考察汉、晋以来中国思想学说变迁的大势，是为了通过历史的回顾，弄清究竟是哪些东西妨碍着人们的觉悟和社会的发展，但是，章太炎对民族思想文化绝没有采取虚无主义态度。“赫赫皇汉，博士黯之；自宋以降，弥又晦蚀。来者虽贤，众寡有数矣。不知新圣哲人持名实以遍诏国民者将何道也？又不知齐州之学终已不得齿比于西邻邪？”中国革命家需要摒弃传统思想学说中的糟粕，同时，又要细心发掘和寻求民族文化中的精华，这样，才能既从传统的精神枷锁中解放出来，而又不丧失民族自尊心和民族自信心，真正完成思想启蒙的历史任务。这也是章太炎努力追求的目标。正是本着这一思想，《訄书》修订本除去在论述先秦诸子的各篇文章中说明诸子学各有可取之处外，在论述汉、晋以来思想学说的各篇文章中，还大力表彰了王充、王符、仲长统、崔和颜元、戴震等一批进步思想家。首先对于王充，章太炎给予高度评价，并中肯地指出了王充问题之所在。他写道，王充撰著《论衡》，“趣以正虚妄，审乡背，怀疑之论，分析百端，有所发擿，不避孔氏。汉得一人焉，足以振耻。至于今，亦未有能逮者也。然善为蜂芒摧陷，而无枢要足以持守，斯所谓烦琐哲学者。惟内心之不充颎，故言辩而无继”。对于颜元，章太炎所重视的则是他将实践笃行置于第一位的观点，对于颜元不懂得概念、抽象的作用而偏信于个人的直接经验的错误，章太炎则毫不客气地提出了批评，强调指出了问题的关键乃在于是否正确地认识文与实的关系，是否真正坚持实事求是的态度。章太炎写道：“观今西方之哲学，不赍万物，为当年效用，和以天倪，上酌其言，而民亦沐浴膏泽。虽玄言理学，至于浮屠，未其无云补也，用其不能实事求是而理紊者多，又人人习为是言，方什伯于三物，是故文实颠偾，国以削弱。” 因此，他明确指出，在充分肯定实践笃行的同时，绝不能忽略抽象思维的作用。在评论王阳明学说时，章太炎也着重说明了这一观点，他写道：“古之为道术者，以法为分，以名为表，以参为验，以稽为决。……《周官》、《周书》既然，管夷吾、韩非犹因其度而章明之，其后废绝，言无分域，则中夏之科学衰。” 而这正好从反面论证了，要使中夏科学重新得到繁荣兴盛，就必须恢复“以法为分，以名为表，以参为验，以稽为决”的优秀传统。《清儒》一文，对清代二百多年学术发展做了系统的清理与总结，就中，特别推崇戴震一派的治学态度与治学方法。他认为，戴震一派和惠栋一派，即皖、吴二派的学者兢兢业业，将六经作为历史资料一一疏证，还其远古时代的本来面目，使“支那文明进化之迹，藉以发见”，功绩是不可抹杀的。在致吴君遂的信中，他甚至承认惠栋、戴震“真我师表”，给他们筚路蓝缕之功以充分的肯定。但是，对清代学术，他也不是一味推崇，对包括戴震、惠栋在内的清代各主要学派的缺陷，他没有隐晦遮饰，阐述了许多非常深刻的见解。
从订孔、尊荀到对清儒一一评述，表明章太炎是多么认真地在对中国古老的思想文化遗产进行清理。尤为可贵的是章太炎注意结合社会历史条件的变迁，来阐明各种社会思潮、学术流派消长生灭的规律，并雄辩地证明，历史正是在永无止息的新陈代谢中前进，孔学将为新学所代替，也正是历史的必然。章太炎在《訄书》修订本中所开始进行的这方面的工作，毫无疑问，正表明了他在推动近代思想启蒙运动的发展和促进近代中国民族文化的形成方面，与康有为、严复、孙中山等同时代的巨匠们一起，从不同的角度做了伟大的奠基工作。
在西方各国，资产阶级为了克服封建宗法社会的涣散分歧，建立了统一的民族国家、民族语言、民族经济、民族共同心理和民族文化。为此，他们建立了自己的民族理论。而这一切，正是章太炎早就致力的一个重要课题。《訄书》初刻本已经在这方面锋芒毕露。在《訄书》修订本中，这方面的内容更得到了大大的充实和加强，新增补的绝大部分篇幅，以及做了重大修改的原有各篇，都使这一主题得到了相当充分的展开。而这正是《訄书》修订本的另一显著特色。
