内地第三个由皇家出资修建的重要的喇嘛教中心是五台山。五台山是内蒙古各部的宗教中心 ，宫廷资助出版蒙古文的到此山的朝圣指南。在康熙朝 ，五台山有 10座信奉汉地佛教的寺院改而信奉藏传佛教。在雍正朝 ，藏传佛教的寺院增加到 26座，乾隆皇帝又增加了6座。
乾隆皇帝担心满族的信仰状况。乾隆时期 ，在北京、承德、皇家园林和皇陵为满族僧人专门修建了至少 6座寺庙 ，并从旗人中招人入寺。皇家还在新并入大清帝国的边疆地区资助修建寺庙。有时候 ，这些寺庙是作为转世者的居所而修建的 ，另外一些则是当地的佛教中心。北京以北多伦诺尔的大寺庙是康熙朝修建的，被指定为漠南蒙古的佛教中心。宫廷资助了土默特蒙古领地上的归化 (青城 )的寺庙 ，还在安多修建或修缮了一些寺庙。安多的寺庙规模极其宏大。在清代 ，安多最著名的一些寺庙 (每座庙可容纳 1000多名喇嘛 )，与西藏中部和西部格鲁派的一些寺庙一样大。有位学者估计 ，在1958年的青海 (涵盖了安多的大部分土地 )，共有 869座藏传佛教寺庙 ，有约 6万名喇嘛。
清朝皇帝还主持了大规模编纂和翻译佛经的工作 ，从而使北京成为藏传佛教的一个重要中心。有清一代 ，在满族和蒙古王公的主持下 ，共有 230部藏传佛教经典被翻译成蒙古文。在康熙朝 ，林丹汗时期编纂的蒙古文《甘珠尔》由从各旗招来的学者组成的委员会于 1717—1720年进行了修订。1718年夏 ，“精通蒙古文 ”的书法家被召至多伦诺尔 ，1720年出版了供皇帝阅览的 108卷红字经典。藏文 “三藏 ”在乾隆朝被译成蒙古文和满文 ，其中的许多经卷由北京嵩祝寺后面的作坊印刷出来 ，广泛流传到蒙古各部。也有一些汉文经典被译成藏文 ，例如，《楞严经》就由乾隆皇帝谕命若必多吉翻译成了藏文。也许是因为这个结果让乾隆 “龙颜大悦 ”，他降旨把藏文和蒙古文经卷各 100部分别赠予京城、承德、盛京和蒙古八旗的寺庙。
清朝对藏传佛教的管理
清朝的政策促进了藏传佛教在蒙古人中的流传。最终大约有 30%到60%的漠南蒙古男性和 30%多的漠北蒙古男性成了生活在寺院里的喇嘛。乾隆朝初期 ，在蒙古地区约有 2000座寺庙 ，在漠南蒙古地区有 800座，在喀尔喀地区有 136座，在安多、甘肃、四川、新疆和陕西还有 500~600座。这些寺庙修建于原来信奉蒙古萨满教的地方 ，传统的神祇被融进了新宗教中。藏传佛教寺庙变成了权力分散的游牧社会中 “事实上的集权国家机器 ”。
清廷通过按比例定额发放度牒证书的办法限制僧人的规模。喇嘛教事务由理藩院的下属机构掌管。这些机构创建了一套行政管理体系 ，它与源于 “藏—蒙”的一套相似的管理体系并存。原本是指佛教学校管理者的藏族称呼 (如堪布 )被移植到内外蒙古的寺庙 ；新的称呼 (如札萨克达喇嘛和札萨克喇嘛 )也被清朝引介进来。与堪布不同 ，札萨克达喇嘛和札萨克喇嘛集宗教权力和世俗权力于一身。最有实力的寺庙中的 7个寺庙被确定为旗级单位，与世俗八旗区别开来 ，由寺庙住持札萨克达喇嘛行使司法权和行政权。如果某处一位 “活佛 ”控制的人口超过 800名，隶属于他的一位旗 (札萨克 )喇嘛将承担世俗管理责任。宗教和世俗统治的这种结合有许多先例可循。例如 ，元朝和明朝就曾委任僧人管理西宁地区。
