从书斋走向社会
当埋头在故纸堆中仔细爬梳的时候，章太炎并非与世隔绝，不受世事激荡的影响。他那颗年轻的心，同样有不平，有愤火。埋首于书斋，对于这位青年来说，既是对现实社会政治的逃避，也是他对这一现实的抗议。
早在童年时代，环境和教育已在他胸中撒下了叛逆的种子。当时，外祖父朱有虔课读之余，对于这个小外孙，就常常“以明、清遗事及王而农、顾宁人著述大旨相晓”。章太炎十一二岁时，朱有虔又给他叙述了雍正年间曾静、吕留良文字狱的情况，讲了一番“夷夏之防同于君臣之义”的道理，告诉他，这些道理“王船山、顾亭林已言之，尤以王氏之言为甚，谓历代亡国无足轻重，惟南宋之亡，衣冠人物亦与之俱亡”。随后，章太炎自己得读蒋良骐的《东华录》，“见戴名世、吕留良、曾静事，甚不平，因念《春秋》贱夷狄之旨”。十六七岁后，他又读了留云居士的《明季稗史》、全祖望的《鲒埼亭集》和王夫之的《黄书》，得知明末清初大批志士抗击清兵的事迹以及一姓兴亡轻、民族盛衰重，“华夏不自畛以绝夷狄，则地维裂矣”。等等理论，更深受震动。这就是他自己所述的：“睹全祖望文所述南田、台湾诸事甚详，益奋然欲为浙父老雪耻。次又得王夫之《黄书》，志行益定。”
两个多世纪以前反清的幽灵在中国大地上重新游荡，一个多世纪以前文字狱的血迹在章太炎心灵打上深深烙印，都不是偶然的。
在清朝前期，“反满”曾经是汉族地主阶级特别是江南地主阶级反对清王朝统治的一个主要口号，而孔夫子所说的“华夷之辨”则是他们手中很有力量的重要理论武器。但随着清王朝统治日渐巩固，满汉地主阶级逐步合流，所谓“华夷之辨”和“反满”口号，就逐渐销声匿迹了。章太炎曾感叹说过：“自乾隆以往，尚有吕留良、曾静、齐周华等持正议以振聋俗，自尔寂洎无所闻。”这一现象表明，“反满”已经成为历史的陈迹。对于汉族地主阶级来说，“文字狱的血迹已经消失，满洲人的凶焰已经缓和，愚民政策早已集了大成，剩下的就只有‘功德’了”。“反满”理所当然地就要给他们弃置一边了。
“反满”口号的重提，是在太平天国革命爆发之时。农民英雄利用这一口号召唤人们奋起推翻大清王朝的统治。太平天国英雄们以为，重提满汉冲突，可以宣布自己为全体被统治民族的代表，可是，这一口号并没有把汉族地主阶级召唤到太平天国旗帜下来。起而血腥屠杀革命者的曾国藩、胡林翼、罗泽南、彭玉麟等人，都属汉族。对于他们来说，“衡阳之《黄书》，日在几阁；孝弟之行，华戎之辨，仇国之痛，作乱犯上之戒，宜一切习闻之”，可是，他们就是偏偏要矢忠于大清王朝，“材者张其角牙以覆其宗国，其次则以身家殉满洲，乐文采者则相与鼓吹之”。这一事实表明，到了这一时期，大清王朝在汉族地主阶级眼中，已经不复是异己的东西，它已成了满汉地主阶级对全国进行统治的联合政权。推翻清王朝，非但不会受到汉族地主阶级的欢迎，反而会使他们感到切肤之痛，他们已把自己的命运与大清王朝紧紧联结在一起。
文字狱的历史与《黄书》的理论之所以在章太炎脑海中激起涟漪，并非因为他出身于汉族地主家庭，或忠实地代表了汉族地主阶级的利益，说到底，正是根源于他对清朝黑暗统治的不满，以及他对西方新世界朦胧的向往。
就在章太炎成长的那些岁月里，上自朝廷，下至府县，层层都在对老百姓巧取豪夺，加紧搜刮。广大农村，还没有从战乱的摧残下恢复过来，又濒临破产境地，农民们“窘于耕获，米一石则至万钱”，“自喘耎之虫，喙息之物，莫必其命”。来自异国的殖民冒险家们，在中国大地上越来越横行无忌。他们在蚕食了中国的邻邦布哈拉、浩罕、尼泊尔、锡金、缅甸、越南、琉球之后，又来直接肢解中国。沙皇俄国在强占了中国黑龙江以北、乌苏里江以东一百多万平方公里土地和巴尔喀什湖以东以南四十四万平方公里土地以后，19世纪70、80年代和90年代初，通过《伊犁条约》和一系列勘界议定书，强行割占了我国西北七万多平方公里土地，又非法侵入我国帕米尔地区，强占了我国萨雷阔勒岭以西两万多平方公里的土地。与此同时，英国将它的魔爪伸进了我国西藏，而美国和日本则企图染指我国台湾。外国货物这时已经逐步渗入中国内地市场，大量涌入中国。外国传教士这时也越来越深入中国腹地。而清朝政府这时则一意屈膝投降。当时，各地不断发生所谓“教案”，清政府在处置这些案件时，竟不惜杀戮国人、罢黜大吏去讨好那些作恶多端的侵略者。这一切，使年轻的章太炎对国家与民众命运异常关注，并愈来愈担忧。
