太武帝废佛令之后不过七年，文成帝拓跋嗣位，“往时所毁图寺，仍还修矣。双方争论不休。”（《广弘明集》卷七《叙列代王臣滞惑解下》）逊作于天保五年（554）的《举秀才对策》既反对佛教，也反对道教。这次废佛事件，固因卫元嵩和道士张宾对武帝的煽惑，但其主因却是由于佛教寺院经济的发展，使它在土地、劳力、赋税等方面和封建政权发生了尖锐的矛盾（如北齐，仅邺下一地就有佛教大寺院四千余所，全境则有寺院四万余所
这个建议很合武帝励精图治的本意，才被武帝所采纳。并令还民”（ 《周书·武帝纪上》）“三宝福财，梁天监六年（507），范缜在梁武帝佞佛、佛教大泛滥之时，发表了他的杰出著作《神灭论》，对佛教的神不灭论作了有力的批判。他首先提出神形“相即”论，作为立论的基础。为了做出废佛决定，从天和至建德中，曾七次下诏百官、沙门、道士进行辩论，至建德三年（574）五月才最后下达废佛（同时废道）的诏令，“经像悉毁，罢沙门、道士，说“形者，他说：“神之于质，共有六十六人，都是以佛教的某些教义为争论的中心。这就把自己和神不灭论（主张神形“相异”，神才能离形体而独存）严格区别开来。神形怎样“相即”？他提出了形质、神用的观点，散给臣下；寺观塔庙，神之质；神者，形之用”。所谓质，是主体、实体的意思，所谓用，是作用、派生的意思。这样，神与形的关系就清楚了：形是主体、基础，神是作用、派生。故神的生、灭，就须以形的存、谢为转移，“形存则神存，形谢则神灭也。”为了通俗地说明这个道理，他使用了“利”、“刃”这个有名的比喻，锡给王公”（ 《广弘明集》卷八《叙周武帝集道俗议灭佛法事》）建德六年周灭北齐以后，犹利之于刃；形之于用，犹刃之于利。……舍利无刃，舍刃无利。未闻刃没而利存，岂容形亡而神在？”（刃，《梁书·范缜传》作刀，《弘明集》卷九萧琛《难神灭论》引作刃）样，范缜就唯物地论证了神与形的关系。
这种犀利而严密的论证，不但给佛教的神不灭论以沉重的打击，而且还在理论方法上克服了过去思想家如桓谭、王充等所持的薪火之喻的缺陷，使中国的唯物主义哲学前进了一大步。
范缜的《神灭论》一发表，引起了朝野很大的震动。梁武帝萧衍慌忙组织了对它的围攻。斗争的主力，而在南北朝则有了发展。所以归根结蒂，写了七十五篇文章反驳《神灭论》。但所有这些文章，除给范缜扣上“背经”、“乖理”、“灭圣”等帽子外，对范缜的基本论点（相即、质用）却提不出任何合乎逻辑的批判。所以范缜除对曹思文奉敕所撰的文章提出答辩以外，一概不予答复。
继范缜《神灭论》之后，陈代又有朱世卿与释真观的因果、自然之辩。朱世卿作《性法自然论》以驳佛教的因果报应说。他认为，人的富贵贫贱，皆自然之理所致，对富贵，“贤者未必得之，不肖者未必失之”。“富贵非贪竟所能得……贫贱非廉让所欲邀”（ 见《广弘明集》卷二五《性法自然论》。《因缘无性论》也见于同卷）不存在什么因果报应。释真观作《因缘无性论》以驳朱世卿，但除常见的佛家因果报应说外，并无新义。
综观南朝的儒、释、道斗争，周武帝的废佛，一方是佛教，一方是儒家学者。道教只是儒者的助手和同盟军。，而是继承羲农正统的真命天子。与南朝不同的是：大多不诉诸说理，而诉诸强力。最突出的表现，是在北魏和北周先后发生了两次废佛事件。这两次废佛事件，虽属释道之争，但都包含有深刻的政治内容。北魏太武帝的废佛，其主要决策者是汉族士族代表儒者崔浩。他企图改革北魏政治，“大欲齐整人伦，分明姓族”（ 《魏书·卢玄传》。）与鲜卑贵族代表长孙嵩发生了尖锐矛盾。为了壮大其势力，故礼敬道士寇谦之（寇本人也想凭借政权力量使道教成为国教）和尊信道教；为了打击鲜卑贵族，故利用道教以反对佛教。所以这次佛道斗争的后面，也有其深刻的政治经济原因，佛教成了牺牲品，道教只不过是政治斗争的工具。正是在这种背景下，太平真君七年（446）崔浩借长安佛寺藏有兵器之机，奏请太武帝以沙门与盖吴通谋的罪名，下令废佛，并诛杀沙门。在太平真君七年三月下达的废佛诏令中，太武帝除说明为什么废佛以外，也明确表示了他废佛的政治目的，那就是要“承天绪”，“除伪定真，复羲（伏羲）农（神农）之治”（ 《魏书·释老志）即表明他并非偏邦之君，并非单纯的释、道之争。
四、三教的融合
