以上相继发生的三件事，头两件是对朱权的重大打击，后一件则是对朱权敲响警钟，告诉他在今后的人生路途中，到处都隐藏着陷阱，继续沿着现在的路走下去，说不定哪一天会遭灭顶之灾。所以在第三件事出现之后，朱权决心改弦易辙，走韬晦退隐之路，以致逐渐接近道教并信仰道教。《明史·诸王·权传》说：“自是日韬晦，构精庐一区，鼓琴读书其间。终成祖世得无患。”何乔远《名山藏》卷三七说：“自是不敢有求。请覆殿瓴？，用瓦而已，不琉璃。而构精庐一区，莳花艺竹，鼓琴读书其间。用是得终成祖世。”到成祖逝世，仁宗、宣宗在位期间，又遇到几件不顺心的事，使他信奉道教之心更坚定了。《明史·诸王·权传》说：“仁宗时，法禁稍减（可见成祖时对他的防范禁令很严——引者注），乃上书言南昌非其封国。帝答书曰：‘南昌，叔父受之皇考二十余年，非封国而何？’宣德三年（1428），请乞近郭灌城乡土田。明年，又论宗室不应定品级。帝怒，颇有所诘责，权上书谢过。时年已老，有司多龀以示威重。权日与文学士相往还，托志冲举，自号馰仙。”由上可见，朱权之隐退和信仰道教，是事业遭挫折和明成祖、仁宗、宣宗等朝对他不予信任并严加防范的恶劣环境促成的，他一生走过的是一条由王爷到准道士的曲折之路。他在进入老年后，对自己的一生经历作了这样的概括：“予生于疆宇宴安之日，值幽闲娱老之年，缅思曩昔经涉之务，勃然惩怆，是以心日已灰，志日愈馁矣。于是屏绝尘境，游泳道学，身虽汩于华衮，心已外于！极。但日常飞神玄漠，出入天表，纵神辔，策罡飚，乘白云，谒虚皇，稳岸天巾，振衣霄汉，长啸则海天失色，謦縕则万籁风生，俯视寰壤，渺焉一点青烟，半泓秋水，是时天地在吾腹，宇宙在吾身，造化在吾手，与人不同者矣。”（《神隐》卷上，《藏外道书》第１８册）
史载，朱权知识渊博，著作甚多，“所论著及于卜筮、修炼、琴弈诸书”（ 《名山藏》卷三七）单是与道教有关的著作就不下二十种，如：《洞天秘典》、《太清玉册》、《神隐》、《净明奥论》、《阴符性命集解》、《道德性命全集》、《救命索》、《命宗大乘五字诀》、《肘后奇方》、《吉星便览》、《肘后神枢》、《内丹节要》、《运化玄枢》、《乾坤生意》、《寿域神方》、《庚辛玉册》、《造化钳槌》、《馰仙斗经》、《洞天清录》、《原始秘书》等（据《明史·艺文志》、光绪《江西通志·艺文略》、《逍遥山万寿宫志》卷五《净明朱真人传》等汇集）可惜大部佚失，目前尚能见到的，只有《太清玉册》、《神隐》、《原始秘书》、《肘后经》等几种。现仅能根据这十分有限的几本书来对朱权的道教思想作分析了。
一、道论
朱权出身帝王之家，本人又是藩王，虽信仰道教，其道教思想内容仍与一般道士有别。他对道教之“道”的解释就很特殊。他称道教之道，以天为主，是奉天之道。他说：“道教之来，自太始太素之先，鸿未兆之初，天地溟腷混沌始芽于是时也。……无形无名，杳杳邈邈，毕竟莫知之其名。然生天生地生人生万物者，何物也？老子始发其妙，包举二仪，乃强立其名曰道。”（《天皇至道太清玉册》卷一，《正统道藏》本）至道生天地以后，“凡帝王所受天命者曰天子，是以子之事天，以天为父。故仲虺之诰有曰：钦崇天道，永保天命。太甲曰：先王顾天之明命，以承上下神。是以受天明命，奄有四海，上以奉天道，下以治人事，又曰上天眷命，又曰奉天承运，是皆奉天也。故其殿曰奉天门，曰奉天承天，未尝不以天言也。是以道之为教，以天为主，故曰奉天之道，名曰道教”（ 《天皇至道太清玉册》卷一。）。
