早在《膏兰室札记》的《造人说》、《青宁生程程生马马生人说》、《生海人至肖形而蕃》、《若菌》等条目中，章太炎就多次谈到过生物进化与人类形成问题，批驳过上帝造人说。旅台期间，他对这些问题的认识，有了明显的提高。这集中表现在他所撰写的《菌说》一文中。章太炎在这篇文章中，征引了许多文献，说明了物种进化的自然历史进程。他指出，在地球上，有机物是由无机物转化而来的，高级动物又是由最简单的微生物发展而成的。从无生命的物体演变为有生命的物体，从细菌演变为草木，从低等动物演变为高等动物，从鱼演变为鸟，演变为兽，演变为猴子，最后，演变为人，这一系列的发展都是自然历史过程，其动力是它们自身的“欲恶去就”，即它们自身内在的“爱力、吸力”与“离心力、驱力”的矛盾冲突。正是这种自身所固有的矛盾“相易、相生、相摩，渐以化为异物”，使旧物种演变为新物种，使物质运动由简单变为复杂，由低级进到高级，这里丝毫没有什么不可思议的神秘力量或冥冥主宰。人自身的衍生繁殖，同样也是一个正常的生理活动过程，“今夫生殖之始，在男曰精虫，在女曰泡，泡者即胚珠也。夫妇解遘，一滴之精，有精虫十数。人啮泡而破之，以成妊娠”。这里，是事物自己创造自己，“非有上帝之造之，而物则自造之”，也没有造物主存在的任何余地。
为了进一步说明人的本质并不具有任何神秘性，人生的意义并非不可捉摸，章太炎专门对“以太”做了考察。“以太”这一概念，是近代传教士从西方介绍进来的。这一概念最初出现于古希腊，那时，它作为组成世界的一种元素而与火、土、水、气四种元素相并列。在毕达哥拉斯派那里，上层空气给说成由以太组成，宇宙间的广大区域给说成全部由以太占据。以太，从一开始就是作为一种极微物质的猜测而出现。到了近代，笛卡儿第一个赋予以太以力学性质，假设以太充满整个空间，能够传递力和施加力于物体之上。牛顿以来，越来越多的学者将以太与引力作用、电磁现象、热辐射的传播、光的传播联系起来加以研究，设想它是一种能渗透到所有物质之中、阻力很小或不受阻力的媒介质，可以通过自身的弹性或振动来传播上述引力、电力、磁力、热辐射和光。直到爱因斯坦的狭义相对论出现以后，以太的假设方才从理论上消失；而在此以前，它则常常被当做一种极微的实体存在于物理学研究和许多哲学著作中。谭嗣同将以太引入他自己的哲学，可是，在他那里，“以太”却被说成超越于一切矛盾之上的绝对精神，和孔子所说的“仁”、佛教所说的“性海”、基督教所说的“灵魂”是一个东西，以太说的唯物主义内核被抛弃了。结果，以太成了一个新的唯灵主义的上帝，借助于以太，仁、性海、灵魂被说成先于物质世界而存在并高于全部物质世界。
章太炎批判了这种貌似科学的唯心主义以太论。他根据当时西方物理学的最新假设，说明以太是一种通过自身的振动传播光波和电磁波的物质，尽管比原子要小得多，但毫无疑问是一种“有形可量”的物质实体，绝对“不得谓之无体”。以太尽管非常微小，但物质无限可分，自然必定还有比它更小的粒子存在。随着科学的发展，它必定能够永无止境地被分割为更加微末的质点，比之这些微末的质点，以太可算极大。因此，他强调了以太的物质性，说明了它同“邈无倪际”的仁、性海、灵魂没有任何相似之处，证明即使根据以太说，也不能否认宇宙的本源是运动着的物质。
针对谭嗣同把灵魂与所谓“舍利性海”说成不生不灭、可以游离于人体之外而独立存在的观点，章太炎对人的欲望、要求、感觉、知性和全部意识活动进行了考察。他指出：“盖有精虫，外有官骸，而人性始具。”假如官骸全部死亡，只有精虫仍然活着，那么，人的声、色、香、味等各种欲望就将不复存在，只剩下精虫追逐异性的欲求。“今人之死也，则淡、养、炭、轻（氮、氧、炭、氢）诸气，盐、铁、磷、钙诸质，各散而复其流定之本性，而人之性亡矣。”谈到人的感觉、知性时，章太炎指出：“人所以有知者，分于父母，精虫胚珠是也。二者又摄引各点以为我有，使成官骸，而七情益扩，故成此知识，由于两精相搏，以生神明也。”人们的知识水平之所以有高下之分，既有父母遗传的作用，更有后天因素的影响。“大抵形体智识，一成不移，而形之肥瘠，识之优劣，则外感相同，可入熔冶。不移者由于胚珠，可移者由于所染。”文明之民一旦被逼遁逃入山，就会因环境的变化而倒退到野蛮状态去，“一人之行，固以习化，而千世之性，亦以习殊。……故学可以近变一人之行，而又可以远变千世之质”。
