新政的诏书，一道紧接着一道从紫禁城内飞出。“革政”最终能够成功吗？经过一次次碰壁，头脑变得稍许冷静了一点的章太炎深感并无把握。他留在上海，一边开始撰写自己第一部政治学术专著《訄书》，并完成了其中大部分篇章；一边密切注视着中国上空的政治风云，关心着新政的发展。
孙宝瑄在他的日记中，对于章太炎这段时间的活动以及他同宋恕等人讨论“新政”的情况时有述录，从以下几条即可约略窥见其概貌：
7月10日，“枚叔至自杭，过谈。昳，燕生来，三人畅论至夕，偕步公园花园纳凉，夜分乃散”。
7月14日，“过午枚叔来谈，夜偕至浦滩观灯”。
7月16日，“晡，诣枚叔谈。偕至张园，夜观烟火奇妙”。
7月22日，“晌午枚叔走谈，论谭甫生《仁说》(即谭嗣同《仁学》)”。
7月25日，“昳，枚叔过谈”。
7月31日，“枚叔过谈，燕生亦至，论事又不合”。
8月3日，“过午枚叔来谈。愚谓尧舜传贤，其为公天下之心大矣，然不能大辟民智，大伸民权，立公举之法，使天下万国世世遵行，如华盛顿之于美利坚者，岂识犹不足耶？抑或私心未尽化，虽无利子孙之志，而犹有保君权之意耶？”
8月5日，“观《周礼》，司寇一职所说询国迁、询国危、询立君，皆询及士庶人……则古人似有议院之法。章枚叔云”。
8月6日，“晡，偕枚叔至张园，晚归”。
8月11日，“枚叔过谈终日，夜同车游愚园”。
8月19日，“夜，枚叔过谈，余谓中国今日如不富强，但开议院，修内政，或可自保种类。枚叔谓然”。
8月21日，“至《时务报》馆，晤穰卿、枚叔”。
如此频繁的聚会，如此之多的竟日长谈，当然不尽是有关实行新政的问题，但是，从日记可以得知，这确实是他们最为关注的话题。
7月26日，光绪皇帝命将《时务报》改为官办。梁启超早已赴京，汪康年这时便借口《时务报》已奉旨官办，民间不复能用此为刊名，将《时务报》改名为《昌言报》，将原《时务报》报馆资产转成《昌言报》报馆资产，并聘任章太炎为主笔。8月17日，《昌言报》正式创刊。孙宝瑄8月21日至《时务报》报馆与汪康年、章太炎会晤，实际上是至《昌言报》报馆。
但是，《昌言报》发刊以后，从第一册至第六册，章太炎都未发表论学或论政的文章。他仅与曾广铨合作，由曾广铨口译，由他笔述，翻译了近代社会学主要奠基者斯宾塞的文集，以《斯宾塞尔文集》为题在《昌言报》上连载。原因当是这时汪康年正与梁启超为争夺《时务报》报馆进行着笔战，章太炎不愿卷入其中；同时，他固然在许多问题上同康、梁有分歧，特别是在对清朝政府的态度上有分歧，比如他在《董逃歌》一诗中严厉斥责了“自昔宋南徙，垢氛流未央。九域尊委裘，安问秦与羌”的现象，接近于兴中会“驱除鞑虏，恢复中华”的立场，而康、梁则坚决反对这一口号。但是，这时，康、梁正在同清朝政府中的顽固势力进行着艰难的斗争，因之，他只在少数知友中间传阅了《董逃歌》，而不愿把他与康、梁的分歧公开暴露出来。他撰写的许多篇《訄书》的文稿，都是批评康、梁的，但这期间，一篇也没有公开发表，原因也正在这里。
戊戌新政的结局，转瞬之间就看到了。9月21日，在慈禧太后叶赫那拉氏的一手策划下，顽固派发动政变。结果，康有为、梁启超仓皇逃往国外，光绪皇帝被幽禁于瀛台。变法失败了，谭嗣同、杨深秀等“六君子”为此献出了自己的生命。
