这一次来日本，章太炎只待了三个月。时间虽然不算长，但对于章太炎的成长来说，这番经历却很重要。通过与孙中山、秦力山等人的深入讨论，通过与留学生的密切接触，以及与梁启超的交往，他既受到了很大鼓舞，也看到了革命浪潮发展中还会有许多曲折。他强烈地感到，需要从理论上对自己的思想做一番清理，对革命与保皇的分歧和是非做一番更为深入的考察。为此，在追捕他的风声稍稍减弱之后，他便潜行回国，“旋返乡里”，着手对《訄书》进行全面的修订。
《訄书》的删革——思想上的新飞跃
《訄书》初刻本问世不久，章太炎就已感到，这部著作的许多观点，已经落后于中国社会政治的现实，落后于他自己思想的进展。当他剪辫明志之时，他便毫不惜痛地写下了“当自劾录”的眉批以及《客帝匡谬》、《分镇匡谬》。从日本归来后，他对这部精心结构之作进行了重大的删革，耗时半年多，使修订后的《訄书》成了一部集中反映他思想新飞跃的专著，成了近代中国在深入批判中国旧思想、旧制度基础上系统阐明民族民主革命理论的第一部综合性著作。
修订后的《訄书》，包括前录二篇，正文六十三篇。与增补了《辨氏》、《学隐》二篇之后的初刻本相较，删去十四篇，新增二十七篇，其他各篇俱做了大小不等的修改。
修订后的《訄书》，一个显著的特点，就是章太炎引述了大量近代西方论著，直接用做自己立论的依据。《訄书》中直接注明作者与书名的，就有英国人类学泰斗泰勒(章氏译作梯落路)的《原始人文》，芬兰哲学家、人类学家韦斯特马克的《人类婚姻史》(章氏译作威斯特马科《婚姻进化论》)，美国著名社会学家吉丁斯(章氏译作葛通哥斯)的《社会学》，日本著名社会学家有贺长雄的《族制进化论》，日本文学家涩江保的《希腊罗马文学史》、语言学家武岛又次郎的《修辞学》、宗教学研究者姊崎正治的《宗教学概论》。书中引述的，还有瓦伊知的《天然民族之人类学》，载路的《民教学序论》，白河次郎、国府种姓的《支那文明史》，远藤隆吉的《支那哲学史》，桑木严翼的哲学著作，以及培根、洛克、卢梭、康德、斯宾塞等人的许多观点。可以毫不夸大地说，修订后的《訄书》更坚实地将章太炎那时所已习知的西学当成了自身立论的理论基础。
如果说，《訄书》初刻本编订前，西学中给了章太炎最大影响的是进化论学说，那么，这一阶段，给了章太炎最大影响的则应当说是西方资产阶级社会学。过去，他虽然已开始接触到斯宾塞等人的学说，但是，所知还不深。对西方社会学较为深入而广泛的接触，是在他两次旅居日本期间，特别是第二次流亡日本期间。这是当时日本社会学的兴盛直接影响了他的结果。日本社会学是19世纪晚期发展起来的。从19世纪70年代开始，斯宾塞卷帙浩繁的社会学著作一一被译成日文，当章太炎到达那里时，这些译本已不下二十种。斯宾塞是社会有机体论和社会进化论的倡导者，他的学说，正适合日本统治阶级建立天皇制资本主义国家的需要。日本本国社会学的主要奠基者是有贺长雄，他在1883年至1884年间出版了三卷本《社会学》，名为《社会进化论》、《宗教进化论》、《族制进化论》，后来又出了增订本。这些著作所宗法师承的，正是斯宾塞的学说。章太炎过去就与曾广铨合译过《斯宾塞尔文集》，这时，又进一步研究了斯宾塞、有贺长雄等人的著作。他赞成他们确认社会进化是一个有规律的过程，但对他们的机械论倾向则不满意。他说：“社会学始萌芽，皆以物理证明，而排拒超自然说。斯宾塞尔始杂心理，援引浩穰，于玄秘淖微之地，未暇寻也。又其论议，多踪迹成事，顾鲜为后世计。盖其藏往则优，而匮于知来者。”光绪二十八年八月。吉丁斯是美国社会学的一名奠基者，他代表了与斯宾塞不同的另一学派，即社会学中的心理学派。他的社会学体系的核心是所谓“类群意识”，说社会是通过这种类群意识而凝结和永存下去的。