與歐洲各國交往的歷史有所不同，元朝與日本的交往存在着不同的發展軌。日本對元朝的態度也與歐洲各國不同，這與元朝時中日關係的發展有着重要的關係。
日本在莊園制形成之後，上層建築領域也發生了與之相適應的新變化。統治階級内部因佔有土地的多寡、親疏遠近以及政治利益的不同，分裂爲四個政治集團。一是以藤原氏爲首的外戚集團；二是上皇（上皇：日本天皇退位後的稱呼，有時也稱太上天皇，他以現任天皇保護人的形式參與政治。上皇制是日本獨特的制度。）和國司等中、下級官吏結成的官僚集團；三是武士集團；四是神社、寺院勢力。四個政治集團從各自的利益岀發，不斷分裂組合，爭奪政治上的支配權。從九世紀八十年代到十一世紀中葉，大約一百七十年間，在政治舞臺上佔統治地位的是以藤原氏爲代表的外戚集團。九世紀中葉以前，藤原氏權勢雖大，但對天皇的權威還是較爲尊重的。九世紀中葉以後，藤原氏開始覬覦中央大權。爲了實現專權的目的，藤原氏施展了種種陰謀手段，其勢力最盛之時，是藤原道長擔任左大臣和内覽的時期。這一時期，中央集權政治已經名存實亡。從十一世紀中葉以後的較長時間内，以上皇爲中心的官僚集團，在政治舞臺上風雲一時。尤其是在延久整理莊園的過程中，後三條天皇的權威逐漸恢復，許多豪強紛紛脫離藤原氏，轉而投靠皇室。十一世紀中葉以後，皇室擁有的莊園急劇增大。而保元元年（1156）的“保元之亂”和平治元年（1159）的“平治之亂”，爲武士階層登上政治舞臺提供了有利的條件。至十二世紀中葉時，武士勢力登上了政治舞臺，掌握了國家政治大權。
§§§第一節鐮倉幕府的建立
經過“保元之亂”和“平治之亂”後，平氏的勢力急速上升。平氏是桓武、仁明、文德、光孝四天皇賜給一部分皇子的氏姓。平氏子孫中作爲武士闻名的是桓武天皇的曾孫高望王系統的子孫，其勢力的發展是從平正盛開始的。平正盛的孫子平清盛（1118~1181）由還三位的參謀，先後升爲納言、内大臣和太政大臣，獲得了顯赫的政治地位。平氏獨裁政權確立後，平清盛的獨斷專行不但引起了皇室、貴族的不滿，也引起了廣大武士階層的反目。武士階層的基礎是地方豪強，它的興起反映了地方豪強對以皇室爲中心的上層權貴的腐敗、奢侈以及驕恣橫暴的不滿。在“平治之亂”中，源氏家族中唯一没有被株連的武士源賴政和後白河上皇的第二個皇子以仁王（1151~1180）於治承四年（1180）趁機起兵反抗平氏政權。由於勢弱兵少，源賴政和以仁王兵敗被殺。
在“平治之亂”中被流放到伊豆半島的源賴朝，聽到源賴政和以仁王起兵的消息後，也舉兵回應。文治元年（1185），源氏與平氏雙方的軍隊在壇浦海面（今日本下關海峽）進行決戰，平氏最終全軍覆滅。
壇浦戰役的決定性勝利，爲源氏控制國家大政掃除了主要障礙。源賴朝由於權力之爭與其弟源義經發生衝突，後義經被殺，源賴朝从此把國家的實權基本控制在了自己的手中。建久三年（1192），後鳥羽天皇（1180~1139）正式任命源賴朝爲“征夷大將軍”。從此，源賴朝實現了攝取政權的夙願，經營多年的鐮倉政權正式改稱“幕府”（“幕府”一詞原岀自漢語，意爲將軍出征時的營幕。日本則借用“幕府”一詞來稱呼武將所建立的政權和政廳。）。国家的大政實權已被源賴朝牢牢地掌握在自己的家族中。
