《兴浙会序》和《变法箴言》表明了章太炎政治上正在进一步展开。急进，还是缓进？对清王朝，是采取扶持态度，还是采取反对态度？在这些问题上，他的思想中存在着许多矛盾，而又一时无法解决。他要求变革的愿望和决心，是无可置疑的；怎样变革，他仍在探索与思考中。然而，就是他这样一些言论，当时也已引起了一些号称赞成维新的人的骇怪。特别是《兴浙会序》和《兴浙会章程》中的反清色彩，使得不少人非常不安，神经紧张起来，一些已经列名或准备列名兴浙会的人，纷纷提出异议。
正是在这样一种情况下，兴浙会内部出现了一个颇有声势的反对派，他们与会外一些人联合起来，强烈要求取消《兴浙会序》，改订《兴浙会章程》。连《经世报》也站到了他们一边。《经世报》专门刊登了一则《本馆告白》，说：“本馆第二、三期报所登《兴浙会序》及《章程》，叠接友人来书，谓措词殊欠妥洽。遵即转致会中同人，属令改订。”这则告白，将内部分歧公之于众，并公开表示不同意章太炎的政治立场，表明《经世报》报馆同人已经忙不迭地赶紧要同章太炎划清界限了。章太炎拒绝进行修订。结果，便由兴浙会另一成员许家惺执笔写了《续拟兴浙会章程》，删去了《兴浙会序》和原章程中具有反清色彩的全部内容，将兴浙会改变为一个单纯的学会。紧接着，又正式将兴浙会改名为“兴浙学会”。
《时务报》报馆内的冲突，以不同的形式，围绕着不同的问题，在兴浙会和《经世报》报馆内又重演了。章太炎没有贪恋《经世报》总撰述的职位，这位个性倔犟的年轻人，以宁折不弯的气概，愤然离开了《经世报》报馆与兴浙会。
与《经世报》创刊差不多同时，1897年8月下旬，章太炎还与王仁俊一起创办了《实学报》。王仁俊，字幹臣，号捍郑，1894年进士，他是《实学报》的主要发起人。报馆设于上海，也是旬刊，章太炎被邀担任主笔。在为《实学报》发刊所写的序中，章太炎严厉批评了那些不忍攻苦、又不甘自认浅陋的“高材之士”，他们往往道听途说，摭拾一二皮毛，牵强附会，到处炫耀，“闻格致矣，以希腊、巴比伦之古教炫之；闻古教矣，以佛说炫之”。章太炎指出：“综其所论，以施之西学，则正负乱；以施之中学，则名实乱。”要学有成效，就必须根本清除这种错误的态度。但是，在他赴沪之前，具体的审稿编撰任务由王仁俊等负责，这里所说的，只是他的希望。
在《实学报》上，章太炎接连发表了《后圣》、《儒道》、《儒兵》、《儒法》、《儒墨》、《儒侠》、《异术》等一系列分别比较儒学与诸子学短长的文章。康有为也研究诸子学，目的是用以证明“圣道至中，人所归往；偏蔽之道，入焉而败”，儒学最为高明，理应独尊。章太炎的这些文章则证明，诸子学与儒学互有短长，诸子学与儒学并存，正可纠正儒学的偏颇，补充儒学的不足。他特别反对罢黜百家而独尊一说，指出：“物之不齐，物之情也。……百家胪说而一行，则他议者娺媢，娺媢甚，则必反之兵矣。……夫魁士骏雄将以其议以卫民者，徒长乱以为民害。”
《实学报》刊行数期后，章太炎就发现他同王仁俊在政治上、思想上存在一系列原则性的分歧。王仁俊的思想，基本上停留在“中体西用”和“西学中源”一套框架之中。1896年刊行的《格致古微》是他的一部代表作，其中就说：“臣窃惟力图自强，不外格致。虽采西学，实本中土。”一则将西学归结为格致之学，二则将西学归源于中国，说明他的思想水准是如何之低。《实学报》创刊后，他在《实学平议》的总题目下，发表了一系列实际上反对维新变法的言论。章太炎很不满意，从10月起，就不再给这份杂志供稿。
