这年冬，上海南洋公学发生罢课风潮，一百多名学生集体退学，向中国教育会求助。蔡元培这时是南洋公学特班教员，出面调停，未能奏效，愤而退出该校。在蔡元培的倡议下，中国教育会决定在上海南京路泥城桥福源里开办爱国学社，收容这批退学学生。“学社既由退学风潮而产生，故学生极端自由。内部组织，分全部学生为若干联，每联约二三十人，听学生自行加入某联，公举一联长。凡有兴革，多由学联开会议决，交主持者执行。”蒋维乔：《中国教育会之回忆》，见《上海研究资料续集》，87页。学生中政治空气十分浓厚，他们“不但在校里议论时局，毫无顾忌，并由徐敬吾接洽妥当，假地张园，每周开会演说，公开宣传”《苏报案始末》，见《上海研究资料续集》，73页。。中国教育会因开办爱国学社而声势大振，革命色彩也日渐鲜明。这对章太炎是个很大的鼓舞，也是一个有力的召唤。1903年春节过后不久，他就应蔡元培、蒋智由之召，到爱国学社任高级班国文教员，积极推进中国教育会的活动。
章太炎把学社的课堂、张园的“安垲第”演说厅，都当做宣传革命的重要阵地。他在课堂上以《×××本纪》为作文题，让学生们各写一篇自传。“本纪”原是封建正史为皇帝立传的专门名词，章太炎以此为题，既是对封建名教的蔑视，也是为了让学生们以此意识到自己是国家的真正主人。学生陶亚魂与柳亚子在作文中分别谈到他们过去都曾以“纪孔保皇”为职志，章太炎披阅之后，大有感触，专门给他们写了一封信，说明自己也曾经为康有为尊孔保皇的言论迷惑过，《訄书》中《客帝》等篇，便是往岁之覆辙。他给二人送了《訄书》的初刻本，说：“二子观之，当知生人智识程度本不相远，初进化时，未有不经‘纪孔保皇’二关者。以此互印何如？”学社中师生之间因共同的革命信念结成了多么亲密而平等的关系，于此可见一斑。
1903年4月，留学日本的邹容、张继和陈独秀为严惩湖北留学生监督姚文甫，抓住他通奸的丑行，闯入姚的寓所，“由张继抱腰，邹容捧头，陈独秀挥剪”，剪掉了姚文甫头上的辫子，并将辫子悬于留学生会馆示众。对此，清公使蔡钧照会日本外务省，要求惩处三人，他们闻讯后，被迫秘密回国。陈独秀返回家乡安徽，而邹容、张继则在上海中国教育会住了下来。章太炎在日本时已与张继相识，这时又结识了邹容，对他们的革命精神非常赞赏。其时，南京陆师学堂也发生了退学风潮，章士钊等四十余名学生由宁来沪，进入爱国学社。章太炎对章士钊也甚为器重。四人日日聚会，纵论天下大事，并相约“当为兄弟，戮力中原”。
其中，章太炎与邹容关系尤为密切。邹容，原名绍陶，字蔚丹，又作威丹，四川巴县人。少年时，他就热心浏览种种新籍时报，纵谈时事，好发奇僻可怪之论，“与人言，指天划地，非尧舜，薄孔子，无所讳”。谭嗣同在戊戌政变中惨遭杀害后，他示威式地将谭嗣同的遗像悬挂在座侧，并题诗一首，表明了将继承谭氏遗志的决心：“赫赫谭君故，湖湘士气衰。惟冀后来者，继起志勿灰。”留学日本期间，他一边在同文书院学习，一边积极参加留学生革命活动，“凡留学生开会，容必争先演说，犀利悲壮，鲜与伦比”。来到中国教育会后，他与章太炎同寓而住，对章太炎非常敬重，章太炎对他也很信任。他们两人都发奋革命，嫉恶如仇，意气相投，于是结成莫逆之交。
