根据《訄书》先前已经阐明的民族论，章太炎在讨论如何改革政治制度时，依然不承认清王朝的统治具有历史的或民族的合理性，他说：“同类君其国，则谓之帝；异类君其国，则谓之篡。……以臣夺君者，曰篡一姓之神器；以异类夺中夏者，曰篡万亿人之分地。”清王朝当然置于“篡”者之列。他还特地通过满族贵族和旗民的寄生性，论证这些篡窃者甚于大盗：“窃人之财，犹谓之盗。今其妇人未尝刺韦作文绣，织，其男子未尝作弓矢鞍勒，锻金铁为兵器，以自澹给，而浮食于民，历八世无酬醋，是恣其劫略而不忧名捕于有司也，于盗甚矣。”但是，这时他仍保留了前一年所提出的“客帝”主张，“自古以用异国之材为客卿，而今始有客帝。客帝者何也？曰：如满洲之主震旦是也”。
《訄书》中所收录的《客帝》，与《清议报》上发表的《客帝论》相比，不仅明确点出清朝名称，而且在内容上做了不少修改。然而，继续宣传“客帝”的主张，恰正表明他还没有最终抛弃对清王朝特别是光绪皇帝的期望与幻想。
为了保证变革的推进，除去将封建帝王变成一名“以方伯自处”的首席长官外，章太炎还要求对整个官吏选拔与任用制度进行一番重大的改革。他说：“夫遭时阽危，则薮泽之才者，必盛于平世。”为了发现这些人才，并使他们得以充分发挥其聪明才智，章太炎要求用推举、自荐等办法取代旧式的科举和单凭学堂的机械学历。为了集思广益，他主张，在建立议会之前，应当鼓励人们勇于上书提出建议，“语无取翔博，言无取成文典，苟便于事，跖之粘牡，越人之不龟手，方伛偻以承之；若其勿便，虽不愆于旧章，蜚蓬之问，三王所不宾。”为了防止“满洲贵族”利用东北与北京距离相近的方便挟制朝廷，他建议迁都武汉；鉴于中央政权过于软弱，为防止列强挟制中央而号令全国，他建议“封建方镇”，加强各大区域的地方分权，“若是则外人不得挟政府以制九域，冀少假岁月以修内政，人人亲其大吏，争为效命，而天下少安矣”。
关于立法、司法等问题，章太炎所探讨的中心问题，就是如何保证法治的实行。他高度地评价了商鞅，赞扬他能够“尽九变以笼五官，核其宪度而为治本，民有不率，计画至无俚，则始济之以攫杀援噬”。而对于汉武帝时张汤、赵禹那样一些“刀笔吏”专借法令“以媚人主，以震百辟，以束下民”，“以称天子专制之意”，他则痛加斥责，强调这些“刀笔吏”与实行法治恰好不相容。在司法方面，他提出必须坚持“刑官独与政府抗衡，苟傅于辟，虽人主得行其罚”，确保司法独立，确保人人在法律面前平等。
《弭兵难》与《经武》二文专门讨论了武备与国防的问题。章太炎对于俄、美等列强所鼓吹的“裁军”嗤之以鼻。他指出，“今以中国之兵甲与泰西诸强国相权衡，十不当一，一与之搏击，鲜不溃靡”，其他弱小国家也是如此，在这种情况下，不问青红皂白，同样裁军，只能是“特假强国以攘夺之柄”。他认为，在进入“大同之世”之前，无论是与异国相交，还是在国内谋求变政，都必须有强大的武装力量为后盾，在这方面，绝不能书生气十足，徒托空言：“夫家有梐枑而国有甲兵，非大同之世则莫是先矣。苟释其利，而倚簟席以谋天下，以交邻国，则徐偃王已；以临禁掖，则李训、郑注已。”
《改学》讨论教育改革问题，要求不仅注重武备、工艺教育的发展，还应重视政治、法律人才的培养。在《争教》与《忧教》二文中，他愤怒揭露列强正转而提倡中国传统的儒学，用以奴化中国人民，呼吁人们警惕。《明农》、《制币》等文探讨经济改革问题，要求重视农业的发展，改革币制，促进工商业的繁荣，以便使“神州之商，潼滃蔚荟，相集相错，以成大群”。
《訄书》初刻本以《尊荀》篇居首，以《独圣》篇作殿。“尊荀”，是为引导人们从遵祖宗之制改向法后王。先秦学术史论各篇，论证儒学与诸子学的关系，比较它们之间的短长，也是为引导人们挣脱传统观念的网罗。然而，直到这时，他也没敢公开揭出反对儒学及其鼻祖孔子的旗帜。《客帝》要求尊孔子为虚君，《尊荀》将荀子的“法后王”解释为“法《春秋》”，其他许多篇论文中还袭用了不少今文经学家所热衷鼓吹的观点，如以孔子为“素王”，又如所谓“通三统”等等，这些事实说明，在相当程度上他也仿效了康有为将孔子近代化的办法，企图将他自己的理论与主张穿上一件古色古香的外衣。