离开《经世报》报馆与《实学报》报馆以后，章太炎与常州人恽积勋、恽毓麟、董康和无锡人杨模等一同组织了译书公会，并于11月创办了《译书公会报》。
自从离开《时务报》报馆以来，面对着“大波将激，大火将”的危急形势，章太炎一直萦回于怀的一个中心课题，就是维新志士必须切实地改变自身的学风，在治学内容、治学方法等方面，来一次重大的变革。没有这样一个大变革，维新志士就不可能真正承担起教育民众、推动变法、拯救国家的时代重任。从建立兴浙会，创办《经世报》、《实学报》，直到这次组织译书公会，创办《译书公会报》，他都始终不忘解决他所认定的这个中心课题。
组织译书公会，创办《译书公会报》，与先前的活动相比较，一个十分鲜明的特色，就是把学习西方提到了更高的地位，对如何了解西方、学习西方，提出了更为严格的要求。章太炎在《译书公会叙》中严厉抨击“五十年以往，士大夫不治国闻，而沾沾于声病分隶；戎士视简阅仅若木熙，无一卷之书以教战者；怀安饰誉，其祸遂立见于今日。”他说，鸦片战争以来，执政者继续闭目塞听，抱残守缺，治学与实际严重脱节，致使“一旦变易，官无其法，法无其人，人无其书”，这样，即使实行变法，亦将“首施两端，前却失据”，使变法最终归于失败。中国已经译述了几百种西学书籍，是否已足够供学习西方之用了呢？章太炎断然做出了否定的回答，指出，就各国状况而言，“有轶事，无完史；有葱岭以西，无大漠以北；故列国之要最，肘腋之隐患，一切不省”；就各种学说而言，“新理日出，岁无留故，一息炭养(氧)更，其事立变……而吾犹守旧译，以成世之暗曶，其焉能与之终古？”为此，他说，维新志士迫在眉睫的任务，就是“五洲书藏之秘，以左政法，以开民智”。
从《译书公会章程》可以得知，这是一个以采译欧美、日本“切用书籍”为主要任务的团体，“凡有关政治，学校，律例，天文，舆地，光、化、电、汽诸学，矿务，商务，农学，军制者”，只要属于“近时切要之书”，都在公会购求与翻译计划之内。为顺利进行这项工作，译书公会集股二十份作为基金，每份为银五百两，还努力同伦敦、巴黎、东京等许多大书店发生业务关系。《译书公会报》主要的任务，就是译介国外有关著述。这是一份周刊，设有文编和日本、英国、法国、德国等报纸选译诸专栏，并连载若干译成中文的外国专著。章太炎作为译书公会和《译书公会报》的专任主笔，在确定宗旨、选题，撰文鼓吹和润色译文方面，都起了积极的作用。
毛泽东同志在谈到近代先进的中国人经过千辛万苦向西方国家寻找真理的情况时，说：“那时，求进步的中国人，只要是西方的新道理，什么书也看。……这些是西方资产阶级民主主义的文化，即所谓新学，包括那时的社会学说和自然科学，和中国封建主义的文化即所谓旧学是对立的。学了这些新学的人们，在很长的时期内产生了一种信心，认为这些很可以救中国，除了旧学派，新学派自己表示怀疑的很少。”这一时期章太炎的身上，就清楚表现了这样一种向西方学习的热忱和信心。与同时代的其他维新志士相比，在对待西学方面，他要求学习得更系统、更全面、更透彻，而反对华而不实与零碎、片面、皮毛的了解；而在对待中国旧学方面，他则态度严谨，反对用主观设想或偏见、臆造取代对于各种旧学实事求是的分析。正是这样一种治学态度，使章太炎能够比较清醒地对待各种先行学说，比较冷静地对待中国社会和中国政治的实际，在学习、思考和探索中，一步一步地向前迈进。