中国向何处去？伴随着资本主义工业在中国的诞生，在清朝封建文化专制主义的夹缝中，出现了一股怯懦的资产阶级改良主义思潮。王韬、薛福成、马建忠、郑观应，稍后是康有为、梁启超、谭嗣同等人，这批刚从旧营垒里分化出来的知识分子，怀着对旧秩序的愤怨及对新事物的敏感，逐步提出了变法自强的资产阶级改良主义要求。他们看到日本经过明治维新，走上了资本主义道路，迅速强盛起来，于是，强烈要求学日本，搞维新。
早在进入诂经精舍之前，章太炎就已同这股新思潮有了接触。他曾回忆说：
昔年十四五，迷不知东西，
曾闻太平人，仁者在九夷，
陇首余糇粮，道路无拾遗。
古代以“太平”代表太阳升起的东方极远的地方。这首诗中所说的“太平”和“九夷”，正暗喻日本和其他先进的资本主义国家。用玫瑰色描绘出来的这幅乐园图并不是“九夷”的生活现实，但是，这幅图景却说明了他所憧憬的究竟是什么。而他的憧憬，同时也就是对大清朝无声的谴责。
除去外祖父朱有虔的教诲和《东华录》、《黄书》等文献的刺激外，父亲章濬对章太炎这方面思想倾向的形成也有影响。章濬曾八次参加乡试，希图考中一名举人，结果却很凄惨，每次都名落孙山；他尽心为谭锺麟谋划，被举荐为候补知县，但是，却并未得到升迁实补；他做了县学训导，不料又因卷入杨乃武与“小白菜”一案而被革职；仕途如此坎坷，使他胸中很有一些牢骚。他的《遣怀》一诗，其中写道：
拟卜幽居近薜萝，绿天如幕翠浮螺。
依山作屋风能入，编竹为棚雨易矬。
室欲驱虻求艾久，书因辟蠹聚芸多。
平生志不谋温饱，只合岩栖矢寤歌。
貌似闲适淡泊，其实，处处流露出怀才不遇的悲怆以及对炙手可热的权贵们的愤懑。1890年章濬弥留之际，留遗嘱给身边的三个儿子：“吾家入清已七八世，殁皆用深衣殓。吾虽得职事官，未尝诣吏部。吾即死，不敢违家教，无加清时章服。”章濬的这种情绪与这番嘱咐，当然都不可能增添章太炎对清廷的亲近或信任的感情。
在诂经精舍中，章太炎专心励学。然而，祖国上空的风云使他感到压抑。他注意阅读史籍，特别是关于典章制度的主要史籍，目的是了解古来政治兴亡得失的轨迹。同时，他也开始注意阅读此前江南制造局、同文馆和广学会所译述的一些西学书籍，《膏兰室札记》1893年冬以后所撰写的许多条目，便利用了不少从这些书籍中得来的新知识。比如，在疏证《庄子·天下》，《淮南子》中《俶真训》、《天文训》、《地形训》、《览冥训》，及《管子》中《侈靡》、《白心》等篇时，他便引述了欧几里得著，利玛窦、徐光启、伟烈亚力、李善兰译的《几何原本》；侯失勒著，伟烈亚力、李善兰、徐建寅译的《谈天》；赫士、朱葆琛译的《天文揭要》；雷侠尔著，玛高温、华蘅芳译的《地学浅说》；韦廉臣编的《格致探原》；李提摩太编的《七国新学备要》等专著，内容涉及近代天文、地质、物理、化学、数学、生物等方面。从章太炎考订疏证的各条目可以看出，引起他关注的有天体演化学说、生物进化学说、细胞学说、物质由以构成的粒子与元素学说等近代自然科学的一系列最新成就。这些新知识，打开了章太炎的眼界，并开始从宇宙活动、物质结构、由海藻逐步变成人类的历史过程等许多基本方面，使他的世界观发生转变。
就在这时，甲午中日战争爆发了。1894年7月25日凌晨，日本军舰不宣而战，向中国海军发动突然袭击。这阵炮火，像一股飓风，把清王朝“中兴”的华衮撕得粉碎，把“洋务新政”富国强兵的肥皂泡吹得无影无踪。
败耗传来，西子湖畔古色古香的精舍不复平静了。青年学子们惊愕、悲怆、愤激。章太炎彻夜不眠，拍案而起，奋笔写下一篇《独居记》。他怀着炽热的爱国热忱，决心为着挽狂澜于既倒，救祖国于陆沉，献出自己羸弱的身躯。
《独居记》后来改名《明独》，收入《訄书》。其中写道：
当是时，社庙未迁，官号未革，权概未变，节未毁，俎犹若俎，钲犹若钲，羽犹若羽，龠犹若龠，戚犹若戚。而文武解弛，举事丧实，禁掖持柄，无政若雨，是为大群之将涣！虽有合者，财比于虮虱。于是愯然而流汗曰：于斯时也，是天地闭贤人隐之世也。虽然，目睹其支体骨肉之裂而不忍，去之而不可，则惟强力忍诟以图之。
