既要承认“攘逐满洲”的正义性，又要承认“不攘逐满洲”的合理性，那么，究竟该怎么办才好呢？章太炎为了解决他与康、梁之间的矛盾，实际上，也是为了解决他自己思想深处的矛盾，设计了一个名为“客帝”的折中方案。这个方案的中心内容是“官天下则帝孔氏”，虚尊孔子为“支那之共主”，而要求光绪皇帝“引咎降名，以方伯自处”，主持实际政务，身份犹如向欧美诸国礼聘而来佐理政务的“客卿”，因是为其首脑，故名之为“客帝”。章太炎以为，按照这个方案去实行，“臣民之视客帝，非其后辟，其长官也，霍光也，金日也，李晟也，浑也”，“反满”与不“反满”的冲突便可圆满地得到解决。
《客帝论》以“台湾旅客”的名义，发表于1899年5月20日出版的《清议报》第十五册，发表时，上述方案也未明白披露，它被严密地紧裹在古奥得多的文辞中。直到《訄书》刊刻时，这段文字方才公之于世。由此，他政治上与康、梁的分歧似乎暂时得到了弥缝。然而，就在他设法找到一种折中的政治方案时，在思想上，特别是在哲学世界观方面，他与康、梁等人的分歧却日益扩大了。
《清议报》从第二册开始连载谭嗣同的《仁学》，梁启超在为此书所写的序言中说：“《仁学》何为而作也？将以会通世界圣哲之心法，以救全世界之众生也。南海之教学者曰：‘以求仁为宗旨，以大同为条理，以救中国为下手，以杀身破家为究竟。’《仁学》者，即发挥此语之书也。”他要让《仁学》“公于天下”，“为法之灯，为众生之眼”。从第九册开始，《清议报》又连载康有为早期哲学著作《康子内外篇》，陆续发表了其中《阖辟》、《未济》、《理学》、《爱恶》、《性学》、《觉识》等篇。这两部著作的发表，提出了如何从世界观的高度批判旧世界和建设新世界的问题。
就在《清议报》开始连载《仁学》的同时，章太炎在《台湾日日新报》上也发表了一系列哲学论文，如1899年1月8日发表了《视天论》，1月24日发表了《人定论》，2月19日和21日发表了《摘〈楞严经〉不合物理学两条》等。1月22日他在《答梁卓如书》中曾专论为什么必须重视哲学方面的研究与宣传，写道：
来教谓译述政书为第一义，如青田退著《郁离》，他日因自试，惠我禹域，幸甚幸甚。鄙意哲学家言，高语进步退化之义者，虽清眇阔疏如谈坚白，然能使圆颅方趾知吾身之所以贵，盖亦未始不急也。
重视哲学的研究与宣传，归根到底，是为了“开浚民智”，使人们从狭隘诬妄的传统世界观中解放出来，明了究竟应当怎样正确地认识世界，创造未来。他在谈到中国封建统治哲学的主要支柱天命论的危害时，曾非常有力地具体论证了这一点。他写道：
乘猋风而薄乎玄云之上，视苍苍之天者，其果能为人世祸福乎？抑亡乎？……祥之说，则上古愚人所以自惑，而圣人因其诬妄以为劝戒。……如京房、刘更生诸公，推迹五行，极陈灾异，以效忠于人主，其所救正诚有足多者，而害亦自此始。何者？不数见之事，以忤人为灾，必以其合人为瑞。是故天有甘露、地有河清、木有连理、草有紫芝、鸟有爰居、兽有角端，总是数者而得其一，则皆以为合符于上帝。凡所以烦有司、竭财赋、兴征调、尽民力者，且不可胜数。由是观之，始以为劝戒，而终以致败亡。……实验之学不出，而上古愚人之惑，亘千世而不解。是故前乎子厚者，有王仲任；后乎子厚者，有王介甫，其所立说，盖并以天变为不足畏，而迫于流俗，而时时蒙其讪议。自今之世，有实验也，而其惑始足以淘汰。然都会而外，然疑未谛，众不可以户说。