一、設置中央與地方政權
源賴朝在升任“征夷大將軍”和鐮倉政權改稱幕府前後，對幕府的政治機構進行了整頓，主要是充實和完善原已設立的便所、公文所、問住所。建久二年（1191），源賴朝將公文所改稱政所，擴大規模，增加編制。在政所之下，設令、知家事、案主等職。在問住所長官執事之下，設寄人、問注奉行、賦奉行等職。建久三年（1192），源賴朝將鐮倉政權正式改稱爲幕府。幕府的建立，標誌着日本正式進入了中世紀封建社會。
爲了加強對地方的控制，文治元年（1185），源賴朝在京都設立了京都守護，在大宰府設立了鎮西奉行。文治五年（1189），源賴朝在奧州設立了陸奧留守、陸奧總奉行。爲了統治各地的御家人，他還進一步加強了守護制度。
源賴朝逝世之後，其長子十八歲的源賴家繼承了將軍的職位。由於源賴家缺少政治才幹和權威，加之年少氣盛，行動專恣，引起了統治集團内部的不滿，在權力之爭中，源賴家在被黜後又被殺害。
元久二年（1205），北條義時（1163~1224）憑藉着個人的實力成爲了幕府的政所别當，並自稱是幕府的“執權”。所謂“執權”，就是代將軍掌握政治權力的意思。北條義時爲了在幕府内建立北條氏獨裁統治，對御家人採取了抑制政策。承元三年（1209），他以各地守護消極怠工爲由，宣佈取消守護終身制，代之以定期輪換制。建保元年（1213），北條義時借故殺了侍所别當和田義盛。此後，他兼任了政所别當和侍所别當，把幕府的軍政實權牢牢地抓在了自己的手裏。
鐮倉幕府内部的御家人之間發生的紛爭，爲京都方面的皇室、貴族提供了倒幕的機會。承久元年（1219）之後，公武之間的矛盾驟然激化，最後導致了承久三年（1221）的武力衝突，史稱“承久之亂”。
“承久之亂”以皇室、貴族的失敗而告终。此後，北條義時成功地在幕府内部確立了北條氏的“執權體制”。北條義時去世後，其子北條泰時（1183~1242）接任政權。他上臺後，首先着手改變歷任執政獨斷專橫的作風，推行較爲“民主”的政治。北條泰時任用大江廣元、叔父北條時房爲顧問，以執政、顧問組成最高領導，凡大政要事，聯合商議決定，史稱“聯署”。嘉禄元年（1225），北條泰時召集幕府各機關人員，宣佈由他掌握幕府實權，實行賞賢罰愚，嚴整御家人風紀。不久，又規定了御家人輪番警衛幕府的鐮倉守衛制（“鐮倉大番制”）。設立了“評定衆”新建制，任命有能力的御家人中原師員、二階堂行村、三浦義村等十一人爲“評定衆”。“評定衆”是僅次於執政、聯署的重要職務，凡幕府政所、問注所掌管的重大事宜、財政和訴訟案件的裁判，都必須經過“評定衆”討論通過。
北條泰時推行的這套較爲“民主”的集體合議制，目的在於嬴得廣大御家人的支持，藉以鞏固自己的執政政權。這些措施具有革新政治、穩定政局、推動生産力發展的重要意義。
二、建立武士政權
