足下始学批尾家当，中则葆爱对策八面锋之伎俩，最后效村学究，持至简且陋之教科书以自豪。今者行役欧洲，已五年矣。仆以为幡然如蜕，当有愈于畴昔，及观足下所著，浮夸影响，不中事情，于今日中国社会情形，如隔十重云雾。有所记叙，则犹二簧之演历史也；有所褒贬，则犹儿童之说是非也。……吾于是知纵横捭阖之徒，心气粗浮，大言无实，虽日日在欧洲，犹不能得毫毛之益也。
其后，吴稚晖又两次来书答辩，章太炎又两次复书。在这些复书中，章太炎还着重抨击了吴稚晖对中华民族灿烂的古代文化所持的虚无主义态度，说：“足下特一租界买办之材，略能作一二旁行书。驴非驴，马非马，而引此语以自蔑乡邦，是谓不知耻，是谓不知分量，是谓蛙黾不知日月光明，是谓盲龟跛鳖，不知天地高厚。”这两封复信，以更为激烈的言辞对吴稚晖加以挞伐，并喝令他“善钳而口，勿令舐痈；善补而袴，勿令后穿”，双方关系由此而发展到横目决裂。
与吴稚晖这场笔战，“愈来愈凶，终至夹着毒詈”。揭露吴稚晖在苏报案中的不光彩行为及其带有投机性的政治品质，无疑是有一定意义的。所以，鲁迅在他生前所写的最后一篇文章《因太炎先生而想起的二三事》中，还为章太炎未将有关这方面文章收入“章氏丛书”而感到可惜，说这样做“其实是吃亏的，上当的，此种醇风，正使物能遁形，贻患千古”。然而，相当多的一批革命党人对章太炎进行的这场斗争并不理解。这是因为章太炎固然揭露和批判了《新世纪》和吴稚晖等在政治上、理论上的许多错误，特别是责备他们对中国社会实际状况若明若暗，如在雾中，击中了要害。但是，由于他过多地执著于苏报案中吴稚晖的表现等历史问题，对《新世纪》的反击和对吴稚晖的抨击，都未做到适可而止，这场论争于是便被一些人看做是章太炎与吴稚晖等闹个人意气，从而又削弱了这场斗争的意义与影响。
在同《新世纪》激烈论战的同时，章太炎对以康、梁为代表的资产阶级改良主义者的言行以及国内声势日大的立宪运动，给予密切注意。
自从1906年9月清政府发布预备仿行立宪上谕以来，召集国会和实行君主立宪似乎已经指日可待，康、梁等人在海外欢呼雀跃，一大批著名绅商和洋务派官僚在国内也展开了紧张的活动。1907年2月，自称“大喜欲狂”的康有为，把号称会员数十万、遍布海外一百七十余埠的保皇会改名为“国民宪政会”，忙不迭地准备做一个举国大政俱归执掌的执政党。梁启超为了加强同国内立宪派头面人物郑孝胥、张謇、汤寿潜、汤化龙及清廷大吏袁世凯、岑春煊、赵尔巽、端方等人的联络，拉拢了主要在上海活动的马良等人，组织了“政闻社”，10月17日在东京举行了成立大会。与此同时，曾附和革命、担任过留日学生联合会副会长的杨度在东京组织了宪政讲习所，上海、湖北、湖南、广东等地官、绅、商、学各界名流分别建立了预备立宪公会、宪政筹备会、宪政公会、自治会。1908年9月，清廷正式公布《宪法大纲》、《议院法要领》、《选举法要领》，宣布以九年为预备立宪期限。这一时期章太炎针对中国政治舞台上这些引人注目的事态，在《民报》对清朝预备立宪的骗局做了无情的揭露，对立宪党人做了严正的批评和诚意的规劝。
当梁启超、蒋智由等人组织政闻社时，章太炎就反复强调指出：“宪政者，特封建世卿之变相。”他说，基于中国当时社会构成的实际情况下，于专制君主与人民之外，“无故建置议士，使废官豪民梗塞其间，以相陵轹，斯乃挫抑民权，非伸之也”这是因为在中国现实的社会构成基础上，当选为议员者，不可能是一般平民，而只能是“故官大驵”、“显贵仕宦”之流。这些人平日在乡里中就以敛民、贼民、妨民著称，现今一旦成为议员，大权在握，则无异于“为虎著冠”。所以，清廷统治下的宪政，必定于国之富强无益，于民之利病无与，“徒令豪民得志，苞苴横流，朝有党援，吏依门户，士习嚣竞，民苦骚烦”。
