1950年7月，台湾国民党政府调整公教人员待遇，实施实物配给制度，但这种调整有其特殊背景，统治集团借口优先军事，对军政人员的待遇较为丰厚。而对文职人员的待遇有所降低，遭到文职人员的反对。7月7日，当时的行政院长陈诚拜访傅斯年，傅斯年根据自己了解的情况提出了批评和建议，第二天又致信陈诚，批评了调整方案的不当。他在信中强调了写信的三点动机：“一、弟一如雪艇（王世杰）兄等以为今日中国之命运系于吾兄者大，故亟望兄之成功，而不愿见其失败。此办法公布后，两日之间，公务人员人心浮动，弟系薪水阶级，每日接触皆薪水阶级之人，故知之深切。二、弟一向主张军人生活提高，文武一致，原是当然。然文职数少而武职数多，故如减文职之薪水以就武职之薪水，而此时文职人员又恰在生活挣扎线上（不是生产），恐非适宜。且武职多集体生活，如表面平等，事实上可能武职较优也。近数年来官兵生活悬殊，故为军事失利之最大原因。文职下层生活困苦，故精神涣散，纲纪不振。……三、看来办理此事，实有下列几项毛病：（一）兄凭一种理想（即所谓普通配给制），而执行者未曾研究实际情形，执行者并未加以细密的检讨，以减薪为加薪，以不合生活之配给为配给。……（二）办理此事，似与台湾省政府中间彼此有所误会。弟昨闻吾兄言，吴国桢兄以为比台湾省原有待遇高，系指原案有福利费而言，今既去福利费，当然比台湾省现行制低。”傅斯年特别指出：“此项配给办法，在今日军队或可用，在今日公教人员身上，政府浪费多而个人效用小。”傅斯年在信中提出了三项改正和补救办法：“（一）此时政府对此事暂不必再发言论。（二）八月份可因配给机构尚未完成暂缓施行。（三）立即重新研究此问题，并约几位完全靠薪水为一家生活之人士参加讨论。如承不弃，弟愿参加。”傅斯年在信中用语言和列表的形式详细陈述了配给制度不合理的主要方面，降低文职人员生活标准的程度等。傅斯年在信的最后特别强调说：“弟以为今日吾兄施政之成败，系于国家之安危，故弟为公为私，尽其所知，至乞吾兄将此信反复看几遍。有暇电示，当即趋前面陈。”据陈诚回忆，对于傅斯年的批评和建议，国民党政府部分进行了改正。傅斯年的书信一方面说明了他对时政的关心，更重要的是表现了他为广大知识分子和文职人员请命和呼吁的正直品格，表现了他对广大下层人士的人文关怀。
身殉台湾大学
傅斯年任台大校长期间正是台湾的非常时期，他日夜谋划，锐意改革，统筹大政，同时处理繁巨的日常事务。其侄傅乐成回忆说：“他(傅斯年)经常每日在校办公六小时以上，一进办公室，便无一分钟的休息，有时还须参加校外的集会。……他那希望台大赶快办好的意念，竟使他坐卧不安。”傅斯年的秘书那廉君说得更明白，他说：“我可以说，傅故校长这一年零十一个月来，每天除去吃饭睡觉的时间以外，统统是用在台大上头。”傅斯年久患高血压病，本来不堪过分劳累，因此，身体不久便垮了下来。他也知道校长事务繁多，自己的身体难以胜任，曾向朱家骅诉苦说：“你把我害了，台大的事真是多，我吃不消，恐我的命欲断送在台大了。”但是说是说，做是做，面对台湾大学百废待兴的局面，繁巨冗杂的校务，他无法偷懒休息，只好抱着鞠躬尽瘁、死而后已的态度奔走操劳。
1950年春，傅斯年血压猛然增高，亲友皆劝其静养，他置若罔闻。夏天，又患了胆结石，动手术休息几天，尚未痊愈又开始了工作。11月，教务长钱思亮赴法，傅斯年的工作更加繁忙。
12月20日上午，傅斯年出席了由蒋梦麟主持召集的农复会会议，主要讨论农业教育改革和保送大学生出国深造的问题。傅斯年想借机多保送台大学生出国留学，在会上频频发言，提出了许多意见和建议，据蒋梦麟回忆：会议进行两个多小时，傅斯年讲话最多。午饭后他又去省议会，列席省议会第五次会议，此次会议参议员咨询的主要是有关教育行政的问题，多数由教育厅长陈雪屏作答。下午5时40分左右，参议员郭宝基咨询有关台大的问题，包括国民党教育部从大陆运到台湾保存在台湾大学的教育器材的失盗和放宽台大招生尺度问题，这些问题须由傅斯年答复。这两件事尤其是器材失盗之事，使傅斯年相当愤怒。原来台湾大学保存一批由大陆运出的教学器材，结果被台湾大学保管股长杨如萍等人盗卖了一部分，后来被侦破，当时在社会上引起一定反响。此事出在台湾大学，一向疾恶如仇的傅斯年深受刺激，曾在报纸上发表声明，要除恶务尽，清除所有败类。现在参议员再次提起，傅斯年仍然相当激动，引起突发性脑溢血，6点10分会议结束后傅斯年倒在议会大厅，经抢救无效，终于在晚上11点左右去世。