建久三年（1192）鐮倉幕府的成立，標誌着日本正式進入中世紀封建會。隨着莊園制的擴大，莊園間的矛盾和鬥爭日漸增多，封建領主爲了不斷擴展領地，常常把本莊園内的一部分莊民強行派到别人的領地上去開墾、耕種、建立新莊園。被侵佔的領主則極力抵制，雙方常常訴諸武力。在這種糾紛和爭鬥中，一部分莊民被武裝了起來。被武裝的莊民稱爲軍兵、兵士。開始時，他們以農爲主，以武爲輔，平時從農，戰時從戎。後來逐漸變成以武爲主，甚至完全脫離農業，成爲保衛莊園、擴大自己的領地和對外爭鬥的武裝力量。寺院爲了保護自己的利益也擁有僧兵之類的武力團體，特别是延曆寺、福興寺、東大寺等勢力较大的寺，各自組織了數千僧侶，依仗神權和武力，“不論京畿，不嫌邊陲，結党成群，填城溢國”（《石清水文書之一》，轉引自大久保利謙等編《從史料看日本的發展》中世編第30頁，吉川弘文館1963年版。），到處侵佔公私田地，掠取國家和百姓的財物。國司、郡司爲了地方的治安更要加強自己的武備，其下屬的武士多是居住在當地的富豪，稱郎從、郎等、家子。他們與國司、郡司結成主從關係，一些人受命擔任押領使、追捕使、檢非違使等職。在這種特殊的歷史條件下，一部分莊民被武裝起來，成爲脫離農業的武士，從而産生了武士階級。十一世紀初期以後，武士勢力更加發展，逐漸形成了超越莊園範圍的地區性武士集團。無數分散的武士，集聚在這一地區勢力最強的豪強貴族的旗纛之下，接受統一指揮。到了十二世紀末，日本岀現了以源賴朝爲首的關東武士集團。
武士興起的年代，正是日本從律令社會轉變到貴族社會的時期，也是封建社會開始佔優勢的時代。武士的興起，不僅僅是源于貴族與武士之間的權力爭奪，而且是因为武士是從地方富農中産生的新興力量。作爲地方地主的武士，把根扎在土地之中，注定了要在天皇機構中上升爲權力階層。但是，武士又被迫以從屬權力的形式生存。他們被任命爲捕頭、押领司等家臣，並且擁戴岀身名門的武將爲靠山。
承久三年（1221），幕府通過平息“承久之亂”取得了決定性的優勢，日本的公家、私武家二元統治朝着武士的一元統治轉變，形成了不可阻擋的歷史潮流。
對土地的支配成爲武士統治的核心，武士通過主仆關係維持地位。也就是說，武士與其下屬簽訂主仆契約，主人賜給下屬恩惠，承認下屬相關的土地及權利，或授以土地並予以保護，家臣則對主人盡忠效勞。依靠這種關係，武士的武力和經濟力量得到了進一步的鞏固和擴張。貞永元年（1232），日本制定了第一部武家法典——《貞永式目》（即《御成敗式目》）。這部法典是以武士的道德倫理爲原則，以封建領主和家臣的相互關係爲規範而制定的。它明確規定了守護地頭等家臣的身份和任務，要求各級武士都要嚴守崗位，絕對忠於自己的主人，樹立起了封建秩序和等級制度。法典提倡中國儒家的“三綱五常”，以達到臣忠君、子孝父、妻從夫的目的。除此之外，武士之間也有各種等級的契約。通過主仆契約，武士最終超越了貴族，成爲日本文化的主流。
§§§第二節日本與元朝的關係
日本在東漢時就與中國有了較多的交往，此後歷朝兩國的交往不絕，直至宋代。蒙古帝國崛起之後，從成吉思汗開始，便向四面擴張，向東征服高丽，直到大海之濱。對遠在海外的日本，蒙古統治者一開始並没有予以更多的重視。又由於中日兩國没有陸路可通，雙方衹能隔海相望，故而從成吉思汗到蒙哥汗爲止，兩國之間一直没有什麽直接的交往。
