释迦牟尼去世100年后的400年间，即约公元前4世纪到前1世纪，是印度佛教的部派佛教时期。这一时期，在经济上，奴隶制鼎盛并开始转向衰颓。在政治、军事上，公元前327年希腊亚历山大部队入侵次大陆的西北部，占据了印度河流域附近一带。难陀王朝部将旃陀罗笈多（月护王）起兵推翻王朝，赶走希腊的入侵军，合并印度中、西、北部地区，建立了孔雀王朝。旃陀罗笈多的孙子阿育王（约公元前273—前232），进一步把版图扩展到印度东南地区，建立了印度历史上空前的统一大帝国。据佛教记载，阿育王本人皈依佛教，并宣布佛教为国教，佛教从印度恒河流域扩展到次大陆，并传播到周围若干国家。公元前180年左右，孔雀王朝被灭，代之而起的巽伽王朝，拥护婆罗门教，佛教遭到沉重的打击。此时，西北地区先后被希腊人、塞族人和安息人所入侵，建立新的国家。东南地区也分裂成为许多小国。印度又重新陷入了孔雀王朝以前的四分五裂的状态。随着佛教流传地区日益扩大，它必须适应这些不同的地区、国家、民族的生活、宗教和思想传统，相应地也就必然要发生重大的变化。
早期佛教教义抽象，神话不够发达，宗教仪式也比较单调贫乏，这就限制了它在群众中的传播和影响。佛教为了争取自己的生存和扩大自己的势力，必须适应群众对丰富多彩的神话形象和激情洋溢的宗教仪式的心理需要，而这样做又会引起自身的变化。早期佛教的教义和戒律，按照当时的习惯是口头传说，凭着记忆互相授受，难免记忆有误，以讹传讹。这样，后来的僧人对于原来的教义和戒律的理解，也就会产生分歧。由于这种种原因，早期佛教也就逐渐发生分化，形成了部派佛教。
部派佛教是从早期佛教分化出来的各个教团派别的总称。起初，佛教分化为上座部和大众部两大派，史称佛教的“根本分裂”。“部”，原意是“说”。上座部是一些长老的主张，属于正统派。大众部是众多僧侣的主张，是比较强调发展的流派。这两大派后来又继续分化，形成了更多的流派。据世友著、唐玄奘译北传佛教《异部宗轮论》的记载，先是大众部分化出8部，后上座部又分化出10部，共为18部。大众部先后分出一说部、出世部、鸡胤部、多闻部、说假部、制多山部、西山部和北山部。上座部分化为说一切有部和雪山部（原上座部），说一切有部先分化出犊子部，犊子部又分化出法上部、贤胄部、正量部、密林山部。说一切有部又分化出化地部，由化地部又演化出法藏部。说一切有部还分化出饮光部和说经部。以上连同上座部和大众部，共为20部，可列简表如表一。另据南传教史书《大史》、《岛史》的记载，部派佛教共为18部，即没有北传佛教所说的西山部和北山部，此外，部派名称和传承关系也有些差异，也可列简表如表二。
部派佛教与早期佛教的区别以及佛教内部的分歧，表现在宗教实践、宗教理想和哲学理论等各个方面。
在宗教实践方面，由于有些教徒滋生出一种对于部分戒律的违抗，佛教曾为此而多次举行结集，专门讨论是否放宽正统的戒律的问题。例如，随着布施范围的扩大，人们向寺院奉献的物品越来越多，原来规定比丘不准接受金银财物的施舍，大众部认为可以受蓄，上座部反对改变，大众部又拒绝服从，并被驱逐和开除，从而分别形成相对独立的流派。
在宗教理想方面，上座部认为释迦牟尼是历史人物，其所以伟大，主要是理想的崇高、思想的正确、智慧的精湛和精神的纯洁。一般人修道学佛的最高成果不是成佛，而只能是趋向佛果的阿罗汉，即能达到所谓断尽一切烦恼，不再生死轮回的果位。大众部不同，他们倾向于抬高释迦牟尼的形象和人格，提出了“超人间佛陀”或“超自然佛陀”的观点，把释迦牟尼看作为超凡的、超自然的存在，是一位离情绝欲、神通广大的真正的“神”。他们吸收和加强神话创作，来烘托释迦牟尼的超凡神圣，并创造新的仪式，对释迦牟尼顶礼膜拜。他们还贬低阿罗汉果位，强调阿罗汉还有许多不足。大众部的这些主张，后来为大乘佛教所继承，并获得了进一步的发展。
在哲学理论方面，部派佛教已由早期佛教侧重于人生哲学扩展到宇宙观领域。由于早期佛教对于缘起说和灵魂说阐述不明确、不彻底，而导致部派佛教内部对轮回流转业果相续的主体问题和宇宙万物实有假有问题的严重对立。
