其二，教育独立观念。在中国现代化过程中，由于西方教育理论不断输入，各种教育学说在中国流行，同时由于中国知识界、教育界的觉醒，对各种教育理论、学说进行研究、融合，形成了许多派别，组合为各式各样的理论体系，又融汇成许多思潮。其中包括教育独立思潮、平民教育思潮，乡村教育思潮等，在这些教育思潮中，以教育独立思潮、平民教育思潮影响最大。傅斯年是教育独立思潮的代表人物之一，他与蔡元培、胡适等人为教育独立进行了长期奋斗。从某种意义上说，30年代以后傅斯年成为教育独立思潮的主将，他一生为教育独立而积极努力。在三四十年代他就强调，教育不独立是办不好的，反对各级政府干涉教育。他晚年任台湾大学校长，此点表现的更为突出。他极力坚持教育独立，反对政治干预。他任台湾大学校长期间，正是国民党政权撤退到台湾初期，这个时期局势混乱，政治斗争激烈，国民党政权为了稳固一隅统治，实行白色恐怖，乱捕乱杀，对台湾大学师生也是如此。傅斯年对此不满，亲自出面和国民党政府交涉，不准军警随便到台湾大学逮捕师生，即使有确凿的证据，逮捕人也必须经校长批准，并且定为一项制度，形成这样一个传统，至今仍继续保留。傅斯年力争这项权利，是他坚持教育独立，摆脱政府控制教育的一项重要举措。当时国民党政府还要求各机关学校实行联保制度，其方法是公教人员自愿结合相互保证，甲保证乙的思想纯正，同样乙也保证甲思想纯正，万一发现有人思想不纯正，除他本人受严厉制裁外，联保者也要受牵累。当局其时也要台大师生办理联保手续，傅斯年出面进行抵制，他一个人进行保证，有问题发生，他愿意负全部责任。其结果在台大没有实行连保制度。傅斯年的这种举措反映了他教育独立的思想，即学校是教育的主要阵地，尤其大学是独立的学术研究和教育的场所，应该具有相对的独立性，政治机构不能随便干预。正如傅斯年去世后台湾的一些报纸所评论：“傅斯年先生长台大两年最大的成就，在保持了学术独立和尊严，扩大了研究空气；但遭遇到最严重的打击、攻讦、阻挠，各种困难也在此。许多不学无术的党棍子，想混进台大，许多翻云覆雨的官僚政客想染指……两年来明枪暗箭，栽赃诬陷，就地打滚，集无耻之大成的各种手段，都对傅先生施用过，而傅先生英勇坚定地决不为所动，贯彻自己主张，且与这些丑恶势力对垒作战。”傅斯年坚持教育独立，目的就是反对政治势力和专制统治者控制教育，把学生培养成自己的工具。傅斯年本人作为大学校长更坚持自己的独立地位，而不似政府官员那样有严格的等级思想。傅斯年教育独立的观念实际上是在某种程度上，包含了中国传统中最有价值的“道德”观念和西方的自由平等观念。
其三，教育机会平等的观念。一般说来，虽然教育本身没有阶级性，并且历代教育家都曾提倡有教无类，教育平等的思想观念。但是实际上教育是阶级统治的工具，在阶级社会，教育始终是为统治阶级服务的。教育平等很难切实实施。傅斯年作为具有自由主义倾向的教育家，虽然他不可能向教育民众化方面走得太远，但他却是一生都在努力实施教育机会均等的理想。从早年他就一再强调贫富人家子弟受教育的机会应是均等的。虽然他自己也认为这在当时是不可能的，但是作为他的理想和追求，他一生都在为实现他的理想积极努力。他在任职中山大学、兼职北大、参与教育讨论时不止一次地提出以多设奖学金的方式，帮助出身贫苦的优秀子弟，使其不失去求学的机会。他在出任台湾大学校长后，更是在力所能及范围内实现自己的理想，他在台湾大学设置了多种奖学金、奖助金，如工读奖助金、成绩奖、台籍贫寒学生救济金等，除此以外，他还多方设法，争取给贫苦学生学习以方便。更为难得的是，他把这一切作为办学的一项目标努力促其实现，他去世前列席台湾省参议会，回答参议员对台湾大学校务的质询，在谈到扩大招生和保留奖学金制度时，他坚决地说：“奖学金制度不应废止，对于那些质资好肯用功的，仅只为了没钱而不能升学的青年，我是万分同情的，我不能让他们被摈弃于校门之外。”并强调说：“我们办学，应该先替学生解决其所有之困难，使他们有安心求学的环境，然后才能要求他们用心勤学。如果我们不先替他们解决，不让他们有求学的安定环境，而只求他们努力读书，那是不近人情。”他说这话当时是有所指的，心情激动，几秒钟后便猝然去世，这几句话便成了他最后的遗言。
（三）教育思想的历史地位
傅斯年作为一个教育家，他的思想境界无法突破其时代的局限，他无力实行教育向社会平等开放，而只是提倡多设奖学金，解决贫苦学生的求学问题，这自然只能惠及极小的一部分人，但他在当时已经注意教育不平等问题，并为此而积极努力，说明他对这个问题已有成熟的观念。而这种思想观念应该说是教育的根本目标之一。
不容否认，傅斯年受阶级和社会的局限，虽然终身没有离开教育界，但无论教育的实践还是教育的理论建树，与同时的著名教育家相比都有所逊色，这主要表现在以下几个方面。
其一，就其教育思想的基本内容来看，傅斯年与蔡元培、胡适、黄炎培、张伯苓等大体是一致的，都属于资产阶级的范畴，在反对封建传统教育，建立新的教育体制和确立新内容方面有着明显的进步性，并且都是教育、科学救国的实践者，都注重教育的目的，想通过教育的功能提高国民素质，促使国家强盛，社会进步。但相对来说，傅斯年的教育思想和实践缺少蔡元培、张伯苓等人开一代教育风气的动荡力，尽管傅斯年的教育思想和主张在某些方面更加激进，但整体上不如蔡元培等人教育思想更具有开创性和影响力。
其二，就傅斯年的社会属性来说，他是一位具有传统意识的资产阶级民主个人主义者，因此，他的教育思想缺少人民性和革命性，虽然主张教育机会均等，但远不像黄炎培、陶行知、杨贤江等教育家那样为民众教育而毕生奋斗，努力使教育向全社会开放，代表广大下层劳动人民的利益，因此他的教育思想也没有这些平民教育家影响深远。
其三，傅斯年虽然一生没有离开教育界，但他教育思想的成熟和系统总结与阐发是在任台湾大学校长时期，这个时期他全部心力都投入教育，并对教育理论进行了认真探讨，正当他对教育深入研究和系统总结时，不幸猝然去世，从而使他的教育思想和理论研究成果没有面世，这不仅使后人深感遗憾，也从整体上影响了他教育思想的厚度。
总之，一个教育家的历史地位主要取决于他的思想价值和对后世的影响，傅斯年教育思想虽然具有某些局限性，但从整体上说，他具有丰富的教育实践经验和自成体系的思想理论，许多思想观点在当时和后世都有一定影响，正如熟知他的人所评论：“我们不能忽略他在几十年以前所注意的许多教育问题，而这些也就是今日正积极谋求解决的问题。同时他在几十年所持的教育制度的改进意见，今日也朝着这个方向进行。因此，我们不能低估他的教育思想的正确度。”的确，傅斯年坚持的一些教育主张和理想后来得到了教育界的重视，对教育领域的改革也有借鉴意义。由此而决定了傅斯年在中国现代教育史上的历史地位。