3月11日，孙中山即将走到生命的终点。他终于对守护在床边的众人说：“现在要分别你们了，拿前几日所预备的那两张字来呀，今日到了签名的时候了。”刚好在场的汪精卫连忙把遗嘱草稿和墨水笔递上。孙中山虚弱到了极点，双手不断颤抖，拿不住笔。宋庆龄含泪，扶着丈夫的右手腕，孙中山这才签名成功。遗嘱上的签名虽然软弱无力，但清晰可辨。孙中山签名后，妻子宋庆龄、儿子孙科和守护在侧的张静江、吴稚晖、汪精卫、宋子文、孔祥熙、戴恩赛、邵元衡、戴季陶、邹鲁、陈友仁、何香凝依次签字为证明人，汪精卫最后又署名为“笔记者”。16孙中山遗嘱就此完成。
政治委员会拟定的遗嘱共有两篇，第一篇是政治遗嘱。全文是：“余致力国民革命，凡四十年，其目的在求中国之自由平等。积四十年之经验，深知欲达到此目的，必须唤起民众，及联合世界上以平等待我之民族，共同奋斗。现在革命尚未成功。凡我同志，务须依照余所著《建国方略》、《建国大纲》、《三民主义》及《第一次全国代表大会宣言》，继续努力，以求贯彻。最近主张召开国民会议及废除不平等条约，尤须于最短期间，促其实现。是所至嘱！”这份遗嘱被概括为响亮的“革命尚未成功，同志仍须努力”的口号。
第二篇是家事遗嘱：“余国尽瘁国事，不治家产。其所遗之书籍、衣物、住宅等，一切均付吾妻宋庆龄，以为纪念。余之儿女，已长成，能自立、望各自爱，以继余志。此嘱！”孙中山的主要遗产是上海寓所（今上海孙中山故居），是在租界内的独门独院。当初有四位加拿大华侨来拜访孙中山，见革命领袖居无定所，就集体出资为他买下这座寓所。孙中山推托不掉，就收下作为住宅。两次护法运动失败后，孙中山和宋庆龄就居住于此。
11日下午，孙中山心力开始衰竭，脉搏细若游丝，用微弱的声音不断喃喃自语：“和平、奋斗、救中国。”（新中国建立后，何香凝据此将孙中山的遗嘱归纳为“和平奋斗救中国”。）次日（3月12日）上午9时30分，孙中山逝世，享年59岁。
二
12日当天，国民党要员紧急入京，开会讨论孙中山治丧事宜。留守广东的胡汉民在当日下午1点接到汪精卫电报，知道孙中山逝世。他随即饬令广东政府各地停止宴会、大小机关从12日起下半旗七天、各机关用蓝印一月、军队及各机关职员缠黑纱一月。
孙中山生前选定南京紫金山为安葬地，因为南北尚未统一、交谈隔绝，入葬紫金山很困难。国民党决定在北京先以平民礼给领袖入殓，日后再南葬紫金山。3月15日，孙中山遗体盛殓楠木玻璃盖棺，在协和医院举行大硷；19日自协和医院移灵至中央公园（今中山公园）社稷坛大殿安放；24日在中央公园开吊致祭，供民众来灵堂致哀瞻仰。4月2日，孙中山灵柩移往京西香山碧云寺。孙中山生前为人民奔走奋斗，北京百姓给予了他巨大的哀荣。灵柩西移途中，北京民众、京汉铁路总工会等工会组织、中小学校、士兵等30万人步行相送。三架飞机绕空飞行，鸣炮三十三响，各处皆下半旗。此后，孙中山安厝于北京西山碧云寺内石塔中。
以孙中山接班人自居的蒋介石北伐占领北京后，在1929年6月1日为孙中山举行了隆重的迁葬典礼，将灵柩迁往南京紫金山中山陵。碧云寺则留下了孙中山的衣冠墓。
孙中山遗体在协和医院作了防腐处理，肝脏被取出。灵柩迁葬南京后，肝脏仍存放在协和医院。抗战中，日本人接收了协和医院。大汉奸、汪伪政府“外交部长”褚民谊为了标榜自己是三民主义和孙中山的忠实信徒，要挖掘肝脏的政治价值。1942年3月底，褚民谊专程前往北京要来肝脏，护送到南京，交中山陵保管。一路上，褚民谊大事张扬，张罗了大小报纸的记者跟踪报道，拍摄了一组“国父灵脏奉安”，给自己脸上贴金。随后，褚民谊又从上海孙中山故居中把被日军封存的《孙文学说》原稿和《建国大纲》、《中国之革命》手迹以及孙中山生前的佩剑等物大张旗鼓移往南京保藏。抗战胜利后，褚民谊身陷牢笼，被判死罪。他想再一次挖掘孙中山肝脏的政治价值，将功赎罪，保全性命。上下运动后，江苏高等法院以褚民谊保护国父灵脏及遗著“不能谓无功”，决定重审褚民谊汉奸案。法院也学褚民谊当年的样子，在大小报纸上大肆介绍褚民谊当年如何与日本人交涉，如何接收肝脏及文献等文物，为褚民谊开罪。褚民谊很得意，在狱中晨练、打太极拳，得意洋洋。谁知，民众对法院和褚民谊利用孙中山肝脏牟利的行径极其愤慨，认为褚民谊罪该万死、高等法院袒护包庇汉奸，一致要求维持褚民谊的死刑原判。最终，褚民谊以汉奸罪在1946年8月23日被枪决。
