明初道士王道渊是著名的内丹理论家，他师承南宗性命双修、先命后性思想，而以混融性命为其主要特点。他的内丹理论就颇具理学色彩。首先，他以理学家的“体用”之说阐述性命双修，说：“性者，人身一点元灵之神也，命者，人身一点元阳真气也。命非性不生，性非命不立。”“性乃为人一身之主宰，命乃为人一身之根本。……性应物时，命乃为体，性乃为用；命运化时，性乃为体，命乃为用。体用一源，显微无间，方可谓之道，缺一不可行也。”（《还真集》卷中）体用之说，即来源于理学家。程颐说：“至微者，理也，至著者，象也。体用一源，显微无间。”（《易传序》，载《二程集》卷三，《四库全书》集部。）次，王道渊虽主性命双修，先命后性，但却以炼心为修命的下手工夫。如何炼心？就是采理学家的惩忿窒欲方法。他说：“惩忿者，戒心也，窒欲者，止念也。戒其心，则忿不生，止其念，则欲不起。忿不生，而心自清，欲不起，而情自静。心清性静，则道自然而凝矣。”（《道玄篇》）里他提出以理学家的“惩忿窒欲”达到戒心、止念的目的。第三，在修性问题上，王道渊汲取理学思想更多。他袭用朱熹“天命之性”、“气质之性”的观点，将人性分为两种，说：“人之生也，性无有不善，而于气质不同，禀受自异，故有本然之性，有气质之性。本然之性者，知觉运动是也；气质之性者，贪嗔痴爱是也。”（《还真集》卷中）是说，人禀受于天的“本然之性”都是善的，只是由于气质不同，才使它有善有恶。不仅人类如此，万物亦然：“虎狼之父子，蜂蚁之君臣，此非无佛性也，乃形质之异也，人与万物之性同，人与万物之形异。”（《还真集》卷中）说：“其于人也，性有善有恶；其于物也，性亦有善有恶。何也？此气质之异也，非性之本然。”（《道玄篇》）是说，人的本然之性是善的，万物的本然之性也“无不皆善”，虎狼蜂蚁就具有父子君臣的德性，与人无异。平时所见人性之有善恶，那是所禀气质不同带来的，非天性之本然。以上这些说法，均可在佛教和理学家那里找到直接来源。为了证明人生之前就有一个天赋的本然之性（又叫“真性”或“人身一点元灵之神”）存在，王道渊又糅李翱《复性书》和禅宗“月印万川”之说以作喻，说：“性如空中之月，形犹地上之水。万水澄清，一月普明，万水浊浑，一月普昏，非月之有明有昏，乃水之有清有浊。人为圣为哲为贤，得气之清者也，人为愚为昧为恶，得气之浊者也。佛乃曰：千江有水千江月，万里无云万里天是也。”（《还真集》卷中。）思是说，人自先天所得之“真性”、“元灵之神”本是洁白无瑕的，只由于被气质之性污染了，常常昏浊无明，故修性之要在于清除上面的污垢，使之复其本来的真面目。此外，他在《道玄篇》中又借用许多儒家思想以阐道之玄旨，说：“君无臣不举，臣无君不主，君臣同心，天下莫能取。君视民如子，民视君如母，子母相亲，天下莫能语。我之于道，生之若母，保之若子，子母相守，长生不死。”“人于日用也，礼乐不可无也。有礼则心致于敬，有乐则身致于和。心致于敬，则百事齐之，身致于和，则百神安之。神安之，则气满于冲虚。”“天下治道有五焉，以仁布天下则民安，以义制天下则民服，以礼教天下则民敬，以智察天下则民守，以信亲天下则民立。此五者同出而名异，是以圣人体道若虚，用道有余。”“善忠者必善于孝，善孝者必善于忠。入则移忠孝于亲，为子之道尽矣，出则移忠孝于君，为臣之道尽矣。是故君与亲一而已，忠于孝亦一而矣，其善忠善孝者，天之道也。”“为人臣以道辅人主者，当洁己以奉公，上不闭恩，则君之德下流矣，下不闭言，则民之情上达矣。上下相通，则家国之道常泰矣。”如此等等，不必分析，即可见他所阐的道之玄义，已极大地儒学化了。