从同一思想出发，他把道教的三清尊神，与所谓“上三皇”相比拟，曰：“上三皇”之“天皇即玉清圣境元始天尊盘古氏是也”，“地皇即上清真境灵宝天尊地皇是也”，“人皇即太清仙境道德天尊人皇是也”。又把道教的天宝君、灵宝君、神宝君，与所谓“中三皇”相比拟，曰：“中三皇”之“天皇即天宝君也，以元始之玄？化生中三皇之天皇氏也；地皇即灵宝君也，得元始之元？化生中三皇之地皇氏也；人皇即神宝君也，受元始之始？化生中三皇之人皇也”。还将道教所尊始祖黄帝置入所谓“下三皇”中，与伏羲、神农相并列，曰：“下三皇”之“天皇即太昊伏羲氏”，“地皇即神农炎帝氏”，“人皇即黄帝轩辕氏”（ 《天皇至道太清玉册》卷一。）以上说法，表现出朱权根深蒂固的皇权至上思想。在这种思想指导下，他十分勉强地把道教称为奉天之道，又十分勉强地把道教尊神与传说中的上古帝王捏和在一起，以示神权不能超出皇权，只能臣服于皇权之意。
其次，朱权又具有强烈的尊夏贱夷思想。从此思想出发，又称道教之“道”为“正道”。他说，道教源于黄帝和老子，黄帝、老子之教，“皆中国圣人之道也，故曰正道。所谓正道者何？中国者，居天地之中，得天地之正气，其人形貌正，音声正。其教也，不异言，非先王之法言不敢言，是无翻译假托之辞也；不异服，非先王之法服不敢服，所服者黄帝之衣冠，是以有黄冠之称也；不毁形，身体发肤受之父母，不敢毁伤，教之始也，得其道者，白日上升，飞腾就天以显父母，孝之终也；不去姓，不忘其亲，不灭其祖……行君臣之礼，臣事上帝，人臣之义也。读圣人之书，行圣人之道，循乎礼义，儒道一礼也。”“反此道者，则不正矣。”（《天皇至道太清玉册》卷一）
从上述思想出发，他极力反对在中国传行佛教。他说：“逮乎汉明（帝）之时，气运渐衰，天道盈虚消息之理，至此湮没者太半矣，而有西胡夷狄之教入焉。乃以死后祸福之说而惑世愚，以为西胡之国有名极乐者，如能奉吾西胡之教，死后可以往生西方极乐世界。自是中国愚迷之人，甘心背弃上天而从胡教，而又毁灭天道，作书以骂之，但愿生西方为其幸也。……自是风传俗习，变夏为夷，不可复正矣。……自此天地之间，正气消而邪气盛矣，以夏变夷，于此可见也。”（《原始秘书》一，《四库全书存目丛书》子部。）
从这一思想出发，他力主在排三教座次时，以天帝居中，反对以胡神（按指佛教释迦牟尼）居中。他说：“凡中国帝王君天下者，其中国之人，皆以天帝居中，孔子居左，胡神居右。其辽、金、元三朝为君，皆以胡神居中，各尊其土神为主也。自晋五胡乱华，姚苌、石勒始之，而后无道之世，背弃上天，谄事胡神，皆以胡神居中，而使天帝、孔子坐于其侧，是中国人而自灭中国之道也。君天下者，既为天子，而又自灭天帝，是子之灭父，可乎！（《原始秘书》卷一，《四库全书存目丛书》子部。）
二、摄养论
