提案改为书面检举，送给我办好了。陈布雷原想公开触动一下孔祥熙，听蒋介石一说，知其仍想袒护孔祥熙，只好按他的意旨去办，出面找傅斯年和陈赓雅等人谈话。陈布雷见了傅斯年等人后，首先表明自己不是以侍从室二处主任身份说话，而是作为老报人随便谈谈。他先肯定傅斯年等人此举是出于公心，接着话锋一转，说有个投鼠忌器的问题。陈赓雅问何以见得投鼠忌器？陈布雷说：就怕一经大会讨论，公诸社会，美、英、苏等友邦更认为我们是一个贪污舞弊的国家，对抗战不继续予以支持，那么，后果之大，将不堪设想。傅斯年、陈赓雅等人似乎还有点不相信，陈布雷继续说：前此不久，政府决定黄金加价，被财政部高秉坊泄露，掀起轩然大波，友邦朝野人士，啧有烦言，现在不幸又另有一空前大舞弊案发生，必然会引起友邦的更大失望与不满，为抗战招致“失道寡助”的后果，想来也不是大家所愿望的。傅斯年对陈布雷是尊重的，对他的话也是相信的。并且他们此举本是激于爱国之情，如果此事真的有损国家国际威望，这是傅斯年等人内心所不愿的。同时他们也知道，陈布雷所谈决不是他个人的意见，于是便问陈布雷的意见，陈布雷说：我想可以将议案改为书面检举，由主席团负责人亲自交蒋主席查办，蒋主席是会严办的，这样既可达到查办目的，也可照顾到影响。可是，傅斯年等人清楚蒋介石与孔祥熙的关系，担心此事不了了之。决定不列议案，也要找一个适当的方式戳他一下。于是决定在参政员全体出席时提出一个“质询案”。质询案题目为《彻查中央银行中央信托局历年积弊严加整顿惩罚罪人以重国家之要务而肃常案》，其内容是：
谨案。中央银行实为一切银行之银行，关系国家之命脉。然其组织直隶国府，不属于财政部或行政院。历年以来，以主持者特具权势，道路虽啧啧烦言，政府并无人查问。而一有事实暴露，即为触犯刑章。如黄金案主角之郭景昆，已在法院取保矣，而国库局私自朋分成都未售黄金公债一案，至今尚未送法院。由此例之，其中层层黑幕，正不知几许。至于中央信托局，亦每以触犯刑章闻。如前者之林士良案，今者黄金案中钟锷、黄华以下皆涉及。此等机关如不彻查严办，必不足以肃国家之政纪。谨拟办法如下：
一、彻查。由政府派定大员，会同专家，监察院委员，本会公推之代表（必为参政员）彻查其积年之账目与事项，有涉及犯罪之嫌疑者，分别轻重，一律移送法院或文官惩戒委员会。此项彻查人员，得接受人员呈诉之项目。
二、改组。今之中央银行，俨然对国家而独立，实属不成事体，应使其改隶财政部或行政院，以便利政务。中央信托局应予取消，移交其业务于战时生产局。惟取消以前之账目，仍须彻查。两者历年主持之人，在其主持下产生众多触犯刑章之事，应负责一齐罢免。其有牵涉刑事者，应一并送交法院。
决议：本案修处通过，送请政府迅速切实办理。
修正之点：案由“肃官常”改为“维法纪”，办法一“或文官惩戒委员会”删，办法二改为“今之中央银行俨然独立，实属不成事体，应使其改隶财政部，以便利政务，中央信托局应澈底整顿，中央银行中央信托局历年主持人……应负连带责任，一齐撤职……”
傅斯年在大会上提出质询后特别强调：“似此吕咸、熊国清之辈，如不尽法惩治，国法安在。”并郑重声明：他已掌握了此案的确凿证据，他对讲话不仅在会场负责，而且在会场以外也负责，如递交法院审理此案，愿亲到法庭对簿。傅斯年的讲话令全场振奋，掌声雷动。