傅斯年去世后，由于海峡两岸正处敌对状态，大陆没有人进行公开评论，而台湾与海外对于他的评论甚多，这里选两个较有代表性的人士的议论：一位是台湾自由主义知识分子的代表殷海光，亦是《自由中国》的主要撰稿人，他与傅斯年都具有强烈的自由主义倾向和主体意识，对傅斯年的思想和行为有着更为深刻的理解与认识，在《自由中国》第四卷第二期发表了《我忆孟真先生》，对傅斯年在台湾的行为和代表的思想倾向进行了评价。他说：“我之所以怀念孟真先生，因为他是一个人，而且是一个有是非之心的人；因为他是一个读书人，而且是一个有至大至刚之气的读书人。……他虽然与政治圈子接近，但他不独没有染上一丝一毫官僚习气，而且他的心还是书生的心，他的想法还是学者的想法，更不用说他不曾利用这些机会来猎取一官半职了。”在殷海光看来，傅斯年是台湾学术自由、教育独立的代表人物和实际维护者，是独立于专制统治集团之外的一种力量。他在文章中叙述说：“傅先生之死，使我们感触起我们读书人底命运。这十几年来，我们读书人安身立命之处何在？学术思想自由又在那里？……在这样的情境之下，读书人底困厄若此。而孟真先生则为我们打前锋，站在困厄的最尖端，他坚毅而勇敢地翼护着我们。我们因他的奋斗才享受到些许残余的学术思想自由。他竟猝然撒手归去，哪得不使我们惶惧？为了谨护这点香火，他底处境是太困难了。几股逆流在环伺著他。若是别人，早已倒下了。……在这种势力左右之下，在这种氛围的压力之下，孟真先生要使学术思想独立以求这点香火不致熄灭，该是多么困难？该劳了多少神？该操了多少心？孟真先生一方面要保持学术机关的存续，另一方面要保持学术思想独立而不被‘化’掉。这是一两难（dilemma）。这样的两难，是民主国家办教育的人所没有遭的特殊困难。我不敢说，在这特殊困难之下他已百分之百地做到了学术思想独立。在事实上，目前处于这种环境之内，这是不可能的。然而，孟真先生在主要的分寸上做到了。”很显然，殷海光视傅斯年为台湾地区学术独立、思想自由的维护者，也是自由主义的代表。
另一位是台湾政要，时任行政院长的陈诚。傅斯年去世后，陈诚在回忆录里有这样一句话：“假使斯年多活几年，对于我当有更多的匡正，这四年行政院长下来，也许比现在还能有一点成绩。”由此可以看出傅斯年参政议政方面的作用，傅斯年与陈诚私交公谊都比较密切。就私交而言，傅斯年与陈诚二人虽然没有多少渊源关系，但是两个家庭却有较深的世谊。陈诚的岳父谭延闿和傅斯年的岳父俞明颐都曾长期在湖南任官，关系密切，成为世交。据俞大綵回忆，陈诚夫人的弟妹谭季甫、谭韵寄住俞家读书，与大綵、大纲“朝暮相处，情同手足”，一起上学、玩耍，成年后亦经常往来，关系密切，陈诚和俞大维关系也非同一般，虽然傅斯年与陈诚都没有专门谈起这层关系，无疑这层关系对两人合作、互相倚重应有影响。
就工作关系而论，陈诚与傅斯年是国民党政权败退台湾前安置在台湾军政界和文化教育界的两个骨干人士。陈诚初入台时，是蒋介石的重要助手和依靠对象，先后委以台湾省主席、行政院院长、副总统等重要职务。傅斯年改造台湾大学，在财政方面得到陈诚的许多支持。傅斯年对台湾的政治和经济建设也积极建言献策，二人合作得相当好。陈诚初入台时，认识到台湾是国民党政权残余力量的最后据点，很想对台湾进行改革，促进台湾的社会经济发展，与文人学者和带有自由主义倾向的国民党官员王世杰、胡适、梅贻琦、蒋梦麟等人有所交往。50年代后期，蒋介石父子对陈诚开始猜忌，而陈诚与胡适、梅贻琦、王世杰等学者官僚交往成为蒋介石猜忌的重要原因。傅斯年如果在世，自然也和胡适等人一样，成为蒋介石父子猜忌和打击的对象。我们可以把这种关系变化看做国民党政权到台湾后坚持独裁，与胡适、傅斯年等要求民主、自由、平等理念的冲突。
主要教育观点及历史地位
（一）傅斯年教育思想的形成
傅斯年一生几乎没有真正离开教育领域。从5岁入私塾，接受中国的传统教育，到天津中学、北京大学接受新式教育，然后带着献身学术教育的志向到欧洲留学7年。留学期间，他一方面在学术上广泛涉猎，兼收并蓄；一方面对西方的教育体制和内容进行了考察，回国后立即投入教育事业。从整体上说，他回国生活的20多年中，教育实践和理论的探讨是他的主旋律，具体又分为两个阶段；
