康有为新孔学的代表性著作就是《新学伪经考》、《孔子改制考》与《春秋董氏学》三书。康有为说，三千年来视若神圣的孔学，其实是刘歆、郑玄一手制造的赝品，“阅二千年岁月日时之绵暧，聚百千万亿衿缨之问学，统二十朝王者礼乐制度之崇严，咸奉伪经为圣法，诵读尊信，奉持施行”。康有为大声疾呼说，这种伪孔学必须打倒！中国当务之急是复兴春秋公羊学和春秋董氏学所代表的真孔学！这种“真孔学”，就是确认孔子是一位天生的大圣人，确信“天既哀大地生人之多艰，黑帝乃降精而救民患，为神明，为圣王，为万世作师，为万民作保，为大地教主” 。同时，还要确信孔子是一位极为伟大的革新家，确信这位伟人为人类创立了完全符合进化论学说的据乱、升平、太平三世说，确信孔子假托夏、商、周三代盛世的名义，制定了未来的“新王行仁”的全套制度，作为后世实行改革的蓝图与依据。“真孔学”还确认孔子是一个最富于民主思想的救世主，确信这位救世主创立了消弭民族纷争和国家纷争的大一统理论，将把人们引向完美无缺的大同世界。康有为说，两千年来，由于“真孔学”被湮没，伪孔学猖獗横行，“中国之民遂二千年被暴主、夷狄之酷政”③。现在，拨云雾而览日月的时刻终于来临了。要拯救中国，要使人们从暴主、夷狄的酷政下解放出来，就必须引导人们虔诚地信奉这个“真孔学”，为此，就要使“真孔学”宗教化，就要建立孔教。
异常明显，康有为的“真孔学”，只不过是按照他自己的想象塑造的一个具有资产阶级改良主义特质的新孔子，从而给资产阶级的维新变法理论套上孔学的古典服装。康有为坚持把孔子偶像化和把孔学宗教化，将维新变法思想变成新的宗教教条，无非是想利用孔子与孔学的传统力量，在思想上、精神上树立一个新权威，用这个新权威来摧毁旧权威，使人们从作为封建统治思想正宗的旧孔学的桎梏下解放出来。
章太炎在自己的文章中，也援引过一些今文经学的流行说法。比如，《论学会有大益于黄人亟宜保护》第一段中写道：“整齐风俗，范围不过，若是曰大一统。益损政令，九变复贯，若是曰通三统。通三统者，虽殊方异俗，苟有长技则取之。”就是借用春秋公羊学大一统、通三统的理论，来论证维新变法和学习西方的合理性。然而，章太炎完全明白，康有为的“真孔学”并无可靠的历史根据。这种“真孔学”是否真正有利于思想启蒙运动的发动，这种孔教是否真正有利于人们的觉醒和前进，章太炎从一开始就抱有怀疑。当他同梁启超、麦孟华等人就这些问题展开较为深入的讨论时，分歧便迅速暴露出来。
一次，他同梁启超谈话，直截了当地对康有为“变法维新，创立孔教”的主张提出了异议，说：“变法维新为当世之急务，惟尊孔设教有煽动教祸之虞，不能轻于附和。”
不久，冲突就激化起来。情况恰如章太炎后来在给谭献的信中所说的：“麟自与梁、麦诸子相遇，论及学派，辄如冰炭。……康党诸大贤，以长素为教皇，又目为南海圣人，谓不及十年，当有符命，其人目光炯炯如岩下电。此病狂语，不值一驳，而好之者乃如蛣蜣转丸，则不得不大声疾呼，直攻其妄。”