7月17日，傅斯年专门会见了最初揭发此案并提供证据的两位青年，拿到了关于此案的证据，他勉励两位青年说：“诸君爱国热诚，极可佩，我虽前已同意不在大会提，但此事总当使其发生效力。”傅斯年将所有证据装在一个小匣子里，牢牢地保存在身边，准备在审理此案时提供。对此，傅斯年的好友罗家伦和程沧波都有记述。罗家伦回忆说：“有一次，在重庆为了某一种公债的案子，他在国民参政会发言到结束的时候，郑重声明他这番话不但在会场以内负责，而且在会场以外也负责，他愿意到法院对簿。这话使全场兴奋，可是使我为他捏了一把汗。会后我去看他。问他为什么敢作这样肯定的话，他说：‘我没有根据，那能说这话’。于是他取出两张照片给我看。可见他说话是负责的，绝对不是所谓大炮者可比，也绝不是闻风言事的一流。这种有风骨的人，是值得敬佩的。”程沧波的回忆与此有相似之处，他说：“在重庆时期，有一次在参政会开会前，我好几次到聚兴村他住的房内，看他拿着一箱子，藏在枕头下面，寸步不离，我问他里面是什么宝贝，他很紧张地说，这是他预备检举某大员的证件。”
傅斯年的质询案在参政会顺利通过，此案轰动一时，引起参政会内外的关注，最后蒋介石也过问了此事，亲自召见了傅斯年，“对此事表示极好”，且“主张严正”，自然是严肃处理。7月25日，国民政府免去了孔祥熙中央银行总裁和四行联合办事处副主席两个职务。对此事的处理过程傅斯年在致夫人俞大綵的信中有简单记述，他说：
国库局案，我只嚷嚷题目，不说内容，不意地方法院竟向中央银行函询，最高法院总检察署又给公函给我要内容以凭参考（最近的事）。闭会后，孔祥熙连着免了两职：一、中央银行总裁，二、四行联合办事处副主席。老孔可给连根拔去矣（根是中央银行）。据说事前并未告他。老孔这次弄得真狼狈！闹老孔闹了八年，不大生效，这次算被我击中了，国家已如此了，可叹。可叹。
这一件官司（国库局）我不能作为报告，只能在参政会办，此事我大有斟酌，人证、物证齐全，你千万不要担心！把老孔闹掉，我已为满意，以后的事，在政府与法院，我不主动了。上星期一见蒋先生，他对此事表示极好。上次黄金案之送法院及此事之办法，他的主张严正，只是他的左右每多异论。
傅斯年在揭露中央银行美金公债舞弊案一事，不仅在参政会掀起轩然大波，在社会各界也产生了强烈反响。当时的监察院、最高法院都给予关注，要求对此案侦察立案。7月27日，最高法院检察署致函傅斯年，要求提供书面材料和收集的证据。31日，傅斯年回信，表示愿意到法院说明。信中说：“大驾何日进城，乞先示知地点与时间，当即趋访。又，如法院正式传讯，亦当前往。”8月2日，检察长郑烈复信傅斯年，表示要亲去傅斯年处“面聆教益”，信中表示：“满腔热血，不知洒向何地。此事如得公助，巨憝就擒，国法获伸，当泥首雷门以谢也。”说明孔祥熙以权谋私，贪污腐败已引起公愤。为使在国民参政会迅速办理，避免此案内幕在社会广泛流传，如陈布雷等人所担心的，给国际援助中国抗战造成负面影响，傅斯年于8月8日致函参政会主席团，陈述了最高法院与他接洽的情况，敦促政府从速办理，以免范围扩充。并亲自撰写了《傅斯年在本届参政会大会中提案及询问有涉中央银行国库局舞弊事说明书》，一起呈送国民参政会大会主席团。
《中央银行国库局舞弊事说明书》内容如下：
第一段：
去年秋天（月份已不记忆），政府某部分往歌乐山调查国库局舞弊，全局人员震惊，有多人向外说：某也有分，我未分到，故弄得全山引为笑谈，而城中谣言频起，此时斯年闻关于斯年所提撤查中国银行中央信托局一案，内牵涉中央银行国库局一节及陈赓雅参政员所提关于国库局重大舞弊一事，斯年曾在闭会前有三项声明在案。旋接最高法院检察署七月二十七日渝密第二六七号函，内开：
关于中央银行国库局诈售美金公债事件，闻台端知之甚详，敬乞将此事实先以书面详予见示……检察部长郑烈。
（原件附上）。
次日又来一私人信催问，当即复以非公事之信如下：
晓云先生总检察长勋鉴：七月廿八日惠示敬悉。参政会转来之正式密函昨亦收到。办理中央银行国库局舞弊案，现在闻有下列各机关：