这里，章太炎强调了传统哲学世界观的危害性以及破除这种世界观的艰巨性。他突出了近代实验科学在冲破旧的狭隘诬妄的哲学世界观方面的决定性意义，这也显示了这一时期他的哲学世界观的基本趋向。正因为如此，他对《仁学》、《康子内外篇》所阐述的一套哲学世界观便感到不满足，甚至于有反感。
早在1897年在《时务报》报馆时，章太炎就已读过谭嗣同《仁学》的抄稿，其时便“怪其杂糅，不甚许也”。1898年年初，他在上海时，又与友人多次议论过这部著作。孙宝瑄的日记曾记道：“枚叔走谈，论谭甫生《仁说》有云男女媾合事，因其所合之具生于隐曲处，故人以为羞。若生颅顶间，则虽朝会燕飨时，犹可一试。余谓此好为新说，而未潜思夫理也。”这里所说的《仁说》，即是《仁学》，《仁说》乃是初名。日记中还有一些记述未直接提到这部著作，但实际上也与它相关。比如，孙宝瑄记述：“枚叔谓灵魂不能离质点而存在，如电气之因摩擦而见在质点之中，无质点斯无电气。灵魂亦然。其始也，因男女精血相摩而生；成形之后，复因血脉流通相摩而存。血脉停滞，则无摩擦，遂无灵魂，而人死矣。”绝对否认有离开肉体而独立存在的所谓灵魂，便是直接针对谭嗣同《仁学》中的灵魂论。《清议报》正式发表并大力推荐《仁学》，加上《康子内外篇》，促使章太炎比较系统地对哲学世界观方面的一系列重大问题进行思考与研究。他将《膏兰室札记》中用近代科学知识疏证《庄子·天下》篇及《淮南子》中《俶真训》、《天文训》、《地形训》、《览冥训》等的条目，以《东方格致》为名，在《台湾日日新报》上陆续发表；同时，又用疏证和解释《墨子·公孟》篇的方式，发掘了古代儒学中早已为人们所遗忘的无神论思想，写成《儒术真论》，并以专讲宇宙论的《视天论》、专讲进化论的《菌说》，为这篇文章的附录，寄交《清议报》发表。在这些文章中，他努力吸取西方近代自然科学和哲学知识，细心寻绎中国古代哲学遗产中的精华，对长期统治着人们头脑的正统哲学世界观展开了批判，同时，也不指名地含蓄地批评了谭嗣同、康有为哲学中的许多论点。
天道观念是封建统治阶级神道设教的一根主要支柱。所谓“君万物者莫大乎天”、“天道福善祸淫”，就是宣布冥冥之中有一至高无上的主宰——上天，它决定人间的一切，人绝不可违背天的意志。近代，外国传教士又带来了上帝创世和造人的新说教。康有为、谭嗣同反对传统的天道观念，主张“以元统天”，说：“元者，气也，无形以起，有形以分，造起天地，天地之始也。”但是，在这同时，他们又极力把孔子说成“受命于天”，把孔子的话说成“天之言”，把孔子的主张说成“天之制与义”，利用“天”的古老权威来神化他们所塑造的孔子新偶像，要求人们对这尊新偶像“但观其制作，服从而已”，这就又重蹈了封建天道观念的覆辙。
