金圣叹研究杜诗的最大特点，就在于他准确地掌握了杜甫的思想，在研究杜诗时，始终注意根据杜诗的语言所传达的信息，准确而深入发掘杜甫在诗的艺术形象中所表达的思想感情。金圣叹与杜甫在为人与思想上虽有巨大的差别，但在根本之处却非常契合，最突出的有两点：其一，讲忠孝；其二，有政治抱负。因此，金圣叹从根本上对杜甫有准确而深刻的认知和理解。在研究方法上，很多学者的研究要么停留在杜甫艺术形象表达的意义的表面，见解浅薄而寻常，要么离开杜诗文字传达的信息，随意穿凿附会。金圣叹的高明之处在于，他力求读懂杜诗文字信息背后的含义，通过剖析艺术形象，把杜甫的真实思想具体加以分析，使读者真正领略杜诗的真谛。由于金圣叹往往能比普通的研究者更深一层看到杜甫作诗的本意，人们往往觉得他的研究见解新，见解奇。金昌说：“大抵少陵胸中具有百千万亿漩陀罗尼三昧，唱经亦如之，乃其所为批者，非但刳心抉髓，悉妙意之闳深，正复祛伪存真，得天纵之剀挚。盖少陵，忠义士也，非以忠孝之心逆之，茫然不历其藩翰，况于壸奥！”(《叙第四才子书》)《羌村三首》诗意本非常明白，但经金圣叹一解，觉得在明白的背后有着丰富深邃的内涵。其二：“晚岁迫偷生，还家少欢趣。娇儿不离膝，畏我复却去。”金圣叹解云：“此解用意最曲，不说不知，说之便朗如日月之在怀也，既归后，忽然自想早岁出此门去，岂不自谓致君尧舜，返俗黄虞，功成名遂，始奉身退，壮矣大哉！快乎乐也！乃今心短计促，迫为偷生，窜身还乡，昔图总废，咄咄自诧，又何惫欤！娇儿心孔千灵，眼光百利，早见此归不是本意。于是绕膝慰留，畏爷复去。四句总是曲写万不欲归一段幽恨。”其三：“父老四五人，问我久远行。手中各有携，倾榼浊复清。”金圣叹解云：“父老一问，直得无言可对。何也？先生远行，专为普天父老，然则父老欲问，我只须各自问：特地出门五年十年，而俾父老耕地无人，羞杀也！愤杀也！先生妙笔，全在无字处如此。从来人读此以为平平。”诗：“苦(莫)辞酒味薄，黍地无人耕。兵革既未息，儿童尽东征。”金圣叹解云：“既用上解意，又反复申明之。先生被父老一问，方在无言可对，乃父老反为酒薄自愧，说出无数絮叨，句句曲解酒薄缘故，句句热剥先生面皮，真异样奇笔。”诗：“请为父老歌，艰难愧深情。歌罢仰天叹，四座泪纵横。”金圣叹解云：“我贻汝以艰难，汝报我以深情，真正愧杀也。前父老问，竟到底不答。至此但请为歌。歌即歌‘艰难愧深情’五字也。歌罢浩叹，虽父老皆作殷浩咄咄矣。”(《杜诗解》卷一)金圣叹运用心理分析的方法，在解说诗表现的情景时，展现了杜甫的心理活动理与内心世界。这样，杜诗的意境就非常完美、非常生动地展现在读者的眼前，给读者以全新的印象。金圣叹研究杜诗，善于阐释诗中杜甫的形象，阐释杜甫的思想、襟抱、品格，这样就抓住了杜诗的本质与灵魂。《春日江村五首》本是郊游题材，无甚特别之处，而金圣叹却能透过杜甫所写的江村景象和杜甫的所感，解说诗所表现的禹、稷之心，杜甫关心苍生社稷的伟大胸怀。金圣叹题下解云：“极似良辰无事，逍遥原野题。及读其诗，江村之大计如彼，春日之皇皇如此，叹先生一肚皮禹、稷，非雕虫小儿所知也。”(《杜诗解》卷三)诗其一：“农务村村急，春流岸岸深。