傅斯年早年就主张教育独立，强调教育自身的发展规律，政府不应过多地干预。他一再强调教育不独立是办不好的。他出任台湾大学校长以后，更是积极争取和努力坚持教育独立，反对政府对教育过多地干预。
他任职期间，整个台湾相当混乱，国民党政权为了巩固在台湾的统治，实行白色恐怖，乱捕乱杀，稍有嫌疑，就有被逮捕屠杀的危险。对台湾大学也是如此。傅斯年到任不久，台湾发生了学生运动，台湾当局大肆逮捕学生，史称“四六”事件。傅斯年对当局不经任何手续到台湾大学逮捕师生十分不满，亲自找国民党最高当局进行交涉，要求对学生不能进行武力镇压，保证“不能流血”，结果被逮捕的学生没有一个流血的。在傅斯年的干预和交涉下，多数学生交家长领回，部分又送回大陆，保证了学生的生命安全。事后，傅斯年又与当局严正交涉，要求宪警没有确凿证据不能随便到台大捕人，即使有确凿证据逮捕台大师生也必须经校长批准，并且相约成为一项制度。有文字记载，蒋经国当时曾负责军警特宪事务，他要台大某人资料对某事调查，也只好找傅斯年交涉，专门写信要求。信中说：“孟真先生道鉴：兹派员前来洽取于某有关文件，即请面交带回，以供系考。”当时人的一些书信和回忆文章都说明，军警宪特到台大不能肆行无忌。傅斯年力争此项权力是他坚持教育独立，摆脱政府控制教育的一项重要举措。
当时国民党政府还要求各机关学校实行联保制度，其方法是公教人员几人相互监督，相互保证对方思想纯正，没有染上共产思想，万一发现联保中有人思想不纯正，保证人都要受连累。台湾省当局也要求台湾大学师生办理这种手续。傅斯年出面对国民党当局说：凡是在台湾大学任教和服务的教职员每个人都思想纯正，没有“左”倾思想，他一个人可以保证，有问题发生，他愿意负全部责任。结果台湾大学没有实行联保制度。当时有些人攻击台湾大学有些院长系主任是“共党分子或亲共分子”，说他们把持的院系是“共产党细菌的温床”，许多学生受其影响。傅斯年对此公开发表文章进行反击。傅斯年这些行为都是他教育独立思想的外在表现。正如他去世后台湾的一些报纸所评论：“傅斯年先生长台大两年最大的成就，在于他保持了学术独立和尊严，扩大了研究空气；但遭遇到最严重的打击、攻讦、阻挠，种种的困难的也在此。许多不学无术的党棍子，想混进台大；许多翻云覆雨的官僚政客想染指……两年来明枪暗箭，栽赃诬陷，就地打滚，集无耻之大成的各种手段，都对傅斯年施用过。而傅先生英勇坚定地绝不为所动，贯彻自己主张，且与这些丑恶势力对垒作战。”这种评论反映了傅斯年在教育方面的立场和行为，坚持教育的相对独立，与干涉破坏教育的邪恶势力做坚决斗争。
傅斯年作为大学校长更重视自己人格的独立，不像政府官员那样具有严重依附和等级思想。傅斯年一生不论从事学术研究，还是教育行政，甚至从事各种社会活动都努力保持个性独立，他的行为在某种程度上代表了中国传统中最有价值的“道统”观念和西方的自由平等思想，他要求教育独立，并为之努力奋斗，在当时是可贵的。
参与台湾政治
（一）与《自由中国》的往来
