在诂经精舍中，良师之外，复有益友。同窗之中，有不少人后来都成为国内知名的学者，比如崔适、章梫等都是。章太炎的二哥章炳业也在诂经精舍学习。而与章太炎相知最深的，则是杨誉龙和曹树培二人。杨誉龙，字云成；曹树培，字小槎，两人也是诂经精舍中的高才生。在《诂经精舍课艺文》第七、八两集中，杨誉龙被选录的课艺文有二十八篇，仅次于章太炎；曹树培少一些，也有五篇。1897年夏，章太炎在为杨誉龙《素行室经说》一书所写的序言中，曾经深情地回忆说：“余少治汉学，与杨君云成、曹君小槎最亲密，每诹一故训，证一成事，相说以解。云成尤善小学，研精覃思，洞彻本标，与语日旰不倦。既多其勤学，出入数年，时踪迹之。”他们互相切磋鞭策，友情至深。他们在遭到困难与挫折时，都能不灰心，不丧志，反而更加发愤励志。章太炎在这篇序言中开头就说：“古之学者，其自植皆以艰苦。非直意有所郁结，著之歌诗，以寄其感愤而已，盖困厄摧折，不失其志，始壹意问学，能自树立，亦天所以辟灌之也。”这种越困厄越奋发治学的精神，使这几位青年学子意气相投，这也有助于章太炎在思想上、学术上迅速成长。
有了诂经精舍这样良好的学习环境，章太炎很快便作为一位青年汉学家而崭露头角。
《春秋左传读》
在诂经精舍中，章太炎从良师益友那里得到许多帮助，但他的成长，主要还是依靠个人刻苦自学。他说过：“学问只在自修，事事要先生讲，讲不了许多。予小时多病，因弃八股，治小学，后乃涉猎经史，大概自求者为多。”
起初数年，章太炎研治经学与诸子学，基本上还是步武他的前辈。正如他自己所承认的：“余始治经，独求通训诂、知典礼而已。及从俞先生游，转益精审，然终未窥大体。”然而，在随后几年中，由于他坚持自修，敢于独立思考，围绕着《春秋左氏传》的研究，就逐渐越出了旧日师友们的樊篱，而开始显示出自己的特色。
《左传》，长期以来与《公羊传》、《穀梁传》并称，作为解释《春秋》的三部主要著作，一起被列为儒家经典。它长于叙事，内容远比《公羊》、《穀梁》丰富而翔实。作为一家之学，它勃兴于西汉之末，其后，流传日广，先后产生了贾逵的《左氏传解诂》、服虔的《春秋左氏传解义》、杜预的《春秋左氏经传集解》和《春秋释例》这样一批诠释《左传》的代表性著作。魏、晋以降，《左传》逐渐凌驾于《公》、《穀》二传之上。唐代天宝以后，啖助、赵匡、陆淳等人认为《左传》叙事虽详，解经却多背离儒家正统观念，应当与《公》、《穀》二传一道废置不用。他们分别撰著《春秋集传》、《集注春秋》等书，依据己意，直解《春秋》，自称最得孔学本义。在他们影响下，风气大变。“《春秋》三传束高阁，独抱遗经究终始。”左氏学的发展自此中滞。
宋、明以来，最为流行的是孙复的《春秋尊王发微》、孙觉的《春秋经解》、胡安国的《春秋传》等书，《左氏》等“三传”绝少有人问津。清代汉学勃起以后，“三传”之学逐步恢复。可是，相比之下，最盛的却是《公羊传》的研究，先后产生了孔广森的《公羊通义》、庄存与的《春秋正辞》、刘逢禄的《公羊何氏释例》、陈立的《公羊义疏》等一批具有总结性或开拓性的著作。而《左传》研究呢？只有一些零星的著述，内容也只限于对杜预旧注、孔颖达旧疏做某些补遗纠正，无关大体。嘉庆、道光间，刘文淇及其子毓崧、其孙寿曾，以三世之力，撰写《左传旧注疏证》，这是综合前人研究成果而又具有自己独创见解的一部总结性作品，但直至寿曾亡故，书稿仍未完成，亦未刊布。因此，翻开包罗万象的《皇清经解》及《续皇清经解》，竟没有一部研究《左传》的真正有分量的著作。自章学诚倡导“六经皆史”以来，这一观念在学者中影响日广，而儒家经书最为完备的历史著作《左传》却偏偏成为研究中的缺门和空白。章太炎积极展开对《左传》的研究，正是立志填补这一空缺。
章太炎之所以对《左传》研究产生浓厚的兴趣，还有一个重要原因，这就是《左传》正在成为勃兴起来的今古文经学争论的焦点。