“驱车且四顾，猛虎纷当路”
1897年11月15日，德国借口两个传教士在我国山东曹州被杀，派遣军舰进入胶州湾，强占胶州城。沙皇俄国打着“中俄联盟”的幌子，乘机派遣军舰于12月14日闯进旅顺港，企图借此把旅顺、大连变成它的海军基地，从南北两个方向加强对我国东北的侵略。在他们的带动和刺激下，一场以划分在华势力范围、进而肢解中国为主要目标的瓜分狂潮凶猛地席卷而来。
怎样才能有效地挫败德、俄两国的侵略阴谋呢？章太炎想到了自己在《论亚洲宜自为唇齿》中论述过的联合日本以对抗沙俄的方案。怎样才能将这一方案付诸实施呢？他决定上书当时担任总理各国事务衙门大臣的李鸿章。
章太炎对李鸿章的了解，不少是从自己的密友孙宝瑄那里得到的。孙宝瑄，字仲玙，浙江钱塘人，侍郎孙诒经次子，李瀚章的女婿，也就是李鸿章的侄女婿。甲午战争期间，他因上书主和，受到京中舆论的谴责，出都南下，寓居上海，与丁惠康、陈衍、谭嗣同齐名，合称“四公子”。在沪期间，他与章太炎、宋恕等人朝夕往还，过从甚密，与严复、谭嗣同、夏曾佑、汪康年等人也酬酢频繁，往来密切。胶州湾事件前不久，孙宝瑄入京赴试，曾去看望过李鸿章，谈到沪上人们维新变法的强烈要求与各类主张时，李鸿章无可奈何地叹息说：“汝海上来，作何名论，至此都无用。吾大臣，天子之牛马也；汝辈，犹虮虱。”这番谈话，使章太炎对李鸿章产生幻想，以为他内心深处赞同维新变法的主张，只是力不从心、无从措手而已。1898年年初，章太炎返回余杭过春节，在家中思量再三，最后，便给李鸿章写了一封长信。
信中写道：“乃者胶事良已，德皇子踵至，俄、英、法诸国又以其间觊觎息壤，瓜分之形，皦如泰山。”在如此严重的形势面前，章太炎以为，中国应当在外交上主动采取行动，打破既成的格局，如果只是消极应付，那就会束手待毙。他建议，与其等待列强前来强占威海卫，不如主动将威海卫租借给日本，利用日本牵制德国与俄国。他还建议，广泛聘用日本学者和各类工程技术人员来中国，担任教员和筑路、开矿、制械等业的顾问，以阻止俄、英、德、法诸国势力的扩张。他说，日本朝野“欲连盟中国，以措亚洲于舄础之安”，为实行上项建议提供了良好的外在条件。
章太炎根本没有考虑如何动员广大民众奋起武装抗击侵略者。他寄很大希望于日本，然而，日本****对中国同样怀有极大的侵略野心，他的建议，实际上是前门拒虎，后门进狼。他盼望李鸿章挺身而出，“转旋逆流”，并详细介绍了自己的学历、志向，期待得到李鸿章的器重，结果，都落空了。书上以后，如石沉大海，音信杳无。
就在上书之后不久，英国与清政府交换了关于长江沿岸不割让的照会，把长江流域划为英国的势力范围。接着，德国强迫清朝签订《胶澳租借条约》，沙皇俄国强迫清朝签订《旅大租地条约》，法国与清政府交换了关于越南邻省不割让等事的照会，“将相旰食，瞿然未有以应；士气复沮，议论无所薄，稍益流宕。驰说者至欲避难异域，寄籍为流民。计不终朝，民志益涣，然似无附丽者”。章太炎与宋恕、孙宝瑄以及不时路过上海的其他维新志士，焦急地注视着形势的急速恶化，讨论着应当采取的措施。正在这时，湖广总督张之洞来电邀请章太炎赴武昌主办《正学报》，并特派亲信幕僚钱恂来沪迎迓。
