此项借款对象为奥地利商人伦道呵，共拟借库平银3000万两，分三次交清，每年四厘半息，收银之日起息，每年还本利200万两，22年半本利俱清。据李鸿章计算，若“自分年交银至还清本利，共十六年，每年筹付二百五十万”，已经“有盈无绌”（光绪十六年四月三日（1890年5月21日）《寄巴黎陈参赞》，见《李鸿章全集》，第2辑，243页。）。此举如果成功，在中国近代外债史上倒是一个特例。因利息较低，作为报酬，允许伦为中国代办购置各国物料之事，但须同质同式同价，不得把持渔利。从1890年4月开始协议，双方就合同细节反复讨论，其间伦又提出一些附加条件，如“以后借债、购件、雇洋人、造工、在洋设公司，俱由伦代办，其价货与他人同。并准伦父子在洋设公司专为中国办事”等，被李鸿章驳回；加以英法商人及政府闻讯，纷纷扬言“中国准伊等借金，以掣伦金，以掣伦肘”，甚至说“银款做不到，由中人谎骗”，令中方疑窦丛生（参见《李鸿章全集》，第2辑，285、291、313页。），因此合同迟迟未能签订兑现。直到次年初，草约拟定，恰逢醇亲王死去，无人主事，廷议暂作罢论。
正当借款悬而未决之际，发生了陈季同私债决裂之事。1890年12月7日薛福成电告李鸿章：“敬如逋欠累累，法银行催索罔应，势将决裂，恐伤中国体面。诚无力代偿，亦防人效尤，更难从井救人。理应参撤究追为妥，但恐碍洋债。”请李“代还四千五百英镑，保敬声，即可免洋债掣肘”。并称：“敬尚有他欠，未来讨，姑缓问。”李复电表示私债与公事无关，无从代还，应令其自行清理。同时指示：“如决裂，希先电知，并告陈勿庸管理国债事。”到次年2月20日，薛福成通知李鸿章：“敬如私债决裂，外部即日来文，若文到后不请总署参追，咎在使臣。现已不令进馆。”请李以“借洋债为名，电调赴津面议，以善进退”。而陈季同也因借款草约寄往天津，要求和伦道呵一同回国。李再度以洋债已作罢论为由予以拒绝。拖到3月下旬，薛福成令陈季同先行告假，4月18日陈启程回国。此后，法国外交部咨文总理衙门，指控陈季同诓借巨款，总署电令薛福成查拿。薛在通报李鸿章后，复电总署，告以陈的行踪，“请电饬密拿”。结果，陈季同回到福建后即被看押。（参见《李鸿章全集》，第2辑，314、315、340、350、368、369页。）
关于此事原委，沈瑜庆《陈季同事略》称：“薛福成奉使英法，有庆常者窥季同位，以蜚语陷之，谓于此项借款有利。薛心动，讽季同。答言此事即成，我亦无利，况未成乎？乃请告归。薛意未已，电闽督拘之。季同弟寿彭入都营救，总署诘薛，薛于九月摭季同无关紧要事劾之，令北洋讯问，事皆虚枉。”庆常原与陈季同均驻法国，后调往俄国使馆。陈季同告假后，薛福成即调庆常接任。二人之间，本有矛盾，所以当李鸿章觉得薛福成有意治罪时，即提醒其“闻庆常等与伊不睦，勿听播弄”（《李鸿章全集》，第2辑，361页；薛福成：《出使英法义比四国日记》，“走向世界丛书”本，305页，长沙，岳麓书社，1985。）。