1949年1月19日，傅斯年赴台湾就任台湾大学校长。胡适与傅斯年分别后由南京到上海，住在老朋友陈光甫家中，正好王世杰和雷震也在上海，住在上海贝当路14号章剑慧家中，两处相距不远，三人经常在一起谈论时局。他们虽然认识到国民党政权败局已定，但还幻想国民党政府能保住长江以南半壁江山，他们三人都是具有自由主义倾向且在国民党政权任职的知识分子，他们不甘心国民党政权彻底灭亡，很想帮国民党政权做些舆论宣传工作，挽救人心。胡适、雷震、王世杰三人商定办一种刊物或报纸宣传自由、民主，监督国民党政府，同时对抗中国共产党的舆论宣传，为国民党政权争取人心。雷震和王世杰将此设想报告蒋介石，并得到蒋介石的认可。
1949年4月初，胡适赴美，雷震、王世杰等人先后到台湾定居，开始《自由中国》杂志的具体筹备工作。4月16日，胡适在赴美的船上致信杭立武、王世杰、雷震，附有为《自由中国》撰写的宗旨，并在信中特别推荐傅斯年说：“请不要忘了傅孟真是作文章的大好手”。在以后的筹备中，傅斯年应邀参加。10月26日，雷震、傅斯年、陈雪屏、毛子水在一起聚餐，决定先出版两期，胡适任发行人，雷震为社长，毛子水任总编辑。胡适、傅斯年、杭立武、罗家伦等为发起人。11月20日，《自由中国》第一卷第一期（创刊号）正式出版。胡适撰写的《自由中国》的宗旨放在第一页。其内容可以概括为两个方面，其一是监督、督促国民党政权进行改革，如强调：我们要向全国国民宣传自由与民主的真实价值，并且要督促政府（各级的政府），切实改革政治经济，努力建立自由民主的社会。其二是抗俄反共。其中刊载的第二篇文章是傅斯年的《自由与平等》，在本期的封底刊载的《给读者的报告》中对傅斯年及其文章进行了重要介绍。其中说：“傅斯年先生的《自由与平等》一文，题目虽极普通，但内容有傅先生独到的卓见，极为宝贵，愿读者注意，傅先生校务繁忙，因之傅先生的文章得来不易，但傅先生为本刊的主要撰稿人之一，以后当常有文章与读者相见。”在《自由中国》创办的初期，胡适、王世杰、雷震等人纷纷出面要求傅斯年参与《自由中国》杂志事务，胡适远在美国，多次致信雷震等人推荐傅斯年，王世杰也致信胡适，要求胡适、傅斯年积极为此刊的发展出力。如1950年3月，王世杰致信胡适特别强调说：“似乎《自由中国》期刊可以即时改进。此则非兄及孟真十分负责，终不能大大改观”。傅斯年先后被《自由中国》杂志社聘请为社论委员会委员和常务编纂等。傅斯年也确实积极参与《自由中国》事务，在主持台湾大学的繁忙工作中，积极抽时间为《自由中国》撰写稿件，分别在《自由中国》第一卷第三期发表了《苏联究竟是一个什么国家？》，第二卷第四期发表了《我们为什么要抗俄反共？》。傅斯年发表的三篇文章的主题思想是一致的，即督促国民党政权认清形势，改革独裁政治，逐步向自由、民主和经济平等方面改革，同时具有反苏反共的色彩。
《自由中国》创刊一年，傅斯年去世。《自由中国》的总编辑毛子水是傅斯年的同学、好友，在1950年12月25日出版的《自由中国》第四卷第一期发表了《傅孟真先生传略》，并在传略后面特别说明：“傅先生是本刊发起人之一。他的突然弃世，固然是国家的大损失，亦是本刊的大损失。承雷儆寰先生的催促，匆匆草成这个传略，以为青年学生矜式嘉言懿行的取资。”说明傅斯年与《自由中国》杂志具有密切的关系。
（二）拒不组党结派
傅斯年一生坚持参政不从政，参政也只是根据自己的意志，怀着为国家、民族的利益尽责尽力，虽然他的认识和个人意志时有偏颇，其晚年言论行事也有许多错误，但应该说其人生信条和动机有其合理性。