1908年夏，有人致函《民报》，揭露两江总督端方侵吞江北赈款至三百万。端方是出使考察各国宪政的五大臣之一，在满族贵族中以热心鼓吹仿行立宪而著称。章太炎在《民报》上公布了这封来信，并就此发表评论说：“今之乱政，满洲政府为根株，而立宪变法诸家为之加厉。何也？今之言立宪变法者，非为内治而起，乃为外交而起。寝食不忘，惟敛财治兵是务，而官场清浊、民生疾苦，非其口所欲说耳所欲闻者。……彼袁世凯、端方者，纵横之士拥戴以为宪政巨公者也。既为宪政巨公矣，虽有黩货殃民之事，而朝士视之，以为分所应为，且谓小节出入，无伤大体。故侵蚀至三百万，其事未尝见于弹章，虽民间清议亦相与优容之。”敛财治兵，乃是被清末新洋务派官僚和立宪党人吹得天花乱坠的所谓“富国强兵”。章太炎在这里切中要害地揭露了这些“宪政巨公”眼中根本没有广大民众的疾苦，他们搞“宪政”也完全不是为了改善民众经济政治生活，这就决定了他们搞的宪政不可能在改革内治方面真正卓有成效，相反，倒是给清廷种种黩货殃民的罪恶行径提供了新的保护色。
至于清廷所进行的立宪活动，章太炎指出，这纯然是一场政治骗局，他在《虏宪废疾》中，对清廷颁布的《宪法大纲》作了详细的剖析，充分论证了这个大纲“不为佐百姓，亦不为保国家，惟拥护皇室尊严是急”，并断定它绝不可能有什么生命力。他写道：“呜呼！虏廷之疾，已死不治，而欲以《宪法》疗之；《宪法》之疾，又死不治。持脉写声，可以知其病态矣。”
这一时期，章太炎对代议制采取了更加严厉的批判态度。他在许多文章中都反复证明，代议制不仅有碍于民族主义的实现，而且有碍于民权主义和民生主义的实现。他说，在中国现实情况下，若实行普选制，无论是直接选举，还是间接选举，都免不了要导致“上品无寒门，而下品无膏粱，名曰国会，实为奸府，徒为有力者傅其羽翼，使得腊齐民”；若实行有限选举，无论以所纳土地税为限制，还是以所纳所有项目税款为限制，结果也必然同样“进之则所选必在豪右，退之则选权堕于一偏”。因此，他断然指出：“民权不藉代议以伸，而反因之扫地。他且弗论，君主之国有代议，则贵贱不相齿；民主之国有代议，则贫富不相齿。横于无阶级中增之阶级，使中国清风素气，因以摧伤，虽得宰制全球，犹弗为也。”正因为议院必然为“豪右大驵”所主宰，它就必定要成为严重阻碍民生主义得以实现的绊脚石：“若就民生主义计之，凡法自上定者，偏于拥护政府；凡法自下定者，偏于拥护富民；今以议院尸其法律，求垄断者惟恐不周，况肯以土田平均相配？”
章太炎这时对代议制的态度，反映了他对欧美各国代议制的失望，对清廷假立宪的愤怒，对立宪运动所散布的政治幻想的强烈不满，对在中国可能很快就会出现的“豪右大驵”的专政的担忧。确实，是否能够“恢廓民权”，问题主要不在采取什么政权形式，而主要看政权掌握在什么人手中；议院一旦为“豪右大驵”所控制，它就不可能用来实现民族、民权、民生三大主义。就国家学说而言，章太炎比之先前更多地注意到了国体问题，这就使他对代议制下民主的虚伪性，特别是清廷所上演的立宪丑剧的欺骗性，认识得比之先前更加透彻，他的批判也就更有力量。
在全盘否定代议制的时候，章太炎曾经反过来给予中国古代的封建专制政体以较多的肯定。为反对“豪右大驵”凭借国会执持政柄，章太炎曾宣称：“中国混一既二千稔，秩级已弛，人人等夷，名曰专制，其实放任也。”为说明立宪运动和清廷仿行立宪不具有任何历史的进步性，章太炎宣称：“要之，代议政体必不如专制为善。满洲行之非，汉人行之亦非；君主行之非，民主行之亦非。上天下地，日月所临，遗此尘芥腐朽之政，以毒黎庶，使鱼乱于水，兽乱于泽，惴耎之虫，肖翘之物，莫不失其职姓。甚矣者，酋豪贵族之风，至于今未沫也。”然而，章太炎在这里并非蓄意要维护封建君主专制统治，对怎样建立一个比代议政体更能恢廓民权的国家，他提出了比之过去更加具体的方案。这个方案，大致包括以下几方面的内容：
一、“代议不可行，而国是必素定。陈之版法，使后昆无得革更”。
二、“总统惟主行政、国防，于外交则为代表，他无得与，所以明分局也”。
三、“司法不为元首陪属，其长官与总统敌体，官府之处分，吏民之狱讼，皆主之。虽总统有罪，得逮治罢黜。所以防比周也”。
四、“学校者，使人知识精明、道行坚厉，不当隶政府……所以使民智发越、毋枉执事也”。
五、“凡制法律，不自政府定之，不自豪右定之，令明习法律者与通达历史、周知民间利病之士参伍定之，所以塞附上附下之渐也”。