明初道士张宇初，被敕封为43代天师。他本以符咒术为其祖传的看家本领，但也随着时代潮流的演变，一方面兼修内丹，另一方面又“贯综三氏，融为一途”（ 《岘泉集》序。）《四库全书总目提要》说：“其文章乃斐然可观，其中若《太极释》、《先天图论》、《河图原》、《辨荀子》、《辨阴符经》诸篇，皆有合儒者之言，《问神》一篇，悉本程朱之理，未尝以云师、风伯荒怪之说，张大其词。”（《四库全书总目提要》卷一七《岘泉集》条）际上，上述诸篇不仅“有合儒者之言”，而且很多内容只是理学家言论的改头换面。张宇初说：“太极散而为万物，则万物各一其性，各具一太极。……合言之，万物统体一太极也，分言之，一物各具一太极也。……未分之前，道为太极，已形之后，皆具是理，则心为太极。……万事万化皆本诸心，心所具者，天地万物不违之至理也。”（《岘泉集》卷一。）说：“人道者心，收之则万殊一本，放之则一本万殊。物物各具一太极，莫非此心也。”（《元始无量度人上品妙经通义）盖心统性情，而理具于心，气囿于形，皆天命流行而赋焉。……是曰心为太极也，物物皆具是性焉。”（《岘泉集》卷一）有这些，都是周敦颐《太极图说》出现后，程朱理学家讨论最多的问题，张宇初将它们连思想带语言全部拿了过来。其《问神》一篇，张宇初又完全以二程言论证鬼神之非无。他说：“夫天积气也，地亦气之厚者，形而上者是也。？行形之内，即天命之流行也。以其流行不息，必有宰之者焉。程子曰，主宰谓之帝，妙用谓之鬼神。又曰：鬼神者，造化之迹，二气之良能，盖阴阳之运迹不可见，而理可推焉，理之显微有不可窥测而神居焉。故虽圣人未始言其无也，特不专言之而已。”（《岘泉集》卷一）趣的是，张宇初还用佛教涅？解脱之说以超度亡魂，说：“经曰：三界众生本无轮转，真一道？本无生灭。苦海无边，回头是岸。故曰：了即业障本来空，未了应须还宿债。……只为息此一念，一灵妙有，亘古长存。盖由结爱为根，积想成业，故有种种受生，种种偿报，千生轮转，万劫苦恼，转转不息，罔自觉知。座下四众受度亡魂：我以非舌言，汝以非心听，向非言非听处，猛烈悟来，毕竟不落万缘，超出万幻，则三业六根，一时净尽……大众闻此法音，顿然解悟。”（《岘泉集》卷七）洋洒洒千余言，不啻佛教徒宣唱“法音”。
与不少道士结合内丹大讲性理之学的同时，又有一些道士大讲佛教的“参究”。明初全真道士何道全是其中之一。其门徒给他编辑的《随机应化录》，记录了他游历江、浙、淮、楚、山东、河南、陕西等地的言行，其中既有与道士、信徒及官吏等讲道的言论，又有与一大批僧人参禅论道的言论。兹举数例如下：
师至邳州佑德观，有秀聚峰和尚参师，问“念佛”二字？师曰：“何必远求，自己的佛如何不认？假如诸将西方佛来，却把你自家佛放在何处！汝不闻川老云：……身中自有真元始，何须心外觅天尊。儒云：吾身自有一太极也。”和尚再问曰：“请师开示念佛捷径法门，得见佛面。”师笑曰：“吾语汝，……且念佛法门有三等：一降魔，二观想，三参究。此三段俱不在念佛数珠上。”（《随机应化录》卷上）