王朝、官号，象征权力所在的权概、节，代表着封建礼制的俎、钲、羽、龠、戚等礼器，这些风貌依旧，然而，文治武功，早已废弛，一度吹得天花乱坠的洋务新政，并无多少实效，更可悲者，是当国者竟醉生梦死，全不觉悟。祖国衰敝已极，沦亡就在旦夕，而那些贪官庸吏、豪右巨绅之流，却照旧沆瀣一气，狼狈为奸，像虮虱一样不停地吮吸着民众的膏血。这是多么可悲的世道！然而，总不能眼睁睁看着祖国的大好河山被列强任意宰割，置祖国的命运于不顾而消极地隐遁。有血气的青年，只有一条路可走，这就是“强力忍诟以图之”。
文章题名《独居记》，后更名为《明独》，核心就是一个“独”字。甲午之战的败耗引起的痛苦，促使章太炎深思。他痛切地感到，人们要振作起来，国家要振作起来，必须首先挣脱紧紧钳制着人们的由传统习俗和社会势力所织成的重重蛛网。中国大大小小的家族、宗派，他们盘根错节的习惯势力，使社会四分五裂，使沉沉暮气弥漫于中国。这些势力，号称为“群”，其实只是为“大群之贼”的“小群”。他强烈地意识到，要使中华民族结成一个真正巩固、奋发有为的“大群”，就必须冲垮这些“小群”，而这又必须依靠敢于同流俗相背、敢于蔑视旧社会种种习惯势力的“大独”精神。他断言：“大独，大群之母也。”他还着重指出，“大独”绝非那种鼠目寸光的妄自尊大或闭目塞听的一意孤行，“大独必群，不群非独也”，真正的“大独”是同种种“小群”决裂，而以整个民族、整个国家的命运为归宿，“群于国”，“群于无告者”，“群于知方之士”。他极为热切地呼吁，无论是为君王、将帅、官吏者，还是为学者、师长者，都要觉悟到沉溺于“小群”之中的危害，自觉地树立起“大独”精神。在谈到他自己时，他写道：
余，越之贱氓也，生又羸弱，无骥骜之气，焦明〔鸾凤〕之志，犹憯凄忉怛，悲世之不淑，耻不逮重华。……知不独行不足以树大旅。虽然，吾又求独而不可得也。……吾流污于后世，必矣。
这里，清楚地显示了这个年轻人思想的深沉与对祖国的一片赤诚。求“独”，正是绝不随波逐流、同流合污的代语。他看到了道路将多么艰难，他悲哀，但决不反悔。
章太炎开始了学业上的新探索。他加紧阅读各种西学书籍，力图对世界有更多的了解。那时，译成中文的西学书籍不过四百多种，国人所撰述的介绍各国状况的书籍也只有一百多种。章太炎凭借这些读物，对西方自然科学和社会政治学说有了较为系统的了解。他在回溯自己思想发展过程时说过：“自从甲午以后，略看东西各国的书籍，才有学理收拾进来。”往后的事实确实表明，同洪秀全、康有为、孙中山等先进的中国人一样，像章太炎这样一个在旧学方面很有素养的青年学子，也同样是从西方寻得了他所追求的“学理”。
同时，章太炎又重新精读《管子》、《荀子》、《韩非子》等诸子著作和《通典》、《通鉴》等史籍。《管子》、《荀子》、《韩非子》这些书过去就读过，但没有结合社会政治实践去读，现在，体会不同了，这些著作所包含的唯物主义世界观和充满了改造自然、改造社会的进取精神，深深地打动了章太炎。他发现，这些古代的启蒙思想不少正切中时弊，因此，他表示赞赏。他说过：“遭世衰微，寻求政术，历览前史，独于荀卿、韩非所说，谓不可易。”这段话清楚表明当时他对这些学说是多么倾倒。
章太炎思想的转变，使他的老师俞樾深感不安与忧虑。1897年，这位年已七十七岁的老人在为《诂经精舍课艺八集》所写的序言中说：“此三年中，时局一变，风气大开，人人争言西学矣。而余与精舍诸君子犹硁硁焉抱遗经而究终始，此叔孙通所谓鄙儒不通时变者也。”是否要讲求西学，当时与传统的孟、荀之争联系到了一起，就此，俞樾写道：“战国时有孟子，又有荀子。孟子法先王，而荀子法后王。无荀子不能开三代以后之风气，无孟子而先王之道几乎息矣。今将为荀子之徒欤？西学具在，请就而学焉。将为孟子之徒欤？……愿与诸君子共勉也。”俞樾这里所说的“人人争言西学”的情景，以及孟、荀之徒的对立，其实就发生在诂经精舍中。而尊荀子，法后王，学西学，正是章太炎这一时期的鲜明倾向。俞樾企图劝阻他的这位得意门生，可是，已没有办法将章太炎拉回旧的轨道了。