这段回忆表明，章太炎与孙中山的关系，虽然一度曾有所缓解，但是，为着经费的安排与使用问题，他很快又对孙中山产生了新的误解。事实上，《民报》社经济上固然很困难，孙中山在南方边境连续发动潮惠、钦廉、镇南关、河口之役，经济也异常拮据。当时，孙中山为发动起义，开销极大，“各费统共所用，将近二十万元”，除去用掉募集所得全部款子外，他还将自己私蓄及家属财产一万五千多元拨入公用。章太炎从来没有亲自组织过武装起义，对于发动一场武装起义需要一一去做的大量具体而细致的工作，以及必要的经济开支，并不了解。自己对实情缺乏了解，反而怀疑孙中山经济上有问题，并不断责备孙中山对《民报》不重视、不支持，使尚未弥合的裂缝又扩大开来。孙中山由此对《民报》更不愿多加过问。这场新的冲突，是1907年纠纷的继续，也成了不久之后双方矛盾又一次激化的一个重要原因。
同盟会内部发生的纷争，暴露了中国资产阶级小资产阶级革命家个人性格上的弱点，以及他们之间思想上的分歧。然而，纷争爆发与激化的整个过程也确凿无误地证明了，直接参与同盟会活动的那几名日籍同盟会会员，他们所隶属的黑龙会、玄洋社，以及站在这些团体之后的日本军部、日本政府，在这中间起了非常恶劣的作用。黑龙会、玄洋社以至日本军部、日本政府，一段时间内对中国革命党人似乎采取了支持的态度，但事实证明，他们之所以这样做，一是为了便于对革命党人进行控制，二是为了用革命党人作为对清朝政府进行敲诈勒索的砝码。他们何时赞助革命党人统一，何时又极力使革命党人分裂，何时希望中国革命运动有所发展，又何时希望中国革命挫抑，都从属于他们推进在中国的殖民扩张，特别是推进在中国东北地区的殖民扩张的罪恶需要。可悲的是，中国革命党的领导者们在很长一段时间中并不了解这一点。他们对于这些一直以朋友与同志面目出现的日本浪人缺乏必要的警惕，甚至相信他们胜过信任自己的亲密战友，终于做了使亲者痛仇者快的事。这场纷争很突出地说明了，中国同盟会是在一种何等困难的国内政治环境中，又是在一种何等曲折而复杂的国际政治与外交环境中艰难地发展的。
后期《民报》
尽管同盟会总部各主要领导人之间纷争日甚，经济上又十分困难，章太炎还是竭尽全力，将《民报》支撑下去，使它继续成为中国革命党人的一个重要喉舌。
《民报》第十八号出版于1907年12月，第二十号出版于1908年4月。在这段期间，章太炎因癫痫症频频发作，未能过问《民报》事务，也未能为《民报》撰稿。这三期《民报》改由张继、陶成章主编。第十九、二十两号《民报》上刊登了他的《大乘佛教缘起说》和几封书信、短篇、书序各一篇，诗一首，多系旧作。1908年5月，他身体复原，便立即重新披甲上阵。虽然1908年6月10日出版的《民报》第二十一号与1908年7月10日出版的《民报》第二十二号仍由陶成章主编，直到8月出版的《民报》第二十三号、10月出版的《民报》第二十四号方才由他自己重新接任主编一职，但是，这四期《民报》每一期都发表了他一批新撰写的政论与时评，四期总计有八篇重要论文，十九篇时评、说林、撰录，平均每期近七篇。这可以说是章太炎政论最为多产的一个时期。也正是他的这批论著，使这几期《民报》现出了新的异彩，代表了《民报》发展中的一个新的阶段。
