元朝時，由於中日兩國的官方聯繫較少，故而雙方的交往以民間聯繫居多，其中更是以日、元之間的貿易爲主。
當時赴元的日本商船，大都是以貿易爲主要目的的，但其中也有一些海盜式的商船，這些商船一旦有機會，即在海上大肆掠奪，進而演變成早期的倭寇。也有的是在幕府的保護下，從事着官營商船的活動，如天龍寺船便是這類的官營商船。天龍寺船始創于將軍足利尊氏，足利尊氏爲悼念後醍醐天皇，慰其在天之靈，擬在京都營造天龍寺，但因苦於缺乏資金，便希望通過與元朝的貿易來解決資金問題，於是往來於中日之間的天龍寺船便産生了。
十三世紀中、後期，與日本相鄰的中國、朝鮮等都發生了新的變化。在中國，由於元末農民大起義，元朝的統治被推翻，代之而起的是朱元璋建立的明朝。在朝鮮，李成桂於公元1392年推翻了李氏高麗，建立了李氏朝鮮。琉球地區的中山、山南、山北的首領，競相向明朝發展關係，並與朝鮮、安南、爪哇等進行貿易。在這種新舊交替的國際形勢下，日本也與東亞諸國積極發展雙邊關係。當時，日本與中國、朝鮮之間的關係，主要是圍繞着“倭寇”問題展開的。
“倭寇”一詞最早見於朝鮮古籍《高麗史》：“倭，寇固城、竹林、巨濟、合浦。……倭寇之侵，始於此。”（《高麗史》忠定王二年二月。）在中國，關於“倭寇”的記載，最早見於《（明）太祖實錄》：“倭寇出没於海島中，屢次侵略蘇州之崇明，奪財貨。”（《太祖實錄》洪武二年四月戊子。）這裏所說的“倭寇”，是十三世紀至十六世紀在朝鮮半島、中國沿海地區活動的日本海盜集團。當時“倭寇”的成分較爲複雜，由於日本幕府的權勢逐漸衰落，而地方領主的勢力卻在不斷增強，再加上莊園制日漸瓦解，大批破産農民和下級武士淪爲了海盜。元末之後，由於出現了倭寇的騷擾，中、朝兩國爲了海防的安全，都不約而同地實行了海禁，因此，日本與中、朝兩國的貿易受到了嚴格的限制。爲了打破這種限制而獲取經濟上的利益，在日本九州地區的領主大内氏、今川氏、宗氏、松浦氏等人的支援下，商人和海盜勾結起來，組成武裝貿易集團，以船隊航行於中、朝沿海各地。在一般情況下，他們倚仗武力，強求交易；若得不到允許，則搶劫虜掠，掃蕩而去。倭寇的船隊少則两三艘，多則两三百艘。人數少則五人，多則三百人。掠奪的目標主要是米穀、貨物和勞動力，给中國沿海地區的社會環境和百姓生活帶來了極大的破壞。
倭寇的發展，大致以十六世紀初期爲界，分爲前、後兩期。前期的倭寇以侵擾朝鮮半島、山東半島爲主，也波及江蘇、浙江、福建等部分地區；後期的倭寇主要以侵擾中國的浙江、福建等東南沿海爲主。
前期的倭寇主要以日本海盜爲主，後期則以中國海盜爲主，“今則海寇動計數萬，皆託言倭奴，而其實出於日本者，不下數千，其餘則皆中國之赤子無賴者入而附之耳”（《籌海圖編》卷十一。）。“大抵真倭十之三，從者十之七。”（《明史·日本傳》。）
前期的倭寇給元朝帶來了較大的危害，但由於元末社會動蕩不斷，元朝統治者根本無暇去清除沿海的倭患，因而給倭寇的發展提供了契機。其後，倭寇的發展規模不斷壯大，給中國帶來的危害也越來越大。這種狀況直到明朝中期由於明政府的抗倭和俞大猷、戚繼光等民族英雄用武力堅決清剿，到嘉靖四十年（1561），長期危害中國的倭患纔終告結束。