这时，广西巡抚王之春与为法国所控制的越南殖民当局互相勾结，阴谋借用法国屯驻谅山之兵，“代平广西内乱”。而沙皇俄国此时非但拒绝按期从中国东北撤走其侵略军，反而蛮横无理地向清政府提出一系列新的要求，企图继续控制中国东北，变中国东北为俄国殖民地。消息传开后，留日学生中接连爆发了拒法拒俄运动。上海以中国教育会和爱国学社为中心，拒法拒俄运动也如火如荼开展起来。人们对清朝政府愈益痛恶，革命情绪在青年知识分子中急速高涨。
革命运动的发展，使保皇派同革命派的冲突激化起来。康有为前一年所写的《答南北美洲诸华商论中国只可行立宪不可行革命书》，这时成了保皇派对抗革命的一份宣战书和总纲领。为了从理论上对保皇主义进行一次系统的清算，正面阐明走革命之路的必要性和必然性，章太炎深深感到，必须对他所曾仰慕过，也曾一再为之表彰申辩过的这位维新领袖，严肃地提出批评，对这位不久前还曾站在时代潮流前列而现在反成了一大绊脚石的“圣人”所鼓吹的一套理论，公开加以驳斥。于是，1903年五六月间，他撰写了脍炙人口的《驳康有为论革命书》。
《驳康有为论革命书》首先说明为什么进行以“反满”为直接目标的民族革命是完全必要的。章太炎指出，建立近代民族国家，乃是时代发展的必然趋势，“今日固为民族主义之时代”。而近代所谓的民族，与古代的含义则不相同，概言之，即“近代种族之辩，以历史民族为界，不以天然民族为界”。以中国的实际情况来看，推翻清朝的统治，建立以汉族为主体的近代中国民族国家，完全是历史的需要。纵观清朝统治的整个历史便可发现，正是清朝的腐朽统治，严重妨碍了中国发展为近代民族国家。文中以大量事实揭露了康有为用以证明清朝统治开明而进步的种种所谓美善之政的本质，指出，清朝诚然实行了“纳丁于地，永复差徭”和废除明代“廷杖、镇监、大户加税、开矿之酷政”等一些改革，但是，这完全不能掩盖清朝统治的寄生性和反动性。在清朝统治下，以民众负担而论，“徭役既
《驳康有为论革命书》，1903年初刻本免，民无恶声，而舟车工匠，遇事未尝获免”；“玄烨、弘历数次南巡，强勒报效，数若恒沙。己居尧、舜、汤、文之美名，而使佞幸小人，间接以行其聚敛，其酷有甚于加税开矿矣！”以所谓废除酷政而言，“廷杖虽除，诗案史祸，较诸廷杖，毒螫百倍。康熙以来，名世之狱，嗣庭之狱，景祺之狱，周华之狱，中藻之狱，锡侯之狱，务以摧折汉人，使之噤不发语。……至于近世，戊戌之变，长素所身受，而犹谓满洲政治为大地万国所未有。呜呼，斯诚大地万国所未有矣！”章太炎认为，清朝统治之所以格外腐朽、黑暗，一个重要的原因，就是因为清王朝是以一个人数很少的少数民族高踞于汉族及国内各民族之上，“今以满洲五百万人，临制汉族四万万人而有余者，独以腐败之成法愚弄之、锢塞之耳”。明明是“汉人无民权，而满洲有民权，且有贵族之权”，康有为却偏偏胡吹一通“满汉平等”和大清王朝的“德政”，原因何在呢？章太炎认为，这无非是因为康有为安于奴隶地位而根本不觉悟：“夫长素所以不认奴隶，力主立宪，以摧革命之萌芽者，彼固终日屈心忍志，以处奴隶之地者尔”。