在这几个月里，章太炎在《民报》上发表的文章，一个新的突出倾向，就是从原先同情无政府主义思潮转到反对无政府主义思潮，对在巴黎出版的《新世纪》所鼓吹的一系列观点进行了公开的批评。
1907年起，中国的无政府主义者作为一个相对独立的政治派别出现在政治舞台上。他们又分成各具特色的两个集团，一个以东京的《天义报》为中心，张继、刘师培是他们的首领；一个以巴黎的《新世纪》周刊为中心，集中了在法国的一批中国留学生。随着中国革命逐步向纵深发展，这些无政府主义者同资产阶级小资产阶级革命党在一系列重大问题上便逐步产生了分歧。在思想上，在实践中，这些分歧日渐扩大，冲突也就日趋表面化。
公开挑起冲突的是张静江、李石曾、吴稚晖、褚民谊所创办的《新世纪》。《新世纪》于1907年7月6日发刊的第三号首先发难，对章太炎在《民报》纪元节庆祝会上朗读的祝词大兴问罪之师，说祝词中所使用的“以皇祖轩辕之灵”、“起征胡之铙吹，流大汉之天声”等词句，“反背科学，有乖公理”，是鼓吹“三种迷信：一、崇拜帝王，二、崇拜祖宗，三、仇视异族”；是要使革命停留于所谓“旧世纪之革命”。《新世纪》1907年7月27日出版的第六号，又从左面对革命党人所持的民族主义提出了公开的批评，很不客气地指责说：“今主民族主义者，即排满也。夫排满，则私矣。”“民族主义者，复仇主义也；复仇主义者，自私主义也。”同盟会的民族革命纲领，竟被他们诋毁为“不凭公道真理”、“既失博爱之谊，即生残忍之心”。
章太炎在《排满平议》、《四惑论》、《台湾人与〈新世纪〉记者》等文中，对这些半道杀出来的攻讦进行了正面的反击。
对于“排满”这一口号，究竟该怎么看？章太炎明确指出：“凡所谓主义者，非自天降，非自地出，非摭拾学说所成，非冥心独念所成，正以现有其事，则以此主义对治之耳。”而“排满”，则正是从中国政治现实出发提出的革命口号，这正是通过革命解决政权问题的客观需要。这是因为“吾侪所执守者，非排一切政府，非排一切满人，所欲排者，为满人在汉之政府” 。章太炎还驳了《新世纪》歪曲“排满”口号的许多谬说。褚民谊攻击“排满”是将满人“不分善恶，一网打尽”，章太炎反驳说：“排满洲者，排其皇室也，排其官吏也，排其士卒也。若夫列为编氓，相从耕牧，是满人者，则岂欲倳刃其腹哉？”②褚民谊攻击“排满”将对汉人“因其汉人，不分善恶，而置之不问”，章太炎反驳说：“满人之与政府相系者，为汉族所当排；若汉族为彼政府用，身为汉奸，则排之亦与满人等。近世革命军兴，所诛将校，十九是汉人尔。……或曰：若政府已返于汉族，而有癸、辛、桓、灵之君，林甫、俊臣之吏，其遂置诸？应之曰：是亦革命而已。”褚民谊攻击“排满”是自私复仇，将导致辗转相杀，复仇无已。章太炎反驳说：“复仇者，以正义反抗之名，非辗转相杀谓之复仇！”
对于中国来说，当务之急究竟是实行无政府主义，还是实行以“排满”为口号的民族民主革命？章太炎断然指出：“无政府主义者，与中国情状不相应。……为中国应急之方，言无政府主义，不如言民族主义也。”
《新世纪》攻击“排满”“反背科学，有乖公理”，不合进化，违反自然。在20世纪初新学风靡于青年学子中的时候，这四项确实是非常严重的罪名。为了回击这种貌似科学的骇人的责难，充分说明“排满”的正义性与合理性，维护同盟会正在致力的革命事业，章太炎专门写了一篇《四惑论》，对《新世纪》“以为神圣不可干”的“公理”、“进化”、“唯物”、“自然”，逐一进行清理与辨析。