朱权既信道，对道教的养生术也有相当研究，并亲身有所实践，只不过仍有他的特点。
首先，主张不损不耗的保养法。他说：“凡人修养摄生之道，各有其法。如平昔燕居之日，大概勿要损精耗气伤神，此三者，道家谓全精全气全神是也。三者既失，真气耗散，体不坚矣，曷能拟于仙道哉！”（《神隐》卷上）此，他每天夜半时，实行一套养生功法：“每于鸡鸣时，便可起坐床上，拥衾调息，叩齿聚神。良久，神气既定，方行火候搬运数十遍，一遍谓之一周天。便觉浑身和畅，血脉自然流通。当此之时，华池水生，神气满谷，便当大漱咽下，纳入丹田，以补元阳。”强调施行火候搬运，须寻明师口授，“若是常人所传，绝不可信”（ 《神隐》卷上）他又提出一套起居保健法：“如在床上搬运了，就吃些平昔补养的药饵。以两手摩擦令热，乃行导引之法。行毕，徐徐下床，方可栉漱。盥漱毕，乃焚香默诵洞章一遍，逍遥步庭，约行百步，待日高三五丈，方可食粥。食毕，以手扪腹，又行二三百步。大忌嗔怒。”“食消后，随其所业。”（《神隐》卷上）
其次，十分重视饮食摄养和收贮。他说：“腹空即须索食，不得忍饥。”食不能太饱，“太饱则损气”。食后须缓行，“勿令气急”。“食饱不得急行。及走，不得大语，远唤人。”“凡肉补人，莫过于乳酪，？牛当多养几头，以供乳酪，胜如食肉。”若吃肉，须选新鲜者，“有气息者，食之则生恶疮”。“隔宿之物不可食，恐防恶虫，皆要计较，则无他患。”“面食虽养人，益气力，胃气弱者多食，烦闷难消。绿豆、紫苏、芝麻，皆能下气，薄荷又能解热，皆可收贮。其余豉酱、瞏藏瓜菜，干肉之属，食所不可缺者，皆须造下，以防一年之用。”（《神隐》卷上）再次，十分重视滋补药物的贮备与服食。他说：“若能善调养者，必当用药以扶之。少壮者，血气方盛，则无虚弱，其中年之下及于老年，其保残喘、扶羸济弱之理，防危备疾之道，不可不知。”其中，滋补药物的食用就很重要，为此，必须广泛采集贮藏，以备使用。他说：“所用药物，尤宜备赡，如益于人者，山药、地黄、枸杞、甘菊、人参、苍术、胡麻、石菖蒲、苁蓉、防风苗、何首乌之类。当收之时，则多收采，治而食之，甚能益元阳、助真气。如采蔓菁作薤，甚妙，如春间采韭，四时采薤，食之可助肾气不衰。”又说：“如琼玉膏、地黄煎，皆能益寿助气生血，每岁至新地黄出时，可造下数十斤煎。鹿解角时，可收下鹿角熬作胶，入于煎中，大能益补养真元。其鹿角霜亦可熬粥，以助神气不耗。其于防御风气疮疾诸般之证者，宜有药草时都采取下，制造停当，以备不时之用。凡人肉血之躯，岂有常无疾者，故药饵不可缺。”（《神隐》卷上）
此外，朱权还炼制外丹，并服食丹药。他曾经服食“九转灵砂”，并批评别人误解它的药性。他说：“九转灵砂，愚人以为火候太热伤人，孰不知有神化妙理在焉。一钱灵砂，加朱砂、琥珀、珍珠、石菖蒲各一钱，枣肉为丸如黍米大，每服九丸，人参、石菖蒲汤下服之，其药性径至丹田，以固元气，此灵砂之功也。其寿若无百年，必过九九之数，谓阳气不绝，不能死也。予常服之，亦不知其热，而热何至哉！老者必当服，此其常药也。”（《神隐》卷上）
