自己回国以后，将怎么做呢？这里用了“弓月”与“蚡冒”两个典故。弓月，晋初人，居于辽西，据说是秦始皇之子扶苏的后裔，因受逼迫，经过新罗渡海去日本。章太炎在《昌言报》第九册发表的《蒙古盛衰论》中曾述弓月事：“嬴氏遇刘、项，系颈以组，丧其陈仓之石。独扶苏嗣子孝武三世尝违难奔辽西，为数部长。至晋初，曰弓月者，始见逼，依日本。”这里暗指避难留居日本。章太炎已决定结束这样的生活。蚡冒，楚国第一个称王的国君，即楚厉王，他曾起兵于南方，有志于推翻周王朝，并以南方为基地，进而统一全国。而这正是章太炎所向往的。
8月底，章太炎秘密回到上海。不久，他为逃避清廷耳目的追寻，返回浙江，“时徘徊湖上，间亦至余杭小驻，行踪诡秘。”思想上，他也正在彷徨。要发动孙中山所说的那种流血斗争吗？没有地方可以找到足以凭借的力量。康、梁的政治态度和政治主张究竟是否完全错了？他觉得也很难做出断然的回答。“欲将何术拯姬姜？”这个问题仍然紧紧地纠缠着他。
正在这时，他读到了苏舆所编的《翼教丛编》一书。这本书汇集了朱一新、王仁俊、叶德辉、苏舆等人攻击与诽谤康有为、孙中山的一批反动文章，出版于1898年10月。这是顽固派、洋务派文人反对维新变法、维护封建纲常名教的一部最有代表性的著作。康有为、梁启超是他们攻击的最主要目标。苏舆在为这部书写的序言中大骂康、梁：“伪六籍，灭圣经也；托改制，乱成宪也；倡平等，堕纲常也；伸民权，无君上也；孔子纪年，欲人不知有本朝也。”并说：“邪说横溢，人心浮动，其祸肇于南海康有为。”读到这些文字，章太炎觉得怒不可遏。尽管这时他对康、梁的政治立场已日益怀疑，但面对封建顽固派与洋务派反动文人如此猖狂的反扑，他觉得还是有义务挺身而出，为康、梁伸张正义。于是，他撰写了《〈翼教丛编〉书后》与《今古文辨义》，对这些反动叫嚣进行反击。
章太炎在这两篇文章中，着重从经学发展的历史本身论证了康有为疑经具有其合理性。章太炎广征博引，证明了中国学者之疑经绝非肇始于康有为。他指出，王充的《问孔》，刘知幾的《惑经》，程颢和程颐分别改变《大学》文字次序而编成的两种《大学》定本，朱熹不承认《孝经》为正式经书等等，都可以说是开了康有为之先河。他诘责那些对程朱理学“方俯首鞠躬之不暇”的封建卫道士们：“不罪程、朱而独罪康氏，其偏枯不已甚乎？”反动文人们诋毁“百日维新”期间变法诸条陈为“变乱旧章，冒天下之不韪”，章太炎怒斥他们“借权奸之伪嗣以为柄”，是师法“逆阉之陷东林”。他指出，今古文经学在学术上确有尖锐的分歧，学术上的是非尽可继续讨论争辩，借反对今文经学而攻击新党，否定革新，则属“经术文奸之士”、“陷阱之鼋”，将为人们所不齿。他的这些论点，具有很强的说服力，受到了沪上进步知识分子的热烈欢迎。反动文人对康、梁不遗余力的攻讦，使章太炎感到仍有必要支持和保护康有为、梁启超等人，反过来这却又妨碍了他从康、梁影响下迅速解脱出来。