这段话大意谓前两等念佛法门为根柢浅者所行，行之，不能见佛成佛，只有第三等“参究”，方能见佛成佛。他说：“参究念佛者，须择静处，节饮食，厚毡褥，宽衣结跏趺坐，竖脊调气，屏除杂念。然后将佛号轻轻举起，不在出声，默念一声至百声。如有杂念，重头再举，直至百声无间断。一声声参究意义：念佛的是谁？四大分张之时，念佛的归于何处安身立命？且参且念，时时不离。行住坐卧中参念，不可忘却穷根究本，直须要个明白。直至不参自参，不举自举。日久月深，猛然摸着自己鼻孔，认着阿弥陀佛。恁时一声，即登彼岸，胜似念千万亿佛名，数念珠耗气也。”（《随机应化录》卷上。）
师至东海大伊山古佛陀寺，与梁和尚语间，有铁牛和尚参师，拜求指个生死路头，教个出身之处。师曰：“有成有败是生死路头，无去无来是出身之处。……吾今直言与汝：若情忘念灭便是生门，意乱心狂便是死路。其心不与万法为侣，一性孤明湛然独照，此乃出身之处。”乃作诗曰：“不灭不生性湛然，无来无去出三千。要知这个翻身处，踏破虚空透妙玄。”（《随机应化录》卷上。）
师至静室，有僧聪都参师，问曰：“假如有一女子迎面而来，看为女子，看为男子乎？”师曰：“此是古语公案，要你自参自悟。吾若开解，难做功夫。”其僧再三请解。师叱曰：“看作女人著境相，看作男子无眼目。真性本无殊，著相生分别。背境向心观，自然万事彻。”师又叱曰：“学落花流水去。”其僧不语。师曰：“见如不见，焉知男女？心若无心，焉有罪福？大道不分男女，你别辨做甚！”（《随机应化录》卷下）
仅此数例，已可看出何道全对禅学是颇有研究的，如不看他的穿戴，会以为他是很有修养的禅僧。他曾作《三教一源》诗说：“道冠儒履释袈裟，三教从来总一家。红莲白藕青荷叶，绿竹黄鞭紫笋芽。虽然形服难相似，其实根源本不差。大道真空元不二，一树岂放两般花。”（《随机应化录》卷下。）他看来，三教本是同一藕根上的红莲、白藕与荷叶，同一竹根上的笋芽、黄鞭与绿竹，其宗旨与思想都是“不二”的，只是各家的穿戴不一样罢了。这大概也是当时三教状况的真实写照。
明中叶以后，道教趋于衰落，思想理论无所创新，但融合儒、释的步伐仍未停止。活动于明嘉靖、万历年间的道士陆西星，被称为内丹东派的开创者。他的内丹理论同样继续融合儒、释。首先，他主性命双修，阴阳双修，而用周敦颐的《太极图说》思想加以阐释，说：“性则神也，命则精与？也。性则无极也，命则太极也。”他认为：“所谓性，即无极也，所谓命，即二五之精也。”二者是人生所必具的：“人之生也，无极之真，二五之精，妙合而凝……二者妙合，而人始生焉。”故性命必须双修。但“性（即神）为命（精、？）之主宰”，“性定则神自安，神安则精自住，精住则？自生”。故其丹法是“自无为而有为，有为之后而复返于无为”，即从性功开始，经命功再返回性功。可见修性炼神为其丹法之重点。其次，陆西星仍袭用理学家“天命之性”、“气质之性”的观点，将人性分为自先天而来的本性和自后天而来的气质之性两种。他说：“夫性一而矣，何以有本性、质性之异？曰：本性者，自先天而言之，清净圆明，混成具足，圣不加丰，愚不少啬者也。质性者，自后天而言之，生于形气之私，于是始有清浊厚薄之异。”照他看来，这个来自先天的本性，是“清净圆明”，洁白无瑕的，任何人都“具足”无缺，圣人不会多一点，愚人不会少一点。那么，人为什么有贤愚、善恶之分呢？他认为，这是由于人在后天所具的质性不同的缘故：“性则水也，落于气质，犹水之入于泥淖中也。决而行之，但见泥淖而不见其水，泥淖岂能自行，水行之也，但水混于泥淖而不见耳。”因此他把清除这个由质性带来的泥淖作为修性的主要课题。