乾坤万里眼，时序百年心。”金圣叹解云：“此眼便是禹、稷。看先生劈头提起‘农务’二字。题是一村，诗忽云‘村村’，盖一村急，即村村不可缓也。于是先生放眼再思：一村急即村村急，今纵横万里，果得村村皆已急乎？或连兵漫野，或受甲不归，其若之何？念至此，便不胜己溺己饥之痛。然而一生之心，至今不试，时序又春，百年眨眼。我如苍生何？苍生如我何？真乃暏此茫茫，百感交集者也。”诗：“茅屋还堪赋，桃源自可寻。艰难昧生理，漂泊到如今。”金圣叹解云：“‘艰难’，说苍生。此非无家语。承上‘乾坤万里’，有田不耕如此，我奈何独以家为？盖非无茅屋，不少桃源，遭时艰难，甘就漂泊，正即大禹三过不入一副心肠也。读此诗，相先生何等人！”(《杜诗解》卷三)金圣叹所解说的确实是游江村的杜甫，所解说的思想是真实的杜甫的思想。这使读者加深了对这首诗的认识，也加深了对杜甫的认识。《云安九日郑十八携酒陪诸公宴》的解更别致。诗：“地偏初衣袷，山拥更登危。万国皆戎马，酣歌泪欲垂。”金圣叹解云：“人徒知万国戎马，故泪垂，即岂复成诗者耶？万国戎马，而此独酣歌，是以不得不垂泪耳。我见题中有‘诸公’字，便知先生是日必无好气也。如此读断‘泪垂’字，是则圣叹所以奉赠后贤者也。读毕，始知寒花开尽。”(卷三)金圣叹之解确实与众不同，乍一看，觉得惊奇，细细一想则令人叫绝。金圣叹确实解出了杜诗的阃奥，解出了杜甫的深衷。它不像一般穿凿附会的解杜，让人摸不着头脑，也不像一般的人云亦云，有解与无解无异，它使人如入桃源，看到一片新的景象，新的思想天地。
金圣叹解说杜诗，着重阐说杜甫安邦济世的政治思想和忠孝仁义的道德思想。应该说，这是千百年杜诗研究的传统主题和主流思想。但是，金圣叹是一位狂怪的人，也是一位很有抱负的人，一位有叛逆思想的人。他的思想以儒家思想为主，又杂糅释家和道家思想。故而他解说杜诗既传统又怪异新奇。《空囊》解说杜甫的操守与品格。其一解云：“衣食二者，无一日可以暂辍，乃小人偏于此卤莽，君子偏于此艰难。‘卤莽’‘艰难’，字法妙绝。……此非君子不畏饥寒以杀身，而无奈以礼处身，以义处心。吾守吾道，之死无二。不能学当时小儿，甘者即食，卑者亦餐。卤莽觅活，腼颜人世也。”其二解云：“前一解，是先生自写骨力。后一解，是先生自写襟怀。……夫人至于通宵彻夜，饥寒备极如此，他人已不知有几许悒郁侘傺，先生却有闲胸襟，自戏自谑。”(《杜诗解》卷二)分析非常透辟。金圣叹在解《孤雁》时，提出杜诗都是忠孝切实之言的观点，并援引道教与释家思想加以说明。其解说云：“余尝谓唐人妙诗，从无写景之句。盖自三百篇来，虽草木鸟兽毕收，而并无一句写景，故曰‘诗言志’。‘志’者，心之所之也。字，从言从，先生集中，都是忠孝切实之言，往往有所寄托而愈见其切实，如《孤雁》诸篇是也。庄生书，通途解向幻忽惝怳一边，殊不知其开口说鲲说鹏，便是一片切实道理。……《法华》龙女成佛必于南方，故曰‘徙于南冥’。如此说来，有一字不切实否？因读先生咏物诗，附见于此。”(《杜诗解》卷三)用《庄子》和《法华经》来帮助阐释杜有所寄托而愈见其切实，有些勉强，可是颇为新鲜。“忠孝切实之言”之说，表现了金圣叹对杜诗的思想的最根本的看法，表现了金圣叹对杜诗的高度评价。金圣叹为人狂放，而对杜甫极为尊敬，一再表现对杜甫的仰止之情，尊杜诗为经典。《〈秋兴八首〉别批》其四云：“读先生诗，真如闻无上甚深经典，使小儒意见都尽。”(《杜诗解》卷三)这样评价杜诗，在古代可以说是最高的，也是别致的。
