这些事实说明，这一时期，章太炎尽管对孙中山抱有很深的成见，与孙中山发生了种种误解和纠纷，但他和《民报》仍然继续坚持了无可置疑的革命立场，坚持了同资产阶级改良主义及小资产阶级无政府主义的思想斗争，捍卫了同盟会的革命纲领与原则，进行了卓有成效的宣传与鼓动。在许多重大问题上，他的思想比之先前更锐利、更发展。鲁迅说：“我爱看这《民报》，但并非为了先生的文笔古奥，索解为难，或说佛法，谈‘俱分进化’，是为了他和主张保皇的梁启超斗争，和‘××’的×××斗争，和‘以《红楼梦》为成佛之要道’的×××斗争，真是所向披靡，令人神旺。”他所说的“这《民报》”，当不止是指章太炎初任主编时的《民报》，1908年夏秋间的《民报》毫无疑问也包括在内。而且，这时的《民报》，最少讲“佛法”，最多刊政论文，鲁迅所赞许的《民报》的战斗特征这时表现得异常突出，说鲁迅最爱看的正是这时期的《民报》也未尝不可，因为他前去听章太炎讲学正在这个时候。
这些事实还说明，尽管由于外部的和内部的种种原因，同盟会领导中枢几位主要的领袖人物之间产生了很深的裂痕，但他们的冲突仍然是革命队伍内部的纷争。“兄弟阋于墙，外御其侮”，在推翻清朝封建君主专制主义统治，反对帝国主义侵略， 谋求建立真正能够保障民权、改善民生的新的政治、经济、社会秩序方面，他们终究是站在同一条战线上的。然而，由于不能正确地处理某些问题的原则性的分歧，并让这些分歧与大量无原则的纠纷交缠在一起，便使革命队伍的团结遭到了损害，使对全国各地革命斗争集中统一的部署和领导遭到了削弱，在这方面，章太炎是无可逃其咎的。
《民报》封禁事件
《民报》，被许多革命党人视做“革命党之旗”，被说成“敝国士民仰望如泰山北斗之巍巍者”。
清朝政府除在国内严厉禁止传布和阅读《民报》外，还不断向日本政府交涉，企图假手日本政府将《民报》查禁，以便斩草除根。1907年9月4日，清政府外务部照会日本方面，称《民报》、《洞庭波》、《天义报》、《无政府主义》、《复报》、《新灭汉种策》、《大江》、《汉帜》、《鹃声》等七种杂志和两种小册子，“其中倡导革命、措语狂悖者不胜枚举”，“若听其展转流播，煽惑人心，实于本国治安大有妨害”，要求日本政府“严禁印刷递送”，嗣后遇有类似此项杂志之各种书报，“一体禁止出版”《清外务部致日本代理公使阿部照会》，见故宫博物院明清档案部藏《清外务部档》第2478号《学部、外务部、日代使阿部守太郎等关于设法查禁在日出版的〈民报〉等七种报刊以及严查国内各报刊问题的函电照会》。按：杂志七种，另书两种，共九种。。日本代理驻华公使阿部守太郎为此给外务大臣林董专门写了报告，认为从日本对清政府外交政策考虑，应协助消除清政府的“忧惧焦虑”，“对于此等刊物，无论其记事于法令上有无差支，均需采取一种行政手段，设法加以禁止。至少亦须加以严格的限制，苟可免于出现不稳之内容”日本外务省档案《〈民报〉关系杂纂》所收第127号文书。。日本当局因为同清政府做成这笔交易的价钱尚未谈妥，又担心国内外舆论的反对过于强烈，采取了阿部所提出的后一建议，一方面加强了对《民报》和其他中国革命刊物的检查，暗中又对中国革命党人进行监视；另一方面又公开对《民报》等杂志的负责人提出警告，威胁他们必须改变自己的言论。
清廷方面，当然不会就此餍足。1907年11月，清廷特派皇室近亲贝勒溥伦赴日活动，名为向日本答礼，“实伺察革命党，获党人姓氏五十一人，或谓五十二人……商诸日本政府，将聚而禽旃”。日本方面，担心革命党人将有对溥伦不利的行动，便托名保护革命党人防止遭到暗杀，派遣大批警察、便衣，对他们加以严密监视。“溥伦既至日本东京，馆舍才定，而侦察周布党人居处，若张网罟。凡稍知名之士，守者尤跬步不肯离。行则而随之，坐则十步之外伫立而监之，食顷，视其举箸辍匕，曾未尝偶交其睫。寝，鼾声闻于户外，乃始敢去。夙兴方栉沐，蹀躞不已者又三四辈，不一失时。”直到溥伦离日回国，这些军警、便衣方才撤走。