第三，以遣欲澄神为清除质性泥淖的手段。陆西星认为，使人本性浑浊、元神不得清静的大敌是人欲。他说：“凝神之要，莫先于澄神，澄神之要，莫先于遣欲。《清静经》言：‘遣其欲而心自静，澄其心而神自清。’《易》曰：‘圣人以此洗心，退藏于密。’所谓洗心，即澄神之谓也。周子曰：‘无欲故静。’所谓无欲，即遣欲之尽也。”（以上皆见《玄肤论》，《方壶外史选刊》卷下）心寡欲，虽为道家固有思想，亦为《清静经》的主旨，但此论“遣欲澄神”，难免融有理学家“存天理，灭人欲”的思想因素，其所引“周子曰”云云，亦已露其端倪。为了阐述“遣欲澄神”，他又引进佛教“真”、“妄”、“迷”、“觉”等说法：“夫人神好清，而心扰之，人心好静，而欲牵之。所谓心者有二焉：扰神之心乃妄心也，好静之心乃真心也。”他又说：“夫人之一心，本来无二，但以迷、觉而分真、妄。《金刚经》云：云何降伏其心？人生而静，天地之性也，感于物而动，性之欲也。既有欲矣，则情随境转，真以妄迷，纷然而起欲作之心。”（《吕祖百字碑》卷上，《方壶外史选刊》卷上。）既有妄心，即惊其神，其神可得清乎？既惊其神，即著万物，既著万物，即生贪求；既生贪求，即生烦恼。烦恼妄想，忧苦心身，心可得而静乎？”（《玄肤论》，《方壶外史选刊》卷下。）要使神清静，既要遣欲，又要除此妄心。“以真销妄，妄尽真存，正觉现前，方名见性。”（《吕祖百字碑》卷上，《方壶外史选刊》卷上）见“遣欲澄神”、“以真销妄”是陆西星内丹理论的根本点，而这正是儒、释、道融合的产物。
活动于清乾、嘉时期的全真龙门派道士刘一明融合儒、释更突出。他以丹道解《易》，又将易学、理学融入丹道，使其内丹理论更具理学思辨色彩。
（一）先天真一之气
刘一明认为，道生天地万物是生生不息的造化之道，是道的顺行。但道不能直接产生天地万物，必须经过一个中介才能实现，这个中介就是“先天真一之气”。他说：“造化之道，生生不息之道。推其道源，盖自虚无中而生一气，自一气而生天生地产阴阳。阴阳再合，其中又含一气而成三体。三体既成，一气运动，阴而阳，阳而阴，于是万物生矣。”（《悟真直指》卷二，载《道书十二种》，《藏外道书》第８册）种观点来源于《老子》“道生一，一生二，二生三，三生万物”的宇宙模式，所谓“先天真一之气”相当于道所生之“一”。刘一明认为，由道的顺行所产生的万物，终有死期，人也一样。欲求不死，只有修逆而行之的丹道，才能使人回复到未出生前的胎儿状态。因为胎儿乃是由“先天真一祖气”孕育而成，且只有此“一点祖气”，“别无加杂”（ 《象言破疑·胎中面目》，《藏外道书》第８册。）而此祖气至善至纯，故“天地万物水火刀兵俱不能伤，七情六欲五贼四相俱不能近，究到实处，只一虚空而已”（ 《象言破疑·胎中面目》，《藏外道书》第８册。）刘一明认为，人如回复到那种状态，就将与道永存。所以他既把所谓“先天真一之气”作为道生万物的中介，又把它作为修炼内丹的根本和最后归宿。因而他称“先天真一之气，为人性命之根，造化之源，生死之本”（ 《周易阐真》卷首《先天横图》，《藏外道书》第８册）“即人生本来乾元面目”（ 《会心内集》卷下《真正丹药论》，《藏外道书》第８册）故他说：“性命之道，始终修养先天虚无真一之气而已，别无他物。采药采者是此，炼药炼者是此，还丹还者是此……以道全形全者是此……长生长者是此。”（《指南针·百字碑注》，《藏外道书》第８册）