新增的《序种姓上》篇和由《辨氏》改成的《序种姓下》篇，是章太炎民族理论的一个总纲。章太炎根据西方社会学和原始社会史所提供的原理，利用中国古代语言、文字、民俗和其他文献资料，研究了中华民族特别是汉族形成的历史过程。他指出，中华民族与世界上其他许多民族一样，是由“母系丛部”经由父系社会和宗法社会逐步演变而成的。他认为，民族是文明史发展的产物，因此，在考察民族时，就应当“以有史为限断”。他称这样的民族为“历史民族”，强调了它与依靠血缘关系结合起来的氏族、部落有着本质的不同。他写道：“方今欧美诸国，或主国民，或主族民；国民者凑政府，族民者凑种姓。其言族民，亦多本历史。”他这里所说的“主国民”或“主族民”，都突出了民族这一概念的近代社会内容。然而，像西方资产阶级民族学说一样，章太炎在说明民族的本质时，又常常将人种与民族混淆起来，不懂得现代民族实质上是资本主义经济发展的产物。他也像他的西方先行者一样，常常利用种族的区别来强行划定民族的优劣，这是为了给他所倡导的“反满”提供理论依据，同时，也是为了树立中华民族中经济文化发展程度最高的民族即汉族在政治经济上的支配地位，以把中国建成一个像欧美一样的现代民族国家。
现代民族的形成以及现代民族国家的建立，包含着多方面的内容。章太炎在《訄书》修订本中，对这些方面逐一做了相当深入的专门探讨。新增的《方言》，说明中国各地文字相同，口语却分成约略十种。为了使各地口语相通，达到语言统一的目的，做了重要修订的《订文》及其附录《正名杂议》，集中讨论了如何使汉语得到发展，以适应“与异域互市，械器日更，志念之新者日蘖”的局面。这是近代中国较早系统地专门研究使汉语适应社会发展需要而实现近代化问题的一组文章。新增的《通法》和做了重要修改的《官统》等文，主要讨论立法与司法的改革，就建立现代民族国家提出了一系列新的建议；新增的《定版籍》、《原教》、《订礼俗》、《辨乐》等文，专门讨论了如何促进现代民族经济的建立和民族文化、民族共同心理发展的问题。这些论著，显示了正在高涨的中国资产阶级民族革命运动所已达到的深度与广度。它们表明，这一民族运动所包含的内容，已完全不能简单地以“仇满”二字概括，与传统的华夷之辨、夷夏之防更不可同日而语。《訄书》修订本在民族构成、民族语言、民族国家、民族经济、民族文化等每一个方面所做的探索，都是中国资本主义初步发展的产物，它们也反映了中国资本主义进一步发展对民族问题所提出的客观要求。
《訄书》修订本最后一组论文，包括《尊史》、《征七略》、《哀焚书》、《哀清史》等文，专门研究了继承与发扬中华民族优秀的历史遗产问题。
刚从日本返国时，章太炎便计划过编撰一部《中国通史》，“以发明社会政治进化衰微之原理为主”，兼用以“鼓舞民气，启导方来”。因为时间过紧，这一计划未能实现。1901年，他曾专就治史的方法论写过一篇长文《征信论》。他在那篇文章中曾强调指出，治史必须“始卒不逾期验之域”。而为了做到这一点，就必须注意尊重历史事实，对于记载过于简略者绝不可“妄意其事”，对于记载缺漏者绝不可“随成心以求其情”，对于记载互相矛盾者必须师法“法吏”，“听其两曹，辩其成事，不敢身质疑事”。他指出，治史必须重视研究“制度变迁，推其沿革；学术异化，求其本师；风俗殊尚，寻其作始”，不可用“成型”即固定的模式去改削历史，更不可笼统地用社会学的一般结论取代对历史因果关系的具体分析，也不可强行牵合历史以比附现实。这是对中国封建官方史学的否定，也是对康有为《孔子改制考》等著作所代表的主观主义治史方法和庸俗的致用观提出的尖锐批评。这篇文章没有收入《訄书》，但这些精神却贯串在《訄书》专门论史的这一组文章中。
在《訄书》修订本论史的这组文章中，章太炎反复说明，首先必须重视社会史、制度史、文明史的研究。他抨击中国旧史学“贵其记事，而文明史不详，故其实难理”。在文明史中，他以为应当首先注意研究地理环境和包括浚筑、工艺、食货在内的整个经济生活变迁的历史，他说，如果能够以此“远监宙合，存雄独照”，那么，就将会“不言金火之相革，而文化进退已明昭矣”。他还要求特别重视通过治史掌握历史发展的客观规律。他说：治史的主要任务，就是“扬搉大端，令知古今进化之轨”，为此，他主张治史者必须注意掌握新思想、新理论，“若夫心理、社会、宗教各论，发明天则，烝人所同，于作史尤为要领” 。所有这些，都说明了章太炎在史学研究中是多么努力地要求贯彻资产阶级的革命精神，使历史学成为资产阶级革命的一项重要科学武器。