他所撰著的《社会学大学教科书》和《社会学》分别由前川九万人、远藤隆吉译成日文，先后于1893年和1900年在日本出版。章太炎怀着对斯宾塞学说的不满，转而又仔细研究了吉丁斯的学说，感到很有兴趣。他说：“美人葛通哥斯之言曰：‘社会所始，在同类意识，俶扰于差别觉，制胜于模效性，属诸心理，不当以生理术语乱之。’故葛氏自定其学，宗主执意，而宾旅夫物化，其于斯氏优矣。”但是，在他看来，吉丁斯的理论也有片面性。他所最为欣赏的，是岸本能武太1900年出版的《社会学》。他说，岸本此书，“实兼取斯、葛二家。其说以社会拟有机，而曰非一切如有机。知人类乐群，亦言有非社会性相与偕动，卒其祈向，以庶事进化、人得分职为侯度，可谓发挥通情，知微知章者矣”。他以为，岸本能武太注意到了将社会性与个性结合起来，既避免了斯宾塞用生理现象机械地解释社会活动的弊害，也纠正了吉丁斯把“类群意识”的作用绝对化的偏向，认识比较全面。因此，他刚回国，便将岸本的书译成中文，交广智书局出版。这是近代中国全文翻译的第一部社会学专著，曾被《新民丛报》誉为“译界一明星”。
也正是在这一阶段，章太炎开始接触到了西方和日本的社会主义学说。19世纪末20世纪初，社会主义作为一种值得注意的思潮出现于日本。1898年，村井知至、片山潜、安部矶雄、幸德秋水、岸本能武太等人组织了“社会主义研究会”，以“考究社会主义原理以及它是否适用于日本”为其目标；1899年，村井知至出版了《社会主义》，福井准造出版了《近世社会主义》，这两部著作不久便都被译成了中文，于1903年初由广智书局出版。1900年，社会主义研究会改组为“社会主义协会”，久松义典出版了《近世社会主义评论》。1901年，片山潜、幸德秋水等组成社会民主党；西川光次郎出版了《人道之义士、社会主义之父——马克思》和《社会党》；1902年，幸德秋水出版了《二十世纪之怪物帝国主义》和《社会主义广长舌》。最后这几部著作也在1902年至1903年初被译成中文出版。这些著作，不同程度地都引起了章太炎的注意。章太炎所译的岸本能武太《社会学》一书，也曾对社会主义、共产主义学说做过概略的介绍。书中说明，这一学说根源于欧洲各国劳动者与资本家的矛盾；这一学说的核心，是反对土地与资本的私有权，要求“使土地、资本为社会全体之共有财产，使组织社会之个人，皆自此共同财产而蒙同利”；这一学说的目的，“在分配财产，泯绝差等，救护佣工”。在社会主义学说初期传播的影响下，章太炎对西方资本主义世界的认识开始发生了明显的变化。他除去注意到西方资本主义国家的强盛之外，开始注意到了那里确实存在着“贫富悬绝，积岁弥甚”的严重社会矛盾。在思考中国未来的社会建设时，章太炎不能不更多地想到西方资本主义世界的这一现实。
隐匿于故乡期间，章太炎“日读各种社会学书”，继续钻研他从日本购携回国的各种社会学书籍。在作为《訄书》总纲的《原学》中，章太炎指出，各种学术的创立和盛衰，受制于“地齐，政俗，材性”这三种因素。但是，这三种因素的作用并不是等同划一的。地理环境的影响，主要限于古代各部族、各国家彼此隔绝之世；“九隅既达，民得以游观会同”，地理环境的影响就缩小了。材性特异的影响，也很有限，因为天才人物也同样不能超越时代所能提供的各种客观条件。这三种因素互相比较，起决定作用的还是社会、政治状况，因此，“今之为术者，多观省社会，因其政俗，而明一指”。这一观点，实际上就是章太炎研究社会学得出的总结论，也是《訄书》修订本评判中外各种先行学说、探索各项理论问题的基本指导思想。