9月上旬，章太炎在返回浙江前，曾在上海与旧友夏曾佑欢会。夏曾佑，字遂卿，又字穗卿，号别士，又号碎佛，生于1863年，比章太炎年长6岁。1890年进士及第，以翰林院庶吉士用。年轻时，他也热衷过乾嘉考据之学，后来转而信奉春秋公羊学，并狂热地研读西学书籍和佛教经籍。章太炎在诂经精舍时就已与他相识。他在《太炎先生自定年谱》中自述1894年“始与钱唐夏曾佑穗卿交。穗卿慧辩，一时鲜匹，亦多矫怪之论”；1896年“与穗卿交。穗卿时张《公羊》、《齐诗》之说，余以为怪诞”。1899年4月，夏曾佑选授山东蒙阴县知县，以亲老为名，请求改选近地，改授安徽祁门县知县。这时，他在赴安徽任所的中途经过上海，会见了刚从日本回来不久的章太炎。夏曾佑在维新变法运动时也是一名健将，曾与严复在天津创办《国闻报》，撰写了许多重要时论，与《时务报》南北呼应，合成双璧。章太炎与他久别重逢，说不出的高兴。他们共诉离情，一同倾吐着维新变法失败以来心中的郁闷。夏曾佑建议他北游天津，实地考察北国情状。章太炎悄悄返乡后，即致书夏曾佑，表示采纳他的建议：“休神家衙，邑犬群吠，终难久蛰。沪江亦无以营鬻。君言勃海乐，实获鄙怀。”孟冬季节，在夏曾佑的鼓励与支持下，他终于成行。夏曾佑有《己亥孟冬送太炎仁者游天津》诗二首，绘述了两人此时的心境。其一云：
我从北海君东海，浩荡江湖幸一逢。
零雨凄风秋正苦，疏灯草具酒将空。
一生宏誓沉吟久，数著残棋万变中。
世界果然无作者，殷勤重为拭青锋。
其二云：
拔剑高歌望友生，强施枉策助长征。
神经孤寄孙刘上，世法兼持老墨衡。
四海何年归倦羽，一声自爱尽平生？
箜篌唱遍风波恶，远望孤云一怆情。
然而，渤海之滨，同样黄钟毁弃，瓦釜雷鸣。章太炎曾有《感遇》四首，记述此行见闻。此诗今未见，但有宋恕庚子《和章太炎感遇原韵》四首，题又作《和章太炎近作用原韵》，从中可以考见章太炎此行的感受。
宋恕和诗的第一首说：
驱车览燕代，千里但黄埃。
寒风易水渡，蔓草昭王台。
荆卿后秦入，乐生先魏来。
严霜长夜下，枯木何时荄？
仰天见苍鹅，饮泪伤余怀。
第四首说：
争城罪食肉，发冢嗟压。
孟庄固同源，孔墨将一概。
阴惨连万里，阳舒俟何代？
饿莩满陵原，猛兽据关隘！
击罄思逐襄，鼓刀知羞哙。
荆轲、乐毅那样的壮士，现在在哪里呢？口诵《诗》、《礼》以发冢盗墓的儒生，借助先王陈迹以行奸乞食的名士，却比比皆是。在南方，痛感“智瞽”的可悲；在北方，更痛感“智瞽”的可恶。捧诵贽友赠诗，“殷勤重为拭青锋”、“强施枉策助长征”的真诚期待激励着章太炎。他的胸中很不平静，一种愈来愈强烈的急迫感压迫着他，似乎让他透不过气来。他要呼号，要呐喊，要把自己这些年来的探索与思考告诉世人，要用自己的笔和“智瞽”决绝。于是，他又埋首书案，夜以继日，将《訄书》杀青付梓。
“逑鞠迫言”——《訄书》
《訄书》于1900年1月初步编订。书首有识语代序，云：
幼慕独行，壮丁患难。吾行却曲，废不中权。逑鞠迫言，庶自完于？皇汉辛丑后二百三十八年十二月章炳麟识。
皇汉辛丑年，为南明永历十五年，公历为1661年，是年南明灭亡。皇汉辛丑后二百三十八年，为光绪二十五年己亥，公历为1899年。而己亥十二月，公历则为1900年1月1日至30日。《訄书》书首识语当写于这时。但是，这部著作最后杀青，当在这稍后一些时候。《訄书》中《帝韩》一文说到“自永历丧亡，以至庚子，二百三十九年”，庚子年当公历1900年1月31日以后方才开始，是知《訄书》识语写后付刻以前又有增补。
“逑鞠迫言”这四个字，给《訄书》这一书名做了诠释。逑的意思是求索，鞠的意思是穷究，迫的意思是急迫、迫不及待。这部著作反映了他是如何艰难地在探索着、穷究着；而收入这部著作的各篇论文，又只是他最急于说出来的一些看法。而“庶自完于？”这一反问，则表明他同时又深感仅仅“逑鞠迫言”还不足以解决问题，所需要的应是勇猛的实践、行动！