17世纪末 ，清朝统治者开始主张他们对于转世高僧 (蒙古语称为呼毕勒罕 )的承认权。在 1691年以后建立的新的宗教管理体系中 ，每一个头衔都必须由皇帝亲自授予。最终在北京有 14位呼毕勒罕 ，在漠北蒙古有 19位，在漠南蒙古有 157位，在库库诺尔地区有 35位，总共有 243位 (译者注 ：此句前 4组数字总和为 225，与243不符 ，但原文如此)。清朝竭力避免承认实力强大的蒙古人的转世者身份 (例如 ，宫廷不承认蒙古人的三世哲布尊丹巴)，但是 ，蒙古贵族的儿子一直被安排在高级僧侣之列。确认转世身份程序的制度化努力在 1792年达到高潮 ，当时乾隆皇帝降旨说 ，格鲁派高僧的转世者身份可通过金瓶掣签来决定。一共制作了两只金瓶 ，一只送往拉萨 ，一只留在北京的雍和宫。
西藏著名高僧与清朝统治者的关系可以说是宗藩关系 ，也被纳入理藩院掌管的朝贡体系之中。就乾隆皇帝而言 ，他试图以这些高僧自己的语言与他们沟通。他曾这样写道 ：
乾隆八年始习蒙古语 ；二十五年平回部 ，遂习回语 ；四十一年平两金川 ，略习番语 ；四十五年因班禅来谒 ，兼习唐古拉语。是以每岁年班蒙古、回部、番部到京接见 ，即以其语慰问 ，不藉舌人传译 ……燕笑联情 ，用示柔远之意。
我们已经描述了满族人是如何向五世达赖喇嘛颁发承认他的称号的文书和玉印的。他们也笼络格鲁派的 “第二高僧 ”班禅仁波切。被五世 (译者按 ：应为四世 )达赖喇嘛确认为阿弥陀佛的转世者的第一个班禅喇嘛是罗桑确吉坚赞 (1569—1662)，他由此提升了格鲁派的声望。他的称号 ———班禅博克多 (大学者)是早些时候（1645年)由顾实汗授予的 ，他的驻宫是扎什伦布寺。1703年，康熙皇帝授予他 “班禅额尔德尼 ”称号。一些学者指出 ，雍正皇帝曾把西藏西部地区和扎什伦布寺控制的后藏地区赏赐给班禅 ，意在分割达赖喇嘛的权利 ，但是班禅 “很谨慎 ，只接受了一部分赏赐 ”。
虽然格鲁派的两个转世世系各自控制着西藏的一个地区 ，并为获得在西藏佛教界的更大影响力而进行着一定程度的竞争 ，但是 ，它们更多的是互相支持 ，从而加强了格鲁派高僧的权力。每个世系的首领都通过确认对方的转世者身份、充当年轻的转世灵童的业师和密教仪式的引路人而强化其合法性。例如 ，罗桑确吉坚赞担任过五世达赖喇嘛的业师 ，并主持了他的坐床仪式。罗桑确吉坚赞的转世者出生于 1663年，4年后得到了五世达赖喇嘛的正式认定。班禅转世者的沙弥戒 (1670年)也是五世达赖喇嘛所授。同样的模式也用之于这位班禅的转世灵童 ：每一代转世灵童都得到达赖喇嘛的承认和剃度 (至少在理论上是如此)。反之 ，从六世达赖喇嘛———五世班禅为他授沙弥戒 ———开始 ，达赖喇嘛的转世者也得到班禅喇嘛的承认和剃度。当1707年和硕特首领拉藏汗废黜六世班禅后，他自然而然地请求五世达赖喇嘛为他的候选人授沙弥戒。