1926～1936年的10年中，他通过在中山大学和北京大学进行教学实践和理论研究，教育思想逐步形成。这从他参加30年代关于教育讨论的论文中可以看出，在讨论中，他对教育改革的思想观点明显表现出两种倾向：第一，知识教育与社会需要相联系。他在这个时期已基本确立了高等教育是学术教育，中等教育是职业训练的思想。他对当时教育与社会需要相脱离的现象进行了批评。尤其是对当时还严重存在的传统士大夫教育心理进行了深入的探讨和批判，并提出了改革意见。其中许多意见是符合社会实际和高出一般人认识的。第二，教育与救国相统一。尽管傅斯年教育思想的主要倾向是用教育救国医民，但是具体到这个时期又有其特殊的背景，尤其是1931年“九一八”事变以后，日军侵占东北三省，又迅速向华北渗透，民族危机空前严重，更使人忧虑的是中国一些下层民众麻木不仁，缺乏民族自尊心，一些上层分子对日一味妥协，甚至有些人卖身投靠，作了汉奸。挽救民族危亡成为当务之急也是一切爱国人士活动的中心。傅斯年在当时参与筹备《独立评论》，撰著了大量的文章。他在《独立评论》发表的文章主要有两类，一是讨奸御寇，一是对当时教育状况与内容展开讨论，呼吁教育改革，把教育与救国密切结合起来。并具体探讨了教育如何唤醒民众，提高民众基本素质等问题，为抗日救国做思想上和精神上的准备。
1937～1950年，是傅斯年教育活动的第二个主要时期，这个时期他先后任西南联大常委、北京大学代理校长和台湾大学校长。由以前的教授转变为教育行政领导人，这种在教育上角色的转变使他与教育有了更密切的关系，从某种意义上说，他在二三十年代对教育的讨论和研究是一种良心的驱使和义务，而这个时期对教育的研究，尤其是对高等教育的研究是一种责任和使命。前一个时期尚有着随意性，而这个时期则更多的是自觉性。再加上这个时期又是社会的转折期，社会动荡，学生心理复杂，他在解决实际问题的过程中积累了一些经验教训，为他教育研究提供了素材。因此，他的研究更加深入，他的教育思想在这个时期开始成熟，形成了独特体系。可以说，他的《中国学校制度之批评》一文，既是他对教育研究的结晶，又是他教育改革的理想方案。这个方案是有相当的科学价值的。有些教育设想在现代教育中已经实施，有些仍具有借鉴作用。
傅斯年教育思想形成的过程，是教育实践和理论研究相互促进的过程，理论随实践的深入而不断深化和完善，而随着教育理论和观念的深化，教育实践也不断深入，更能深层次地适应社会，两者有机结合，互相促进，从而使傅斯年的教育思想具有较高的价值。
傅斯年虽然在早年接受了系统的传统教育，但他思想的成熟和定型基本上是在新文化运动时期，也就是说，他主要是在对传统教育思想批判和否定的基础上确立自己教育思想体系的。正因为如此，他对传统教育基本上是采取否定和批判态度的，在以后长期的教育实践中，对封建传统教育的批判和改革成为他教育思想的组成部分。
其一，批判传统读书做官的士大夫思想意识。历史证明，改革行政体制容易，变革思想意识困难，这在中国的近代教育的变革方面表现的特别明显。清朝末年，一些具有新思想的人士认识到封建传统的教育和科举制度不改革势必导致中国亡国。清朝统治者迫于内外压力，开始设立新学堂，学习西方，改革教育内容，但是从学生到社会，思想意识并没有多少改变。辛亥革命后，孙中山自信地向教育界宣告：“今破坏已完，建设伊始，前日富于破坏之学问者，今日当求建设之学问。”民国政府对教育体制进行了一系列改革。蔡元培出任第一任教育总长，提出五育方针，废止尊孔读经，倡导男女同校，试图改革教育的传统思想意识，但自袁世凯执政，封建传统的教育内容和思想意识又有所恢复。这种状况使许多教育家认识到：几千年的封建教育，以儒家文化为主要内容，以培养仕宦之才为主要目的，由此而产生的重道轻艺，贵义贱利，读书做官的教育观念和价值取向，已经广泛地渗透到社会各阶层，形成了一种深沉的文化心理积淀。要改革教育，必须首先改变旧的思想意识和观念，至少要与教育体制和内容改革同步进行。傅斯年早在青年学生时期，就认识到中国的所谓新式教育，实际上仍是传统封建教育的继续。他在30年代曾深刻地指出：“中国的学堂教育自满清末年创办的时候起到现在，从不曾上过轨道，而近来愈闹愈糟，直到目前，教育界呈露崩溃的形势”。其根本原因是“学校教育仍不脱士大夫教育的意味”。他认为改革教育必须重视改革传统的士大夫思想观念。“去遗传的科举思想，进于现世的科学思想；去主观的武断思想，进于客观的怀疑思想；为未来社会之人，不为现在社会之人；造成战胜社会之人格，不为社会所战胜之人格。”只有教育思想意识的改革才能促使教育彻底改革。从此以后，改革中国传统的士大夫思想观念就成为傅斯年在教育方面的重要主张。