在《仙家服食》一节中，他又记下了“山中煮白石法”、“服食钟乳法”等二十余种药物的制作及服食方法，这些都证明他对道教的炼丹术确是很在行的。
由上可见，在朱权的摄养论中，饮食卫生及药物补养占了很重要的地位，这反映出他作为藩王的富贵本色。
三、隐逸论
朱权从自己亲身经历中体会到，人生的道路并不都是平坦的和一帆风顺的，坎坷曲折是常有的事。他说：“川流之长，江汉之大，泛溢之日几何，无波之日固少。草木之有荣悴也，芬葩之枝，其日苦短，繁实之木，其枝必折。物之美者，不能自全，爵其大者，众怨必至，山峭者崩，泽满者溢，故君子不欲尚也。人生百年，得意日少，失意日多，盖以物理推之，物成者废之始也，事成者败之终也，得之者失之由也，日中则移，月满则亏，天地尚不能遗万物之情，况于人乎！”（《神隐》卷上）那么，如何面对人生的挫折和失败呢？他采取了“知命听天”，不作任何抗争的态度。他说：“人常要知止知命，老子所谓知止不殆，可以长久。天生万物，各有定分，切不可苛求。任尔用尽心力，便求得来做的成，终不长久。……老夫只是顺命听天，以乐此生足矣。”（《神隐》卷上。）更进一步，他又采取避世退隐的态度。他说：人们“务在知进退之节，可出则出，可隐则隐。果道之可行，则激昂振厉，大鼓宣化，为霈泽，为甘霖，以辅王道；果道之不行，便当抱一张无弦之琴，佩一把倚天长剑，骑一角黄牛，拽一辆破车，载其妻子，向青山深处，白云堆里以为巢穴……做一个老实庄家，以保妻子，以老此生足矣。”（《神隐》卷上。）
他把古代的隐逸者分为三类。谓“藏其天真，高莫窥测者，天隐也；避地山林，洁身全节者，地隐也；身混市朝，心居物外者，名隐也。”（《神隐》卷上。）他说他的退隐与三者皆不同，名为“神隐”：“予之所避，则又不同矣，各有道焉。其所避也，以有患之躯而逃乎不死之域，使吾道与天地长存而不朽。放生于黄屋之中，而心在于白云之外，身列彤庭之上，而志不忘乎紫霞之想。泛然如游云，額然如长风，荡乎其无涯，扩乎其无迹，洋洋焉，？？焉，混混沦沦，而与道为一。若是者，身虽不能避地，而心能自洁，谓之神隐。”（《神隐》卷上。）
就是说，身体没有离开王府的黄屋彤庭，仍然过着王爷的富贵生活，只把思想寄托在修学神仙、飞升冲举的希翼之中。这就叫“神隐”，这就是他之区别于其他隐士之处。
据有关资料，朱权在晚年又曾离开王府，过了一段避地隐居的生活。《明史·诸王·权传》说，他在被人告发巫蛊事后，曾“构精庐一区，鼓琴读书其间”。这里未说此精庐建在何处，朱权在《神隐》下卷序中，说此精庐建在南昌西山之巅（或许他所造精庐不止一处，此西山巅之精庐，只是晚年所造者）说：“今西山之巅，有庐存焉，可以藏予之老，西江之曲，有田在焉，可以种吾之禾。壁间有琴，可以乐吾之志，床头有书，可以究吾之道，瓮内有酒，可以解吾之忧。能如是汩其名，藏其形，锉其锐，解其纷，使天下嗤嗤莫能识，莫能知，是为逃空虚，洁身于天壤之间。故有志于是书，使后之观者则曰：涵虚子游方之外者也，岂不高哉！”（《神隐》下卷序）在这样的精庐中生活，自然比上面说的身在黄屋彤庭、心怀紫霞之想的隐逸更像隐士一些，但其丰富的物质供应，又非一般隐士所能企及，真有几分俗人眼中的神仙生活了。