章太炎被委托起草《正学报缘起》与《正学报例言》。《正学报缘起》有相当浓厚的卫道气息，比如，其中便对主张效法西政的维新志士进行了攻讦，说什么“有巧文辩慧者出，铺观中西，能言其利弊，而歆羡于西方之乐。顾重出诸其口，乃取太古久远之事，以矫拂近世，从而建平等之议，倡无分民之法，持之有故，足以傅经义，使人人得以陵轹其上，孤弃其宗族，而曰是西政之可怀也”。这完全是一派封建卫道士的口吻，反映了梁鼎芬一伙的观点。《正学报》之得名，也正是由此而来，其意即是“求所以正心术、止流说者，使人人知古今之故，得以涵泳圣涯，化其颛蒙而成其恳恻，于是为便”。然而，《正学报缘起》也强调了与此相异的另一种观点，即痛斥那些“陆沉泥古之士”，指责这类人“方其上在朝市，或穷而伏闾巷，目未营九州，皆虚自贵，恶闻异己，言邻国有善政，则掩耳疾走，至于朝不信道，工不信度，不以芥蒂其胸臆”。由此，《正学报缘起》特别强调该报要“东求诸日本，西求诸欧美之洲，得其日月所记，译以华文，比类错综，终以己之论议”，“盖使孤陋者不囿于见闻以阻新政”。《正学报例言》则更加突出了这后一种倾向。《正学报例言》对于“栋梁方颓，尊俎犹昔，朝野上下，犹嘤鸣娱乐，颜色无改”和“百僚师师，思不出位，以规为瑱，犹憗置焉”的状况痛加鞭笞，主张要通过选译东西各报所述的事实与议论，“意重辞复”，使这些人从昏梦中觉醒。《正学报例言》也很不客气地抨击了为梁鼎芬等所极为推崇的道学，说：“若濂溪、二程，或遁虚寂，自可名家，难为师法；康节妄诞，伪造图书，罪甚枚颐（梅赜），益当摈斥。”《正学报例言》重申了章太炎在《兴浙会章程》中就已鲜明地揭示了的治学宗旨：“九流腾跃，以兰陵为宗；历史汗牛，以后王为法。”这与以孔、孟、程、朱为唯一正宗的梁鼎芬等人，便更加南其辕而北其辙了。
在这里，章太炎显然是煞费苦心地要将歧异极大甚至截然相反的两种观点，强行捏合到一起。但是，强行捏合终究是不牢靠的，一碰到具体问题，这些分歧便立刻暴露出来，尖锐起来。
一次，张之洞对章太炎说：“国学渊微，三百年发明已备，后生但当蒙业，不须更事高深。”这就是要人们满足于清代传统的经史学术成就，不得越雷池半步，无论是在思想上，还是在治学方法上，都不得另辟蹊径。章太炎一听，便对号称支持维新事业的张之洞思想深处竟如此陈腐与顽固，感到吃惊。他当即就经学的研究状况答复张之洞说：“经有古今文，自昔异路。近代诸贤，始则不别，继有专治今文者作，而古文未有专业。此亦其缺陷也。”这段话的意思是说，就号称完备的封建统治学说即经学而言，要研究的问题还很多。比如，在古文经学看来，儒家全部经书都只能当做古代历史文献看，而绝不可看做万古不变的神圣教条。而按照这一观点来对儒家各部经书逐一进行具体的研究，这一工作则几乎还没有真正进行。这是章太炎同张之洞的初次正面交锋。
这还是思想学术之争，尚未涉及政治问题。而一旦触及政治问题，即对清朝政府及康有为的态度问题，争论便不可能这样斯文了。
