在这一组文章中，章太炎还进一步研究了古代鬼神崇拜产生的历史根源和认识根源。他指出，远古时代，人们对变幻莫测的自然现象不能做出科学的解释，在巨大的自然力压抑下感到自卑与脆弱，便把自然力臆想为不可思议的神力，对它加以顶礼膜拜，希冀得到它的护佑与帮助，于是产生了鬼神崇拜。“当是时，见夫芜荑之萎于燕，鲸鱼彗星之迭相为生死，与其他之眩不可解者，而以为必有鬼神以司之，则上天之祭，神怪倛头之裼祓，自此始矣。冯蠵者，大龟也，以为河伯；海若者，右倪之龟也，以为瀛之神；……而圣人亦下渐之以行吾教。是故伏曼容曰：‘万物之始生，必由于蛊。’”章太炎的这些论点，将近代中国对封建神权的揭露和批判大大向前推进了一步。
《菌说》、《儒术真论》等文已经显示出，在用进化论解释自然界和人类的发展方面，章太炎已经超出了同时代许多思想家。而《訄书》在这方面则又前进了一步。其中最突出的是《原变》一文。章太炎在这篇文章中明确指出：“物苟有志，强力以与天地竞，此古今万物之所以变。变至于人，遂止不变乎？人之相竞也，以器。……石也，铜也，铁也，则瞻地者以其刀辨古今之期者也。”在中国资产阶级小资产阶级代表人物中，章太炎较早注意到了生产工具的变化在人类发展变化中的重要作用；但是，生产工具和生产活动在他这里，主要还是生存竞争的手段。生存竞争，在他眼中仍然是社会进化的基本原则。他强调说：“竞以器，竞以礼，昔之有用者，皆今之无用者也。……竞以礼，竞以形，昔之有用者，皆今之无用者也。”生产工具也好，礼仪制度也好，人的形体也好，随着社会的变化和人类的发展，它们都是旧的不断被淘汰，新的不断地产生。《原变》还进一步讨论了《菌说》考察过的一个老问题：动物进化到人以后，“遂止不变乎？”章太炎说，人还继续会变，而且还可能退化。文明民族如果失去竞争能力，就不可避免地要退化。为了增强民族竞争能力，章太炎大声疾呼，必须大兴“无逸”之说，大立“合群明分”之义，振奋民族精神，加强民族内部的团结。
在《族制》一文中，章太炎又用西方1884年方由英国人类学家迦尔敦创立的优生学理论和社会达尔文主义的生存竞争学说，来解释民族的兴亡盛衰。他引用遗传规律指出：“核丝之远近，蕃萎系焉；遗传之优劣，蠢智系焉；血液之均杂，强弱系焉；细胞之繁简，死生系焉。”然而，仅仅依靠自然的遗传还不足以决定民族盛衰兴亡的命运。“性犹竹箭也，括而羽之，镞而弦之，则学也。不学，则遗传虽美，能兰然成就乎？”要使优秀的遗传品质得以发挥其作用，还需要后天的努力。“今吾中夏之氏族，礧落彰较，皆出于五帝。五帝之民，何为而皆绝其祀也？是无他，夫自然之淘汰与人为之淘汰，优者必胜而劣者必败。”正因为如此，他指出，要增强民族的竞争力，必须利用遗传规律与优生学原理，“去其狼扈而集其清淑”，并不断实行社会政治革新。
在作为《訄书》结语的《独圣》篇中，章太炎进一步探讨了万物变化的动力和根源。他写道：“天地之间，非爱恶相攻，则不能集事。”他又写道：“屈申者，晦明之道也。屈甚而晦，申甚而明。古者不言神，亦不言电，而统之以申。非战斗无申，非申无明，万物之自鼓舞者然也。”在这里，他不仅确认对立面的斗争是万物变化的动力，是实现矛盾转化和使旧质向新质飞跃的动力；而且确认这种矛盾、这种对立面的斗争，都产生于万物内部，它们不是从外面强加给万物的，所谓“万物之自鼓舞者然也”，就是确认矛盾与斗争都基于万物自身内在的必然性。这些认识，无疑是相当深刻的。它清楚地说明，章太炎并不是简单地照抄与重复他所接触到的西方进化论的某些结论，他接受进化论，同时重视对历史和现实进行认真的分析和研究，这样，他的发展论便有了比较丰富的社会内容和更为强烈的战斗精神。
从哲学转向社会学，章太炎创立了以“反满”、反帝和建立民族国家为目标的民族论。
章太炎把人类形成的自然史当做他的民族论的出发点。他说，物种进化的过程，是从无生命到有生命，从原始的生物到高级的生物。所有种族的人，都是从鱼一步步进化而成的。“赭石、赤铜著乎山，莙藻浮乎江湖，鱼浮乎薮泽，果然、玃狙攀援乎大陵之麓，求明昭苏而渐为生人。人之始，皆一尺之鳞也。”可是，人类不同种族的进化历程并不一致，进化较早而较速的民族比较文明，而进化较晚并较缓的民族则比较野蛮，“化有早晚而部族殊，性有文犷而戎夏殊”。这样，便出现了文明民族与野蛮民族的区别。