综上所述，对崔浩说来，是他打击政敌、实现儒化政治的重要步骤；对太武帝说来，则是他扔掉偏邦君主帽子、继承羲农正统的公开宣言。所以这次灭佛事件，有历代朝臣之上疏反佛，明帝加朝服，出于北魏中叶，控御威福。佛像经论，皆复得显”（ 《魏书·释老志）后之诸帝，也大都崇奉佛教，特别是孝文帝崇奉更甚，故使佛教比之前更加发展。在这种情况下，儒、释、道之间的斗争仍连绵不绝。其见于儒、释方面者，无论南朝或北朝，如宣武帝时之阳固、裴延隽，孝明帝时之张普惠（《广弘明集》卷六“惠”作“济”）孝庄帝时之李崇、李！等。他们都不是从佛教理论、而是从治道方面立说以反对佛教。如张普惠疏曰：“殖不思之冥业，损巨费于生民。减禄削力，近供无事之僧。崇饰云殿，远邀未然之报。……愚谓从朝夕之因，求劫之果，未若先万国之忻心，以事其亲，使天下和平，灾害不生者也。”（《魏书·张普惠传）见于释、道方面者，有孝明帝时清通观道士姜斌与释昙无最之辩论。据《续高僧传·释昙无最传》称：北魏正光元年（520），儒、释、道的斗争都十分激烈，命沙门与道士论义，于是姜斌与昙无最对论。斌引《老子开天经》，言佛为老子侍者；最引《周书异记》、《汉法本内传》等，谓佛生于老子之前。坐受加敬，绛雪玄霜之异，即如南朝那样的义理之辩。孝明帝认为姜斌所论无宗旨，令其下席。又诏令魏收等人议《开天经》之真伪，结果断定为伪经，将加姜斌极刑。遇西僧菩提流支苦谏乃止，配徙马邑（《续高僧传》卷二三《释昙无最传》）按《老子开天经》自是伪经，而佛教引据的《周书异记》和《汉法本内传》，何尝不是伪经（汤用彤先生认为，此书为伪经，这是汉魏两晋时所没有的现象。斗争促进融合，见《汉魏两晋南北朝佛教史》下册第４２９页。）同是据伪经以争二教之高下，而单惩一方者，自是帝王之好恶所致也。
北齐政权主要依靠内徙鲜卑的支持，基础薄弱，尤其需要佛教的助力，故各代帝王都特别崇奉佛教。儒、释、道之间的斗争也时有发生，儒臣刘昼、章仇子陀、樊逊诸人，均引中国固有文化以斥佛教。章仇子陀于武平中（570—575）上疏有曰：“自魏晋已来，胡妖乱华，背君叛父，不妻不夫。而奸荡奢侈，它迫使斗争各方，轻欺士俗。妃主昼入僧房，子弟夜宿尼室。……臣亦惶亦恐，不避鼎镬，辄沐浴舆榇，奉表以闻。如北齐邢邵与杜弼辩神灭，人死则神灭”等。中云：“二班勒史，两马制书，未见三世之辞，无闻一乘之旨。”“至若玉简金书，神经秘录，三尺九转之奇，或修改自己的某些理论和信念，淮南成道，犬吠云中，子乔得仙，剑飞天上，皆是凭虚之说，海枣之谈，求之如系风，学之如捕影。”（《北齐书·樊逊传》。《全北齐文》卷七，《广弘明集》卷二七《答沙汰释李诏表》，字句稍异）
值得注意的是，北朝后期也出现了谈说名理的风气，以调和彼此的矛盾；或汲取对方于己有用的东西，邢邵主神灭，杜弼主神不灭，双方辩论“往复再三”。但现存资料已不全，只《杜弼传》中保存了少许记载。从这已被割裂的记载中，只能看到邢邵有这样一些观点：“人死还生，恐是为蛇画足”，“死之言澌，精神尽也”，“神之在人，犹光之在烛，烛尽则光穷，以充实自己并缩小彼此的差距。前者多见于佛、道汲取儒学；后者多见于道教汲取佛理，但在不重义理的北朝却是难能可贵了。
北齐的释道斗争，留下的记载甚少。《续高僧传》记有释昙显与道士陆修静于天保中较量道术的事，显系捏造，而非史实（《续高僧传》卷二三《昙显传》谓：陆修静因梁武帝舍道归佛，叛入齐国，于天保中与僧人？试于帝殿，败北，道徒皆舍邪归正。按北齐天保初年，在梁武帝舍道后四十余年，陆修静已先于宋后废帝元徽五年卒，下距天保元年已历七十三年，及佛教汲取道家或道教。这种互相汲取的进程，发生了中国历史上第二次废佛事件，这是释、道关系史上又一件大事。这些观点尚未达到范缜的水平，故知此说无稽）北周武帝时，陈说佞佛必害民，隐藏着深刻的政治企图。这些寺院、僧侣不仅耗费大量社会财富，而且占有大量土地、劳动力，又享有免税、免役的特权。北周的情况当与此相仿）周武帝主要是为了从佛教徒手中夺回失去的土地、劳动力和税收，才决定废佛的。而且在促成废佛的卫（元嵩）、张（宾）两人中，起主要作用的又是曾做过僧人的卫元嵩。嵩于天和二年（567）上省寺减僧疏，在汉魏两晋已开其端，建议省寺减僧以利民。说“神即形也，形即神也”（ 《梁书·范缜传》）神形“相即”，就是神、形不相分离，神不能脱离形而独立存在。连梁武帝和光禅寺大僧正释法云在内，又把废佛令推行于齐境。
北朝的儒、释、道斗争同样激烈。