三
说到孙中山的家室，在人们熟知的宋庆龄之前，孙中山有过两任妻子。
1884年，19岁的孙中山迎娶了18岁的卢慕贞为妻。卢慕贞是广东乡间的旧式妇女，性情温和而保守。二人婚后，生育有一男二女（孙科、孙延、孙琬）。孙中山一生只有这三个子女。年轻的孙中山常年在外学习和闯荡，与卢夫人聚少离多，感情平淡。更重要的是，孙中山和卢慕贞思想差异极大，虽然说不上貌合神离，但也丝毫没有共同话题可言。幸运的是，卢慕贞本人看得很开，也没什么野心，更不想当什么“第一夫人”，1915年主动与孙中山离婚。
孙中山1892年毕业于西医学院不久，认识了小自己七岁的陈粹芬。两人在香港坠入爱河，走到了一起。陈粹芬没有读过书，和清末的一般妇女看似无异，但性情刚强。在孙中山亡命海外之后，陈粹芬选择寄居在广州友人家长达十年之久。随着孙中山的处境越来越艰难，陈粹芬毅然前往日本陪伴在孙中山身边。此后，陈粹芬陪伴孙中山出现在日本、南洋等地，接待革命同志，照顾孙中山和同志们的生活，印刷宣传品、接船、洗袜子，任劳任怨。许多革命党人都受到过陈粹芬的接待。青年蒋介石就接受了陈粹芬精心的接待，感激地称她“四姑”，直到晚年还曾提起。难得的是，陈粹芬一介女流，还参加了孙中山策划的四次武装暴动。宣统年间，陈粹芬患上了严重的肺病，不得不回香港疗养。不久民国建立，为革命贡献良多的陈粹芬功成而退。她和孙中山没有正式结婚，关系逐渐淡化。之后，陈粹芬移居澳门，从不提及早年革命经历和与孙中山的关系。孙中山和陈粹芬的关系是国民党内高层公开的秘密。但出于为尊者避讳的考虑，陈粹芬成为了一个“消失的名人”。
孙中山的第三位妻子是宋庆龄女士。早年，孙中山和陆皓东两人寻找上书李鸿章的路子时，在上海遇到了从美国回来的传教士宋耀如。宋曜如有三女（宋霭龄、宋庆龄、宋美龄）一男（宋子文），四个子女在中国历史上都留下了深刻的印记。二女儿宋庆龄在小的时候见过孙中山这位“革命叔叔”。宋家大姐宋霭龄是孙中山在日本时的机要秘书，后来因为要与孔祥熙结婚而去职，就介绍刚从美国学成归来的二妹来代替自己。宋庆龄抵达日本不久，孙中山就向她求婚。孙中山身上的革命光环、成熟气质和总统历史，让年轻的宋庆龄对求婚难以抗拒。两人私订了终身。结婚要父母的同意和祝福，宋庆龄返回上海禀报父母后，宋耀如勃然大怒，坚决不同意二女儿嫁给年长26岁的孙中山。宋庆龄一咬牙，返回日本，1914年10月与孙中山结婚。孙宋两人的婚姻，掀起了轩然大波（丝毫不亚于日后蒋介石与宋美龄的婚姻）。日籍好友头山满得知孙中山婚讯后惊讶地说：“不是要同姐姐结婚吗？怎么换了个妹妹呢？”可见，这段婚姻几乎超出了所有人的意料。
宋庆龄陪伴孙中山走完了之后的岁月，此后以孙夫人的身份活跃在近代政坛上。
孙中山的三位妻子，卢、陈二人与宋庆龄没有任何接触。孙氏家族上下对三位都尊敬有加，孙辈统一称卢慕贞为“澳门婆”，陈粹芬为“南洋婆”，宋庆龄为“上海婆”。卢慕贞由女婿奉养，住在澳门；陈粹芬晚年由孙中山的侄子孙乾奉养，住在中山县的石歧；宋庆龄居住在上海的孙中山故居内。
四
孙中山的政治生涯没有以大胜利的辉煌收尾，主要因为他身处大动荡、大变革的乱世。武夫、政客，甚至流氓、土匪，最适合乱世。在乱世中崛起的也往往是这些人。而孙中山是西方环境下成长起来的知识分子。知识分子在乱世掌权崛起是很困难的，更何况是从西方归来的知识分子。（这两点相结合，能解释孙中山的许多言行。）孙中山不成功的另一大原因是，他身处的乱世不是一般的乱世，而是中国告别数千年君主专制统治、在民主共和道路上蹒跚试行的“千年未有之大变局”。在大变局中，不要说孙中山这个书生，就是袁世凯、曹锟那样的武夫，也无可适从。孙中山的探索和奋斗都是前所未有的，他一生想办许多事情，但绝大多数事情都失败了。可他办成了一件事情，推翻了中国的君主专制统治，草创了民主共和国的雏形。仅凭这一件事情，孙中山就足以名垂青史了。
1940年，国民政府通令全国，赞颂孙中山“倡导国民革命，手创中华民国，更新政体，永奠邦基，谋世界之大同，求国际之平等”，尊称他为“中华民国国父”。新中国成立后，孙中山先生被尊称为“革命先行者”，每年的3月12日（孙中山忌辰）被定为“植树节”——孙中山生前关心国家建设，号召绿化西部。