孙宝瑄在他的日记中对章太炎这些天的活动，也有具体的记述：
9月22日，“是晚见中外报馆传单，知太后复垂帘”。
9月23日，“过午枚叔来，登楼视余，余邪感犹未尽也。枚叔告余以骇人之语，谓得京电云云，不敢信”。
9月24日，“寂坐楼中，览报，有严捕康长素之说”。
9月25日，“是日又闻奉旨缉捕十六人，有谭嗣同、张元济、杨深秀、杨锐、林旭、刘光第等，目为逆党，下狱。康长素至吴淞口为英兵轮所救，否亦被获，盖亦密旨令上海道严缉也。朝局大变”。
9月28日，“诣《昌言报》馆晤枚叔”。
9月29日，“闻奉旨康广仁、谭嗣同等六人皆于是日正法”。
10月4日，“日中枚叔过谈，偕诣燕生，病不能见。俄至《昌言报》报馆，闻上复有不讳之信。……张柬之于武三思，赵汝愚之于韩侂胄，皆轻视小人，谓其易制，卒受其祸”。
10月12日，“览报纸，知太后谕自今取士复用《四书》文，并诏各处封禁报馆，捕拿主笔者，可叹”。
10月13日，“薄暮诣枚叔谈”。
打击来得如此突然，而又如此残酷，章太炎心中不能不格外沉重。然而，反动统治者的腐朽与凶暴，却又并不全出乎他的意料。他没有被吓倒。在悲痛之中，他举起了自己的笔，把它们当做投枪掷向以慈禧太后为首的整个反动势力。
9月28日，“六君子”遇难。章太炎满腔悲愤。他打算“设奠黄浦”，因而奋笔撰写了《祭维新六贤文》，自称“支那布衣”，文曰：
犷犷丁零，睨我神皋。嗟咨宫府，如犊在牢。
亦有东邻，大謦而嗥。寤我朝酲，振我桡。吴蜀之援，白日比昭。
彼昏日醉，若黍子，暱其狸，远其唇齿。
神州之命，制于朔方。倨牙朝磨，夕饫于肠。矧矣伏蛊，偃卧在旁。鸿都之吏，《清人》之将。社鼷自固，不灌不炀。
马逸其辔，兽焚其窟。彼握玺者，政君是悦。一发之悬，宗周未灭。
王母虎尾，孰云敢履？惟我六贤，直言以抵。宁不惧咥？固忘生死！
上相秉威，狼弧枉矢。以翼文母，机深结闭。大黄拟之，泰阿抵之。长星既出，烧之薙之。
系古亡征，党人先罹。断鳌之足，实惟女娲。匪丧陈宝，丧我支那。
孰有不死？天柱峨峨。上为赤熛，下为大波。洞庭之涛，与君共殂。乌乎哀哉，尚飨！
这里，揭露沙俄侵略的危险，痛斥清朝对外投降卖国，对内荼毒人民，杀害维新志士，字字都掺和着血与泪。然而，他热烈赞颂了为维新救国而献出自己生命的“六贤”可贵的斗争精神，并深信他们的激情将化为冲天烈火，他们的热血将化为倒海大波，使他这篇祭文，成了一曲激越昂扬的战歌。
做了这篇祭文，他便焦急地等待谭嗣同等人的灵柩由京运至上海。可是，等了多日，“遍访船步及湖南会馆，皆莫知所在”，设奠相祭终于没有举行。
“百日维新”的失败，是维新志士所谋求的“革政”必然的悲惨结局。失败的原因在哪里？章太炎以“日本西狩祝予”的假名“，在《昌言报》第七册上发表了《书汉以来革政之狱》一文，对汉、唐间多次改革运动失败的原因进行了总结。这是戊戌新政被取消后，结合历史对它进行分析和总结的第一篇文章。
文章首先就东汉灵帝时陈蕃、窦武图谋诛灭“共相朋结，谄事太后”的宦官曹节、王甫等人，反而遭害一事，评论说：“陈、窦二公，兵符在握，其平日亦非轻脱者，机事不密，制于阍椓。况身非将帅，望非元老，其能免乎？”“身非将帅”、“望非元老”者，显然暗喻戊戌诸君子。