一般地说，上座部各派偏重于说“有”，也就是认为精神现象和物质现象都是实在的。例如，说一切有部，所谓“说一切有”，就是承认精神和物质的存在，承认一切存在。从时间观念来说，就是承认过去、现在和将来的一切都是普遍存在着的。说一切有部毗婆沙论师坚持认为，人们既然都具有事物在过去、现在和将来都存在的观念，那就证明事物是实际存在的，因为事物不存在，人们就没有思想的对象了。再者，按照缘起说，过去的思想行为产生结果，由因而有果，果不能产生于空无。既然因能生果，那就表明因是实在的，过去的因是永远存在的。说一切有部这种承认一切永远存在的理论（三世实有），是和早期佛教的“无常”观念相违背的，是一种新的哲学理论。
从说一切有部分化出来的犊子部把世界一切事物和现象分为“过去”、“现在”、“未来”、“无为”、“不可说”五类，认为都是实有的。它还特别强调“补特伽罗”（即“我”）（“补特伽罗”：梵文Pudgala的音译。印度耆那教用来指物质。佛教则有两种用法，一是“我”的另称，指生死轮回的主体；二是与“人”同义。此处指“我”。）是“不可说”的，是实有的。“补特伽罗”与人身是“不即不离”的关系。这实质上是一种朦胧的、半真实的人，是一种实体性的灵魂，是轮回转世的承负者。犊子部承认“有我”，也是和早期佛教的“无我”论相对立的一种新说。
从说一切有部分出的说经部又转而肯定释迦牟尼的无常学说，否定说一切有部主张的一切事物永远存在的论点，强调一切事物仅仅是在目前存在。也就是反对三世实有说，主张刹那说。说经部认为，所谓事物的实有或存在，是就事物发挥某种作用而言，事物只有发挥作用才是真实的。事物也只能占有特定的时空位置，发挥其特定的作用。而所谓发挥作用，就意味着产生结果。也就是说，事物的实有只有在它产生特定的结果时才是真实的。而所谓事物产生特有的结果，就是转化成为下一种的存在方式。也就是说，任何事物只有在它转化为它的下一种存在方式时，才是实有的。说经部由此得出结论：事物的实有或存在是刹那间的，事物是刹那存在，而不是三世存在。说经部由此还否认涅槃是永恒的幸福境界的观点，认为一切都是无常的，涅槃也仅仅是停止受苦、停止轮回的境界。这都是倾向于事物是空的说法。说经部的论说遭到毗婆沙论师的反对，被指斥为是一种带有虚无主义色彩的理论。
大众部各派偏于讲“法空”，或是只承认现在实有，认为过去和未来都是没有实体的。与此相联系，在心性及其解脱问题上，大众部和上座部虽然都主张“心性本净”，但是两派所讲的“心性本净”的含义却大相径庭。上座部是指心本来就是净的，大众部则是指心在未来可能是净的，心净是未来可能达到的境界。实际上是认为原来的心并不净，是染心，是强调染心可以得到解脱。可见两派的观点是对立的。
从宗教实践和宗教理想的角度来看，大众部对后来大乘佛教的影响比较深刻。从哲学思想的角度来看，大众部的理论与大乘空宗具有较多的渊源关系，而从上座部演化出来的说经部，后来又在深受大乘空宗影响的基础上进一步发展为大乘有宗。
二、大乘佛教
大乘佛教的兴起大约在公元1世纪，此时正是次大陆历史上的所谓“南北朝时期”，即贵霜王朝和案达罗王朝分立的时代。贵霜王朝传至迦腻色迦（约公元129—152年在位）时，统一了北印度，并不断对外扩张，大力推崇和传播佛教。案达罗王朝是南印度诸国中势力最强大的国家，它提倡婆罗门教与佛教相对抗。贵霜王国在公元3世纪后开始分裂，5世纪灭亡。案达罗王朝到公元225年灭亡，随之又恢复了地方割据的局面。约公元320年，旃陀罗笈多一世（月护王）建立笈多王朝。三传至旃陀罗笈多二世（超日王，380—415）时，更领有印度大部分版图。此时一度经济繁荣，文化发达，史家称之为印度中世的黄金时代。随着印度的奴隶制度趋于解体，在贵霜王朝时开始形成的封建制，到笈多王朝时就完成了。相应地种姓制度也发展为姓阶制度，即在原来的种姓中，依据职业的不同，又分出数以千计的姓阶，并且是世袭的。不同姓阶之间，不得互通婚媾。这种姓阶制度和中国历史上的门阀制度相近似。笈多王朝崇奉婆罗门教，但也不排斥佛教。后来随着国势的衰颓，又对佛教重视起来。大乘佛教就是在印度奴隶制向封建制过渡、阶级关系重新组合、新的阶级矛盾出现并逐渐尖锐化的背景下产生的。