与此同时，肃亲王善耆、练兵大臣铁良、两江总督端方等人，还“各自设法向党人施展金钱政策，使为己用”。其中端方最为活跃，他“授意败类学生多人从中作祟，或伺隙离间，或用金钱买收” ，在革命党人中掀起了不少风浪。端方所取得的最大成果，就是把刘师培和他的妻子何震、姻弟汪云拉了过去。汪云，名公权，与刘师培、何震一道参加同盟会，共同创办《天义报》和社会主义讲习会，曾经狂热鼓吹过无政府主义。在私生活方面，汪公权异常放荡，平时与刘师培、何震住在一起，和何震“形同夫妇，宣言公夫公妻不讳”。他胡花乱用，“金钱不够挥霍，遂凿孔安胡子”。为了取得大笔钱财，他最先与端方搭上线，作了端方的密探。接着，他又与何震一起，挟持和胁迫刘师培也上了贼船。端方因为刘师培、何震在同盟会和革命党人中影响有限，便把章太炎和《民报》确定为主要的捕捉目标。为了达到这一目标，刘师培、何震、汪云等人利用他们与章太炎的密切关系，在章太炎周围布下了重重阴谋之网。
章太炎是一位“七被追捕，三年禁狱”，革命之志终不屈挠的革命家。为了拯国家民族于深渊，救平民百姓于水火，他勇于献身。然而，这只是他人生观的一个方面。在这同时，他的人生观中还另有一面。1907年他曾在自己的照片上题写了一段话，寄赠苏曼殊，其中道出了他人生观的另一个方面。他写道：
余自三十岁后，便怀出世之念，宿障所缠，未得自在。既遭王贼之难，幸免横夭，复为人事牵引，浊世昌披，人怀惵恨。庄生云：“阴阳错行，天地大，水中有火，乃焚大槐。”此之谓也。非速引去，有欧血死耳。当于戊申孟夏披剃入山。
“浊世昌披，人怀惵恨”，激起了章太炎革命之志，他决心通过革命去改变这丑恶的世界。然而，他的思想和中国社会本身所面临的种种难以克服的矛盾，又使他对未来陷入了深深的怀疑与困惑。他寻求不到真正的出路，于是，萌动了所谓“出世之念”，企图以此从一切尘世冲突中得到解脱。入世以救国救民，出世以求得自己一身清静，这样两种对立的人生观，并存于章太炎脑中，彼长此抑，此盛彼衰。1907年夏秋之际，同盟会本部正面临空前严重的经济困难，“财穷已极，《民报》至以资罄而不能印行”。同盟会领导核心内部为孙中山离日及购械问题，又发生了激烈的纷争和冲突。在这两大压力面前，章太炎都首当其冲。内心的苦闷，使他披剃出家的思想一度迅速滋长。他甚至准备一走了之，与名僧苏曼殊一同离开日本赴印度。章太炎解释赴印目的时说过：“仆自抵东办报，亲戚故旧音问俱绝。后见同盟会渐趋腐败，愤欲为僧，以求梵文于印度。又与安南、朝鲜诸学生立亚洲和亲会，闻印度革命党才高志坚，欲裹粮从之，得所观法。”这是符合实际状况的。苏曼殊当时虽是方外之人，却并非消极遁世，他一边从事文学创作，一边仍从事革命活动。他曾热心赞助章太炎的入印计划。7月，他就表示：“衲今后决意与太炎先生同谒梵土。”11月，他又一次说道：“前太炎有信来，命曼随行，南入印度。现路费未足，未能预定行期。”两人之所以迟迟未能成行，一个重要的原因就是由于旅费一直没有着落。
端方与刘师培、何震、汪云等人获悉上述情况，以为有机可乘，便想拿出一笔钱来，让章太炎早日披剃出家，这样，既可使革命派失去一员思想上理论上的巨将，又可趁势把《民报》搞垮。