中国出了一个光绪皇帝，是否就无须进行革命，而立宪则必定可以成功呢？章太炎在信中重申了《正仇满论》中的观点，指出，光绪皇帝赞成变法，有他不可告人的目的，而且，纵使他诚心变法，他个人的力量，也终究抵敌不了清王朝整个贵族的力量。他写道：“载湉小丑，未辨菽麦，铤而走险，固不为满洲全部计。……往者戊戌变政，去五寺三巡抚如拉枯，独驻防则不敢撤。彼圣主之力，与满洲全部之力，果孰优孰绌也？……长素徒以诏旨美谈视为实事， 以此诳耀天下。独不读刘知幾《载文》之篇乎？谓魏晋以后，诏敕皆责成群下，藻饰既工，事无不可，故观其政令，则辛、癸不如，读其诏诰，则勋、华再出。此足以知戊戌行事之虚实矣。”百日维新期间，新政诏书如雪片一样漫天飞舞，然而，仅凭这些冠冕堂皇的官样文章，并不足以证实光绪皇帝“其仁如天，至公如地”，而这些诏书的实际效果，则更证明即使光绪皇帝真心要变法，不推翻清朝政府的统治，他一个人也无能为力。把立宪必可成功之宝压在这样一个孱弱的“小丑”身上，最后必然要在政治上输得精光。
《驳康有为论革命书》又分别驳斥了康有为关于中国不可革命、没有能力进行革命等一类似是而非的论调。
“立宪可避免革命之惨！”章太炎指出，中外各国的历史恰好证明，要推翻专制主义的反动政治统治，包括争取立宪在内，流血斗争是不可避免的。比如，英、奥、德、意、日等国，都是实行君主立宪的国家，他们便都无一不是“数经民变，始得自由议政之权”。他着重指出：“使前日无此血战，则后之立宪亦不能成。”
康有为说什么“中国今日之人心，公理未明，旧俗俱在”，因而没有能力革命！章太炎则以李自成、义和团斗争发展的历史事实论证：革命实践本身，正是提高人们觉悟、荡涤旧社会污泥浊水的最有效方法。“人心之智慧，自竞争而后发生。今日之民智，不必恃他事以开之，而但恃革命以开之。”李自成迫于饥寒，揭竿而起，觉悟逐步提高，后来实行了剿兵、救民、赈饥、济困等一整套政策，是因为斗争实际教育了他。义和团起事时，起先的口号是“扶清灭洋”，但到景廷宾起义时，就提出“扫清灭洋”了，这也是斗争实际教育的结果。由此，章太炎精神百倍地宣告：“公理之未明，即以革命明之；旧俗之俱在，即以革命去之。革命非天雄大黄之猛剂，而实补泻兼备之良药矣！”
康有为理屈词穷之际，曾乞求于“天命”，说光绪皇帝“幽居而不失位，西幸而不被弑，是有天命存焉”，而此则足以为中国他日必能实现立宪之征。章太炎辛辣地嘲讽了天命论的荒诞无稽，并严正指出：“拨乱反正，不在天命之有无，而在人力之难易。”只要依靠“百姓之合意”，革命就可成功。
是非本来昭然若揭，康有为却何以视若无睹呢？章太炎指出，并不是康有为“智不足，识不逮”，而是因为他被高官厚禄的幻影迷住了心窍。康有为喋喋不休地为清王朝辩护，是为了向清廷证明他的“忠贞不二，竭力致死”，猜度“荣禄既死，那拉亦耄，载湉春秋方壮，他日复辟必有其期，而满洲之新起柄政者，其势力权藉或不如荣禄诸奸，则工部主事可以起复，虽内阁军机之位亦可以觊觎”。富贵利禄和个人野心，如何使一个能够真正有所作为的人丧失节操，放弃原则，一步一步由进步而转向后退，章太炎以为，康有为就是一个最突出的典型。
章太炎将驳康有为书写成后，一边“托广东人沙耳公带至香港转寄新加坡交康”，一边在沪由黄宗仰出资刊行，以《章炳麟驳康有为书》为名公之于世。