不过，陈季同负债较多当系事实。其人风流倜傥，文武兼备，“善文墨，下笔不能自休，而击射枪炮尤精稳，兼能驰骋，距马丈许，一跃即登其背，以枪击空中飞鸟，无不中。在泰西十九年，凡各国君长大蒐时咸延往校阅；又时偕其将校会猎，所获较多。闲居久，郁郁不乐，遂寄意于醇酒妇人。”他先娶刘氏早卒，在法国续娶一法女，后又有一英国女士慕其才，与之同居。此女取给较奢，随陈季同回华后，因不餍其求，竟率所生子离去。（参见《福建通志》列传卷三九，清列传八。曾孟朴小说《孽海花》对其域外恋情有详细描写。二人有师弟之谊，所记非纯属杜撰。）如果其确“以大清帝国名义在巴黎珠宝店和装饰品商那里负债累累”（［法］巴斯蒂：《清末赴欧的留学生们》，见《辛亥革命史丛刊》，第8辑。），用途当是笼络异性。所以后来张之洞问陈衍关于陈季同的为人，陈衍“答以季同不修边幅，滥用钱有之，然未尝媚外。薛叔耘忌之，其言不可信也”（陈声暨、王真编：《石遗先生年谱》，见沈云龙主编：《近代中国史料丛刊》正编，第277册，104、277页。）。而生忌的原因，很可能是陈季同办理借款等事完全避开薛，使其感到尾大不掉。据许景澄说，陈“自居代理公使，冒借洋债”。而“代使名目，向章所无，推究其由，仅系译洋沿袭之误”。因此除“具牍陈明更正”外，还想请总署“通行各使臣酌照办理，以归划一”。后因日、秘两馆使臣，不过莅任一到，“其常川驻扎之参赞，或须比照西例，假以代使之号，以装门面，与俄、德等国情形不同”（《许竹筼先生出使函稿》卷四，8页，光绪十七年四月《致总理衙门总办函》。），才未实行。
至于法国方面，虽有欠债事实为由，也有外交积怨作用。陈季同长期担任情报刺探之事，难免触犯法国政府的禁条，招致怨恨。1890年9月，法国破获一桩牵涉法、德的间谍案，将陈季同牵连在内。近代法德关系极为敏感，此事经传媒披露，法方为此曾向中方交涉，虽由陈季同本人剖明无关，法国似乎不肯善罢甘休。由政府出面通过外交途径追究他国驻法外交官的私人债务，并非常例。（参见《许竹筼先生出使函稿》卷四，1页，光绪十六年八月《致总理衙门总办函》。）
对于如何判定处理此案，薛福成和李鸿章的态度明显不同。后者认为不过是私债，一开始就有意维护，先请薛福成设法转圜，后又建议“照中外利债办法，只可代追，参后则身名俱败，更难清款”，希望薛“能发亦能收”，并指出牵扯的“法越事谤者非事实”。9月，总署奏请将陈季同先行革职，由“北洋大臣提津讯明，勒限严追，令自行设法清偿”，实际上已经定下调子，只是为了向各方面有所交代，特别是应付穷追不舍的薛福成，才拖到次年结案。
而薛福成则大有置诸死地而后快之势。他知道陈与李鸿章关系非同一般，不能避开李直接动陈，又要防止李曲意袒护，因而往往借总理衙门和法国外交部之名向李鸿章施压，令其无可推脱，同时表明自己不过奉命行事，以免欲加之罪之嫌。当李鸿章提醒他不要听信庆常等人的播弄时，他复电否认道：“陈冒国家名借私债，伪造使臣信押银号，控外部，均在庆未到前。容忍半年，因外部将全案寄京，始咨总署，失在宽缓，决不信播弄。”李鸿章劝其能发能收，代追了事，他则声明：“控案外部咨总署，非成先发。陈以欺骗被控，似难照中外利债办法。”并出难题让李鸿章直接出面与总署交涉，“电止参办”。
