临去徘徊
傅斯年1949年1月正式就任台湾大学校长，1950年12月去世，他任台湾大学校长近两年的时间可以看做他一生的最后岁月。他这个时期的所做所为，过去大陆了解甚少，记载颇多讹误。近几年随着资料的面世，对傅斯年这一段生活有了较多了解，这里就主要行为进行论述。
1948年冬，国民党政权在大陆败局已定，开始着力经营台湾。而台湾大学校长庄长恭到任不到半年，一来感到台湾大学人事政务难以处理，二来不愿意长期留在台湾，乃悄然离职携眷返回上海，让杜聪明代理校长。国民党当局为安定台湾，权衡再三，决定让傅斯年出任台湾大学校长。傅斯年于1948年8月从美国治病回国，临行时美国主治大夫特别叮嘱其回国不要担任繁巨行政职务，如果操劳过度，高血压病很容易复发，后果将不堪设想。傅斯年回国不久，就开始为主持史语所及其重要文物迁台事务而东奔西走，身体已感不堪重负。教育部长朱家骅要其出任台湾大学校长时，傅斯年立即严词拒绝，但朱家骅并没有改变决定，亲自找傅斯年晤谈，又让傅斯年的几位朋友轮流规劝游说。1948年11月傅斯年勉强接受了任命，但并没有前去上任，仍处于徘徊状态。
1948年元旦之夜，南京城中失去了往年节日的喧嚣，呈现出凄惶不安的景象，此时胡适正从北平回到南京，傅斯年与胡适聚会共度岁末，两人置酒对饮，相视凄然。一面饮酒，一面谈论时局，尽管两人都是民主人士，但与国民党政权关系较为密切。他们目睹国民党政权军事失败，政治孤立，既痛恨国民党政府腐败无能，又为自己的前途命运担忧。二人同时低吟起陶渊明的《种桑长江边》。回首数十年之往事，奔走操劳，艰苦努力才取得了抗战胜利，可是国共内战又起，他们虽然曾为国共和谈斡旋奔走，但最终没有阻止这场战争。在国共之间，他们一直把国民党政权视为合法政权，以在野的身份参政议政，而目前国民党政权失败已成定局，自己何去何从，难以决断。瞻念未卜之前途，留恋乡土之情顿生，思前想后，两人都十分伤感，不禁潸然泪下。
在傅斯年徘徊不定之时，台湾有关人士函电交加催促其迅速上任。庄长恭12月15日致函傅斯年，要求傅斯年迅速赴任，办理交接手续。杜聪明于12月18日、20日分别致电、致函傅斯年，要求傅斯年早日命驾，到校主持。陈诚于1月5日就任台湾省主席，同日致电傅斯年，要求傅斯年迅速赴任，电报说：“弟已于今日先行接事，介公深意及先生等善意，恐仍须有识者之共同努力，方能有济。弟一时不能离台，希先生速驾来台，共负矩艰。”陈诚与傅斯年私交甚好，他的催促，傅斯年是必须认真考虑的，傅斯年平时办事以干脆、有决断著称，这次因关系他个人后半生的前途命运，所以格外慎重。他将自己关在一个房间，三日三夜未出房门，绕室踱步，反复吟咏、书写陶渊明《种桑长江边》的诗句，考虑去留问题，最后决定暂且去台湾就职，但仍怀有去看一看的思想。他原想带全家去台湾，并且已买好了机票，但临行时决定，把部分亲属留下，退掉了机票，对他们说：共产党对文人还是要用的，我可能很快就回来，临行又把许多图书、家产留了下来。1月19日，傅斯年只携带部分亲人和主要生活用品乘飞机去了台湾。次日到台湾大学就职，并继续兼任历史语言研究所所长职务。
整顿台湾大学
台湾大学是日本占领台湾时期于1928年建立的，原名日本台北帝国大学。日本建立此学校的目的是对台湾人进行奴化教育，所聘用的教职人员多是日本人，其管理和教育都是采用日本模式。1945年日本战败投降，11月由中国接收，改名国立台湾大学，由罗宗洛出任校长，由于日籍教师大部分撤走，师资缺乏，再加经费困难，罗宗洛任职不久辞职，其后陆志鸿、庄长恭继任，三人任职长的不到二年，短者仅数月。台湾大学在日本人撤退时，就是一个烂摊子，接收重建以来，校长频繁更换，没有得到很好治理。
傅斯年就任时学校内部管理一片混乱，外部台湾政局动荡，国民党军政人员及其家属大量撤往台湾，其中许多大、中学学生被裹挟入台，要求入学就读的学生骤然增加，学校难以容纳。傅斯年就任后决心全面整顿，其整顿和改革内容主要集中于以下几个方面：
（一）整顿教师队伍