章太炎早在《膏兰室札记》中，就依据西方19世纪天文学的重要成果天体运动理论，明确地批驳了将所谓天神秘化的传统观点，指出：“天为积气，古人已知之。然未明言其旨趣。苟误认为天自有气，为万物之元，则误矣。……盖恒星皆日，其旁皆有行星，行星皆地。凡地球不知恒河沙数，每一地球，皆有空气。自空气中望外，不甚了了，昔人谓之蒙气。合无数地球之蒙气，望之则似苍苍者，斯所谓积气，斯所谓天，仍皆地气，非自成一气也。……即苍苍之体，亦未尝于行星外自有一物也。天且无物，何论上帝！”1893年他写了一篇《子思、孟轲五行说》，就《荀子·非十二子》对子思、孟轲“案往造旧说，谓之五行”的批评，直接抨击了子思以“木、金、火、水、土”等“五行”比附“仁、义、礼、智、信”“五常”的做法，指出：“古者鸿范九畴，举五行傅人事，义未彰著，子思始善傅会。旁有齐燕怪迂之士，侈搪其说以为神奇。世诬人，自子思始，宜哉荀卿以为讥也。”这些札记表明，章太炎这时就已非常热忱地接受了建立在近代自然科学成就基础上的宇宙学说，并已注意到如何帮助人们摆脱儒家传统天道观念的束缚。
《视天论》和《儒术真论》比之《膏兰室札记》这几篇文章，对封建天道观念的批判又前进了一大步。
首先，他更明确地指出，只有“视天”，而无“真天”。“盖日与恒星，皆有地球，其阿屯、以太上薄无际，其间空气复厚，而人视之苍然，皆众日之余气，固非有天也。”人们所说的“天”，只不过是地球周围的大气层，当人们对天体运动的真相还不了解时，将它说成“天”。其实，“万物之生，皆赖日之光热，而非有赖于天”。人们主观感觉中的这个“天”，不可能为万物主宰。
接着，他根据在康德的星云学说基础上发展起来的天体运行理论，说明了天体运动的物理性质。诸天体浮行于太空之中，“以己力绕本轴，以摄力绕重心，绕重心久，则亦生离心力，而将脱其缰锁”，这里不存在任何创世者或第一推动力。他坚持任何天体都不例外，说：“昔利玛窦等知地圆而不知地动，奈端（牛顿）、哥白尼等知地动而不知日动，侯失勒等乃知日动。……太阳所绕，必在天河。……而天河大群以外，又有星群……以恒星之体言，北极最大……虽然，圆球则无不动也。北极虽大，宁独无所绕乎？”据此，他断言宇宙不可能有固定不变的形体，宇宙在空间和时间方面都是无限的，“若是，则天固非有真形，而假号为上帝者又安得其至大之尽限而以为至尊也？故曰：知‘实而无乎处’，知‘长而无本剽’，则上帝灭矣，孰能言其造人与其主予夺殃庆耶？”《庄子·庚桑楚》说过：“有实而无乎处者，宇也；有长而无本剽者，宙也。”实，指空间的广延性；无乎处，指无有限制。长，指时间的连续性；无本剽，指没有最初的起源，也没有最后的终结。宇宙定形论与宇宙有限论，是上帝创世说与天道观念在“科学”上的所谓根据，在这里，被证明完全不能成立。宇宙的无限性和物质性则恰好证明了上帝创世说与天道观念完全违背了客观存在的事实。
与封建的天道观念互相呼应的，是由儒家主要经典《礼记·中庸》开宗明义就标明了的一套人生与人伦观念：“天命之谓性，率性之谓道，修道之谓教。”“天下之达道五，所以行之者三。曰：君臣也，父子也，夫妇也，昆弟也，朋友之交也，五者，天下之达道也。知、仁、勇三者，天下之达德也。”中国古代哲学中最为重要也最为发达的部分，便是这一套关于人生与人伦的哲学。在长期占据着统治地位的儒家学说中，人被说成万物之灵、天地之精。《礼记·礼运》说：“人者，其天地之德，阴阳之交，鬼神之会，五行之秀气也。”便是这一论点最典型的代表。为了说明什么是人的本质，儒家学者有的持性善论，有的持性恶论，有的持性无善恶论，有的持性有善有恶论，还有的持性依人而别为善、中、恶三种即所谓“性三品论”。这些不同的派别相互聚讼了千百年，其目的，都是企图给中国封建主义的整个社会生活与建立在家族宗法制度基础之上的人与人的关系，提供一套哲理的依据。在漫长的岁月中曾经支配了人们头脑的所谓“性三品论”，以及坚持“义理之性”为善而“气质之性”为恶、倡导“存天理，灭人欲”的性二元论，可以说，便正是中国封建社会那种停滞的、苟安的、消极的、成为封建专制主义统治基础的生活方式在哲学上的集中表现。理所当然地，在近代中国的社会大变动与思想意识的大变动中，这一套传统观念也必然要受到猛烈的冲击。