就在这时，张之洞鼓吹“中学为体，西学为用”的代表作《劝学篇》由两湖书院刊刻问世了。这部著作分内外两篇，内篇为《同心》、《教忠》等九篇，“明保国保教保种为第一义”。外篇包括《益智》、《游学》、《设学》等十五篇，要人们耻于不如日本、土耳其，惧蹈印度、越南、缅甸、朝鲜的覆辙，知“不变其习，不能变法；不变其法，不能变器”。这部著作为了调和中学与西学，反复强调“内篇务本，以正人心；外篇务通，以开风气”；“中学治身心，西学应世事”；中学“考古非要，致用为要”，西学“西艺非要，西政为要”。据说，这部著作出于黄绍箕、辜鸿铭二人之手，但是，它确实集中反映了张之洞在西学与中学之争、新学与旧学之争中的骑墙态度。他已看到，中国不学西方不行，而且不学西政、仅学西艺也不行，但是，他最终还是不愿触动中国封建主义的根本秩序，不愿损害大清王朝的全部既得利益。曾获英国大学罗马希腊经科博士，并在德国国家工科大学修业，专门为张之洞处理洋务的辜鸿铭，在谈到《劝学篇》的撰著时说过张之洞“效西法，非慕欧化也”，“图富强，志不在富强也”，“盖富强以保中国，保中国即所以保名教”。这段话，颇能暴露张之洞思想的奥秘。
为《劝学篇》一书，章太炎同张之洞、梁鼎芬等人的冲突立即上升了一大级。
《太炎先生自定年谱》记述他与张之洞冲突的情况说：“之洞方草《劝学篇》，出以示余。见其上篇所说，多效忠清室语，因答曰：‘下篇为翔实矣。’”《〈艾如张〉、〈董逃歌〉序》记述此事云：“张之洞始为《劝学篇》，以激忠爱，摧横议，就余咨度。退则语人：‘宙合皆含血，生于其洲而人偶其洲，生于其国而人偶其国，人之性然也。惟吾赤县，权舆风姜以来，近者五千祀，沐浴膏泽，沦浃精味久矣，禀性非异人。古之谟训：上思利民，忠也；朋友善道，忠也；憔悴事君，忠也。今二者不举，徒以效忠征求氓庶。且乌桓遗裔，蹂躏吾族几三百年，茹毛饮血，视民如雉兔。今九世之仇纵不能复，乃欲责其忠爱？忠爱则易耳，其俟诸革命以后。’闻者皆怒，辫发上指栋。”
就什么才是真正的“保国保种”展开的这场争论，清楚地表现了章太炎与张之洞等在政治上的原则性的分歧。什么是“忠”？章太炎引用《左传》中具有原始民主主义色彩的“上思利民，忠也”的旧命题，来反驳封建纲常的说教。是否应当矢忠于大清王朝？章太炎揭露了清王朝带给广大民众的绝不是什么深仁厚泽，而是牛马雉兔一样悲惨的境遇。听了章太炎的话气得“辫发上指栋”的第一人，就是朱克柔，他反诘章太炎说：“尔先世得有仕者，何得出此言？”章太炎非但没有被难倒，反而理直气壮地答道：“此为强暴所污耳，子孙当干蛊。”朱克柔又羞又怒，把这番对话一五一十报告了梁鼎芬，梁鼎芬勃然大怒，气势汹汹地要将章太炎“悬而榜之”。
梁鼎芬，字星海，号节庵，广东番禺人，做过翰林院编修，中法战争时因疏劾李鸿章而知名于世。当张之洞督两广、湖广和署督两江期间，他一直为张之洞所器重，以致人称：“鼎芬即小之洞，之洞即大鼎芬。”维新运动高涨时，他也曾附和过，并参与起草过上海强学会章程，但是他一天也没有忘记过维护封建礼教。他以康有为的政治目标试探章太炎说：“闻康祖诒欲作皇帝，有所闻乎？”章太炎回答道：“只闻康欲作教主，未闻欲作皇帝。实则人有帝王思想，本不足异，惟欲作教主，则未免想入非非。”梁鼎芬被这种大逆不道的言论吓得魂不附体，连忙反驳说：“吾辈食毛践土二百余年，何可出此狂语？”一回去，他就禀报张之洞，“谓章某心术不正，时有欺君犯上之辞，不宜重用”。并要求张之洞即日逐走章太炎。