这一封信，充满了民主革命精神。章太炎借助于刚从国外学来的民族主义理论和近代各国历史知识，结合有清一代统治的实绩，对康有为反对革命的保皇主义谬论，进行了痛快淋漓的驳斥，说明了革命是中国必由之路，高屋建瓴，所向披靡。黄宗仰曾有一诗对此作了描述：“余杭章，南海康，章公如麟康如狼，狼欲遮道为虏伥，麟起噉之暴其肠。……独立帜已扬霄光，国仇誓雪民权昌，昆仑血脉还系黄，呜呼噫嘻南海康！”这封驳康书在知识界引起了强烈反响，尤其是其中彻底否定清王朝的统治，直斥光绪皇帝为“载湉小丑”，在封建皇权绝对神圣的人们头脑中，直如响起了晴天霹雳。这封公开信的刊布，理所当然地引起了震动，革命者欣喜若狂，“上海市上人人争购”，而清廷达官贵人与一些保皇分子则一时惊骇得目瞪口呆。
高旭有《题太炎先生驳康氏政见》一诗，生动地描绘了当时社会上反响热烈的情景。诗中写道：
豪杰不可睹，夸士莽纵横。
岳岳章夫子，正义不可倾。
种祸日益棘，忧患曷有程？
蚩尤幻作雾，天地谁肃清？
当头一棒喝，如发霹雳声！
保皇正龙头，顿使吃一惊。
从此大汉土，日月重光明。
诗中还说：
拔剑何峥嵘？ 侠骨磨青天。
煌煌汉族史，英名垂万年。
一曲广陵散，为向何人传？
此曲苟昌传，我意亦已宣，
但求种强植，不计身首全。
万年青铜象，让公着先鞭。
在章太炎撰写《驳康有为论革命书》时，邹容已完成了《革命军》。年方十九岁的邹容，将他的全部革命激情都倾注在这部著作中。他“驱以犀利之笔，达以浅直之词”爱读《革命军》者(章士钊)：《读〈革命军〉》，载《苏报》，1903年6月9日。，对清王朝的统治大加挞伐，极力要将人们的仇满反满情绪煽至白热化程度。《革命军》表现了鲜明的民主主义精神，其中许多论述直接渊源于当时流行的《译书汇编》、《国民报》、《大陆》等杂志，邹容将这些杂志所宣传的资产阶级民主主义的许多言论汇总到一起，在近代中国首次提出建设“中华共和国”的一套具体方案，并气宇轩昂地宣称：“夫卢梭等学说，诸大哲之微言大义，为起死回生之灵药，返魄返魂之宝方。”《革命军》脱稿后，邹容将它送请章太炎修改润色。章太炎兴奋地将它一口气读完，深为感动地对邹容说，写得非常好，根本用不着修饰。他指出“世皆嚚昧而不知话言”，要动员人们起来革命，非“震以雷霆之声”不可。他立即提笔为《革命军》写了一篇序言，给以高度评价，并与黄宗仰一道筹措了资金，联系由上海大同书局立即出版。
《驳康有为论革命书》与《革命军》的出版，成了1903年中国资产阶级民主革命高潮到来的信号。高旭有《海上大风潮起放歌》，描绘这一高潮铺天盖地卷来的情景，中间有云：
自由钟铸初发声，独夫台上风萧萧。
当头隐隐飞霹雳，鲁易十四心旌摇。
何来咄咄此妖孽，助桀为虐豺虎骄？
文明有例购以血，头颅当斫休呶呶。
多倡之者必多继，掷万髑髅剑花飘。
中国侠风太冷落，自此激出千卢骚。
要使民权大发达，独立独立声嚣嚣。
全国人民公许可，从兹高涨花锦潮。
黄浦江畔的这阵阵霹雳，使得专制主义统治者心惊胆战，保皇妖孽暴露了为虎作伥的原形，而革命浪潮则声势大振，各方面人物当然都被震动了。许多人在《驳康有为论革命书》和《革命军》所尖锐提出的各种问题面前，不能不思考，不能不重新检讨自己过去的观念。大批爱国知识分子思想上的巨变，正是由此开始的。而章太炎本人，也正这样以昂扬的斗志和炽热的革命精神，站到了席卷而来的革命高潮的最前列。
“宁为自由死，不作牛马生”
就在《驳康有为论革命书》和《革命军》不胫而走，为人们争相传阅的时候，章太炎和邹容、章士钊等人又以《苏报》为阵地，大张旗鼓地展开了革命宣传。