大乘佛教兴起以后，为了争夺佛教的正统地位，把早期佛教和部派佛教贬低为小乘。乘是梵文yāna的意译，音译为“衍那”，意思是乘载（如车、船），也有道路的意思。大乘是梵文Mahāyāna的意译，音译为“摩诃衍那”，“摩诃”是大的意思。小乘是梵文Hi-nayana的意译，音译为“希那衍那”，“希那”是小的意思。在大乘佛教看来，小乘是“小道”，是释迦牟尼为小根器的人所说的教法。大乘佛教宣称自己能运载无量众生从生死大河的此岸达到菩提涅槃的彼岸，成就佛果。大乘在形成和演化过程中，主要有中观学派（空宗）和瑜伽行派（有宗）两大派别。
（一）中观学派
中观学派主张观察问题不落一边（如空与有、常与无常各为一边），即综合二边，合乎中道，因而得名。由龙树（约150—250）及其学生提婆（圣天，约170—270）所创立。龙树是南印度人，属婆罗门种姓。自幼通晓婆罗门教典籍，青年时即为著名的婆罗门教学者，而且天文地理、图纬秘藏、各种道术，无不悉练。龙树后皈依佛教，精通三藏，并到北印度雪山地方，住在塔庙里，遇一老比丘授以大乘经典，随后周游各国，传播大乘教义。后又回到南印度教化，使大乘中观学派风靡全印度。龙树的著作很多，有“千部论主”之称。他的弟子提婆也是南印度人，也属婆罗门种姓，后从龙树出家为僧，发挥龙树的中观派学说。龙树后来自杀而死，提婆被一婆罗门杀害，说明当时的思想斗争是十分激烈的。
提婆的后继者是罗
罗跋陀罗，罗罗系传至清辨及佛护，随后又分裂为不同的派系。清辨一派的重要传人，相继有寂护、莲花戒和狮子贤，佛护一派的重要传人有月称，月称传护法和伽耶提婆，伽耶提婆传寂天，寂天传萨婆那密多罗。
中观学派奉《大品般若经》为主要经典。龙树著的《中论》、《十二门论》和《大智度论》以及提婆著的《百论》为此派的基本理论著作。中观学派反对部派佛教某些流派主张的万物实有的观点，认为人生的痛苦在于，人们对世间一切事物没有真正的了解，产生了颠倒分别的无益戏论。要解除痛苦，最根本的是要体会一切事物的“实际”，认清一切事物并无实体，也就是无“自性”，就是“空”，就是“毕竟空”。这就是空观，因此这一派也称为“空宗”。中观学派的“空论”的根据是缘起说，此派认为万物既然是因缘和合而生，即依靠其他原因、条件而生，不是从它自身中产生，这就说明它不是真实存在的。因缘所生就证明事物的内在的不真实。任何事物只要是依靠先行的事物而得以存在，它就必定失去声称自己有内在真实性的权利。依赖的存在不是真正的存在。佛教的原来的缘起说，是讲任何事物都是有原因的，否则就不是实有的事物，也就是说，由于事物是有原因的，因此是实有的。中观学派则认为，一切有原因的事物都是不真实的，也就是说，正因为是有原因的，所以是不真实的。这是在原来的缘起说的基础上，进一步发展为“缘起性空”、“一切皆空”的宇宙观。
（二）瑜伽行派
约在公元4世纪至5世纪，瑜伽行派继中观学派成为印度大乘佛教的主流。“瑜伽”是相应的意思，指一种观悟“真理”的修行方法。在释迦牟尼创立佛教以前，古代印度哲学中有瑜伽派，主张有一个“自在”（大神），并着重研究调息、静坐等修行方法。这些方法也为佛教所吸取。佛教瑜伽行派相传是因无著曾受到弥勒菩萨的启示，诵出《瑜伽师地论》为教义的根据，故名。此派尊弥勒为始祖，实际创始人是无著、世亲两兄弟。他们大约是5世纪的北印犍陀罗人，都从小乘佛教说一切有部出家。无著先是修习小乘空观，但并不满意。据传后经弥勒的指点而改信大乘。世亲对说一切有部的阿毗达摩（“阿毗达摩”，梵文Abhidharma的音译。或译“阿毗昙”，略作“毗昙”。意译为“对法”，是对佛经的解释。佛经是规范性的“法”，解释“法”的叫做“对法”。）很有研究，著《俱舍论》，对小乘学说十分自信，反对大乘学说，但后经无著的帮助改宗大乘。兄弟两人共同弘扬弥勒学说，创立瑜伽行派。
瑜伽行派以《解深密经》和《瑜伽师地论》等为主要经典。无著的《摄大乘论》，世亲著的《二十唯识论》、《三十唯识论》和《大乘百法明门论》等在创宗方面的作用最大。继世亲的有亲胜和火辨两家，相继发挥亲胜学说的有德慧、安慧和真谛，以上称为前期瑜伽行派。另外，继承世亲、火辨一系的陈那，特别重视因明，即重视逻辑论证和认识论探讨。发挥陈那思想的有无性、护法、戒贤（玄奘的师父）和法称等，称为后期瑜伽行派。