其时，同盟会总部正想尽一切办法筹款。1907年夏，肃亲王善耆派遣在其府中当幕僚的老革命党人程家柽“辇金三万元，赴东献诸同盟会本部，谓此举只对革命党表示好意，并无其他条件”，同盟会总部一部分干事决定收下这笔赠款。担任同盟会庶务的刘揆一还与程家柽密商，打算“。而章太炎本人，这时则想到自己与张之洞“有一二日之旧游”，在东京时，对于张之洞，“关于文学、教育诸事，亦尝遗书献替”，凭借这一关系，他想，或可径直向张之洞“告贷”，从他那里筹得一笔款子。当时，他并不认为这一行动为非。对于应否接受肃亲王善耆赠款的问题，同盟会干事中曾有过不同意见，反对者谓“虽渴不饮盗泉”，同意者谓“此款既出诸馈赠好意，收受无碍”，而章太炎事后则表示：“此款如用途正当，收受无碍，惜未开会解决，致贻同志以口实。”他准备向张之洞“告贷”，也是本着这样一种信念。何震、刘师培等对于这一计划特别热心。时清政府驻长崎领事卞昌是张之洞的女婿，“于何震为戚属”，正要卸职返国，何震便托称自己也要回国办事，怂恿章太炎立即给张之洞写一封信，自告奋勇愿出面托请卞昌携带回国面交张之洞。章太炎如议照办，结果，便入了何震、汪云、刘师培等设下的一个大圈套。
何震、汪云和刘师培设下的圈套，第一步是何震到达长崎后，即函告章太炎，卞昌已于日前卸职乘轮回国，当待回国以后遇到卞昌，再按原计划进行；第二步是何震回国，经过一番活动以后，致书章太炎，说卞昌不敢将章太炎书转致张之洞，但曾私下告诉端方，端方对章太炎甚是敬重与同情，愿资助十万金或五万金以成全章太炎出家为僧之志，而何震她本人，则拟亲赴南京摸底；第三步是刘师培也跟着匆匆回国，秘密向端方上“弭乱之策十条”，同时致书章太炎，谎称他不去南京，只“在沪交涉”。他与何震还一边以交涉“恐有枝节”欺诳章太炎，以示交涉正在认真地进行，一边又故意放出章太炎行将出家的空气，把正在运动张之洞、端方的消息悄悄泄露出去，想借此造成一股压力，使章太炎在《民报》社和同盟会中感到难以久待下去；第四步，图穷匕首见，何震、刘师培等对章太炎提出端方明确无误的条件：一、须至普陀或福建鼓山等处出家，这样可以处于端方等直接监视之下；二、若坚持去印度，则可由驻印领事按月支付少量经费，资助生活。
何震、刘师培、汪云急于将章太炎推去披剃为僧，目的有二：一是以此破坏《民报》与同盟会总部，以讨取端方欢心；二是“欲借章氏以衬托自身，引以为重”，连章太炎这样重要的革命家也给他们拉出来了，他们在端方面前的身价就能大大提高。刘师培于1907年12月下旬回国，在向端方献“弭乱之策”时，曾经特附一禀，专论章太炎事，禀文说：
余杭章炳麟，少治经学，尤深于《春秋左传》，解析经谊，继美段、王。复谙通小学，穷声音训诂之源，旁及诸子百家之术，观览略备，而行文古茂，近时鲜出其右。特以未冠以前，嗜阅野史，遂倡民族主义。后复作《訄书》，兼为《苏报》司撰述，致入上海西狱者三年。彼入狱以后，日阅佛典，深造有得，顿悟往日宗旨之非。出狱以后，拟入山为僧，以毕余年，而东京革命党人仰彼名高，迫之东渡，使编辑《民报》。彼居东京岁余，抑郁不得志。初拟变易《民报》宗旨，以消弭种族革命(彼所作文词均言佛理，或考古制，无一篇言及排满革命)。嗣彼党时有谤言，故彼作檄斥孙文，并置身同盟会之外，近且辞《民报》编辑矣。即偶有讲演，亦系党人迫彼使为，非其志也。今拟往印度为僧，兼求中土未译之经，惟经费拮据，未克骤行。傥明公 赦其既往之愆，开以自新之路，助以薄款，按月支给，则 国学得一保存之人，而革命党中亦失一绩学工文之士。以 彼苦身励行，重于言诺，往印以后，决不致有负于明公。
这段禀文，前一部分说明章太炎的学问、经历、地位、影响，实际上是为自己表功；后一部分又极力把章太炎说成早已存心破坏革命事业，是为了让端方放心，要他不必忧虑拿出的钱会付之东流，一无所获。“助以薄款，按月支给”，明明由他们创议，在给章太炎信中，他们却说是端方的主张，而后来刘师培在给黄兴函中，则将此事说成他与何震等明知事不可成，故意诳骗章太炎“三万元之款，必不可得，即成亦不过按月支款”，“冀寝其谋”。可是，到了何震在上海《神州日报》上公布章太炎给她的五封信时，此一事又给说成她致书于章，“故为疑问之词，谓将领付巨款，抑至印后按月支款欤，请示明，以便开交涉”。汪云、何震、刘师培如何费尽心机，制造陷阱，以打击章太炎，搞垮《民报》，于此可见一斑。