1895年冬，康有为路过杭州，将《新学伪经考》赠给俞樾。这部著作将包括《左传》在内的全部古文经都说成刘歆伪造出来的赝品，根本否定了两千余年来奉为至尊至圣的儒家经典的真实性，在恢复“真经”的名义下，引导人们怀疑与推翻两千年来作为统治阶级统治思想的儒家正统经说。俞樾对章太炎说：“尔自言私淑刘子骏，是子专与刘氏为敌，正如冰炭矣。”然而，章太炎尽管在学术上与康有为观点不同，但在政治上，对康有为在京发动“公车上书”和组织强学会，则十分敬佩。这年11月，康有为鉴于“沪上总南北之汇，为士夫所走集”，在上海发起组织上海强学会，打算通过这一组织，“群中外之图书器艺，群南北之通人志士，讲习其间，而因推行于直省”。上海强学会章程规定，“入会者不论名位学业，但有志讲求，概予延纳”，“入会者，将姓名爵里函知局中，即送以章程，收捐款后即编号，会中遇事知照”。章太炎见到章程以后，立即汇去捐款十六元，报名入会。然而，上海强学会成立仅一个多月，就与北京强学会一起，因御史杨崇伊奏劾强学会“植党营私”而被封禁了。但是，章太炎捐款入会的这一举动，却毫不含糊地表示了他决心挺身而出，在政治上同康有为站在一起。
不久，强学会又被解禁，被勒令改组为专门负责译书的官书局。章太炎感到失望。这时，对于诂经精舍冷清而枯寂的生活，他已越来越难以忍受了。1896年8月18日，他给正在武昌的谭献寄去一信，希望获得他的引荐，西游江汉，以摆脱精舍中那陈腐了的环境。他写道：“自违辟咡，终日枯坐，与蟫鱼相对。朋辈鳞萃，以《汉书》人表、晋代中正格之，当上中品者。浙中文学，陵迟衰微可知也。自顾毚愚，复胜雅材好博之士相与牴砺，恐擿埴索涂，病自此起。自有此身，匆匆三十年，白日骏驱，岁不我与，非裹粮游学，终无以德进业。”先前，终日与蟫鱼相对，是兴致勃勃，其乐无穷，现在，却感到十分无聊；先前，他以结识了诂经精舍的一批师友而感到自豪与自得，现在，却深感他们的思想、学术都过于迂腐。章太炎渴求投身到维新人士汇集的维新运动中心去，使自己的思想、学业有一个较大的飞跃。随着维新变法运动逐步发展，“学校大兴，瑰异日出”，更使章太炎“中夜仰思，搔首颎枕”。所以，他恳切地要求谭献帮助他进一步从故纸堆的泥淖中跳出来，“身虽羸弱，犹思策勉疲钝，令不为朝菌日及”。
谭献还没有来得及给他引荐，一个机会来了。维新变法运动的喉舌《时务报》的经理汪康年这时特邀他去上海参加编撰工作。章太炎不顾老师俞樾的劝阻，为更直接地投身于社会运动，毅然地离开了诂经精舍。
1897年早春，《时务报》报馆派原湖北自强学堂教员叶瀚专程到杭州迎请，章太炎和他一起登上了沪杭客轮。
在《时务报》报馆中
《时务报》报馆设在上海四马路。《时务报》创刊于1896年8月，经理是与章太炎家有亲戚关系的钱塘人汪康年，总撰述员是康有为的主要助手梁启超。这个刊物出版不久，便成了宣传维新变法旗帜最鲜明、影响最大的阵地。章太炎从一开始就是这一刊物的热情支持者。这年12月29日，他将自己撰写的《论亚洲宜自为唇齿》一文寄送《时务报》报馆，并致函汪康年，说：“方今风教浇讹，群喙异响，小雅不废，赖有兹编。”对于如何把《时务报》办得更好，这封信提出了积极建议，说：“顷戎夏交捽，鼙鼓未息，吾侪坐谈九州，虑非亟务。……刍荛之见，谓宜驰骋百家，掎摭子史，旁及西史，近在百年，引古鉴今，推见至隐。”就是主张不要泛泛地绍介若干海外奇闻，或发一通空论，而要认真研究本国的学术文化与历史实际，参照西方国家近百年来的社会变动的历史进程，进行切实的探讨，确定救国救民的方案。汪康年、梁启超接到章太炎的这封信和文稿后，十分高兴。这时，《时务报》销售量已激增至每期七千份，编撰事务日见繁忙，他们便决定邀约章太炎来报社参加编撰工作。
《时务报》是旬刊，每月三期，每期约三万字，设有论说、上谕、公牍、英文报译、法文报译、东文报译等栏目。其中以论说一栏为最重要，梁启超的《变法通议》和汪康年的《中国自强策》、《论中国参用民权之利益》等许多重要论著，都是在这一栏发表的。章太炎也在这一栏接连发表了两篇论文，一篇就是《论亚洲宜自为唇齿》，另一篇是《论学会有大益于黄人亟宜保护》。