在清末封疆大吏中，张之洞素以同情和支持维新运动著称。他曾列名强学会，助赀创办《时务报》，特邀梁启超至鄂晤谈；在任两广、湖广总督和代理两江总督期间，他到处大力兴办各类新式学堂，改革各种旧式书院，提倡学习时务与西学，延揽一大批国内知名学者于所属各学堂和自己幕下。在兴办其他各项洋务方面，他也很有一番作为。尽管他对《时务报》、《湘学报》中一些激进的言论表示了不满，考虑到他的地位与处境，维新志士对他仍普遍抱有好感，以为可以援他为推动维新变法的助力。章太炎当时对张之洞也怀有同样的看法。
章太炎早就一再要求他的老师谭献引荐他入鄂求友问学。当他还在诂经精舍的时候，就曾致函谭献，提出这一要求。当他从《时务报》报馆返回杭州以后，又再次致函谭献，说：“浙中风气未开，学堂虽设，人以儿戏视之。老儒嚄唶，少年佻达，溺于雕中，不可振起。前邪后许，实其人。鄂中地大物博，求友稍易，有可寄寓，俯求引导为幸。”但是，直到1898年春，机会方才到来。这年1月底，张之洞会见刚被聘为官报局总编纂的著名文人陈衍时，询问陈衍所识海内有学问之人，陈衍于陈三立、孙诒让、皮锡瑞等人之外，特别介绍了章太炎。张之洞起初很不以为然，说：“梁启超宗旨颇谬，然尚文从字顺，章某则并文字亦怪异矣。足下何数及此人？”陈衍答称：“章某能读书，实过于梁。老帅似未见其《左传》著作！”正在张之洞幕下的夏曾佑、钱恂等人，这时也在张之洞面前盛赞章太炎的学问文章。不久，陈衍与武昌两湖书院梁鼎芬等人筹办《正学报》，张之洞接受了他们的建议，决定聘请章太炎前来担任主笔。
3月28日，章太炎乘轮离沪西上。大江之上，烟波浩荡，章太炎心中也如滔滔江水，很不平静。他以《九江舟中寄怀》五律一首寄赠孙宝瑄：
灵均哀郢土，而我独西驰。
江树隔云远，沙禽飞雨迟。
帝阍终不见，毛羽复谁施？
回首一惆怅，孙登长啸时。
孙登，吴大帝孙权长子，以好客礼士闻名，这里借指孙宝瑄。多年来，空有壮志，报国无门，好不郁闷与惆怅。然而，这一次“西驰”，很可能得到一个施展抱负的机会，经历一番风波与跋涉，也许还是值得的吧！
到武昌后，章太炎作为上宾，给安置在湖北铁路局。他满怀希望，跃跃欲试。可是，转瞬间，他便完全失望了。
章太炎抵鄂时，陈衍已经北上，将与章共事的是张之洞最为亲信的梁鼎芬，曾主持过《实学报》、现为张之洞幕僚的王仁俊，以及梁鼎芬的得意门生朱克柔。他们都知道章太炎不赞成康有为的《新学伪经考》，特别激烈地反对过康有为建立孔教的主张，便打算将他推到头里，把《正学报》办成一个以反对康有为为主要目的的刊物。章太炎很快就发现了他们的真实意图。他与康有为在学术见解上有很大分歧，但是，他认为对于康有为所倡导的维新变法事业必须坚决加以支持，即以学术见解而言，他同康有为的分歧也绝不同于梁鼎芬一伙同康有为的分歧。因此，他同梁鼎芬一伙立即发生了激烈的冲突。稍后，他回溯说：
曩客鄂中，时番禺梁鼎芬、吴王仁俊、秀水朱克柔皆在幕府，人谓其与余同术，亦未甚分泾渭也。既数子者，或谈许、郑，或述关、洛，正经兴庶，举以自任，聆其言论，洋洋满耳，及叩其指归，脔卷逡巡，卒成乡愿，则始欲割席矣。嗣数予以康氏异同就余评骘，并其大义亦加诋毁，余则抗唇力争，声震廊庑，举室愕眙，谓余变故，而余故未尝变也。
冲突首先就在《正学报》应当倡导和坚持什么样的学术观点上爆发了。