章太炎对于人的欲望、要求、感觉、知性和全部意识活动所做的分析，坚持了人的精神活动绝不能离开人的躯体而单独存在，强调了外在环境和教育对人的思维所具有的影响，使所谓“不随身之生死而变灭”的所谓“不生不灭之知”即“灵魂”、“舍利性海”，在唯物主义哲学面前，根本失去了立足之地。
从生命、物种和人类的起源，直到人的全部意识活动，历来是封建的人生哲学与伦理说教借以藏身的渊薮。这也是康有为、谭嗣同等人在反对封建人生哲学与伦理说教时，不知不觉地自身也陷入了唯灵论的主要失足处。章太炎努力廓清笼罩在这些问题上的迷雾，便给了封建传统观念以更为有力的打击。
哲学上的论争，是社会政治冲突的升华。它或是即将爆发的社会政治冲突的先声，或是已经结束或正在结束的社会政治冲突在思想上的总结。这一时期章太炎的哲学同康有为、谭嗣同等人的分歧，也是如此。然而，尽管他同康有为、谭嗣同在哲学基本问题上分歧是严重的，但批评仍然是十分委婉的，而且一直没有指名。在从自己的哲学引申出政治结论时，章太炎强调的是“天为不足称颂，而国命可自己制”，“一人则成亏前定，而合群则得丧在我”。他指出面临国家危亡的严重危机，应当依靠合群的力量来掌握和扭转国家与民族的命运。但是，在说到具体办法时，他所归结的只是相当笼统的“合群明分”，说“苟能此，则无不自立”，显然，与康有为、梁启超等人在政治上还没有决裂。不过，在认识世界这个根本问题上，他既然坚持了比较清醒的唯物主义，这就为他在新的社会政治风暴面前能够冷静地检讨自己往昔的立场，坚持真理，修正错误，继续前进，提供了思想基础。
在台湾期间，章太炎除去与流寓日本的梁启超、康有为和留在上海的汪康年、孙宝瑄通信往还外，所接触的主要是《台湾日日新报》的中、日同人。当时，来台日籍官员、文士和一些台湾文人结有玉山吟社，成员有二十余人，月开一次吟会，章太炎应邀与会，与他们亦多接触。他有《饯岁》一诗：“不作彭殇念，吾犹念惰球。短长看日夜，身世等蜉蝣。残鬟睢阳恨，余生逝水浮。青阳东国早，春又满蛉洲。”又有《玉山吟社席上即事》一诗：“唾壶击破转心惊，弹指苍茫景物更。满地江湖吾尚在，棋枰声里俟河清。”二诗俱是他参加吟会留下的作品，基本情调与《台北旅馆书怀寄呈南海先生》相同。
章太炎身为《台湾日日新报》特约撰述，所撰文章却“对日本治台政策，每恣意攻击，几不知所居何地，所任何职”。为此，他得罪了日本在台当局。“一日，撰文抨击日本官僚擅作威福，压制台人。因此，守屋社长大受督府斥责，悻悻地回到报社，令工人去唤太炎。太炎不理他，写一张条子，令该工人送交守屋。书曰：‘何不唤守屋来？他不知士前为慕势、王前为趋士者乎？’守屋忍无可忍，亲到太炎处咆哮一场，责他‘傲慢无理’、‘不解事理’，并下逐客令说：‘如果你不愿在本报操觚，就辞职归去吧。’太炎于守屋去后，安静的自语着：‘名善兵卫，竟是恶兵卫。礼貌衰，则去之，何用逐？’”
来台已经半年了。虽然不停地读书、写作，但是，关于国内斗争的实况消息太少，台湾又缺乏志同道合的友朋，章太炎早有一种说不出的寂寞之感。与守屋善兵卫冲突的爆发，使他下了最后的决心，离开台湾。这时，许多维新志士都聚集在日本，听说倡导反清革命的著名革命家孙中山也在日本，梁启超正在与孙中山协商如何联合起来共同行动，章太炎便于1899年6月10日在基隆登上海轮，前往日本。
“欲将何术拯姬姜？”
在台期间，章太炎为日本著名记者石坂庄作《台岛踏查实记》写过一序，劈头就说：
昔吾尝怪殷之少师与其徒抱罄而入仓海。夫以瞽师之寞寞也，杖策相牵而不陷于波涛，幸欤？其天之哀夫瞽欤？章炳麟曰：“噫！天亦不可以久幸矣。瞽于形者，丘陵草木之缗而勿睹也。今以智瞽则奈何？”
对国情时势若明若暗，对前进道路心中无底，这正是“智瞽”！要不陷于波涛，深明国情时势是多么必要啊！
1899年6月14日，章太炎所乘的海轮抵达日本神户。在馆森鸿的陪同下，他游览了京都、名古屋、东京。
日本，他早就向往的地方，现在终于可以实地做一番考察了。看到日本建设资本主义现代国家方面的显著成效，他对日本尊王攘夷的激烈斗争与思想意识方面的革命性的变革，更为之赞叹不止。是时，他曾吟诗一首赠送给馆森鸿，并寄赠曾经助他出逃的在沪日本友人安藤阳洲、山根虎侯，说：