傅斯年长期从事高等教育，对高校中师资队伍的重要性有深刻的认识。他曾强调：大学以教授胜任与否为兴亡所系。他对此阐述说：“在行政的事项，一件事人才半充实，也许可以作到四分之三充实的成绩；在学术事业，则一分人才一分成绩，半分人才，半分成绩，毫不含糊。校长坏了，固然可以把学校弄得很糟；校长不坏，也没有法子把学校弄得格外的好。学校的好不好，糟不糟，只是一句话，人才集中不集中。”日籍教师撤离后，台大教师很少，又因台湾是穷僻之地，与大陆有海面相隔，局势又不稳定，大陆学者教授一般不愿赴台任教，故高层人才奇缺。而同时，大批军政人员撤至台湾，许多人官场失意，欲进入台大任教，也有一些政府官员由于各种原因想到台湾大学兼职，而这些人多是学无专长，仅依仗权势或辗转请托谋求教职。傅斯年针对这种情况，排除种种干扰，坚持以才学取人，对各种请托严加拒绝。他曾对各界公开声明，聘任教师只注重学术水平和工作能力，而不考虑其他因素，坚决不接受因所谓积极反共或官场失意的“贤士”到台大任职。他说：“这半年以来，我对于请教授，大有来者拒之，不来者寤寐求之之势，这是我为忠于职守应尽的责任，凡资格相合，而为台大目前所需要者，则教育部长之介绍信与自我介绍信同等效力；如其不然，同等无效。” 他到任不久，便在主持的第一届校务会议上制定了《“国立”台湾大学教员聘任及升级标准》，标准共六条，其中最主要的一条便是：“教员新任及升级根据学术成就、贡献(见于著作或发明者)及年资、教学成绩为准。”又专门建立了“聘任资格审查委员会”使教师聘任规范化、制度化。按规定，要聘任一位教师，先由院长与系主任商议，向校长提出；或由校长委托院长考虑，经院长同意，然后提交学校行政会议讨论，通过后送“聘任资格审查委员会”。这样经过反复审查，才能决定某位教师是否被聘任。
由于傅斯年到任时台湾大学师资十分缺乏，为提高学校教学质量和学校名望，傅斯年利用仍兼任历史语言研究所所长的特殊条件，聘用了研究所的一些专家学者到台湾大学教课。如著名学者李济、董作宾、凌纯声、芮逸夫、高去寻、石璋如、王叔民等都曾受聘到台大任教。傅又利用自己在学术界的声望从大陆各地罗致和吸收了一批知名学者如历史系的刘崇宏、方豪、陶希圣，中文系毛子水、屈万里，哲学系方东美，外文系英千里、赵丽莲，化学系钱思亮、张仪等。这些人皆学有专长，在各自的学科领域颇有建树。再加上原有教授，台湾大学在不长的时间内成为师资队伍阵容整齐的综合性大学。
（二）严格招考制度
在台湾光复之初的几年里，台湾大学由于日本人撤退以后许多管理制度、章程废除了，新的规章制度尚没有建立，所以教学管理十分混乱，招生考试马马虎虎，请托作弊现象严重，学生良莠不齐，许多学生只要考得入学资格便万事大吉，吃喝玩乐，不认真学习，学校也不管不问。傅斯年有一个传统的观点，就是学校是培养人才的地方，一定要把好学生吸收到学校，再经过严格教育，使学生德才兼备，学校的责任是向社会输送合格人才。因此，他到任后，首先从严格招生考试入手，把好录取学生的关口。而做到这一点，有相当大的困难。国民党军政官员及各界人士携眷赴台者甚多，其子女急欲入学就读，再是由于战乱，流亡台湾学生众多，而台湾大学是台湾唯一的“国立”大学，自然是青年追逐的首要目标，故台大招生的压力很大。许多权要试图用不正当的手段把子女送到台大，大大增加了台大招生、管理方面的混乱。
1949年夏季是傅斯年到任后第一次大规模招生，为保证学生质量，傅斯年在校刊公开发表文章，宣布招生办法，他说：“这次办理考试，在关防上必须严之又严，在标准上必须绝对依据原则，毫无例外。由前一说，出题者虽有多人，但最后决定用何一题，只有校长与教务长知道， 这是任何人事前无从揣到的。印题目时，当把印工和职员全部关在一楼上，断绝交通，四围以台北市警察看守，仅有校长与教务长可以自由出入。考题仅在考试前数点钟付印，考试未完，监守不撤。……录取标准决定之前，不拆密封，故无人能知任何一人之分数及其录取与否。”他着重声明，自己一定秉公办事，决不会徇私舞弊，并要求大家进行监督，他说：“假如我以任何理由，答应一个考试不及格或未经考试的进来，即是我对于一切经考试不及格而进不来者或不考试而进不来者加以极不公道之待遇，这对于大学校长一职，实在有亏职守了。奉告至亲好友千万不要向我谈录取学生事，只要把简章买来细细地看，照样的办，一切全凭本领了。我毫无通融例外之办法，如果有人查出我有例外通融之办法，应由政府或社会予以最严厉之制裁。”傅斯年说到做到，在录取学生阶段，又在校长办公室门旁用毛笔赫然写一个条幅：“有为子女入学说项者，请免开尊口。”由于傅斯年制定了一系列招生制度，又带头严格执行，使1949年招生顺利进行，基本上刹住了请托、说情、走后门等不正之风。