虽然清朝一直与达赖喇嘛、班禅额尔德尼和哲布尊丹巴 (1693年被授予 “大喇嘛 ”称号 )保持着密切关系 ，但是他们享有的独立权力妨碍着清朝对西藏和蒙古事务的掌控。清廷试图通过扩大转世世系的数量 ，特别是原西藏安多 (蒙古语为库库诺尔 )王国境内 ———18世纪在清廷担任过重要角色的第一代和第二代章嘉呼图克图的出生地 ———转世世系的数量 ，来分散和弱化宗教权力。王湘云注意到 ，章嘉介绍到宫里的许多高僧和转世喇嘛如噶勒丹 ·锡埒图呼图克图、拉科呼图克图、阿嘉呼图克图、东科尔呼图克图和嘉木样协巴都是蒙古和西藏之间的这个缓冲地区出生的。这些高僧与安多地区的两个重要佛教中心塔尔寺和拉卜楞寺保持着联系 ，还通过师生关系与西藏地区重要的格鲁派学校保持着联系。
清朝皇帝提高了章嘉转世高僧的级别 ，地位仅次于达赖喇嘛、班禅喇嘛和哲布尊丹巴呼图克图。在康熙皇帝与达赖喇嘛调解两位喀尔喀汗王之间的争端期间 ，第一世章嘉呼图克图阿旺罗桑却丹 (1642—1715)朝见了他。1693年，康熙皇帝把章嘉召至北京 ，封他为 “大喇嘛 ”，并授予他掌管喀尔喀喇嘛教的权力。他在噶尔丹被打败后协助康熙皇帝通过外交手段安抚住了厄鲁特诸首领。之后 ，他的级别一升再升 ，直到被封为章嘉呼图克图 (1705年) 和国师 (1706年)。为扩大章嘉在漠南蒙古的影响 ，雍正皇帝在多伦诺尔为他修建了一座夏宫 ，这就是动用内帑修建的汇宗寺 ，是内外蒙古各旗喇嘛的活动中心。在冬季 ，章嘉呼图克图住在北京的嵩祝寺 ，这是康熙皇帝为他修建的。
二世章嘉若必多吉 (1717—1786)的生平充分说明了清朝对蒙古和西藏的政策。在某种意义上说 ，雍正和乾隆皇帝造就了二世章嘉呼图克图 ：一世章嘉呼图克图把这位年轻人从家乡安多的寺庙带至北京 ，送到宗学与皇子皇孙同受教育 ；乾隆皇帝还把若必多吉当做他的佛学老师。若必多吉成了北京最受宠的西藏高僧。1757年，弘历委派他负责七世达赖喇嘛格桑嘉措逝世以后的平稳过渡工作。 1780年班禅喇嘛访问承德时 ，他是班禅的翻译。1756年青滚杂卜叛乱期间 ，若必多吉奉旨劝说哲布尊丹巴保持中立。清朝第二次金川战役 (1771—1776)的胜利被归功于他的法术 ，这使格鲁派清除了竞争对手苯教在这个地区的势力。若必多吉还是一位著名的学者 ，主持了《丹珠尔》译成蒙古文和佛经译成满文的工作。
满族对喇嘛教的支持使他们获得了 “政治上的好感 ”，但也有证据显示一些皇帝是信徒。有位学者指出 ，由科尔沁蒙古族祖母孝庄皇太后养大的玄烨 是“对喇嘛教产生个人兴趣的第一位满族皇帝 ”。雍正皇帝有一幅画像 ，画中的雍正被绘成供奉在嵩祝寺的一位喇嘛。④虽然据说胤禛对藏传佛教 “只有一点点兴趣 ”，但是王湘云注意到 ，雍正对佛学的理解是“所有中国皇帝中最深透的”。他在蒙古人和藏族人中也很有名 ，因为他重建了安多地区的一些藏传佛教寺院。他的弟弟果亲王允礼是一位藏传佛教的研习者和支持者。