1946年，国共和谈破裂，内战爆发，国民党政权迫于美国的压力，为敷衍国内各种政治力量，决定召开国民大会，实施所谓的宪政，一些具有自由主义思想倾向的知识分子和各界有关人士开始积极活动，互相联络，试图组织政党，和国民党相抗衡。傅斯年对国民党政权的政治属性和性质有比较清醒的认识，坚持不组党，以自由主义知识分子的身份参政议政，他的这一思想原则一直坚持到去世。
1947年3月，蒋廷黻将组织政党的意向和党纲草案寄给傅斯年，希望就政党问题同傅斯年讨论，信中说：孟真我兄，兹送上近日草拟的党纲，名称及党纲各均应切实检讨修正，弟不过提案以作讨论的资本，并籍以试探究竟吾人政见异同到什么程度，至于策略方面，弟主张不参加联合政府，现在参加者均将丧失其反对党资格，吾人即可以政府的反对党露面，反对党有其作用，现在当有许多人不太明瞭，在目前阶段中，我们可以尽这点教育责任，请您费点时间仔细想想，于便中把您的感想写给我。蒋廷黻所附寄的中国社会党党纲共6款20条，其中一二两款是所组党的性质和目标，其主要内容是：“一、我们相信中国的政治发展应循民主的路线。牺牲民主政治或假借民主政治的名义以达其他目的都是我们所反对的。1．法律应由人民代表制定，大政方针应有人民代表的赞同。2．政府应切实尊重人权与民权。二、我们相信中国的经济发展应循社会主义的路线。国家的富源及其开发的收益不容少数资本家或地主垄断。1．农民及劳工生活的改善及其地位的提高应视为一切经济设施的主要目的。2．工商业所有独占性及支配性者应定为公管。3．累进的所得税、遗产税及过分利得税应切实征收，财产所有权的契据应具载所有者的真实姓名或政府注册的法人名称，否则不得享受法律的承认与保障。”其余各款则是较为具体的政治、经济、教育等方面的政策与措施。
从蒋廷黻起草的中国社会党党纲来看，其主要内容与傅斯年的政治理念有许多相通的地方，其最基本的是政治民主，经济平等，尤其是经济方面“循社会主义路线”，与傅斯年所强调的自由社会主义思想理念基本相同，但是就现在掌握的资料，傅斯年对此没有任何回应，说明傅斯年对组建政党不感兴趣。
国民党政权败退台湾前后，一些具有自由主义倾向的知识分子又开始酝酿组党，与国民党相抗衡，其中包括雷震和当时在国外任职的蒋廷黻等人。实际上雷震等人创办《自由中国》杂志，是他们所谓建立“自由中国大同盟”，从事自由中国运动的一项措施，他们想拥护胡适为领袖，胡适不同意。再加上胡适迅速赴美，在台湾的雷震、杭立武等人与傅斯年商议先建立《自由中国》杂志社，出版《自由中国》半月刊杂志。正当雷震、毛子水等人努力办《自由中国》杂志时，蒋廷黻在美国又发起了组建“中国自由党”的行动。为什么蒋廷黻如此热心组建反对党呢，这应从他的思想倾向和社会地位去认识。
蒋廷黻当时任国民党政府驻联合国首席代表，目睹国民党政权败退台湾，想再组织一个有现代作风、有作为的新政党，与国民党相抗衡。一位同时在美国纽约的人士回忆说：“他（蒋廷黻）要组织中国自由党，想推胡适为领袖，并以自由中国主义为号召。……他当时的构想是要仿照英国国会制度，把立法院变成两党对立的国会。他说政府迁播台湾以后，国家大政不应由一党‘包办’；青年、民社二党既不能表现反对党的力量，他那个自由党便可应运而生，成为一个和国民党分庭抗礼的政党。他又说他已透过他的友人，征求美国国务卿艾契逊和英国外相贝温的意见，还得到他们二人的鼓励。”