200多年前，朱熹后裔在此购宇立祠之时，此地尚是成都的荒郊，可以说既无“巷”更无“街”，只有“诸葛庐”之名。清乾隆五十四年(1789)，朱熹的裔孙们以“朱祖文”之名，用700两纹银购得地块建立宗祠，现仍存“杜卖文契”为证。那为什么后来有了“科甲巷”呢？
朱熹第三十一世孙、离休干部朱文国先生指出，明、清两朝的科举，考的都是四书五经，必须写成八股文，而经文的解释必须依朱熹《四书集注》等书为准。朱子后裔立祠，于是取“登科中甲”中的“科甲”二字，作为立祠之巷的名字。也正因为科举考试与朱熹《四书集注》密切相关，所以每逢乡试，赶考者都是蜂拥而至，提前半月住进科甲巷栈房，天天进入“朱祖文祠”朝拜先贤，待乡试开始，才进入贡院“应试”。
在朱氏数十谱碟中，对成都科甲巷总祠都有记述。经考证，首倡创祠时间为清乾隆四十四年（1779）。
在清康熙至乾隆年间“湖广填四川”移民运动中，哲学家、教育家、理学集大成者朱熹的后裔大量进入四川。他们刚一站稳脚跟，便开始商议“设立总祠”及“祠街巷名”之事。经过8年的筹集和商议，最后于1786年8月，由参加“丙午乡试”的朱子裔孙中的举子们确定，购“诸葛庐”范、刘二姓七人之“寨”，立“朱祖文即朱熹总祠”。因左已有“北打金街”，故取“登科中甲”中“科甲”二字作祠巷之名。科甲巷由此得名。清乾隆五十四年六月二十九购寨立祠。
首先，与总祠一“篱寨心”之隔的右舍毛氏拆“寨宅”建客栈，兼营祭祀品，这是“正科甲巷”形成之萌芽。其次，左邻况姓拆寨建茶房酒肆。清道光年间，科甲巷进入兴盛时期，修建“科甲巷正街”，将“科甲巷”更名为“大科甲巷街”，“良医巷”改名为“小科甲巷街”。清末民初，成都50余个行帮商会，基本每个帮会都在大、正科甲巷设立有“帮铺”，单是“玉器帮铺”就多达12家；全省著名的“苏广洋货发售所”即“从仁祥号”批发部就设于此巷内；“科甲巷肥肠”、“科甲巷米花塘”是当年著名的食品店及食品，还有用牛蹄壳制成的透明冬瓜灯、柿饼灯和纱灯笼灯饰专卖店；神像雕塑和刻字工艺更是全省有名，小孩玩具店也名气不小。在商贾云集、人满为患的情形下，修筑春熙马路缓解了科甲巷之压力，顺应了市场的需求，春熙路受科甲巷辐射而繁华也顺理成章。当然，建于1907年的商业场对春熙路的繁华也起到了推波助澜的作用。（《春熙路与朱熹宗祠》，见2006年1月5日《成都晚报》）
1992年，当地政府将朱熹宗祠（总祠）地段土地使用权转让给了日本邱永汉集团，总祠房屋被拆，原址上建起了伊藤洋华堂等商业建筑。如今在龙泉驿十陵镇半节河附近的朱熹宗祠，则是一个陪祠。“朱熹宗祠是全球唯一的以朱熹名字命名的朱氏宗祠”。这是世界朱氏联合会秘书长、华东师范大学博士生导师、朱熹第二十九世孙朱杰人教授先后两次到朱熹宗祠考察得出的结论。