《论亚洲宜自为唇齿》，着重批判了清朝政府的亲俄卖国外交。《马关条约》签订后，沙皇俄国不愿日本染指中国东北，联合法、德两国迫使日本将辽东半岛退还中国。清朝政府以为俄国可以倚恃，便企图通过与俄亲善，借助俄国力量对抗日本。1896年6月，沙皇政府与专程赴彼得堡出席尼古拉二世加冕典礼的李鸿章签订了《中俄密约》，稍后，又由双方代表在柏林签订了《中俄合办东省铁路公司合同章程》。密约与章程，为沙俄确立在中国东北的霸权，进而把中国北方广大地区变成他们的势力范围打开了大门。针对这一情况，章太炎指出，要使中国免于“溃败决裂”，决不可指望依靠一个列强来抗击另一个列强，而必须把注意力放在改革自己的内政上，这就要坚决清除“惟旧章之守”的恶习，“发愤图自强，综核名实，使卒越劲，使民悫愿，使吏精廉强力”。如果忘却这一根本，那就只能得到十分可悲的结果。幻想依靠沙皇俄国来与日本相抗，后果将更为严重。因为中国“受侮邻国，惟北方尤甚。彼观其意，且欲盗黄海以为己属”。结俄以为奥援，恰好是引狼入室。为此，他写道：“今中国无深长虑，欲一快心日本，密约俄罗斯，以为系援，至于胶州屯军，吉林筑路，齐、鲁与东三省将为异域。悲夫！”他分析了当时远东局势，主张中国外交反倒应当“外昵日本，以御俄罗斯”。当然，这必须以中国“发愤而为雄”为前提，一个贫穷而落后的中国在外交上绝对不可能真正有所作为。他认为，一旦中国真正强大起来，并以日本为掎角，“两国斥候，交错于东海，势若檠榜，无相负弃”，那才有可能使“黄人有援，而亚洲可以无踬！”
这篇文章所抨击的是清朝政府的外交，《论学会有大益于黄人亟宜保护》则集中抨击清朝政府的内政。
办学会，是使维新变法从思想鼓吹发展为具有某些群众性的政治运动的一个重要步骤。梁启超说过：“群心智之事则赜矣，欧人知之，而行之者三：国群曰议院，商群曰公司，士群曰学会。而议院、公司，其识论业艺罔不由学，故学会者，又二者之母也。”本着这一认识，康有为、梁启超等人积极组织了北京强学会和上海强学会。尽管这些学会成员很少，政治上又非常温和，却仍然不能为清朝政府所容。结果，强学会强遭封禁，领衔发起成立强学会的翰林院侍读学士文廷式被革职，康有为被迫返回广州在万木草堂讲学。在这一打击下，1896年全国几乎没有建立一个新的学会。章太炎的《论学会有大益于黄人亟宜保护》，正是为了冲破这一沉闷局面而写的。
该文首先尖锐地揭露和抨击了清朝政府对于“天下之士”的一贯的错误政策。文章指出，当国者长期以来一面“以其权势藉锢塞诸生”，一面又“为之饩廪利禄以羁縻之”，这软硬两手交相为用的结果，就是“天下之士，肥瘠不相顾，痛瘼不相知”，“卷勇股肱之力，经画取与之智，不及俄罗斯；居奇操赢，使天下敛袂，不及英吉利；弭兵善邻，折冲于樽俎，不及美利坚”。广大“士子”的才智被压抑，进取被遏阻，终致国势日颓，四夷交侵，中国面临空前危险！现在，一些士子挺身而出。在如此严重的民族危机面前，“政府不能任，而士民任之，于是奔走展转，搜徒索偶，以立学会”，自觉地承担起救亡图存的时代重任。对此，政府理应充分加以保护与支持，可是，当权者所作所为竟恰好其反，“当轴不察，治以党锢，株连钩考，将投浊流”，对这些士民和学会肆意加以摧残。文章愤怒地指出，这种行为，实是“以不诛夷为诛夷，以无焚坑为焚坑，比于红人、黑人，尚不得齿！”文内写道：“呜呼！昔之愚民者，钳语烧书，坑杀学士，欲学法令，以吏为师，虽愚其黔首，犹欲智其博士。今且尽博士而尽愚之，使九能之士怀宝而不用，几何其不为秦人笑也？”这些犀利的文辞，对清朝政府反动的文化专制主义做了非常有力的揭露和谴责。比之梁启超等人宣传必须建立学会的许多文章，显然更富于战斗力。
在这篇文章中，章太炎热情地号召维新志士敢于顶住来自清朝政府的强大压力，“合耦同志，以建学会，于息壤之将倾，天保之未定，沉忧噍杀，朝夕讲贯，虽磨顶放踵所不敢辞”。他还严正要求清朝政府改弦更张，对于各种学会，“宜有以纠之、合之、礼之、养之、宣之、布之，使比于宾萌，上说下教，以昌吾学，以强吾类”，而绝不可再加以摧残与压制了。