1897年4月14日，冲突终于公开爆发了。与章太炎十分友善的孙宝瑄在15日的日记中，根据章太炎的叙述，记下了这次冲突的经过：“章枚叔过谈。枚叔以酒醉失言，诋康长素教匪，为康党所闻，来与枚叔斗辨，至挥拳。”“酒醉失言”，其实是孙宝瑄为章太炎开脱的托词。据章太炎给谭献的亲笔信所述，章太炎反对建立孔教，反对康有为当孔教教主，早已引起了康门弟子的不满。这天，是梁启超的一个学生梁作霖带了一批人专门赶来兴师问罪，声称要惩治那些丑诋了康有为的人。梁作霖等人并当众殴打了章太炎一顿。
这件事，给章太炎以很大打击。他愤而离开了《时务报》报馆。汪康年曾出面调解，为章太炎所拒。他答复汪康年说：“凡事离之则两美，合之则两伤。常以笔墨相交，则纪念自生；恐又自此开衅，不如早离为要。”
谭献曾评论《时务报》报馆中的这场冲突为毫无意义的门户之见。他在接到章太炎来信后，在日记中写道：“得章生枚叔书。乱离瘼矣，士人不图树立，无端为门户之争，竭心力而成战国世界。冷眼一笑，热心尤当一笑。”其实，这场学派之争的背后，就包含着对于现实和历史的不同态度。康有为对待孔学，表现了明显的主观主义、实用主义倾向，而章太炎对待孔学，态度则比较严谨，他尤其反对用新的宗教式的迷信取代旧的迷信。后来，章太炎在思想上、政治上同康有为的裂痕愈来愈大，不能不说与此有密切的关系。
为避免再次发生类似的冲突，章太炎决定离沪返杭。站在小火轮上看着上海渐渐远去，他神色黯然，胸中禁不住游荡着一丝苦味。踏上社会的第一步，就使他经受了一场颇不留情的考验。
组织兴浙会的风波
章太炎回到了离别不久的杭州。
西湖依旧，可是，章太炎的眼界却大大开阔了。他没有再回诂经精舍去。在横河桥北，他租赁了“板屋数椽”，居住下来，“读书其中”。
起初，因为《时务报》报馆那场冲突的余怒犹在，他闭门谢客，埋头撰写《〈新学伪经考〉驳议》。在脱稿之前，他还专函温州，向著名学者孙诒让请教，希望获得孙的同情与支持。以精研《墨子》与《周礼》著称的孙诒让，却不赞成他这样做，曾复信婉言劝止。信中说《新学伪经考》等“是当哗世三数年。荀卿有言：‘狂生者，不胥时而落。’安用辩难其以自熏劳也？”《孙诒让虽也不赞同康有为的“真孔学”，但是，他认为，对康有为上书要求变法，还应积极加以支持。而公开批驳《新学伪经考》，将于康有为的威望、影响有所不利，所以，他要求章太炎中断该文的写作。1898年，孙诒让在致汪康年书中，曾专述此事：“康氏学术之谬，数年前弟即深斥之。去年致章枚叔孝廉书，亦曾及之。然其七、八上书，则深佩其洞中中土之症结。于卓如，则甚佩其《变法通议》之剀切详明，不敢以其主张康学之执拗而薄之。此薄海之公论，非不佞之臆论也。”孙诒让：《致汪康年》，手稿，上海图书馆藏。章太炎接受孙诒让的劝告，中止了该文的撰述，显然也正是想到了不应当以学术上的纷争削弱共同致力的政治运动。
1897年6月，章太炎在杭州与很早就已要求维新变法的宋恕、陈虬等人联名发起成立兴浙会。
章太炎为这个团体写了一篇具有成立宣言性质的“序”。他在这篇《兴浙会序》中强调指出，兴浙会与吴、楚、岭南诸学会相比较，“名实或少异焉”。名实“少异”之处，一在于它没有一般学会所有的“学”字，二在于它径直以“兴浙”为名，而且这个“兴浙”又与振兴整个中国以至整个亚洲联系在一起。《兴浙会序》说：“别于地球而为亚细亚，别于亚细亚而为震旦，别于震旦而为浙江。……不能兴震旦而言兴亚细亚，不能兴一部而言兴震旦，则夸严之谈已。吾胎萌于浙，虑从其近，是以树兴浙会。”从“兴浙会”这一名称和这一段诠释中，人们不难看到孙中山“兴中会”的影子在时隐时现。