汉代经学，已有互相对立的今文经学和古文经学两大派别。今文经学，以信奉用“今文”即汉代通行的隶书书写的各种儒家经典而得名，其中地位最高、影响最大的经典就是《春秋公羊传》，最著名的经学大师就是董仲舒。古文经学，以信奉用“古文”即战国篆书和秦小篆所书写的儒家经典而得名，其中地位最高、影响最大的经典则是《春秋左氏传》，最著名的经学大师则是刘歆。公羊学讲究“微言大义”，它与信仰五行谶纬的宗教神学结合紧密，着重鼓吹“大一统”观念和君权至高无上的“王道论”，适应了两汉王朝政治统治的需要，因而居于压倒优势地位。左氏学与公羊学异趣，它重人轻天，倾向于崇尚实力、讲究事功的“霸道论”，经常热烈表彰使诸侯国得以强盛的卿士，谴责使国家衰败的君王，将“大国制义为盟主”和“小国受命大国”看做天经地义的真理，这些观念，体现了春秋时代群雄争霸的政治需要。东汉末年后，六朝迭相更替，这种政治形势使得左氏学比极力维护中央集权和君主地位至高无上的公羊学更受欢迎。左氏学一度有取公羊学而代之之势，其社会缘由即在于此。唐宋以后，中央集权的君主专制主义政治日渐强化，左氏学便日趋被冷落。啖助、赵匡、陆淳和孙复、孙觉、胡安国等，尽管对“三传”都不满意，但主要的挞伐还是《左传》。对《公羊传》，他们始终褒过于贬，取过于舍，这是因为《公羊传》比之《左传》毕竟更适合君权至上的封建专制主义政治需要。
清代汉学初起时，并未出现往昔今文经学与古文经学的壁垒。乾嘉间汉学家们分成吴、皖两大派，两派人物在研治经学时，一般都今古文经兼治。吴派主张以汉代经师之说与儒家经典并行，他们的基本信条就是不分今古，唯汉是信。惠栋是吴派开创者，以治《易》见长，他所撰的《易汉学》，对今文经学与古文经学便是兼收并蓄。他的父亲惠士奇研究《春秋》，撰有《春秋说》，对《左氏》、《公羊》和《穀梁》“三传”也是一视同仁，认为三者互有得失，不可偏废。皖派反对唯汉是从，坚持对汉代旧说也必须加以分析，决定取舍。他们的信条是“综形名，任裁断”，“上溯古义，而断以己之律令”。因之，今古文经学之间传统的门户之见，对于这派学者并无明显影响。今文或古文诸经，俱是他们研治疏解的对象。
今文经学作为一个独立的学术派别而复兴，滥觞于乾嘉间继吴、皖两学派之后而创立的常州学派。庄存与、刘逢禄、宋翔凤，便是这一学派的代表人物。他们宣称，自己治学“不专为汉、宋笺注之学，而独得先圣微言大义于语言文字之外”。他们所独得的微言大义，其实不过是将春秋公羊学的旧说、程朱理学的教条及所谓桐城义法捏合到一起，以“全至尊而立人纪”罢了。他们的目标，就是希望复“三代之治”，弭乱于未形，使由盛转衰的大清王朝重新振兴起来。在清代汉学中，他们是一支突起的异军。他们力图改变汉学远离现实社会政治问题的固有传统，所采用的方法则是宣布西汉公羊学独得孔学真传，凭借公羊学的各种非常之议、可怪之论来曲折地表达自己的愿望与要求。而这样做，却正可一面避开清代政治专制主义和文化专制主义的锋刃，一面在一定限度内提出要面对现实和要求进行革新。在道咸以后，今文经学便吸引了越来越多的达官贵人和草野志士，成了思想界、学术界的一名骄子。章太炎的老师俞樾，早年曾向宋翔凤问学，治经便以颇右《公羊》著称。章太炎的另一老师谭献，所服膺的正是董仲舒与庄存与这两位今文经学的巨子。
今文经学的复兴，特别是公羊学的泛滥，给《左传》研究带来了新的厄难与混乱。为了树立《春秋公羊传》的独尊地位，将公羊家的微言大义说成孔学独家真传，刘逢禄在《左氏春秋考证》、《左氏春秋后证》等书中说，《左氏春秋》本是一部与《晏子春秋》、《吕氏春秋》相类似的著作，经刘歆“增设条例，推衍事迹，强以为传《春秋》，冀以夺《公羊》博士之师法”，方才被列为儒家经典。到了近代，倡导今文经学的廖平与康有为都信服这一说法。廖平于1886年撰《古今学考》，1888年撰《知圣》、《辟刘》，康有为1891年刊布《新学伪经考》，都比刘逢禄更进一步，直攻《左传》为刘歆编造的一部伪书。
这些说法是否有足够的根据？章太炎没有盲目信从自己的老师，也没有轻率地附和当时朝野许多名流所追逐的时髦结论。他对《左传》进行了认真刻苦的研究，倾五六年之力，撰写了长达五十多万字的《春秋左传读》。
《春秋左传读》，初名《春秋左传杂记》。取名为“杂记”，是因为这部著作“以所见辄录，不随经文编次”；而更名为“读”，则是“取发疑正读为义”。全书分作九卷，共有杂记九百条；另有《左传读续编》，今存手稿二十三页纸，杂记二十一条。这九百多条杂记，大致包含以下三个方面的内容：