据此，章太炎把世界诸民族分作文明民族与野蛮民族两类。他说，华夏民族与欧美民族“皆为有德慧术知之氓”；而欧美的生蕃，亚洲的戎狄，“其化皆晚，其性皆犷”，“其种类不足民，其酋豪不足君”，都还没有真正脱离动物状态。他这里所贬斥的，其实主要是指满族。满族，从上古时代起，就是中华民族的一个成员。从虞舜、夏禹到西汉，称肃慎、息慎；东汉、魏、晋时，称挹娄；南北朝时，称勿吉，隋、唐时音转为靺鞨；宋、元、明间，称女真；明末改称满族。至迟在西周时，已臣服于中原王朝；唐朝曾在他们世代居住的黑龙江两岸设置了郡县。12、13世纪间，他们建立了本民族的王朝金朝，后来，又处于元、明中央政府管辖之下。在漫长的岁月中，他们和汉族及其他民族一起，对中华民族文明的发展做出了可贵的贡献。17世纪初，居住在绥芬河流域的建州女真首领努尔哈赤和其子皇太极起兵反抗明王朝的腐败统治，建立了清王朝，于1644年入关，取明王朝而代之，满族因之成了中国的统治民族。章太炎将满族斥为“索虏”、“戎狄”、“乌桓遗裔”，以满族原先在经济上、政治上和文化上较为落后为理由，将满族列入“野蛮民族”之列，断言满族对全国的统治违背了历史的合理性，阻碍了中华民族的进化，致使中国在世界各文明民族的生存竞争中处于劣势。
当年，王夫之在《黄书》中说过，宁可失位于贼臣，不可失国于外族。章太炎利用这一论点来论证建立独立的民族国家的必要性。他说：“凡大逆无道者，莫剧篡窃。篡窃三世以后，民皆其民，壤皆其壤，苟无大害于其黔首，则从雅俗而后辟之亦可矣。异种者，虽传铜瑁至于万亿世，而不得抚有其民。何者？位虫兽于屏之前，居虽崇，令虽行，其君实安在？虎而冠之，猿狙而衣之，虽设醮醴，非士冠礼也。”章太炎认为，他们没有任何权力统治文明民族，即使统治了万亿世，也不能承认这种统治为合理。
野蛮的“戎狄”君临于中国为不合理，文明的欧美诸族是否就可“入而握吾之玺”呢？章太炎断然表示：欧美诸族也绝对无权入侵中国和宰制中国。他指出：中国“海隅苍生，皆少典之胄；广轮万里，皆少典之宅。以少典之宅而使他人制之，是则祭寝庙者亡其大宗，而以异姓为主后也”。中国，是中华民族的中国，对于那些征服者，“安论其戎狄与贵种哉？其拒之一矣！”一个国家如果已经为异族所统治，那么，就应当通过全民族的斗争，推翻这一统治，而建立本民族的独立国家，“兴复旧物，虽耕夫红女，将与有责焉！”
民族，这是一个历史的范畴。近代民族，是资本主义发展的必然产物和必然形式。为了使商品生产获得完全胜利，资产阶级必须建立统一的国内市场，使操着同样语言的民众所居住的国家在政治上获得统一和独立，这就推动了资产阶级民族运动的发展。这种民族运动，正如列宁所说，在人类历史上，起了“进步的、能唤起新的人民群众参加新的经济生活和政治生活”的作用，它将推动这些民族“从封建主义或从宗法制的蒙昧状态过渡到民族进步，过渡到文明的和政治上自由的国家”。在中国，孙中山倡导“驱除鞑虏，恢复中华”，章太炎创立民族理论，都是近代中国民族运动正在兴起的表现。求助于进化论、优生学和社会达尔文主义，章太炎不可能正确认识民族问题的本质，对满族的态度更不能说是客观与公平。因为他不懂得，在近代中国，中华民族的全体成员，不仅汉族和蒙古、藏、维吾尔、回诸族，而且包括满族在内，其实都有着共同的命运，因为他们同样都处于封建主义和西方资本主义的蹂躏之下；各族人民要取得自身的解放，则必须团结起来共同进行斗争。满族尽管当时是统治民族，享有不少特权，但维护封建主义和列强在华利益的，毕竟只是人数不多的一批掌握权柄的满汉贵族。将满族与国内其他少数民族统统斥之为“戎狄”，丑化他们，表明传统的大汉族主义在章太炎身上留下了很深的烙印，这一观点，说到底，当然不可能有利于我国各族人民的联合斗争。章太炎的民族理论从一开始就这样明显地暴露了它的严重弱点。
《訄书》中具体讨论应当如何改革中国社会的近三十篇论文，清楚地显示了章太炎这一时期所关注的范围是多么广阔。他政治上、思想上的矛盾，在这些文章中也得到了充分表现。