由于李鸿章的牵制，薛福成答应：“拟遵署电，用轻笔参暂革，勒追缴款后，尚可开复，否则代为筹款救急。”但其言行显然有加重陈季同罪名的意向，试图将私欠债务扩大为媚外辱国，并有意挑拨陈李关系。他屡次指陈及其同伙“假中堂声势招摇”，又电告总署防止其“逃入外洋为患”（《李鸿章全集》，第2辑，360、362、367、368、369、395、456页。），将告假回国描绘成畏罪潜逃。当他得知此事由李鸿章负责查办时，知道难以如愿，一面向总署表示忧虑，一面几次致函李鸿章，指陈季同在津“踪迹诡秘”，怀疑闽帮诸人“代为推挽”（《复钦差出使英法义比国大臣薛》，见《李文忠公尺牍》（手稿），第2册，608页，台北，文海出版社，1963。李鸿章复函谓：“连奉十月朔日、腊月中旬、二月初旬叠次惠函，具聆一是。陈季同事前经电复大概，其究□明白，中外皆知，虽极意诪张，断难自饰，又岂能摇撼台端于万一。在津看管累月，未令进见一次，戟门洞开，万目共睹，非能如所云之踪迹诡秘者。兄与执事累世之旧，廿载之知，其所以相信者，顾犹不及一陈季同哉。其借款之倒填年月，意在挟诈要求，案牍炳然，岂容讹赖，前复竹筼函已详尽矣。闽帮诸人亦无代为推挽者，并无人助助其口，因知公论在人，不能以乡曲之私而淆夺也。”从中可推见薛福成来函大意。），甚至担心其反噬离间。而李鸿章复函虽劝其打消疑虑，暗中已令陈季同设法凑两万金与欧洲各银行清债。此后薛福成仍不断电告陈季同冒名宣言及借债欠款事，均被李鸿章以“浮议断不可信”、“应置不理”等语驳回。（参见《李鸿章全集》，第2辑，465、467、468、475、493页。）
§§§第四节 保台到革政
此案了结，陈季同得以复官，但从此离开清政府的外交部门，留在北洋办理洋务。1892年秋，永定河洪水，北岸崩塌，京畿震恐。陈季同与弟陈寿彭奉命测绘水势，决定在卢沟桥筑坝分水于大清河，到1894年夏才告完成。其间曾有派往欧洲监督留学生之议，比利时政府得到法国政府的警告，通知李鸿章不欢迎陈季同出任此职。（参见［法］巴斯蒂：《清末赴欧的留学生们》，见《辛亥革命史丛刊》，第8辑。）不过，因陈熟悉欧洲各国情形，又多私人关系，有关借款购船等事，往往还由其中介。甲午战争爆发之际，他在天津再与奥商伦道呵接洽低息借款100万英镑，历时两月，因军情变化，未能实现。（此事详情，见陈旭麓、顾廷龙、汪熙主编，齐国华、季平子编：《盛宣怀档案资料选辑之三：甲午中日战争》下册，陈季同致盛宣怀第443、461、464、481、487、494、542、546、550各函，287、299、303、314、317、321、352、358、360页，上海，上海人民出版社，1982。）
甲午战争的风云变幻，再次将陈季同推向外交领域，而且可以说攀上他外交生涯的巅峰。陈熟悉军事地理，战事初起，进高丽地图，请守平壤险要之地，“因循弗果行”。后战况紧急，又派他督粮糈赴辽东，尚未动身，“而辽势已不支”（《福建通志》列传卷三九，清列传八。）。1895年3月，署理台湾巡抚唐景崧电调陈季同赴台，4月，陈赴南京，转往台湾（参见姚锡光：《东方兵事纪略》，见《中国近代史资料丛刊·中日战争》，第1册，91页，上海，新知识出版社，1956；中国历史博物馆编，劳祖德整理：《郑孝胥日记》，第1册，479页，北京，中华书局，1993。4月4日郑在南京筹防局曾与陈季同会面。），署台湾布政使。唐景崧调陈赴台以及陈经由南京，目的都是争取法国援助保台行动。三国干涉还辽后，法国地位提高，中国朝野希望其将干涉范围扩大到台湾，主持其事者，即为张之洞、唐景崧和陈季同。陈经南京赴台，显然是与时任两江总督的张之洞商议行动方略。