《訄书》是一部论学论政的综合著作。全书正文五十篇，主要包含以下四个方面的内容：
一、以打破儒家正统思想统治为目标的一组先秦学术史论，包括《尊荀》、《儒墨》、《儒道》、《儒法》、《儒侠》、《儒兵》和《独圣》等篇；
二、以反对唯心论、形而上学和封建神道设教为主要目标的一组哲学论文，包括《公言》、《天论》、《原变》、《冥契》、《封禅》、《河图》、《干蛊》、《订实知》等篇；
三、以“反满”反帝为中心的民族论，包括《原人》、《族制》等篇；
四、讨论如何改革中国社会的一组论文，其中《平等难》、《喻侈靡》、《明群》、《明独》等篇主要讨论社会关系的变革；《播种》、《东方盛衰》、《蒙古盛衰》、《东鉴》等篇主要讨论变革总形势；《客帝》、《官统》、《分镇》、《不加赋难》、《帝韩》主要讨论政治制度的变革；《商鞅》、《正葛》、《刑官》、《定律》主要讨论立法与司法的变革；《改学》、《鬻庙》主要讨论教育改革；《弭兵难》、《经武》主要讨论国防与军事问题；《争教》、《忧教》主要讨论对付列强宗教侵略和正确对待反洋教斗争的问题；《明农》、《制币》、《禁烟草》则主要讨论经济变革问题。
这些论文，有不少篇过去曾以同样题目或别一题目在报刊上公开发表过，但是，在收入本书时，大多数都已做了一些补充修改。从以上篇目和编次可以看出，《訄书》并非一批论文简单的汇集。五十篇文章从历史到现实，从一般原理到具体主张，从批判到建设，形成了一个结构相当严密的理论体系。
引人注目的，首先是贯串《訄书》全书的唯物主义精神和进化论观点。可以说，这是章太炎通过《訄书》构造起来的理论体系的思想基础及其主要支柱。
在近代中国，《訄书》首次较为系统而明确地在认识论领域提出了唯物主义的反映论。《公言》上、中、下三篇集中探讨了这一问题。
所谓“公言”，指的是人们共同的认识、公认的命题、普遍承认的公理。章太炎指出，“公言”之所以产生，是因为认识起源于感觉，而感觉又是人的感官对外界事物的反映，共同的认识根源于由共同的环境、共同的生理条件形成的共同经验。“黄赤、碧涅、修广以目异，徵角、清商、叫啸、喁于以耳异，酢熮、甘鹾、苦涩、隽永百旨以口异，芳苾、腐臭、腥蝼、膻朽以鼻异，温寒、熙湿、平棘、坚疏、枯泽以肌骨异，是以人类为公者也。”种种不相同的色、声、味、香、触，之所以能为人们所感知并获得相同的结论，是因为人们有相同的目、耳、口、鼻、身等感觉器官，它们有相同的感觉辨别的功能，对同一外界事物便能做出同样的反映。感觉器官机能不健全的人对一些现象不能如实地反映，外界事物还有大量现象为人们的感觉器官所不能直接感知，这就需要通过判断和推理，使个别上升到一般。他曾举光为例：日光有七色，七色之外尚有“幻火变火”，眼睛不能直接感受，但它们是客观存在的，“不见其光而不得谓之无色，见者异其光而不得谓之无恒之色，虽缘眸子以为蓺极，有不缘者矣”。人们的眼睛感觉能力有限，但是，可以通过物理学的实验和生活实践加以认识。比如，借助于三棱镜，可知“日色固有七，不岐光则不见也”，通过“幻火、变火”能够熔金铁这一事实，可确定“幻火、变火”即今所谓紫外线、红外线确实是客观的存在。