其二，对以儒家经学为主的教育内容的认识和批判。儒经是中国传统文化的主体部分，也是秦汉以后教育的基本内容和选拔人才的基本依据，几千年来一直为统治阶级所提倡和推崇，直到近现代在思想教育领域仍然有相当的权威性，传统文人将其视为“国粹”而加以保护。批判传统儒学，反对读经成为教育界长期争论的重点问题。而对儒学坚持批判，反对读经的阵营中，傅斯年一直是著名的斗士。早在新文化运动时期，傅就追随蔡元培、胡适、鲁迅等人，对尊孔读经进行了激烈的批判。他在30年代对国民党政府提倡祀孔，宣扬读经，进行了更深刻的批判。他认为：经学从来就是专制统治者愚弄士人知识分子的工具，在现代，经学作为学生学习内容，不可能促使国家强盛、社会进步。他说：“读经从未曾独自成功过，朝代的缔造也不曾真正靠他过，只不过有些愚民的帝王用他笼络学究。”尤其是历史发展到现代，学生迫切需要科学知识，而统治者提倡读经，是背离社会发展方向的。他强调指出：“六经中的社会不同于近代，因而六经中若干立义不适用于民国，整个用它训练青年。不定出什么怪样子，更是不消说的了。以世界之大，近代文明之富，偏觉得人文之精华萃于中国先秦，真正陋极了。”因此，他坚决反对学校读经，主张以现代科学知识作为学生学习的基本内容。
其三，反对压抑个性的传统教育方式。发展和压抑个性是中国近现代资产阶级教育和封建传统教育的重要分歧。传统的封建统治者和教育家都十分重视设置规范，培养人们服从的习惯，极力压抑个性，培养人遵从专制统治，他们强调的忠孝恭敬等都是培养奴性，要求人们无条件服从君父长上，泯灭个性。而资产阶级教育家和民主主义革命家则强调发展个性，独立、自由地认识自然和社会，充分发挥个人才能。傅斯年将这种思想阐发为“为公众的福利，自由发展个人。”从而进一步阐述了个性与社会的关系。为什么要强调个性，傅斯年认为，社会的“善”是“个性”发展的结果。“‘善’是‘个性’发出来的。没有‘个性’就没有了‘善’”。傅斯年一生以此为准则，他的一位学生曾对此评论说：“此种观念，先生不仅言之，且亦身体而力行之，三十年如一日。惟其主张自由发展个人也，故其行则独立，言多谠论，惟其主张为公众谋福利也，故其一生最乐于成人之美，尤乐于指导青年，提携后进。”主张培养和发展个性，不仅是他一生的行为准则，而且是他教育思想的组成部分，也是他教育思想中有价值的成分。
总之，在对封建传统的文化教育的批判方面，傅斯年实际上继承了资产阶级自由主义的立场，在与他具同样阶级属性的人士之中，无论从思想方面，还是立场方面都显得更为激进，对问题的认识也比较深刻，但与初步接受了马克思主义思想理论的人士相比，则难以相提并论，尤其是在分析、认识问题的角度方面表现得更为明显。
傅斯年的教育思想融汇了大量的西方文化教育思想的成分，但是他对西方文化教育思想的态度前后有所变化，这种变化体现了他教育思想的成熟。 傅斯年在北京大学读书期间，开始阅读西方著作，在新文化运动和“五四”运动时期，由于受胡适等人的影响，对西方文化有了更多的了解，开始崇拜西方文化。他曾强调：“现在中国希望制造一个新将来，取用材料自然最主要的是欧美的物质文明，即使物质以外的东西也应该取精神未衰败的外国。”说明他当时对西方文化相当崇拜。留学期间，他对西方文化有了系统的了解，虽然仍注重吸收西方文化，但不再盲目崇拜。李济曾回忆说，留学回国后的傅斯年“认为世界上没有什么东方、西方之分，他向来不用什么东方文化、西方文化这一名词，他认为真理只一个，发现这真理的人不管他是东方人也好，西方人也好。”结合傅斯年回国后的论著，李济的回忆很符合事实。傅斯年经常比较中国人和西方人的异同和文化的优劣，他的结论往往是各有短长，要求中国吸收西方文化和科学技术中进步的东西，借鉴他们的长处，发展自己。他的这种思想观点既是对早期崇拜西方的一种否定，也是对要求全盘西化的人进行的批评。
在教育思想上，他也有着这样一个变化过程，他在欧洲留学7年，对英德的教育状况，教育制度有较多的了解，回国后，他对中国改革教育体制盲目取法美国十分不满，进行了激烈的批评，主张效法德国，在大学实行讲座制，注重学术研究，在基础教育方面设立课程要少而精。晚年他根据自己的教育实践和对教育的研究，提出根据本国的国情，对各国教育选择着学的思想。他阐述自己对西方各国教育的态度说：“我以为，学外国要选择着学的，看看我们的背景，看看他们的背景。当然，定一种制度也和定民法刑法一样，完全求合于当前的环境，便不能促成进步，完全是理想，便无法实行，当然混合一个才好。即如在学校制度上学外国，要考察一下他们，检讨一下自己，欧洲大陆的学校制度，有很多的长处，然而我们没去全学……”傅斯年晚年的这种教育思想应该说是比较科学的。
（二）主要教育理念
就中国现代教育家而论，傅斯年的教育思想在许多领域没有开风气之先，却有继承、发扬光大之功，他所强调的办教育的原则和理想也符合时代和教育的一般规律，可以说他的教育思想自成体系，许多思想适合于时代，具体来说，以下几个方面的思想观念确立了他在中国现代教育史上的地位。
其一，教育兴国思想。每一个时代的知识分子都有自己的使命，而对于这种使命的态度和担负的责任是评价具体人物的基本标准。中国近现代是民族危机严重的时代，因此救国是中国人民最迫切最艰巨的使命，知识分子在这种神圣使命中充当什么角色，担当什么责任是每个知识分子所必须认真考虑的。具体到怎样救国，依靠什么救国则是一些有识之士积极思考和认真探索的。傅斯年是三四十年代教育救国论的中坚分子，他认识到救国首先要改造国民性，提高民众的基本素质和爱国热情，要达到这个目的，只有教育最为有效。他从青年时代决心献身教育事业，一生无悔无怨，实践他教育救国的理想，正因为如此，他作为教育家来说，没有注重探讨教育的具体理论和方法，而一直追求教育的社会效果和目的，时刻注意的是为社会培养和输送有用的人才。他心目中的有用是指有爱国思想和有科学技术知识两个方面内容。首先是具有爱国的思想。他在抗战期间曾检讨教育说：“新教育之表现其力量，这里所谓新教育，专自清季以来之新制而言，尤其着重“五四以来”之开明运动，近几年中之民族主义教育。在今天，回想我们在小学时代——清光绪末年——真正是两个世界了。现在的青年，以考上空军学校，炮兵学校为荣，尤其是在好家庭中之青年，有此志愿，至于一般‘老百姓’，爱国心之发动，更可以看出时代的转变。诚然，受新教育者尚有不少的人去做汉奸，可见在教育上还要努力。但是以百分比例算去，可见目下的局面出在二十年前，或十年前，汉奸要多好些倍。”傅斯年所注意的是新教育对于提高民众素质，抗战救国起了作用，产生了良好的效果，他对此深感欣慰。可以说，傅斯年从事教育主要目的是爱国、救国、动员全国人民努力奋斗，摆脱帝国主义的侵略和奴役，走向独立和富强，他一生为此进行了长期奋斗，做出了重要贡献。