4月下旬至5月上旬，清政府通过赴俄专使王之春和驻英法公使龚照瑗与法国接洽，法方一度有意介入，表示愿派舰船前往基隆、淡水护商，并遣员与唐景崧等面商机宜。后来局势变化，法国态度转而消极，至5月11日，正式通知清廷干预之事作罢。（参见黄秀政：《乙未割台与清代朝野的肆应》，载台湾中兴大学文学院《文史学报》，第17期（1987年3月）。）
台湾官绅闻讯，筹划自立民主政体，“以民政独立，遥奉正朔，拒敌人”。据说台湾绅民曾引国际公法第286章“割地须问居民能顺从与否”以及“民不服某国，可自立民主”（《中国近代史资料丛刊·中日战争》，第6册，388页；《台海思痛录》，载《近代史资料》，1983（1）。）为依据，则应与熟悉西洋政法的陈季同有关。陈季同曾作《吊台湾四律》，表达自己对清廷的强烈怨愤：
忆从海上访仙踪，今隔蓬山几万重。蜃市楼台随水逝，桃源天地付云封。怜他鳌戴偏无力，待到狼吞又取容。两字亢卑浑不解，边氛后此正汹汹！
金钱卅兆买辽回，一岛如何付劫灰？强谓弹丸等瓯脱，却教锁钥委尘埃。伤心地竟和戎割，太息门因揖盗开。聚铁可怜真铸错，天时人事两难猜！
鲸鲵吞噬到鲲身，渔父蹒跚许问津。莫保屏藩空守旧，顿忘唇齿藉维新。河山触目囚同泣，桑梓伤心鬼与邻。寄语赤嵌诸故老，桑田沧海亦前因。
台阳非复旧衣冠，从此威仪失汉官。壶峤居然成弱水，海天何计挽狂澜？谁云名下无虚士，不信军中有一韩。绝好湖山今已矣，故乡遥望旧阑干。（阿英编：《甲午中日战争文学集》，96页，北京，中华书局，1958。）
这时中日已互换和约，李经方奉旨到台湾办理交割事宜，为此，5月21日李鸿章电告陈季同在台相候。同日台湾官绅决定建立民主国，推唐景崧为总统。次日，正式立国号，以俞明震为内政衙门督办，李秉瑞、陈季同为会办；陈季同为外务衙门督办，俞、李二人会办；李秉瑞为军务衙门督办，俞、陈会办。（参见胡传：《台湾日记与启禀》，见沈云龙主编：《近代中国史料丛刊》续编，第85辑，263～264页。关于台湾民主国机构官员名称，说法不一。胡传说不设专员，又系当事人，或较可信。）
第二天，陈季同急电李鸿章，告以：“抵台以来，见台民万亿同心，必欲竭力死守土地，屡请地方官主持，时集衙署，日以万计，绅富联谋，喧哗相接。本日有旨，令各官内渡，台民益甚张皇，绅民又蜂集，至今未散。似此情形，地方官恐难越雷池半步。使人到此，不特难于入境，且必血战无休，盖台民誓宁抗旨，死不事仇也。同意此事如可挽回万一，最妥；不然亦须暂缓倭来，另筹完善办法。”让李经方“千万勿来，或请收回成命，或请另派他人，切勿冒险”。与此同时，他通过法国人士寻求各国承认台湾民主国，介绍法国兵舰军官见唐景崧，洽商保护，并密电李经方：“台将自主，法可保护。”其实这时法国政府已决定拒绝介入，只是先期赴台的海军军官不知形势有变。李鸿章获悉后即告李经方：“法保护断不可信。”（《李鸿章全集》，第3辑，556～557、563页。据光绪二十一年五月一日（1895年5月24日）唐景崧致总理衙门电：“法提督昨派兵轮保汤、保佩来台察看，兵官德而尼晋谒，谓台能自主，可保护。告以台民誓不从倭，若台地竟无力争回，必成自立，请速问法弁究允保护否？该轮即日开往长崎，请提督电询法廷矣。窃维朝廷虽允割台，经崧迭奏台民愤不欲生情形，第有一线生机，自必允为设法。”（北平故宫博物院编印：《清光绪朝中日交涉史料》卷四五，1932））