综合以上内容，可以看出，章太炎在《訄书》中所构造的理论体系，具有丰富的社会内容，强烈的现实性，鲜明的资产阶级民主主义色彩，同时，又处处表现出思想上的不成熟，暴露出因袭的重担在他身上留下了很深的印痕。《尊荀》篇劈头就说：“使文质兴废，若画丹之与墨，若大山之与深壑，虽骤变可矣。变不斗绝，故与之莎随以道古。”要求变革，但又在因袭的重担压抑下迈不开大步，表明章太炎的思想仍在过渡与转变之中。
《訄书》最初由祝秉纲转请毛上珍刊印出版，扉页由梁启超题名。初刻本为五十篇，不久，再次印刷，增补附录两篇，一为《学隐》，评论魏源学说；二为《辨氏》，论述我国古代氏族的由来及其演变的历程，后来改名《序种姓下》篇。
《訄书》刊刻问世，章太炎感到异常欣慰。这时，严复恰好南下来沪，章太炎与这位《天演论》的译述者重新聚首，十分高兴，忙将刚刚出版的《訄书》和先前发表在《清议报》上的《儒术真论》一道送请严复斧正。1900年4月14日，他在给夏曾佑的信中专门述及此事：
鄙人乞食海上，时作清谈，苦无大匠为施绳削。又陵适至，乃以拙著二种示之，必当有所纠正，亦庶几嵇康之遇孙登也。
嵇康遇孙登事见《晋书·孙登传》。孙登本是晋时一个隐士，嵇康跟着他学了三年，询问他的志向，他始终不作回答。嵇康临别之前，再次问孙登说：“先生竟无言乎？”孙登这时答称：“今子才多识寡，难乎免于今之世矣！”后来嵇康果然为司马氏所害。章太炎这里以嵇康自况，而以孙登喻严复。4月17日，严复曾有一信复章太炎，说：“前后承赐读《訄书》及《儒术真论》，尚未卒业。昨复得古诗五章，陈义奥美，以激昂壮烈之均，掩之使幽，扬之使悠。此诣不独非一辈时贤所及，即求之古人，晋、宋以下可多得耶？”在逐一评介沪上各著名文士如张元济、汪康年、唐才常等人之后，严复对章太炎更推崇备至，说：“至于寒寒孜孜，自辟天蹊，不可以俗之轻重为取舍，则舍先生，吾谁与归乎？有是，老仆之首俯至地也。”这番交往，表现了这两位思想家和学者相知之深，而严复对章太炎的评语，也可视做当时中国思想界一位巨人对《訄书》做出的最初评价。
剪辫明志
1900年1月24日，西太后根据荣禄等人所献的密计，宣布立端王载漪的儿子溥为“大阿哥”，准备1月31日即旧历正月初一日废黜光绪皇帝载湉，立溥为帝。消息传出后，各界人士都受到很大震动。1月27日，上海电报局总办经元善联合各省寓沪绅商一千二百三十一人急电北京，说：“昨日卑局奉到二十四日电旨，沪上人心沸腾。探闻各国有调兵干预之说，务求王爷中堂大人公忠体国，奏请皇上力疾临御，勿存退位之思，上以慰皇太后之忧勤，下以弭中外之反侧。宗社幸甚，天下幸甚。”叶瀚、丁惠康、唐才常等皆列名于后，章太炎之名亦列于其中，尽管事前并没有征求过他的同意。
西太后废立计划受挫，极为恼怒，下令缉捕经元善和其他一些列名者。经元善在英国传教士李提摩太保护下逃往澳门，章太炎则处于危险之中。浙江维新名士汤寿潜建议他致书梁鼎芬，“冀为藩援”。汤寿潜还亲自给梁鼎芬写了信，说明经元善通电中章太炎之名为别人妄署，致狱过冤。章太炎最初听到汤寿潜的建议时，就已明确表示：“经氏妄署有之。昔顾宁人在狱中，犹不欲虞山为解脱，况未入狱邪？若事触天下不韪，亦令后世留遗议，虽体解不为也。”在得知汤寿潜自行驰书梁氏以后，章太炎“错愕变色”，直率地责备汤氏“体曲为朋友谋，诚谊士，抑远离乎爱人以德者矣”。为了表明自己的心迹，他特地写了一封公开信，说明自己“曩者以经氏之狱，陷文网，同时逮捕者数人，固委身以待累绁，不欲处复壁为苟活计也”，现在，更不愿“违志忍诟，以求免祸”。信中专门谈了他与梁鼎芬的关系，说：
节庵自戊戌以后，诬反复，跖、不忍为。自粗知维纲者，不欲与衔杯酒。如仆则又何说？仆于节庵，固尝啁谇弹讦，征于态度，著于篇什，何爱敬饬尽之与有？……今彼节庵者，独何人耶？若仆亦何如人也？违志忍诟，以求免祸，虽材质驽下，亦稍闻昆山之遗风矣！宁人尝书通衢，以明志，今书斯牍，亦欲使见者知吾意也。