章太炎在武昌前后不过一个月，就不得不狼狈离去。行前，张之洞“赠以五百元，购其《左传》撰稿。节庵复扣留其款”。《正学报》只留下他写的一篇《正学报缘起》与《正学报例言》便流产了。在沿大江而下的行船上，章太炎悲愤填膺地写下《艾如张》一诗，叙述了对张之洞从期待到决绝的经过，并暗示了他对前进道路所做的新的思考。诗中写道：
皇穹鉴黎庶，均平无九服，
顾我齐州产，宁能忘禹域？
击磬一微秩，志屈逃海滨，
商容冯马徒，逝将除受辛。
怀哉殷周世，大泽宁无人？
三千年前，殷代小官少师因为痛恨殷纣王受辛的残暴统治，率领他的门徒抱磬杖策相牵入海，隐居于海岛；而名贤商容则手执羽龠投奔马徒，动员他起兵伐纣。在大江之上，章太炎想到了他们的作为。他热爱自己的祖国，绝不愿弃置自己的祖国于苦难之中而不顾；他曾经对李鸿章怀抱过期望，也对张之洞抱有过幻想，现在都破灭了。思念殷周交替的革命，眼光该转向大泽即社会下层了！
5月14日，章太炎回到上海。连来带去，共四十八天，时间不长，却给他上了难忘的一课。在刚回上海的那些日子里，他与宋恕、孙宝瑄、陈黻宸等人连日纵谈。孙宝瑄在日记中记述了这几天章太炎的活动：
5月15日，“枚叔来，余尚卧，闻之始披衣下楼，盖伊于昨日由鄂归也。纵谈至晡，枚叔方去”。
5月16日，“过午访枚叔谈，燕生（即宋恕）俄至，纵谈古今”。
5月18日，“枚叔来，作竟日谈。折简招燕生，俄亦至，纵论酣畅”。
5月19日，“招枚叔及燕生、介石(即陈黻宸)谈宴于西酒楼”。
5月21日，“访介石，同至格致书院听浩吾(即叶瀚)宣论，枚叔、燕生皆在。俄顷偕登五层楼茗话”。
武昌之行正是他们纵谈的一个重要话题，宋恕当时步《艾如张》原韵写《束发篇答章太炎》一诗，描绘了章太炎当时愤激的情景：
登高望中原，尘沙暗齐州，
儒侠流风尽，巨盗交献酬。
悲来独哽咽，微管念桓侯，
驱车且四顾，猛虎纷当路。
妇哭一何苦？虎啸一何怒？
卞庄彼何人？慨然欲追步！
“驱车且四顾，猛虎纷当路”，正形象地概括了半年来章太炎的遭际，而“卞庄彼何人？慨然欲追步”，则抒写了章太炎欲效法卞庄刺杀猛虎的决心。对于章太炎痛斥张之洞和大清王朝的言论，宋恕听了也觉骇怕，再三叮嘱他要警惕为清廷耳目所探悉：
托命礼观音，移情存净域，
踽踽素臣身，栖栖大泽滨。
殷勤再三赠，强饭抑酸辛，
缄口密复密，警骚人。
然而，章太炎愤激的情感和思想的转变，绝不是血气方刚的一时冲动。要他缄口结舌，事实上已不可能了。
“革政”的悲惨结局
就在章太炎由武昌返沪之后不久，1898年6月11日，光绪皇帝发布“明定国是”诏书，宣布要变革“大经大法”。维新志士梦寐以求的“革政”，终于开始变成了大清王朝政治生活的现实。康有为6月16日受到光绪皇帝的召见，奉命在总理衙门章京上行走，并获准可以“专折奏事”。一个品级低微的工部主事，竟获得如此特殊的恩遇，难怪康有为踌躇满志，自信“三年而宏规成，五年而条理备，八年而成效举，十年而霸图定”，成功指日可待。而许多只重表面现象、不能透视内中实质的人，则更加乐观，“曲跳陵厉，北向望风采，以为雪国耻、起民瘼有日”。