艺术也是金圣叹杜甫研究的重要内容。金圣叹对文学艺术理论有深厚的修养，又深入研究过“六才子书”，因此，他的杜诗艺术研究非常精彩，发明甚多。
金圣叹杜诗艺术研究的最大特点，是用清代时文的理论去观照杜甫诗的艺术，去准确探求杜诗的风格，探求杜甫的诗篇艺术的创新，探求具体的表达特点。所以金圣叹的杜诗研究往往是细致的、透辟的，见解往往是独到的。
在具体研究中，金圣叹最重视对杜诗的结构研究，也就是对诗的起承转合的研究。其理论云：“大抵圣贤立言有体，起有起法，承有承法，转合有转合之法。非如后世涂抹小生，视为偶然而已。吾不信天下事有偶然又偶然也。”(《杜诗解》卷三《秋兴八首》)理论并没有特别高明处，不过是八股文的理论。但杜诗艺术所以伟大，其结构卓绝是其重要因素。金圣叹研究艺术往往从结构对内容表达的视角来研究，因而可以看出杜诗不同于其他诗歌结构的独到之处。同时他研究细微，往往可以阐发出杜诗结构的精妙。金圣叹解《柟树为风雨所拔叹》，题下云：“按史，永泰元年三月辛丑，大风拔木，此诗岂纪实耶？又是年四月，严郑公薨。读起曰‘草堂’，结曰‘草堂’，知为郑公，不为柟树也。”结尾云：“看通篇结构，‘草堂’起，‘草堂’结，知为草堂不为柟树。先生于是乎思去草堂矣。”(《杜诗解》卷三)诗题是写柟树，而金圣叹认为草堂是诗的结构之本，进而从结构之本探索诗的深意，其艺术研究视角独特，别开生面。很多时候，金圣叹对艺术的解说是融在内容解说中的。在金圣叹看来，离开内容，是无法解说艺术的。而对艺术的精湛解说，往往是通过对内容的深透剖析来实现的。《咏怀古迹》五首其三对前半首的解说：“欲说荆门有明妃村，先着‘群山万壑’句，用形容寻龙问穴之法，大奇！高耸起则为山，跌下则为壑，耸起则又为山，无量劫来，天地如此其浩浩也。于其间有楚，楚山楚水，起伏无数，遥遥直走千里万里，而后有荆门，而后荆门有村，而后村中有明妃。然则明妃真为天地间气特钟可知。今明妃往矣，村则尚有。‘尚有村’者，言但有村而已矣。三四承上‘村’字，言明妃当日虽生长此村，而后不复为村有者，为入汉宫也。乃至明妃既入汉宫，并不复为汉宫有者，则为去紫台也。夫明妃而去紫台，明妃之踪迹尚可问也。明妃去紫台，遂连朔漠，明妃之踪迹则不可问也。”(《杜诗解》卷三)这里固然主要是解说内容，但同时也是对艺术的精妙解说。谈诗的起、承和语言，都很有发明。事实上，在金圣叹的解说中，内容的解说与艺术的解说是相辅相成、相得益彰的。