文章继述东汉何进图谋诛灭宦官集团时犹豫不决而被杀事；唐中宗时太子李重俊约集左羽林大将军李多祚等杀武三思后为中宗所杀事；唐顺宗时王伾、王叔文等“内不悦于阉，外不餍于藩镇，以寡敌众”，终于遭祸事；唐文宗时李训、郑注奉帝命诛杀宦官失败，李训以下千数百人被杀，朝廷大权全归宦官掌握事。文章明确指出：“彗所以除旧布新也。虽然，不能伤物，则反以自戕。其事非必由变法也。肘腋之间，城社之党，其据形便也已久，而愤激剽悍者出而图之，则未有不流血漂卤者。”这就明确告诉人们，由于守旧势力盘根错节，并占据着有利地位，除旧布新之际，革新者流血牺牲是无可避免的。
文章还指出，那些“奋身不顾，以除魑魅者”遭害之际，常常被加上各种莫须有的罪名，蒙受种种不白之冤。但是，历史终将使真相大白于天下，使“其事虽不获平反于当时，而未尝不平反于后世”。这是对慈禧太后一伙硬加给康、梁等维新派各种罪名公开表示蔑视和否定，宣布谭嗣同等人之死纯属冤案。
文章还特别愤慨地指出，最可悲的是，当这些革新者为除旧布新而酷死之时，竟有那么一些投机者非但不出而伸张正义，反而助纣为虐，“设淫辞而助之攻也”。这里所暗指的，主要是张之洞、梁鼎芬等人。章太炎曾十分气愤地对孙宝瑄说：“今日中国之反复小人，阴险巧诈者，莫如两湖总督张之洞为甚。民受其殃，君受其欺，士大夫受其愚已非一日，自新旧党相争，其人之罪状始渐败露。向之极口推重者，皆失所望。甚矣，人之难知也！”梁鼎芬在戊戌政变后，一变过去附和维新运动的态度，一再向清政府表白他早已洞悉康、梁“灭圣欺君”、“心同叛逆”，对维新派落井下石。章太炎后来曾有《梁园客》一诗，对他“鸱余乞食情无那，蝇矢陈庭气尚骄。报国文章隆九鼎，小臣环玦系秋毫”的丑恶嘴脸，作了辛辣的讽刺。
在闻讯捕拿各报馆主笔以后，章太炎处境变得危险起来。他因为曾积极参加维新运动，被清廷列名通缉，在上海已立足不住。经《亚东时报》报馆日本人安藤阳洲、山根虎侯介绍，章太炎决定暂往日本占领下的我国领土台湾避难。
即将启程了，回顾几年的经历，重新检讨自己所曾醉心的“革政”之路，章太炎思绪万千，奋笔写下《杂感》一诗。诗中写道：
举头望天毕，黯黯竟如何？
浊流怀阿胶，谁能澄黄河？
天际的毕星一片昏暗，祖国正处在极其危急的关头。一寸阿胶，当然澄清不了黄河中滔滔不绝的东流水，那么，要使黄河澄清、天下太平，又该依靠什么呢？
血书已群飞，尚踵前王武？
何不诵《大明》，为君陈“亥午”！
《诗经》中的《大明》篇，记述了武王灭殷、大战于牧野的事迹。不要照着前王的足印亦步亦趋地依旧走下去，应该认真诵读一下《大明》篇，想一想革命的道路了。“亥午”，借用了今文经学与纬书的语言。汉代《齐诗》有五际之说，以卯、酉、午、戌、亥为五际，说这是阴阳始终际会之岁，于此则当有变革之政。《诗纬·泛历枢》说：“卯酉之际为革政，午亥之际为革命。”这里的“亥午”，正是革命的代称。
滔滔东海水，万顷千重浪。章太炎披发临风，凭栏而立。他又在思考了。一个新的问题已经摆在他的面前：革命的道路又将如何走？