为了激励人们奋起为浙江的振兴或复兴而献身，《兴浙会序》表彰了浙江历史上五位著名的英雄人物，用作人们的楷模。这五位历史人物，一是在推翻元朝的统治斗争中“论功最高”的刘基，二是英勇抗击蒙古贵族也先入侵而使“北虏震栗”的于谦，三是“探赜索隐，定天下之吉凶，成天下之亹亹”的王守仁，四是反对君主专制和倡导“大同”的黄宗羲，五是坚贞不屈、抗清而死的张煌言。《兴浙会序》要求人们“埻槷五公之言行，而洞通乎时事”，使浙江“湔文弱之名，而号之用武之国”。章太炎表彰这样五位历史人物，并特别颂扬他们“秉狼弧之威，致届胡酋，使肉食之兽，窜身橧窟，华夏故鼎，反于磨室”和坚持抗清的业绩，当然不是无缘无故的。人们不难从中嗅到一丝反清气味。
章太炎的意图，显然是想将兴浙会组织成为一个政治性的团体。当时，他曾向许多人表白过自己对清王朝的强烈不满，并不隐瞒自己的反清情绪。杭州求是书院教员沈瓞民与他初次见面，他就毫无顾忌地给沈瓞民进行了一通反清宣传。沈瓞民回忆说：是时，两人“相与谈索虏入主中国。太炎愤愤，溢于言表。……太炎言浙省文字之狱，如南浔庄氏，塘栖劳氏，汪、查之狱，齐召华之狱，如数家珍。次询余家之狱，余曰：‘与汪、查为姻娅而株连者，其事则不详。惟是案罪及全浙士子，雍正五年上谕浙人停止会试。’太炎谓：‘此浙人一时之不幸，日后当以此为荣也。’……纵谈自日午至夜半，兴犹未尽。归次，则鸡既鸣矣。”《兴浙会序》中着重叙述刘基、于谦、黄宗羲、张煌言如何以奋勇抗击异族统治而彪炳史册，这与他同沈瓞民谈话的意思是一致的。这时，他同已经走上以武装推翻清朝统治的革命道路的孙中山，当然仍有很大的距离，但是，他对清政府的不信任，已非常明显。所以，他方才那么努力地要使兴浙会带上一层反清的政治色彩。
兴浙会成立时，还订立章程十四条，对“学问之道”、会员、会董、会务做了具体规定。章程首先强调指出：“学问之道，有教无类。刘、于、王、黄、张五公，文学勋业，风节行谊，于浙中为特著，而时代亦最近，故举之为职志，非谓学者当墨守诸公之藩篱，不必博览群书也。”在群书之中，章程以为必须特别重视典章制度和中国历史的研究，“大抵经以《周礼》、两《戴记》为最要，由训诂通大义，足以致用；史以三史、《隋书》、《新唐书》为最要，所谓五世之庙，可以观怪”。章程还盛赞管、墨之学，并要求以荀学持衡诸子，说：“子以管、墨为最要。至荀子则入圣域，固仲尼后一人。持衡诸子，舍兰陵其谁哉？”关于“经世之学”，章程强调说：“经世之学，曰法后王。虽当代掌故，稍远者亦刍狗也。格致诸艺，专门名家；声、光、电、化，为用无限……大抵精敏者宜学格致，驱迈者宜学政法。官制、兵学、公法、商务，三年有成，无待焠掌。且急则治标，斯为当务。”学习西方科学技术和政治经济制度，被看做最急迫的任务。这份章程的末尾注明：“丁酉五月同人拟定。”显然，这是体现了“同人”们共同思想的，但是，以上内容，与章太炎这一时期学术思想的基本趋向完全吻合，以至可以将这份章程看做章太炎当时论学的一份总纲。