《新世纪》视若神圣不可侵犯的“公理”究竟是什么呢？章太炎说，《新世纪》之所谓“公理”，就其实质来说，“其所谓公，非以众所同认为公，而以己之学说所趣为公”，其实无非是一偏之见。而就它们的作用来说，“若其以世界为本根，以陵轹个人之自主，其束缚人，亦与言天理者相若”。这些“公理”，当然不是什么神圣至上的绝对真理，更不可用作衡定万物是非的最高标准。章太炎反复强调，在社会生活中，用以衡定是非的标准，只能是看它是否符合社会的实际需要，是否符合社会绝大多数民众的愿望与要求，而绝不能是某一种预先就已规定了的先验观念或先验模式。他写道：“人类所公认者，不可以个人故陵轹社会，不可以社会故陵轹个人。”因此，在社会生活中，就必须努力做到“使万物各从其所好”，也只有这样，社会本身及其每个成员才能获得真正的解放与自由。如果不是这样，而是将某一种特殊的学说甚或一己偏见强行宣布为“公理”，强制人人必须依循，那么，就只能导致借社会之力以“抑制个人”，结果，就势必要剥夺社会广大成员的自由，社会的真正解放也将无从谈起。
对于进化的事实，章太炎并不否认；《四惑论》所反对的，是《新世纪》的“进化教”。他写道：“余谓进化之说，就客观而言之也；若以进化为主义者，事非强制，即无以便人必行。彼既标举自由，而又预期进化……若是者，正可名‘进化教’耳。本与人性相戾，而强为训令以笼愚者曰：尔之天性然。若是而主持强权者，亦可为训令以笼人曰：服从强权者，尔之天性然。此与神教之说，相去几何？”
至于《新世纪》所说的崇尚“唯物”与遵循“自然规则”，章太炎以为，前者是“自物而外，不得有他”，其实只不过是“以物质文明求幸福者，不自量度，而妄尸惟物之名”，它“自物而外，不得有他”，势必至于使人们“不执鞭为隶于人，而执鞭为隶于物”，“其猥贱又甚于向之为隶者”；而后者，则只能将人们引向屈服于自然。他指出：“就人间社会言之，凡所谓是非者，以侵越人为规则为非，不以侵越自然规则为非；人为规则，固反抗自然规则者也。……循乎自然规则，则人道将穷，于是有人为规则以对治之，然后蒸民有立。”要人们一切依循于自然规则，那就无疑要求放弃征服自然、改造自然的全部事业，放弃整个社会生活，这实际上就是要人们皈依于宿命论，继续俯首帖耳地遵从所谓天命：“承志顺则，自比于厮养之贱者，其始本以对越上神，神教衰而归敬于宿命，宿命衰而归敬于天钧。俞穴相通，源流不二。”
《四惑论》与1907年9月发表的《五无论》一样，表现了浓厚的非理性主义的倾向。然而，两篇文章的基调却有着很大的区别。《五无论》表明，作者意识到资产阶级共和国建立以后，即使采取了均配土田、官立工场、限制相续、公散议员等项补充措施，人类社会也仍将无法摆脱形形色色的矛盾与冲突；要从这些矛盾与冲突中得到最后的解脱，那就需要消灭政府，消灭人类的群体生活，进而消灭人类，消灭人由以进化而来的生物，以及生物由以产生的整个物质世界。在那里，作者强调的重点是“欲求尽善，吾当高蹈太虚”，虽然对无政府主义也有非议，但那是不以无政府主义的理想为满足，并未以无政府主义为正面论敌。《四惑论》则不然。在这里，基调是对《新世纪》假借服膺于科学、顺应于进化、尊重唯物及信奉自然规则等等名义来否定同盟会纲领及群众实际斗争的愤懑，是对那些无政府主义者用以吓人的这些时髦理论的憎恶；它的目标，不是放在“高蹈太虚”，而是放在反对机械地套用从西方耳食而来的某些固定模式，坚持要依据中国自身的实际状况找到能够切实解决现实苦难的行动方案。他之所以努力维护同盟会的纲领和同盟会所领导的斗争，原因也正在这里。从《五无论》到《四惑论》，反映了章太炎思想一个新的转折，这就是对无政府主义思潮在激昂、高超乃至非常彻底的革命词语下面隐藏着的本质，即置身于革命实践之外评头品足乃至横加非难，逐步有了认识。