蒋廷黻为组党进行宣传，起草了《中国自由党组织纲要》（草案）并在美国召开记者招待会进行公布，当时王世杰之子王纪五正在美国，便将此草案寄给王世杰。雷震等人看到后，便在《自由中国》杂志第一卷第二期，第二卷第二期进行了全文刊载，《中国自由党组织纲要》的内容主要包括两方面，一是反共，二是反对国民党独裁，其在“宗旨和目标”中明确规定，（一）保存中国国家的独立；（二）发展民主政府，保障个人自由；（三）反对一党专政，实行法治。蒋廷黻宣称组建中国自由党，拥戴胡适为领袖，所起草的自由党组织纲要在《自由中国》刊出后在台湾引起了强烈反响，台湾具有自由主义倾向的知识分子将《自由中国》杂志以胡适作发行人和蒋廷黻要组建“中国自由党”拥戴胡适为领袖联系起来，认为胡适要领导台湾自由中国运动，雷震在致胡适的信中曾谈到舆论界的反响，他说：“《新闻天地》附会这两件事有关联，他的题目是〈胡适、自由、自由党〉，开头就说‘胡适提倡自由主义不是一日之事，由自由主义进而组自由党，也不是一件传闻的新闻，但是从我国堂堂正正驻联合国代表团长蒋廷黻在成功湖宣称，却是一个道地的新闻，何况适逢其时的，由胡适为发行人的《自由中国》半月刊正在此时于台北出版谁说天下没有这样的凑巧的事。”雷震在信中对胡适领导自由中国运动既高兴又有所担心，在致胡适的信中反映了自己当时的心情，信中说：“《中国自由党章程》已拜读，先生愿出来领导，使爱好自由人士以十分的兴奋。既名为党，则不能不讲组织，广纳自由人士于一组织之内，这是万分万分困难的事，希先生对此点特别注意。”其实蒋廷黻组建“中国自由党”拥戴胡适为领袖，自己实际负责只是一厢情愿，胡适并没有同意，后来明确拒绝了蒋廷黻的要求。赖景湖曾回忆说：蒋廷黻找他谈合作组建自由党的“几天后，我看见胡先生，复以中国自由党的事相问。他很郑重的对我说：‘我对政治无兴趣，怎么会去做党魁？蒋廷黻要组党，那是他个人的事，与我无涉’”而对台湾雷震等人要求胡适领导台湾的“自由中国运动”也进行推辞，在雷震等？说囊辉僖笙拢释萍鲈谔ㄍ宓母邓鼓旰驮谙愀鄣墓嗣嫌嗔斓即耸拢歉邓鼓暌裁挥胁斡氪耸隆＠渍鸶实男胖性得鞔耸拢担骸霸僬撸杂芍泄硕蛳壬黄鹁ⅲ圆荒芸迹邸⑻ㄒ话阒就篮现耸考扒嗄暄ё樱质Ｏ壬萍鲋耍缑嫌唷⒚险媪较壬疾辉傅Ｈ未斯ぷ鳎嫌嘞壬＠鲜邓担杂芍泄硕绶窍壬隼戳斓迹悦挥邢Ｍ！痹诖送保ㄍ宓囊恍┳杂膳扇耸亢驼捕备邓鼓曜榻ǚ炊缘常邓鼓晔贾彰挥写鹩Α？
不组党结派是傅斯年的素愿，在这一点上他和胡适是相同的。他们都坚持自由主义的理念，为国家和民族的进步，社会发展尽职尽责，而对组党结派从事实际政治，尤其是以党派为工具，争取实际从政没有兴趣。傅斯年在台湾岁月中的实际作为充分证明了这一点。
（三）关心民间公共权益
傅斯年曾对殷海光说过意味深长的一句话：“我愈离开政治中枢愈是向心的；愈接近政治中心便愈厌恶。”很显然，傅斯年在接近国民党政府统治集团核心时，了解其内幕事情，对统治集团专制腐败勾心斗角，互相倾轧等丑恶现象知道的越清楚，越多，自然越产生厌恶心理；疏远一些，不闻不问，眼不见心不烦，自然心理上安然一些，应该这句话反应了傅斯年在台湾时期的内心世界。但是，傅斯年不是躲进书斋，不问世事的学者，而是具有自由主义倾向，不能忘情社会的知识分子，所以他对社会不公平的事往往进行激烈批评，为民众抱不平，仗义执言，与当政集团进行斗争，傅斯年的这种行为在台湾期间仍时有表现。