金圣叹非常重视对杜诗语言的研究，解说语言新意颇多。从某种意义上说，文学的艺术就是语言的艺术。语言解说好了，艺术的研究也就深透了。金圣叹特别注意研究杜诗语言的新异和精妙。特别注意研究杜诗语言的表现力和美。《蜀相》解云：“三四，碧草春色，黄鹂好音，入一‘自’字，‘空’字，便凄清之极。二语，是但见祠堂而无丞相也。”“第七句‘未’字、‘先’字妙，竟是后曾恢复而老臣未及身见之者，体其心而为言也。”(《杜诗解》卷二)这些分析都非常精彩，颇有新意。《遣闷戏呈路十九曹长》诗批解都以论语言为主，真正能发杜诗语言艺术之奥妙。其上半首解云：“‘雷声喧’者，见其雨大，是昨夜如此。‘动微寒’者，春寒多雨，见天未及晴也。莺极怕雨。鹭，水鸟，不怕雨。‘黄鹂’句，承‘春城’句。‘白鹭’句，承‘江浦’句。莺于林木为宜，鹭于野浦为宜也。‘并坐交愁’，妙，‘群飞太剧’妙。‘并坐’者，当是雌雄相并也。‘剧’即是戏。‘太剧’者，喜其羽毛得干也。此二句，寓二种意在：若依黄鸟，只好坐在家里。若依白鹭，又好走出门去。先生一心要到路十九家去，写来不觉直如戏语。诗到此，岂非化境！”下半首解云：“‘诗律细’‘酒杯宽’，用一路逼法，逼到路十九身上去。路十九爱先生，是爱其律之细也。却偏以‘清狂’二字替之，妙绝。不然，便是以诗为酒杯地也。今云‘酒杯宽’者，算来只有一个路十九，故曰‘惟君’。今我要遣闷，除路十九，更到谁家？‘百遍相过’者，我两脚只思走到君家，不顾有雨无雨。一遍不止，两遍不休，即至百来遍，亦无不可。何以故？度君爱我之意，正未阑也。路十九家，真是遣闷之地。是日雨中，性急要去，语语作相逼之势，是为‘戏呈’也。”诗的语言的最高境界是最艺术、最完善地表达诗的意境，即用最佳的文字最真实、最生动地表现诗人所要表现的事物和思想感情，而诗的语言研究的最高境界就是最客观、最完全地体会诗人的语言妙处。而要达到这样的语言研究的最高境界，必须对语言本身有深透的研究，必须有自己运用语言的高超的能力与体验。从金圣叹对《遣闷戏呈路十九曹长》的解说看，他对杜诗语言的研究达到了极高的境界。金圣叹解杜诗之意往往是建立在解杜诗语言基础上的，而在解说杜诗语言艺术的时候，也往往伴随着对意的解说。他解说杜诗语言艺术细致、准确、新颖、别致。
在杜诗研究中，借杜甫和杜诗以言志，表现自己的抱负和思想，抒发自己的郁闷与牢骚，也是一股小小的潮流。在这样的研究者中，金圣叹无疑是杰出代表。他是一位狂狷之士，他表现的思想明显有某种叛逆性，大胆而旗帜鲜明，论述自己的思想透辟而饱含感情。在《杜诗解》中，金圣叹首先表现出对封建专制的某种不满与反感。解《三绝句》云：“此《三绝句》，非写三事，乃独刺殿前兵马也。却为‘殿前兵马即盗贼’一语，投鼠尚忌器，岂可唐突便骂？故分作三绝句以骂之。第一绝，言盗贼即理当淫杀如此。若不淫杀，亦不成为盗贼。第二绝，言普天下人酷受淫杀之毒，我只谓都受群盗之毒。第三绝始出正题，言近则闻道殿前兵马乃复淫杀不减，竟不知第二绝是受群盗毒，是受官军毒？谁坐殿上？谁立殿下？试细细思之！”(《杜诗解》卷四)语言含蓄，意思却非常明白，金圣叹认为皇帝应为殿前兵马的淫杀负责。金圣叹的话是完全符合道理的。金圣叹解《洛阳》云：“后半首写天宝天子虽幸得归，不为万民所惜也。”(《杜诗解》卷三)这里金圣叹完全曲解了杜诗“故老仍流涕，龙髯幸再攀”。杜诗本意是万民为再见天子而高兴，金圣叹却反着说，万民不愿见天子。从曲解中，我们可以看出金圣叹对神圣的君权的某种蔑视与挑战。金圣叹借杜诗研究来表达自己关于君权的态度和思想，无疑提高了杜诗研究的学术性和价值。