在康有为与谭嗣同的哲学中，对传统的人生论与人性论的批判，便占有非常突出的地位。他们从中国古代哲学遗产中找到一个“仁”字，企图借助这个“仁”字来说明人生的意义与人的本质，而同传统的封建观点相对立。比如，梁启超在概述康有为的哲学时，便说：“先生之论理，以仁字为唯一之宗旨，以为世界之所以立，众生之所以生，家国之所以存，礼义之所以起，无一不本于仁。苟无爱力，则乾坤应时而灭矣。”谭嗣同在他的《仁学界说》中同样强调：“仁为天地万物之源”；作为一绝对本体，它“不生不灭”、“寂然不动”；同时，不存在任何可以与它并立的东西，“仁一而已，凡对待之词，皆当破之”。借助于这个“仁”，他们论证了所有的人，以至天地万物，生来就是平等的，而博爱之情则是它们所固有的本性。康有为一再说：“仁为相人偶之义，故贵于能群。”“孔子本仁，最重兼爱。”“孔子之仁，专以爱人类为主。”谭嗣同也宣称：“仁以通为第一义。”“通有四义：中外通，多取其义于《春秋》，以太平世远近大小若一故也；上下通，男女内外通，多取其义于《易》，以阳下阴吉、阴下阳吝、泰否之类故也；人我通，多取其义于佛经，以‘无人相，无我相’故也。”他们还猛烈地对宋明理学家所极力鼓吹的“存天理，灭人欲”进行了抨击。康有为便指出程朱“分性为二，有气质，有义理。……实质性全是气质，所谓义理，自气质出，不得强分也。”“宋儒皆由佛出，故其道薄欲乐、苦身体为多，故多乐养生之道废。”谭嗣同更直接斥责凡此俱为“名教”，指出：“俗学陋行，动言名教，敬若天命而不敢渝，畏若国宪而不敢议。嗟乎！以名为教，则其教已为实之宾，而决非实也。又况名者，由人创造，上以制其下，而不能不奉之，则数千年来，三纲五伦之惨祸烈毒，由是酷焉矣。”表现了“冲决网罗”的英雄气概。他们的这些言论，在思想界引起很大震动，封建卫道士们则视之为洪水猛兽。
然而，无论康有为，还是谭嗣同，其实都还没有足够的勇气公开地同传统的人生哲学断然决裂。他们所鼓吹的“仁”或“不忍之心”，便是从孔子、孟子那里借取来的。他们所处的那个时代，正是死人拖着活人、活人也不敢抛弃死人的时代。康有为、谭嗣同不仅仅是要给中国传统哲学的旧躯壳注入新的灵魂，他们还真诚地希望使新的人生观与旧的人性论相黏合，希望借此使中国古老的观念获得新生，从而“构成一不中不西、即中即西之新学派”。正因为如此，他们对于人生和人性的说明，便常常表现出浓厚的非科学的色彩，甚至陷入非理性主义、神秘主义。从康有为的“仁”到谭嗣同所说的与“心力”及“仁”相等同的“以太”，便都是如此。
章太炎旅台期间，根据近代胚胎学、生物学和进化论原理，对于生命、物种和人类的起源发展问题进行了专门探究，对于人的本质和人生意义做出了比之康有为、谭嗣同较为科学的说明，从而将对于传统的人生和人伦哲学的批判推进了一大步。