为了回击《新世纪》对《民报》和同盟会纲领的诋毁，章太炎还进一步揭露了这批无政府主义者灵魂深处的隐秘。他认为，这些“《新世纪》记者”，其实只不过是“阳托名于无政府，而阴羡西方琛丽，一睹其士女车马宫室衣裳之好，魂精泄横，惧不得当，欲为顺民，复惧人之我诮，乃时吐谲觚之语，以震荡人”。为了使人们对这些无政府主义的狂热鼓吹者保持足够的警惕，章太炎还着重揭露了吴稚晖可疑的政治面目。1907年3月，他在宫崎寅藏、萱野长知、平山周、清藤幸七郎、北辉次郎、和田三郎和池亨吉等创办的《革命评论》第十号上发表了为纪念邹容而写的《邹容传》，在述及苏报案发生经过时，他写道：
时爱国学社教员吴朓，故依附康有为。有为败，乃自匿入盛宣怀之门。后在日本，与清公使蔡钧不协，逐归，愤发言革命排满事。而爱国学社生，多朓弟子，颇自发抒，陵轹新社生如奴隶。余与社长元培议，欲裁抑之，元培畏朓，不敢发。余方驳康有为《政见书》，事寖寻闻于清政府，欲逮爱国学社教员。……会清政府遣江苏候补道俞明震穷治爱国学社昌言革命事。明震故爱朓，召朓往，出总督札曰：“余奉命治公等，公与余昵，余不忍，愿条数人姓名以告，令余得复命制府。”即出《革命军》及《斥康有为》上之曰：“为首逆者，此二人也。”遽归，告其徒曰：“天去其疾矣，尔曹静待之。”
直到这年年底，吴稚晖方在法国见到这篇文章，利用文中所述的一些情节不够准确，立即给章太炎写了一信，责备他这样做是“将奴隶可贵之笔墨，报复私人之恩怨”，并且将这封信在1908年1月4日出版的《新世纪》第二十八号上发表。章太炎当月月底就写了一封复信，并效法吴稚晖，将复信公开发表在1908年2月25日发行的《民报》第十九号上。章太炎在信中写道：“仆于康、梁诸立宪党，诋未尝过甚；今于无政府党如足下者，摘发奸回，如彼其至！盖主义之是非，与心术之是非，二者不可同论。且以败群之羊，不可不摈。普天同志，犹未分明，故不得不明著表旗，以示天下。岂以个人之私怨而诬足下哉？”表明他之所以要揭露吴稚晖，绝非出自发泄私愤，而是为了使世人了解吴稚晖的为人，不让吴稚晖舞文弄墨，继续招摇撞骗。章太炎在信中以犀利的笔锋，给这个“康有为门下之小史，盛宣怀校内之洋奴”画了一幅惟妙惟肖的肖像：
呜呼！外作疏狂，内贪名势，始求权藉，终慕虚荣者，非足下乎？康长素得志时，足下在北洋拜其门下，而称弟子，三日自匿，及先生既败，退而噤口不言者，非足下之成事乎？为蔡钧所引渡，欲诈为自杀以就名，不投大壑而投阳沟，面目上露，犹欲以杀身成仁欺观听者，非足下之成事乎？从康长素讲变法不成，进而讲革命；从蔡孑民讲革命不成，进而讲无政府；所向虽益高，而足下之精神点污，虽强水不可浣涤。
针对吴稚晖在《新世纪》上鼓簧弄舌所唱的种种高调，章太炎一针见血地指出，它们的致命弱点就是对中国社会实际缺乏起码的了解。复信写道：