修订后的《訄书》，在中国思想界、知识界引起最大震动的，是章太炎在近代中国首次从正面批评和斥责了孔子与孔学，对孔子与孔学的独尊地位发动了凌厉的攻势。《訄书》修订本删去了曾保留明显尊孔印迹的《尊荀》、《独圣》，而以《订孔》 为中国学术史论的第一篇。订者，平议也，就是要纠正对孔子和孔学完全不恰当的评价，以历史学家的眼光，将孔子与孔学这个中国封建社会的最高精神权威，从神圣不可侵犯的天国还原到平凡的人间。章太炎指出，孔子作为古代一位优秀的史学家，他删定六艺，撰著《春秋》，对中国文化的发展是有贡献的。特别是在秦始皇焚书以后，道、墨诸家日渐衰微，唯有儒家各类经典“遭焚散复出”，使孔子成了中国上古时代一位文化的集大成者。但究其实际，孔子的理论、学说，其实并不高明。“《论语》者晻昧，《三朝记》与诸告饬通论，多自触击也。”比起孟轲来，“博习故事则贤，而知德少歉矣”；比起提倡唯物主义认识论和力谋进取的荀况来，则简直微不足道。两千多年来，历代统治者一味颂扬孔子和孔学，而摒斥荀子学说，遂导致“名辩坏，故言殽；进取失，故业堕”，妨碍了中国社会的发展与文明的进步。
近代中国思想启蒙运动在意识形态方面所遇到的最大阻力，就是孔子与孔学在思想界、知识界的无上权威。康有为、谭嗣同都曾致力于动摇这一权威，但是，他们都不敢从正面对孔子和孔学提出挑战，他们采取了塑造一个信奉资产阶级改良主义的新孔子的办法来同传统的孔学相对抗。康有为斥传统的法定经书系“伪书”，宣称只有他所描绘的坚持“托古改制”的孔子才是真孔子，形式上仍在尊孔尊经，实际上正是要将人们引导到与旧传统相对立的立场上去。然而，他既然不愿脱去孔学的旧服装，并幻想在经学的殿堂内创造一个化腐朽为神奇的奇迹，结果，他的理论就难免要幻想多于事实，臆断多于实证。结果，他的论断尽管一度给人们以很大震动，却不能使人们真正信服，也就不可能将孔子与孔学的权威真正打倒。章太炎从几年来的斗争实践中看到，康有为的这套理论非但在科学上站不住脚，在实际效果上也不利于人们真正从孔子和孔学的精神枷锁下解脱出来，从非理性主义走向理性主义，从改良主义的幻想走向切实的革命。他越来越强烈地意识到，要使人们走向革命，不仅要引导他们冲破政治上“保皇”那一关，而且还必须引导人们冲破思想上“纪孔”这一关。他从斗争实践中开始认识到，要真正冲破“纪孔”这一关，就必须还孔子与孔学的本来面目，对尊孔的危害充分加以揭露。章太炎的《订孔》公之于世后，果然掀起了一场轩然大波。封建卫道士大骂章太炎“以诵法孔子为耻，以诋毁孔子为振耻”，乃是“离经叛道”，“非圣无法”，要将《訄书》尽数焚毁，使之永绝于天地之间。当时报刊指出，自从《订孔》篇发表后，“孔子遂大失其价值，一时群言多攻孔子矣” 。
本着与《订孔》相同的批判精神，章太炎在《学变》、《学蛊》、《王学》、《清儒》等新增的一组文章中，对汉、晋以来中国思想学说的变迁大势做了一番综合的考察。他指出，董仲舒“以阴阳定法令，垂则博士”，将儒学神学化、宗教化，结果，便“使学者人人碎义逃难，苟得利禄，而不识远略” 。宋代欧阳修“不通六艺，正义不习，而瞍以说经”，苏轼专门“上便辞以耀听者”，开后来宋明理学家和今文经学家空言说经的先河，“令己者不学而自高贤”，“使人跌而无主”。他要求承认六艺只不过是古代社会历史的一批记录，对于六艺，只能应用研究历史的方法，“博其别记，稽其法度，核其名实，论其社会以观世”，绝不可以经术明治乱，以阴阳断人事。他指出：“夷六艺于古史，徒料简事类，不曰吐言为律，则上世社会污隆之迹，犹大略可知。以此综贯，则可以明进化；以此裂分，则可以审因革。”这就是要求将一向至高无上的儒家经典还原为一批据以研究古代社会发展和变革的珍贵资料。这一观点，比章学诚的“六经皆史”前进了一大步，与康有为继续承认儒家经典为百世“制法”的理论则针锋相对。