为避免考试题泄露，傅斯年严格实行“入围”制度，即在台湾大学图书馆选一间房子，命题人不准携带其他不相关的物品进去，出完题就呆在里面，等到考试结束才能放出。傅斯年的老友屈万里曾回忆当时情况说：“出题时之审慎，和印题时关防之严密，迥非外人所能想象。印题的场所，门窗都糊得撒土不透，室外密布着岗警。有人用‘如临大敌’四个字来形容它，却恰到好处。”
傅斯年也承认用这种方法招生有不妥之处，他不无感慨地说：这种招生办法，“充满着‘防贼’的心理。申、韩的‘治术’，是与教育原则不合的。”但他又认为：“在目前不能无考试，既有考试，即不能不如此。”也确实如此，这种严格的招生制度，杜绝了许多弊端，对于扭转台湾大学校风和学风起了相当大的作用。
（三）对学生科学管理
傅斯年采取种种措施严格考试录取制度，不只是保证优秀学生能够被录取，有求学的机会，更重要的是对学生进行教育，为学生学习创造优良的条件和环境，在这方面傅斯年也采取了许多措施。
一是修定台湾大学“学则”，改变学生不努力学习，随意旷课，混资格、混文凭的现象。其主要措施是实行学分制，严格学习期间的考试制度，杜绝各种形式的作弊行为。如规定“学生学期成绩不及格科目之学分数达该学期修习学分总数二分之一以上者，不得补考，即令退学”。凡旷考者以零分计，全部旷考者，自然退学等。傅斯年说到做到，1949年第二学期结束，因成绩不合格退学者多达31人。被勒令退学的学生家长有不少是有权势者，子女被勒令退学，他们十分不满，想方设法向学校发难，有人在省参议会上对傅斯年提出质疑，对其施加压力，迫其让步，傅斯年坚决不肯让步，他在回答质疑时强调说：“台大光复以来，实不能尽满人意。本人到校之初，所见情形，不特不能达到教育之理想，而且将为社会之累赘，故尽量改革，求其实事求是，求其进步。在校学生必须养成向学之习惯，然后学校风气方可良好。养成良好之习惯之办法不一，而加严课业，实为必要。如任何学生不论在校成绩如何，皆能随时毕业，则学校万无进步之理。”傅斯年顶住了来自各方面的压力，坚持执行学校制定的关于考试及相关的制度，促使学校学风迅速好转，良好的秩序很快建立起来。
二是设置各种奖学金、助学金，为贫困学生创造学习条件。傅斯年在教育上有一个重要思想，就是受教育机会均等，从早年他就一再强调贫富人家子弟受教育的机会应是均等的，虽然他自己也认为这个理想在当时的社会是不可能实现的，但他不止一次地提出应以多设奖学金的方式帮助出身贫苦的优秀子弟，使其不失去求学的机会。他任台湾大学校长时更是努力实现这一理想，在台湾大学设立几种奖学金、助学金，并做了许多具体规定帮助贫困学生完成学业。傅斯年在致学生的公开信中曾特别强调“诸位中想要鬼混的，休想政府的帮助；其用功而有优良成绩的，我决不使他因为无钱而辍学。”傅斯年为此做出了许多努力，他临死前几分钟，在省参议院回答由参议员提出的关于是否废止助学金问题时再次强调：“奖学金制度，不应废止，对于那些资质好，肯用功的学生，仅只为了没有钱而不能就学的青年，我是万分同情的，我不能让他们被摒弃于校门之外。”据统计，仅1949年就有1600人享受了各种类型的助学金。
三是解决学生住宿问题。在傅斯年任校长以前，台湾大学内没有学生宿舍，个别需要住宿的同学在校外租房居住。傅斯年出任校长时，因各种情况流亡到台湾的穷学生相当多。他们住不起校外的公寓，只好在学校内寻找栖身之处。研究室、教室乃至洗澡间，到处都住有学生，甚至台大医院传染病房，也成为学生宿舍。傅斯年面对这种情况，实在是既心疼又头痛，不解决学生住宿问题，学校简直无法再办下去，要解决又谈何容易。傅斯年曾经声称：“我们办学，应该先替学生解决困难，使他们有安定的求学环境，然后再要求他们用心勤学。如果我们不先替他们解决困难，不让他们有求学的安定环境，而只要求他们用功读书，那是不近人情的。”他奔走呼吁，四处求告，终于筹集了一大笔资金，加紧建造了一批学生宿舍，在不到一年的时间里解决了1800多名学生的住宿问题，占全校人数的60% ，整个学校学生住宿问题大为缓解。
傅斯年曾在台湾大学校刊第56期发表《几个教育的理想》。其中第一个理想是崇尚“平淡无奇的教育”，在其中强调了三个原则：第一，协助解决学生的生活问题。第二，加强课业。第三，提倡各种课外娱乐的运动。他最后总结说：“以上的话，总括起来，可以说一句笑话：‘有房子住，有书念，有好玩的东西玩。’”如果对傅斯年平淡无奇的教育理念进行分析，就会发现其内涵极其丰富，实际上是为学生在知识、体格、品德等全面发展提供最基本的条件，为学生健康成长提供根本的保证。
争取教育的相对独立