忽必烈即位之後，由於元朝與高麗的關係密切，忽必烈從高麗使臣的口中瞭解到了日本的一些情況。這種瞭解雖然是片面的、不完整的，卻引起了忽必烈的極大興趣，他準備建立與日本的聯繫。在此之前，忽必烈根本没有把這個小島國的軍事力量放在眼裏。當時，一些人在向忽必烈介紹日本的情況時，誇大了日本的財富狀況，令蒙古統治者垂涎不止。此外，還有一些人認爲中國距日本路途便捷，乘船衹需一日或半日即可到達。因而忽必烈在徹底平定阿里不哥的叛亂之後，在把軍事目標指向南宋的同時，也開始着手對日本的征服行動。
至元三年（1266）八月，忽必烈派岀兵部侍郎黑的爲信使、禮部侍郎殷弘爲副使，持有皇帝的“國書”前往日本，諭以“聖意”，希望日本能識時務，主動與元廷交好。忽必烈還命高麗派遣嚮導，陪同元使一同前往。在致日本朝廷的“國書”中，忽必烈對日本當權者採取了恩威並用的手法，在誇耀了一番元朝強大的軍事實力後，又擺岀一副十分友好的姿態，命其遣使與元朝通好。當然，忽必烈最後也没忘以武力相威脅，他恫嚇道：“以至用兵，夫孰所好，王其圖之。”（《元史·世祖本紀·六》。）忽必烈的這些言辭遭到了日本方面的拒絕。至元六年（1269）四月，忽必烈對高麗王的使者李藏用說：“往諭爾主，速以軍數實奏，將遣人督之。今岀軍，爾等必疑將出何地，或欲南宋，或欲日本。爾主當造舟一千艘，能涉大海，可載四千石者。”（《元史·外夷列傳·高麗傳》。）忽必烈的耐心似乎達到了一定的限度，意欲對日本使用武力了。同年十二月，忽必烈派遣使臣趙良弼赴日，又以強硬的口氣要日本臣服，並進一步威脅說：“其或猶豫，以至用兵，夫誰所樂爲也，王其審圖之。”（《元史·外夷列傳·日本傳》。）當時鐮倉幕府的執權北條時宗（1251~1284）認爲蒙古統治者不懷好心，窺視本朝（《新式目》，轉引自大久保利謙等編《從史料看日本的發展》中世編第162頁，吉川弘文館1963年版。），因此再次拒絕了元朝的國書。至此，忽必烈決意用武力征服日本。
至元十一年（日本文永十一年，公元1274年）十月，忽必烈見恩威並用的態度並没有使日本就範，於是命駐高麗的大將忻都，會同高麗軍民總管洪茶丘爲東征正、副統帥，調集大小戰船九百艘、兵力近两萬人，向日本進攻。十月五日，忻都、洪茶丘等首先率大軍攻佔了對馬島，十四日登上壹岐島，然後轉攻太宰府，並連克今津、佐原、白道原、赤阪等地。由於受到日本軍民的頑強抵抗，元軍在戰術上採用集團戰法，並施用火炮、毒矢，雙方的死傷都較爲慘重。這時，駐在戰艦上的元軍突然受到大風暴的襲擊，數百艘戰船被風浪所捲，沉没于大海，死亡軍卒一萬三千餘人，損失極大。所攜帶的火炮、毒矢等武器差不多都已用完，於是衹得撤軍。忽必烈第一次想用武力征服日本的計劃宣告失敗。
但是，忽必烈並未就此罷休。至元十二年（日本文永十二年，公元1275年）四月，忽必烈又派禮部侍郎杜世忠等爲使臣，前往日本，再次進行脅迫。九月，鐮倉幕府在鐮倉斬杜世忠等使臣。至元十六年（日本弘安二年，公元1279年），鐮倉幕府又在博多斬元使周福、欒忠。至元十七年（日本弘安三年，公元1280年），忽必烈在滅掉南宋之後，再次着手组织規模更大的征服日本的戰爭。這次，元朝統治者幾乎動員了全國的軍力、物力，調集戰艦四千艘、軍卒十萬餘人，並制定了較爲周密的作戰計劃。忽必烈還專門設立征東行省，作爲軍事指揮機構。