这些事实又足以证明，人类的见闻其实还是相当有限的，尚有无数的事物还没有为人们所认识，例如天体运动，包括整个银河系的运动和其他无数星系的运动，就有许多规律是人们现在还没有掌握的。了解了人类认识的来源及其限度，我们便可懂得，绝不可因为人们尚未充分地认识便否认客观世界有其确定的本质、固有的规律，更不可将只在有限范围内得到证实的正确认识无限制地扩大其适用的范围，无条件地到处套用，甚至臆造一些游离于人的感性与理性认识之外的“公理”、“规律”，并将其强加给客观世界。
根据这些唯物主义反映论观点，章太炎一针见血地指出，专制主义的政治统治者和宗教之士就他们的思想方法而言，也必然要陷入谬误。他指出，那些专制主义的政治统治者，“莅事不下于簟席，不出于屏摄”，闭目塞听，结果，就必定“不能从大共以为名”，他们的认识一定会与民意公言相违背，而那些宗教之士，则总是“割取一陬，以杜塞人智虑，使不获知公言之至”，而阻止人们按照正确的方法去认识世界，结果，则必定要使“进化之机自此阻”。这样，章太炎便把确立唯物论的反映论同批判封建政治专制主义、思想蒙昧主义紧密地联系了起来。
由于在认识论方面有了重要的进步，在对有神论和封建神道设教的批判方面，《訄书》比之《儒术真论》便有了新的突破。其最显著的特征，便是注意把对封建神学的批判同对封建专制主义政治的批判紧密结合在一起。除去《天论》篇概括叙述了《视天论》与《儒术真论》有关天体运动的观点，驳斥了天命论外，这一批判集中在《冥契》、《封禅》、《河图》、《干蛊》这一组文章中。
在这组文章中，章太炎高度评价了黄宗羲《明夷待访录》“天子之于辅相，犹县令之于丞尉，非夐高无等，如天之不可以阶级升也”的观点，指出：“挽近五洲诸大国，或立民主，或崇宪政，则一人之尊日以骞损，而境内日治。”既然事实已经证明黄宗羲这一观点是正确的，那么，为什么“中夏之王者，谓之天子”，“而创业之主，其母必上帝冯身以仪之”呢？印度、欧洲、阿拉伯又分别借帝释、天主、“天方”之神以神圣其国王，那又是为什么呢？章太炎说，这是因为要借助于神话与迷信来欺骗人民，让人民供他们驱使：“自东自西自南自北，凡长人者，必雄桀足以欺其下，以此羑民。是故拱揖指麾，而百姓趋令若牛马。”
古代帝王有所谓封禅大典。封建帝王须筑坛祭告于天，向上天祈福。这一典礼被说成君权神授的铁证。章太炎根据原始社会的历史演变过程，论证了封禅起源甚早，但本来并不神秘。他指出，上古时期，中原地区各部落为了防备淮夷、徐戎，“因大麓之阻，累土为高，以限戎马”，“设险守固”，所以那时“封禅为武事，非为文事”。后来，封禅方才由统治者给笼罩上一层神秘主义色彩，因为这些统治者有鉴于“彼夷俗事上帝”，故“文之以祭天以肃其志，文之以祀后土以顺其礼，文之以秩群神以詟其气”。再后，“三王接迹，文肆而质，而本意浸微，丧其本意”，封禅便完全失去原先的军事实用价值，演变为一种纯然使君权神化的宗教仪式。
古代又有“河图”的传说，说伏羲氏时黄河中曾跃出一匹龙马，身负八卦图，它的出现预示着圣王将要出世，天下将太平。这也被引作君权神授的铁证。章太炎撰《河图》分析说，所谓河图，很可能本是一块绘有古地图的石头，失落在河中，“伏羲得之而以为陈宝”，因为从中可以“知地形厄塞”。这中间，根本没有什么不可思议的神异的因素。以“河图”的出现论证君权神授，纯属无稽之谈。