这一部分内容，大致包括以下一些方面：
关于社会关系的变革，章太炎说：“平等之说，非拨乱之要也。”“民主……不可以迮行于今之震旦。”他认为，君臣、父子、男女，都不可能做到绝对平等，因为他们之间的差别是无法根本取消的。即以君臣关系而言，“古者谓君曰林烝，其义为群。此以知人君与烝民等。其义诚大彰明较著也”，然而，就实际权力而言，君民之间却必然有很大不同，“虽号以民主，其崇卑之度，无大殊绝，而其实固已长人”。在这里，章太炎所反对的，其实主要是反映小生产者意愿的关于普遍平等的空谈。他认为，针对古代印度将人们分作婆罗门、刹帝利、吠舍、首陀罗四个等级的情况，针对中国南北朝时门第之说盛行、右膏粱而左寒俊的情况，提倡平等之说，足以救弊。可是，中国现在问题症结是安于现状，民无所竞，没有生气，缺乏强大的前进动力。要打破这种现状，正需要大力鼓励人们的自由竞争。他说：“顾势也，浸久而浸文明，则亦不得不浸久而侈靡。”而所谓侈靡，就是“适其时之所尚，而无匮其地力人力之所生”。“其用未侈靡，则呰窳偷生而已足。然而人非草形之虫矣，慧亦益启，侈亦益甚，则定质之弃于地，与诸气诸味之弃于地外者，必将审御机数以求之。”这样就推动了工商业的发展，并形成人与人之间、国与国之间的轻重之势，“侈靡则日损，损则日竞，竞则日果，是兵刃之所以复而自拯之道也”。他讴歌“维多利亚……大风播乎中国”，希望用自由竞争的充分发展打破中国早已停滞、凝固与僵硬了的封建社会秩序；他热烈地要求个性解放，激烈地反对封建奴性；他主张建立强大而有权威的国家机器来推动改革，强调绝不可容许那些“守故之士”借口“民主”而置喙……所有这些都说明，章太炎希望在经济关系、政治关系和社会关系方面都进行一场大变革，促进近代中国资产阶级的形成。
然而，关于社会变革的这一组文章又清楚表明，章太炎对于中国封建主义社会关系的认识还相当浮浅，对于它的顽固性更严重地估计不足。他完全不了解建立在小生产的私有制基础上的宗法家长制，正是封建主义社会关系的主要纽带，他非但没有觉悟到必须斩断这一纽带，反而在《平等难》与《明群》中公开为父权与夫权辩护，论证父之于子、夫之于妇，本不能真正平等。为了说明当务之急是要树立那些立志维新的“学士”权威，而不是空谈“民主”，让顽固分子任意阻挠革新，章太炎竟十分肯定地声称：“吾九皇六十四民之裔，其平等也已夙矣。”“今夫人以中夏为专制，顾其实亦民主已。”这些论断，实际上美化了封建专制主义严酷统治的现实。身在桎梏中而不觉其为桎梏，恰好证明，曾经长久吮吸过封建主义毒液的人，要把这些毒液从自己的肌体中全部排除掉，是多么艰难。
在这一组文章之后，章太炎考察了变革的总趋势，讨论政治、法律、教育、宗教、经济等各方面进行变革的具体方案。
章太炎相信，东方，包括中国在内，终将有复兴强盛之日。他说：“夫国之代盛衰也，犹其有昼夜也。有昼而无夜，则熏劳不得息，冰海之濒无生物矣。久盛不衰，则陈气不除，不能成新物。故必极之销铄瘀伤而后复者，亦势自然也。”但是，他以为，中国要很快转为强盛，是十分艰难的。一个极为重要的原因，就是因为中夏“分郏而治，其民不相知。自齐、鲁以视滇、蜀，几若裔夷”。他说：“地大而人庶，则其心离；其心离，则其志贼；其志贼，则其言牻，其行前却。故以一千四百州县之广袤，各异其政教《雅》、《颂》者，百蹶之媒也。”在此情况之下，他认为，当然不能幻想朝夕之间可以成功，而应该努力于播植日后复兴的种子，“譬如殖瓝，殖之不必获，不殖则必审其不获矣”。他强调说，即使只能在局部地区、局部方面实现变革，那也应该争取，因为它将为日后全面复兴提供较多的条件，“若夫今日之支那，则虽沤菅者亦知其必丧也。然而变之则可完数省以待来者，不变则丧者以歼，姚、姒以绝，文命之九州以灭，后虽有武丁，何以藉手？”他吸取前一年在东京与孙中山会见时孙中山所提出的一个论点，断言：“吾观于中国、日本之盛衰，而后知重钜者难为兴，锐者难为替。”“中国今日之存灭，吾弗知也。后有哲王，必起于分裂之季。”
在改革政治制度方面，章太炎在《訄书》中着重讨论了“逐满”、帝制、官制、中央集权和地方分权、迁都等问题。