一、诠释《左传》中各种难解的或疏解极为歧异的古言古字、典章名物。章太炎广泛而熟练地运用了他异常丰富的古文字学和古文献学知识，将《左传》与其他大量周秦典籍联系起来进行深入比较研究与综合考察。尽管他所运用的方法仍是传统的考据，未能在整个体系上超越前人，但就一词一句、一事一物的训诂考订而言，他还是取得了非常可观的成就。
二、疏证《左传》体例、叙事和立论所蕴涵的本义。他说：“夫《左氏》古义最微，非极引周、秦、西汉先师之说，则其术不崇；非极为论难辨析，则其义不明。故以浅露分别之词，申深迂优雅之旨。”史称曾申、吴起、吴期、铎椒、虞卿、荀况、张苍、贾谊、贾嘉、贯公、贯公卿、张敞、张禹、尹更始、翟方进、刘向、刘歆等人曾依次传授过《左传》。他们的奏疏、论著，常常指明或未指明地引证《左传》，概述《左传》所提出的理论观点。章太炎精心钩求，仔细辨析，通过周、秦、西汉左氏学大师们旧说的复原，在说明《左传》叙事和立论的古义方面，提出了不少创见。
三、辨明《左传》并非刘歆伪造，《左传》传授系统亦非向壁虚构。由于章太炎对周、秦、西汉文献娴熟，他详尽地列举了这些文献中袭用、引用或采用《左传》的情况，对《左传》各传授者的有关言论与行动进行了值得重视的钩稽，为进一步深入研究《左传》提供了很有价值的参考资料。他还批评了硬把《左传》说成出自刘歆之手的主观主义研究方法，指出了强称《荀子》、《韩非子》、《吕氏春秋》、《新书》、《史记》等等引述《左传》俱是刘歆羼入这一说法的荒谬，反复强调了在《左传》研究中必须坚持实事求是的严谨学风，说明应如何坚持这种学风。
正当“《公羊》之说，如日中天，学者煽其余焰，簧鼓一世”的时候，章太炎没有随波逐流，他立足于对周、秦、西汉古籍广泛而深入的比较研究，得出了与风行的时髦见解迥然相异的结论。1896年春节，他将《左传读》书稿寄给谭献，希望谭献介绍刊刻。在函中，他谈到《春秋左传读》一书的主旨时说道：“夫《左氏》神趣深博，言约谊隐，故览文如骫，寻理即。持其词，彪蔚叙事，瞻逸瞢学，买椟遂失隋珠。尝撢啧于荀(况）、贾(谊)，征文于(司马)迁、(刘)向，微言绝旨，迥出虑表。修举故训，成《左氏读》，志在纂疏，斯为属草。欲使庄(存与）、孔（广森)解戈，刘(逢禄)、宋(翔凤)弢镟，则鲰生之始愿矣。”表现了他当时对这部著作是如何自负。
《左传读》表现了明显的古文经学的倾向，但是，书中对春秋公羊学的观点也采纳了不少。正如章太炎自己所说：“余初治《左氏》，偏重汉师，亦颇傍采《公羊》。”比如，《左传读》开宗明义，就论证孔子作《春秋》是“立素王之法”。书中还多处说到孔子作《春秋》是为了进行“改制”，并声称：“《公羊》有改制之说，实即《左氏》说也。”书中甚至还重复了公羊学家关于孔子作《春秋》是“为汉制法”的说法，说：“殷末作《易》以开周，周末作《春秋》则以开汉，无足怪也。玄圣制法，斯不疑矣。”“知公羊家为汉制法之说非无据也。”这些事实说明，章太炎反对庄存与、孔广森、刘逢禄、宋翔凤等人否定《左传》的基本论点，并非基于古文经学狭隘的门户之见，因之，他对春秋公羊学的观点也并未全盘给予否定。
综观《春秋左传读》，作者依据乾嘉考据方法，对古文献进行广泛的比较研究，充分发挥了作者在文字音韵学方面的长处，解难释疑，取得了富有学术价值的成果。这部著作，标志着章太炎已经成为一个相当杰出的青年汉学家。但是，由于他还不敢冲破封建经学这一大罗网，强使《左传》与《春秋》合符，过分拘泥于左丘明为《春秋》作传及《左传》传授系统等旧说，书中牵强凝滞之处也还不少。
章太炎曾希望谭献设法帮助刊刻这部著作，使它得以行世，但没有成功。后来，他准备将九百条杂记依照传文年月重新编次，并打算请刘师培承担此役。1906年，他在致刘师培书中说：“昔尝作《左氏读》，约有五十万言，其在箧中，未示学者。曾以语君，约请编次。当时书笥已失，今复检得之，复欲他人编排年月，已不可得矣。”后来，1913年北京坊间曾据该稿誊清缩小石印，一部分原稿及续编手稿至今仍珍藏于上海图书馆。现在，这部著作已经被整理，并根据作者当年的意愿重新加以编次，作为《章太炎全集》中的第二卷的一部分正式出版。
在诂经精舍中，章太炎在学业方面的成就，已经远远超过了他的同辈。但是，他并没有循着这条道路继续走下去。这是因为就在他埋首书斋的时候，从遥远的黄海海面上传来了甲午海战的隆隆炮声。时代的急风暴雨打破了书斋的宁静生活，也截断了他的汉学家道路，使他的生活开始了新的篇章。