一、政府侦查机关，去年已开始。
二、地方法院，已函询中央银行。
三、参政会，有主席团之决议案。
斯年在参政会闭幕时之声明三点，其最主要之一为将人证、物证呈送主席团转致政府，不向大会宣布，以防为犯人闻之利用。故斯年自亦受一种拘束，在目下仅能将此项资料供给主席团。既承尊示，日内当详细写一说明书，连同附件送达主席团，请其斟酌。然口头说明，自无不可。
大驾何日进城，乞先时示知地点与时间，当即趋访。又，如法院正式传讯，亦当前往。先此奉复。匆匆敬颂。查上文所述斯年之三项声明，其第一项似可解释为斯年受一种约束，即只能送请主席团转达有关机关，故复函言不能直接函述此案情形及送证据于法院。然以后郑总检察长函催不已，或将来访，或径出传票，皆未可知。既由法院正式发动，斯年若不理不到，亦无以自解。此事之最好办法，似可再请政府速办理，以免范围扩充愈大，非斯年始料所及矣。兹将斯年办理此事之经过写一说明书，随函附上。此件应否送交政府法院，仍乞裁夺至荷。此上。
至于歌乐山及城内朋友者凡三次，皆谓系成都未售之票，于停售后，吕局长亲往取回朋分，约二百万美金元，分赃不均，以致走漏消息，云云。
斯年在司法行政部报告后，曾询及检察官这自动检举，即兴此事为例，当时所知，不过尔尔，斯年之彻查中央行案涉及者，亦仅尔尔也。
第二段：
斯年在此口头询问后，参政员陈赓雅前来，以其提案相示，则原原本本，数目字与证件单在，为之大惊，即签名于其上。此案经过主席团种种，今不具述。
七月十五日，有一多年未见之老友见访，谈及此事，谓彼认识发动此案诸人之一，其发动之动机至为纯洁，绝非分赃不均，可否见一见他们。我当即同意。十七日上午，在某处与彼数人中之二见面，证件具看到（最近更看到数次）并由其原原本本说明。彼等去将一切证件给我，尽原有之人已在其一老师处（亦参政员）立下遗嘱，近更频受警告，深恐原物遗失。我当安慰他们云，诸君爱国热诚，不避险难，至可佩。我虽前已同意不在大会提，但此事总当使其发生效力。
以下叙述这几位青年之所说，其所说经斯年他方证明，皆系实情。
吕咸平日在局中，一切用度取给于公，其所行为俨然孔公馆之缩影。彼更使人随便写不合手续之账，亦不以为讳，因习为常故，更恃靠山也。故局中青年爱国之士久感不安，并因记账等事，有与吕氏心腹衡突者。此辈好青年，既不满此等行为，更恐将来事情出来，自己洗刷不清，故有七、八人常在商议。适有债券科主任熊国清之亲笔信稿，为其中一青年所拾得（此人今已出洋），彼辈见之，大为骇异，遂星夜另托一人抄出最重要之账两纸，共推一人向政府某处密告，书凡数上（此一节在八月初彼等方告我），果然来查矣。查之后，全局大惊，谣言四起，而彼等更感不安。此事政府虽调查，而久未办。其中有人颇受恫吓，然彼辈虽未向外声张也，彼辈原不存窃证据抄账目之心，盖若有此心者，所得必更多；而其办法为向政府密告，亦可谓识体者，故挟嫌，分赃不均，在查后散布谣言者或有之，在彼辈无是也。然外间既有传言，其中某一人之师闻之，以关切而问及，乃得知真相，此陈赓雅参政员提案之由，而某一青年之遗嘱，亦交其师。以下节录该数青年密告呈文，真相毕见。
（一）卅一年同盟胜利美金公债，系财政部于卅二年交由中央银行国库局分发各地银行发行，且总额为美金一亿元，折合国币为廿亿元。
（二）卅二年十月十五日，财部函知国库局将该项债票停售，所有估计未售出之债票该五千万元，悉数由中央银行业务局购进，而国库局主管该项业务之少数人员，以近水楼台，因得利用职权，公然舞弊，市价因之狂涨，由廿元迅涨至二百余元，最高价曾至三百元，如按目下市价，更骇人矣。
（三）犯罪之根据：