章太炎这两篇文章的发表，在维新志士中引起了热烈的反响。谭嗣同写信给汪康年、梁启超说：“贵馆添聘章枚叔先生，读其文，真巨子也。大致卓公如贾谊，章似司马相如。”卓公，指梁启超。然而，章太炎文章中用典过多，而且生僻，用词也过于古奥，索解颇难，影响宣传效果。为此，黄遵宪给汪康年写信说：“馆中新聘章枚叔、麦孺博，均高材生，大张吾军，使人增气。章君《学会》，论甚雄丽，然稍嫌古雅，此文集之文，非报馆文。”
《时务报》报馆是上海维新志士活动的中心。从四面八方远道来沪的维新派人士，毫无例外地都要到这里来寻访聚谈。在这里，章太炎与梁启超、汪康年等朝夕相处，并结识了谭嗣同、宋恕等许多知名人士。在这里，他又触摸到了各地维新运动高涨的脉搏，对国内外政治、经济状况有了进一步了解，视野扩大了，思路也大大地开阔了。
这时，维新派的君子们刚刚从旧营垒中分化出来，或多或少都还背负着因袭的重担。他们痛恨清王朝当权集团的腐朽统治，但又畏惧人民群众的历史主动精神。他们一面热切地要求实行广泛的政治变革，一面又担心群众越出他们所设定的轨道。他们瞻前顾后，在顽固势力面前激进，在民众要求面前保守，绞尽脑汁要在革命与守旧之间寻找一条温和的革新之路。章太炎在《时务报》这根琴弦上弹奏的乐章，尽管激越昂扬，但也没有脱离这一主旋律。这在他的《论学会有大益于黄人亟宜保护》一文中便清楚表现出来。他在这篇文章中写道：革命风潮崛起于欧洲，播覆于全球，影响所及，至于中国，眼下，“民智愈开，转相仿效，自兹以往，中国四百兆人，将不可端拱而治矣”。他认为，这股潮流，阻挡不了，也不应加以阻挡，“居今之世，将欲壅遏民气，使不得伸，无论其无成绩也，幸而胜之，虽不土崩，犹将瓦解。是自遏抑吾黄种，而反使白种为之尸也”。那么，是不是就可以听任革命风潮自由自在地高涨与泛滥呢？章太炎以为，也不能。他担心，一旦发生暴力革命，“内乱不已，外寇间之”，将给外国侵略者加紧控制和奴役中国提供可乘之机，“是自战斗吾黄种，而反使白种为之尸也”。究竟该怎么办呢？他提出：“以教卫民，以民卫国，使自为守而已。变郊号，柴社稷，谓之革命；礼秀民，聚俊材，谓之革政。今之亟务，以革政挽革命。”文中的“秀民”与“俊材”，其实就是维新志士。他主张任用这些志士执掌朝政，放手让他们实行变法，这就是所谓“革政”。章太炎以为，这一“革政”，已经迫不及待，只有这样做，方才能使国家富强，消弭革命于未形。在这一点上，同康有为等其他维新志士相比，可以说，他的基本立场没有任何原则性的分歧。
当章太炎热衷于“革政”的时候，孙中山已经开始发动以武装起义推翻清朝统治的革命斗争。1894年11月，这位伟大的革命先行者已在檀香山创立兴中会，1895年10月已在广州发动首次武装起义。1896年10月，孙中山在伦敦被清朝使馆绑架，险被押解回国惩治，经英国政府交涉而获释。《时务报》第十册“路透电音”报道了这一消息，说：“华医孙姓号逸仙者，即中国变政党人，本月十一日，据说该医被人诳诱，监禁在伦敦使馆，已暗中设法，将被羁消息通知其友，包探日夜看守使署，阻止私解回国。”又说英国“外部大臣沙列不雷照会使署，语甚激烈。令即释放孙逸仙，已于昨午将人交外部。查孙逸仙实名文。使署来牍，未提交涉道理”。其后，又登载了译自伦敦《东方报》的报道与评论，如《英国律师论孙文被禁事》等文。章太炎自述，他是在《时务报》报馆中，“因阅西报，知伦敦使馆有逮捕孙逸仙事”，并从梁启超那里得知孙中山“蓄志倾覆满洲政府”，“主张革命，陈胜、吴广流也”。但是，他这时并没有因此而放弃康有为的道路转去追随孙中山。他后来回顾说：“鄙人自十四五时，览蒋氏《东华录》，已有逐满之志。丁酉入《时务报》报馆，闻孙逸仙亦倡是说，窃幸吾道不孤，而尚不能不迷于对山之妄语。”对山，明朝文人康海的号，这里指的就是康有为。
对于发动公车上书、建立强学会和倡导维新变法的康有为，章太炎“诧为奇士”，是很尊重的，并在政治上同他站在一起。然而，对于康有为精心构造的新孔学和建立孔教的计划，他却并不苟同。