宁可入狱，亦绝不向梁鼎芬之流无耻文人乞援求助，表现了章太炎嫉恶如仇的倔犟性格和宁可玉碎、亦不瓦全的献身精神。这封公开信，在沪上名士中间广为传诵，乍闻失色者有之，婉言相劝者有之，倍增钦敬者亦有之。章太炎在给夏曾佑的信中说：“顷岁荃蕙化茅，海滨同志，百不二三。惟浩公贞固执拗，有荆公三不足畏气象。其他矍相之圃，仅有存者。乃不得不效狋吽牙语。”当年孔子射于矍相之圃，观者如堵墙。先前沪上立志维新救国者不也摩肩接踵，一倡百和过么？可现在呢？能够有点王安石“三不足畏”精神的，仅剩下叶瀚等寥寥可数的几个人了。这怎么能不令人伤感？狋吽牙者，两犬相争。人却不得不效狋吽牙之语，这又怎么能不令人悲怆？《訄书》的印行带来的兴奋，非但没有冲淡他这种郁闷的心绪，反而更增添了心中的重压。
西太后阴谋以溥取代载湉的计划，因各国驻华公使拒绝给予支持，未敢贸然付诸实施。光绪勉强保住了他的傀儡皇帝的帝位。这一场宫廷冲突，将光绪的懦弱平庸和政治上的无能与毫无实力裸露于世。对于刚刚在《訄书》的《客帝》篇中称颂了光绪的章太炎来说，这不啻当头一棒。这样一个皇帝，值得寄予很大的期望么？怀疑增长了。
正当此时，在我国华北平原上燃起了一场燎原大火，这就是震动中外的义和团运动。6月，大清龙庭所在的北京城实际上已经处于义和团控制之下。英、俄、法、美、意、日、德、奥等列强为了重建帝国主义统治中国的秩序，决定出动他们自己的兵力，组成联军，对义和团进行无情的镇压。为了避免义和团的刀锋落到自己头上，西太后于6月21日以光绪皇帝的名义，发出“大张挞伐，一决雌雄”的宣战上谕。而以洋务派官僚为主的南方长江流域各省的督抚，为安定列强之心，确保自身权位，则于6月26日与列强签订了《东南保护约款》，宣布“上海租界归各国公同保护，长江及苏杭内地均归各督抚保护，两不相扰，以保全中外商民人命财产为主”。
章太炎密切注视着中国政局这一系列急遽变化，而两广总督李鸿章暧昧的立场和微妙的态度，更为他所关注。
李鸿章是洋务派领袖人物，这时颇受西太后的冷遇。1899年年底，他被外放至南国边陲为总督，赴任途经上海时，孙宝瑄前往拜谒，李曾对这位与维新派人士交往密切的侄婿表白了一番自己的心迹。孙宝瑄记述了这次会见的经过：
傅相自云：“奉懿旨捕康、梁。”且曰：“如获此二人功甚大，过于平发、捻矣，吾当进爵。”语毕大笑。傅相询余是否康党，余答曰：“是康党。”相曰：“不畏捕否？”曰：“不畏。中堂擒康党，先执余可也。”相曰：“吾安能执汝？吾亦康党也。濒陛辞时，欲为数十年而不能，彼竟能之，吾深愧焉。”……故都人多目为康党。比召对，太后以弹章示之曰：“有人谗尔为康党。”合肥曰：“臣实是康党。废立之事，臣不与闻；六部诚可废。若旧法能富强，中国之强久矣，何待今日？主张变法者即指为康党，臣无可逃，臣是康党。”太后默然。
孙宝瑄曾将这次会见经过原原本本告诉章太炎与叶瀚，章太炎大笑，说：“奇事！康以六品官而宰相为之党，未之前闻。”李鸿章的这番表白，给章太炎留下了相当深的印象。
义和团崛起于北方并逐步控制了京津地区以后，留居日本的孙中山和在香港主持《中国日报》的陈少白通过港英当局，积极策动李鸿章据华南地区而“独立”。李鸿章在港英当局的怂恿和支持下，曾一度跃跃欲试，并通过自己的亲信幕僚、孙中山的同乡与旧友刘学询致函东京，邀请孙中山“来粤协同进行”。6月7日，孙中山等人离日赴港；6月17日，抵达香港海面，李鸿章派了炮舰专程前往迎接。孙中山派了代表前往广州谈判，正式商定双方合作，并由李鸿章拨款三万元交孙中山作活动经费。在这一背景下，6月21日西太后以光绪皇帝名义发布“宣战”上谕后，李鸿章便电告各省督抚，宣布6月21日以后的诏书皆属伪诏，不当尊奉，并发布《谕粤中士民书》，借口粤中士民挽留，拒绝接受北上入京的圣旨。