尘世悼飞蓬，何如匕首冲？
广车危季布，复壁感孙嵩。
尊攘传遗学，文章脱旧封。
沪滨怀两侠，回首一忡忡。
季布被汉高祖缉捕时，曾由濮阳周氏藏于广柳车中；赵岐在汉桓帝时，为避开仇家，曾由孙嵩匿于复壁之内。这里，作者以季布、赵岐自况，而对曾经助他避难的友人表示感谢。“尘世悼风蓬，何如匕首冲？”则表现了他思想发展中的一个重要动向。
同时，他还另有一诗，专怀安藤阳洲与山根虎侯，借用伍子胥濑渚乞食投金与秦始皇时镐池君返璧的典故，也表现了他同样的思想倾向：
落日望横滨，南冠念旧恩。
投金濑阳女，返璧镐池君。
天壤在豪士，东西一转轮。
客中买丝耳，绣作虎头痕。
写这一首诗时，他已经到了横滨，下榻于梁启超宅邸。
这时，由于清政府向日本外务省交涉，康有为不能在日本立足，已经拿了日本政府“赠送”的“旅费”九千元赴加拿大。梁启超亲自与住在横滨的孙中山多次就合作问题进行会谈，并一再表示，他内心是赞成革命的。双方一度计划联合立会，以孙中山为会长，以梁启超为副会长。章太炎怀着一腔希望，来到他们中间，渴求通过与他们深入的讨论，解除他原先的困惑，找到一条明确的前进道路。
他受到梁启超殷勤的接待。梁启超就《时务报》报馆发生的那场冲突向他表示了歉意，给他介绍了在日活动的情况，这使他深受感动。在致汪康年信中，他就此事写道：“伯鸾旧怨亦既冰释，渠于弟更谢血气用事之罪。松柏非遇霜雪不能贞坚，斯人今日之深沉，迥异前日矣。”
经由梁启超介绍，他会见了孙中山，但只交谈一次，相知不深。他在致汪康年书中说：“兴公亦在横滨，自署中山樵，尝一见之。聆其议论，谓不瓜分不足以恢复，斯言即流血之意，可谓卓识。惜其人闪烁不恒，非有实际，盖不能为张角、王仙芝者也。”②中国不经过流血斗争，很难有革新成功的希望，在这一点上，他与孙中山有着同样的结论；他引为遗憾的是孙中山不能成为张角、王仙芝那样的民众起义领袖，这既是对孙中山的估计不足，也说明了他对中国所需要的流血斗争，不是张角、王仙芝那样的旧式暴动所能承担这一点，缺乏必要认识。
待在国内的挚友们，这时对章太炎的行止都很关心，尤其注意他的思想的变化。宋恕是时便写了《寄章太炎》诗二首，反映了他们的这种心情。
其一写道：
甬东一夜猿声断，终古 《 黄书 》 泪万行。
借问幼安无寸土，欲将何术拯姬姜？
幼安，是辛弃疾的字，这里借来暗指章太炎。“欲将何术拯姬姜？”这个问题提得非常尖锐，也正是章太炎这段时间中头脑里不断盘旋着的问题。
在横滨住了一个多月。梁启超口口声声要同兴中会联合，但坚持要由他自己担任会长，实际上，他是想借此一口吃掉兴中会，联合理所当然地成了泡影。章太炎感到十分懊恼。环顾许多曾经高唱维新的人，这时有的热衷于追名逐利，有的则转而明哲保身，他更感到难受。这些事实使他对康、梁等人的政治品德产生了怀疑，同时，也使他对自己不久前所提出的“客帝”政治方案以及他同康、梁等人的政治交往产生了新的动摇。他不愿再同他们厮混下去，决定秘密回国，离开这一旋涡，去做更为冷静的思考。
临行前，章太炎写了《西归留别中东诸君子》一诗，对自己这段时间思想的转变作了回溯，并暗示了回国后将要选择一条不再像原来那么温和的新的斗争道路。
诗中写道：
蜣思转丸，茅鸱惟啖肉。
新耶复旧耶，等此一丘貉！
蜣，俗称屎壳郎，它们所专注的，只是把粪土转成圆团，推回窝里享用。茅鸱，一说为白色的鹞鹰，一说为猫头鹰，它们所追逐的，则是啖食其他动物的尸肉。这是多么可鄙！可悲的是，现在许多号称“新党”的人物，竟也像它们一样，狗苟蝇营，简直与旧党人物没有两样。
这里，充分表现了章太炎对于那些不忘利禄名位以至见利而忘义的“新党”人物，是多么不满与愤慨。
这首诗的最后几句是：
仕宦为金吾，萧王志胡蹙？
江海此分袂，涕流如雨雹。
何以赠君子？舌噤不敢告。
弓月保东海，蚡冒起南岳。
萧王，更始帝刘玄时刘秀所得的封号。刘秀后来做了东汉王朝的第一个皇帝，但是，年轻时，他却没有多大志向。一次，看见执金吾的仪仗，他就羡慕不止，发誓说：“仕宦当作执金吾。”章太炎这里借用这个典故，暗指康、梁等人志识过于短浅，婉转地批评了他们不该只满足于做光绪皇帝的“执金吾”。