1902年年底、1903年年初，章太炎将《訄书》修订完毕，交日本东京翔鸾社，于1904年4月出版。《警钟日报》称此书“印本一出，风行一时”，其声价“轰震海内”。同年10月，翔鸾社鉴于“此等空前杰著文辞渊古，不加点注，一般阅者咸苦无从分其句读。兹得箸者执友圈定本，因五什活版部重印出书”。这一圈点版本1904年至1906年间曾多次重印。1906年章太炎第三次到东京后，检阅误字、脱字、倒字十六处，列成校勘表，附入是年7月再版本中。是年9月，根据章太炎的意见，又将圈点取消，出了无圈点的新版。
《訄书》修订本，是一部系统地阐明章太炎的宇宙观、社会观、历史观以及他的政治、经济、文化、学术观点的理论著作；在中国资产阶级革命史上，作为综合阐明革命理论与革命政策的专门著作，这也是第一部。它凝练精审，条理缜密，文辞渊古，篇幅虽不算很大，容量却异乎寻常。这给全面而准确地把握全书的精神实质带来了很大困难。但是，这并不妨碍它代表着章太炎思想的新飞跃，成为一份重要的革命文献。《訄书》修订本很鲜明地显示出，一个对中国古代学术文化有很深素养和造诣的知识分子，一旦通过斗争实践和自己的刻苦钻研掌握了新的理论思想武器，对旧思想、旧文化、旧制度进行严肃而认真的清算，就会比较准确而有力地切中要害。正是这种革命的批判的精神，使《訄书》修订本充满了战斗的力量。任鸿隽回忆当年读到此书的情景说，此书“虽然艰深难懂，但在一个暑假中我也把它点读一过。从此对于太炎先生的思想文笔我是五体投地地佩服的”。这是很有代表性的。《訄书》修订本之所以招致敌人深恶痛绝，原因也正在这里。
雷霆之声
当章太炎专心致志修订《訄书》时，时局发生了新的重大变化。
《辛丑条约》签订后，列强空前强化了对中国的控制。帝国主义国家确定了继续扶持清朝政府的方针，但是，中国被瓜分、被肢解的危险并没有消除。沙皇俄国1900年武装强占了中国的东北，《辛丑条约》签订后仍拒绝撤兵，妄图变中国的东北为沙皇统治下的“黄色俄罗斯”。1902年4月， 签订了《东三省交收条约》的沙俄被迫同意在十八个月内分三期从中国东北撤走其侵略军。然而，它并不实现自己的诺言。中国如此大片领土年复一年地处于沙俄铁蹄蹂躏之下，“洪霾逼乾坤，刳割惨日窄”，人们对于帝国主义侵略者以及已经沦为“洋人的朝廷”的清朝政府不能不激起更大的愤怒。义和团运动虽然被镇压下去了，但下层民众的反抗仍在继续。在东北，抗俄武装发展到二十万人，他们转战于深山密林与交通要道，到处袭击沙俄侵略者。在华北，1902年春，景廷宾在直隶南部率众起义，以“扫清灭洋”为口号，一度发展到三四万人。正是在这一形势下，资产阶级民主革命开始从少数人的秘密要求发展成为公开的社会运动。
黄浦江畔的上海，在唐才常自立军起事失败后，一度为令人窒息的沉闷空气所笼罩。这时，以中国教育会和爱国学社的创立为发端，革命情绪迅速高涨，逐步形成革命派在国内活动的一个重要中心。
中国教育会创立于1902年4月，集议发起者为蔡元培、蒋智由、林獬、叶瀚、黄宗仰(乌目山僧)等人。他们为打破国内政治上、思想上沉寂的局面，准备借助于这个组织，积聚力量，“表面办理教育，暗中鼓吹革命” 。教育会成立之日，蔡元培被举为会长，拟订章程共十三章五十二条。第一章《总则》宣布“本会以教育中国男女青年、开发其智识而增进其国家观念，以为他日恢复国权之基础为目的”。为了达到这一目的，教育会拟分设教育、出版、实业三部，置本部于上海，在“各区要之地”分设支部，并逐步开办男、女学堂，编印教科书、教育报及一切相关学术书籍，准备开办一些工厂与公司以“兴起财源”。但是，开始时，会员稀少，经费竭蹶，这些计划未能一一兑现。
中国教育会创立之时，章太炎正在日本。回国后，他因忙于编撰《中国通史》和修订《訄书》，对教育会的事务关注不多。吴保初等人曾写信给他，邀他赴沪，他复信说：“若闲处沪上，旷时废业，诚为无谓。作报、教学，终与众人同其熙熙，皆非吾愿。”因此，他仍留在余杭乡间。