六、“法律既定，总统无得改，百官有司毋得违越……总统与百官行政有过，及溺职受贿诸罪，人人得诉于法吏，法吏征之、逮之而治之”。
七、“轻谋反之罪，使民不束缚于上也；重谋叛之罪，使民不携贰于国也；有割地卖国诸罪，无公布私行，皆殊死”。
八、“民无罪者无得逮捕，有则得诉于法吏而治之……民平时无得举代议士，有外交宣战诸急务，临时得遣人与政府抗议……民有集会、言论、出版诸事，除劝告外叛、宣说淫秽者，一切无得解散”。
九、“政府造币，惟得用金、银、铜，不得用纸，所以绝虚伪也……不使钱轻而物益重，中人以下皆破产也”。
十、“轻盗贼之罪，不厚为富人报贫者也；限袭产之数，不使富者子孙蹑前功以坐大也”。
十一、“田不自耕植者不得有，牧不自驱策者不得有，山林场圃不自树艺者不得有，盐田池井不自煮暴者不得有，旷土不建筑穿治者不得有。不使枭雄拥地以自殖也”。
十二、“官设工场，辜较其所成之直四分之，以为饩禀，使役佣于商人者，穷则有所归也；在官者身及父子皆不得兼营工商，托名于他人者，重其罪……不与其借政治以自利也” 。
…………
章太炎说，他所提出的这一方案，概括说来，一是要“抑官吏，伸齐民”，二是要“抑富强，振贫弱”。从上面所列举的各项内容可以看出，这并非言过其实。这也说明，章太炎批判代议制与立宪运动，绝非企图维护保持中国古老的封建君主专制制度，恰好相反，他所追求的，乃是创建一种具有名副其实的民主精神的新的政治制度。这一事实还说明，这时，尽管他与孙中山产生了隔阂与冲突，在对待代议制的态度上与孙中山也有明显的不同，但是，就其基本立场来说，他所坚持的，仍然是同盟会纲领，仍然是孙中山的三民主义所代表的革命民主主义精神。
1908年夏秋间，章太炎在《民报》上发表的文章，还有一个突出的内容，就是积极支持国内各地正如火如荼开展起来的群众性的收回利权运动，并热切地要求使这一运动发展为群众性的直接战斗行动。
20世纪初，列强加紧攫夺中国的铁路建筑权、矿山开采权，各地人民为保护本国的主权，同列强和可耻地屈服于列强压力的清朝政府展开了针锋相对的斗争。章太炎身在东京，却很快地就认识到这些斗争可以成为革命军的强大后盾与有力的同盟军。1907年，江浙两省绅商各界为反对清廷将沪杭甬铁路建筑权出卖给英商，一再联名上书请愿，要求自行筹款修筑，以确保铁路主权。清政府为欺骗舆论，将直接出卖路权改为向英商借款筑路。为了将保护沪杭甬路权的这场斗争推向前进，11月10日，由章太炎发起，邀集在日本的江浙两省人士与其他各省代表八百多人在锦辉馆集会，“首由章氏宣布宗旨，言发电报、举代表之无益，并言此次借款与造路为二事，今日办法，惟有由股东收回股本及自行断路，或运动省城罢市，庶可收回”。11月17日，由豫晋秦陇协会发起召开留学界全体大会，与会者四千余人，章太炎应邀在大会上发表演说，强调仅仅对清朝政府恐吓一番不会有多少作用，重申自己的主张：“积极的则罢工，消极的则断路。”在章太炎的积极倡议和推动下，江浙两省提出了远比先前激进的斗争口号，“商贾则议停贸易，佣役则相约辞工，杭城铺户且有停缴捐款之议”。斗争向纵深发展，并在全国许多地方引起了强烈的反响。
1908年夏，山东人民为保护津浦铁路沿线矿产的主权展开了大规模的反对德国帝国主义的斗争。各处学堂毕业生站在斗争的最前列，他们散发传单，集会演说，并决定以限制开矿、抵制德货为后盾。山东巡抚袁树勋出示严厉弹压，且公然宣称：“中国办事，向由官家主持，民人本无议政之责。”为此，章太炎发表了专门评论，痛斥袁树勋和清朝政府的卖国谬论和卖国罪行，并就如何坚持保护利权的群众斗争发出了强有力的呼吁：“山东士民，当以何术榰柱独有？要结齐民，坚不鬻地为可。不然，则限制开矿，抵制德货耳。而清政府必且遮禁之、格杀之，继自今，愿尔山东士民为义和团，无为衍圣公(衍圣公曾以军乐迎德皇画像至其第)；为林清、王伦，无为吕海寰。北出则拊建州之背，西迤则断燕京之喉，东下则捣胶州之脊。事不就，则尽六千万人归魂于泰山蒿里！”