1897年8月初，章太炎与兴浙会的重要骨干宋恕、陈虬等人创办了《经世报》，任总撰述。《经世报》报馆本馆设于杭州，分馆设于上海；杂志为旬刊，设有皇言、庶政、学政、工政、商政、兵政、交涉、中外近事、格致等专栏，重在介绍国外有关的新知识、新学说，为维新变法进行鼓吹。创办者显然想把它变成兴浙会的喉舌。
在《经世报》创刊号上，章太炎发表了《变法箴言》，这是他专论维新变法运动应当如何健康发展的一篇重要论文。
这篇文章着重批评了当时维新派人士中两种引人注目的现象，一是喜读佛经，好谈禅理，“耻功利为不足邵，而鹜心于教之流别，必假贷于浮屠以为宠灵”；二是看问题过于简单化，“见西法之效，以为驰骋上下，无曲折可以径行也”。章太炎认为，这些倾向，会妨碍维新变法运动的健康发展。他指出：“方今疆圉日棘，黔首罹瘼。愚贱者无计虑，而鸩毒之晏安；仕宦之子则择利便、据形势，置齐州不恤。”在这种情况下，如果崇尚空谈，说佛谈禅，那就必然会使“士气愈委靡，民志愈涣散，求再亡、三亡而不可得”。反之，如果想不经过切切实实的工作，一蹴而就，马上就建立议院，实行西方式的民主制度，那也会使维新变法事业遭到失败。他认为，人类社会的发展变化，都是由于其客观需要，而变革的条件又日渐成熟的自然结果。单凭人们的主观愿望，借助一纸法令，是改变不了客观的历史进程的。“事势之决塞，必有先后，皆出于几。自有地球三十九期以来，石刀、铜刀、铁刀之变，非由政令发征，而民靡然从之，其几迫也。”生产工具的变革如此，政治制度的变革也不例外。国外经验表明，“学堂未建，不可以设议院；议院未设，不可以立民主”。他分析中国实际状况说，中国通商以来，虽然已经五十多年，但许多地方还异常闭塞，任何一点变革都要受到顽固守旧势力的极大阻碍。如果无视这一现实，立即开议会，那就势必要造成严重的无政府状态，以致“域内抢攘，流血漂卤”，重蹈朝鲜东学党的覆辙。
为此，章太炎强调，为确保维新变法的成功，必须坚决克服以上这两种倾向。他要求维新志士们怀着“趣死不顾”的决心，认真注意民众觉悟的程度和新旧力量对比的实际状况，准备经由较为曲折的道路，“憔悴竭思，斟酌西法，则而行之”。
在这篇文章中，章太炎还专门讨论了用什么方法进行宣传教育，以促进民众更快地觉悟的问题。他提出：“民不知变，而欲其速化，必合中西之言以喻之。”对于不同的宣传对象，则又可采取不同的形式。比如，对于那些以眼见为真的人，“陈古而阂，不如道今”；而对于那些热衷于复兴故物者，“与道今而不信，则又与之委蛇以道古”。章太炎本人，后来便是按照这一主张去实践的。活生生的近代历史演变内容，在他那里，常常要穿戴着古色古香的装束出场，一个重要的原因即在这里。
《变法箴言》，可以看做《兴浙会序》和《兴浙会章程》的重要补充。“大波将激，大火将”，形势是非常的急迫；这时，他以为更得首先注意维新派自身的思想建设，使维新派自身更坚实、更健康，否则，“己之不变，其奚能变人？”在社会大变革、政治大变革中，特别要注意这一变革的领导队伍自身的建设，它构成了章太炎思想发展中的一个重要特色，这时已初见端倪。就这篇文章的政治见解而言，它并不高明，没有超出当时维新派的流行见解；但是，他强调了从中国实际状况出发，这就使他有可能在实践的教育下，逐步修正自己的错误，而获得对于现实较为符合实际状况的认识，在思想上、政治上一步步前进。