然而，章太炎对刘师培、何震一伙已经沦为端方的间谍一事却一无所知。他还一直以为他们是和他一道巧施计谋，好从端方手中挖出一笔巨款。他甚至把他们指使他做出一些姿态给端方看看，也当做骗端方上钩的必要策略，以为“对敌之言，自有开合张弛”。直到得知须往鼓山、普陀等处出家或“按月支款”等条件时，他方才发现，端方并非如是愚蠢，于是，他答复刘师培与何震，说：“领事按月支款之说，万难允从。一、若按年分摊，则一岁不过千余圆，或仅数百，必不敷用；二、若摊年过久，章甫（端方）去江宁后，事即中寝；三、领事为政府所派，非两江私派，若果迁延抵赖，亦无如何。……弟若转圜，当要以先付三分之二，不则二分取一，如或未能，当面回复。”他的目标，仍是设法先从端方那里榨出一大笔现款。端方与刘师培、何震等当然估计到，这笔现款付出后，章太炎如何活动和使用，他们将无法预知，更无法控制。特别是章太炎对去鼓山、普陀等处出家为僧的动议一口回绝，绝无商量余地，使他们更清楚地看出章太炎筹款并非真正心灰意冷，消极避世。章太炎没有跨进他们设下的陷阱，端方当然也绝不会白送一大笔经费给章太炎，所谓“交涉”，于是终结。1908年年初，刘师培、何震相继返回东京。
刘师培、何震返回东京后，章太炎对他们的阴谋还没有察觉，仍旧同他们住在一道。苏曼殊也住在这里，与他们常相往来的还有陈独秀等人。是时，刘师培、何震都“把曼殊认作傻子，他们夫妇和端方的关系，都不避曼殊面谈讲着。曼殊听了，即来告诉仲甫(陈独秀)”。可是，章太炎这时仍以为刘师培、何震、汪云同端方的往来是筹款所必需的策略，照旧毫无戒心地与刘师培促膝论学，常常无顾忌地批评刘师培学术上的一些疵点诖误，“时有神悟，则推心归美”。言者无意，听者有心，刘师培夫妇总怀疑章太炎可能已经有所知觉，深感和章太炎同住一宅，非常不便。恰在此时章太炎无意中发现了汪云与何震私通的秘密，私下告诉了刘师培，刘师培等便大闹起来。刘师培的母亲“大骂章造谣，离间人家骨肉”，汪云“满脸凶气，眼睛里都是红丝，跳进跳出，嚷着‘我们白刀子进去，红刀子出来’”，章太炎只好迁回《民报》社居住。直到此时，他也还没有醒悟，以为这只是一场误会，因此，还特意致书孙诒让，挽他出面调停。信中写道：“仪征刘生，江淮之令，素治古文《春秋》，与麟同术，情好无间。独苦年少气盛，喜受浸润之谮。自今岁三月后，谗人交构，莫能自主，时吐谣诼，弃好崇仇。一二交游，为之讲解，终勿能济。先生于彼，则父执也，幸被一函，劝其弗争意气，勉治经术，以启后生，与麟戮力支持残局，度刘生必能如命。”书到之前，孙诒让已经去世。章太炎没有想到，就在他写这封信时，刘师培、何震与汪云已经针对他本人和《民报》社部署了新的阴谋。
1908年5月24日，上海《神州日报》刊登了一则《炳麟启事》，云：“世风卑靡，营利竞巧，立宪革命，两难成就。遗弃世事，不撄尘网，固夙志所存也。近有假鄙名登报或结会者，均是子虚。嗣后闭门却扫，研精释典，不日即延高僧剃度，超出凡尘。无论新故诸友，如以事见问者，概行谢绝。特此昭告，并希谅察。”这篇启事出自伪造，目的显然是要败坏章太炎的声誉。同一天，章太炎与《民报》社其他成员参加云南独立大会，回社后，发现自己的印章被窃。与此同时，还有人散布匿名揭帖，伪造章太炎给云贵总督锡良的电报。印章被窃，则预示着还将出现更多的冒名赝作。为了击破这些谣诼，章太炎在《民报》第二十一号上专门刊登了一则《特别广告》，揭露接二连三出现的这些启事、电报、信件全属别人冒名，并郑重声明：“以后得仆书者，当审视笔迹，方可作准。其印章‘章’字上画阙者，可信为真，完具者即非真印也。”
所有这些匿名、冒名的东西，或直接出自刘师培夫妇与汪云之手，或间接与他们有关。他们想用这些办法来挫抑章太炎的革命意志，败坏他在革命党人中的声誉。然而，结果却适得其反，它反而激使章太炎振奋起来，斗志分外旺盛，思想更加犀利，将最后几期《民报》办得精神抖擞，充满了战斗气息，比之先前他和张继、陶成章编辑的多期远为出色。这一状况当然使刘师培、何震、汪云等感到狼狈，而清廷上下则更觉得无法容忍，便派赏加尚书衔出使美国的奉天巡抚唐绍仪道经日本，向日本政府再次强硬提出封禁《民报》的要求。
清廷与美国政府关系的发展，是日本政府外交政策中最为敏感的一个问题。美国当局早就图谋插足中国东北，在一系列计划俱由于日本阻挠而迭遭失败后，便通过美国驻奉天总领事司戴德，利用毕业于美国耶鲁大学的唐绍仪出任奉天巡抚的机会，展开紧张的外交活动。1907年，司戴德与唐绍仪交换备忘录，准备建筑自新民屯至法库门的铁路，以便取代日本控制下的南满铁路；双方还协商创办一家“东三省银行”，由美方提供两千万美金作资本。对此，日本方面提出了强烈的抗议，结果，使新法铁路计划搁了浅，“东三省银行”的计划则仍继续商讨。1908年5月25日，为博取清朝好感，加强对中国的政治、文化渗透，扩大中国的亲美势力，美国国会参众两院联合决议，同意西奥多·罗斯福总统提出的核减中国对美国庚子赔款数额的要求。按照《辛丑条约》，美国应得赔款为两千四百多万美元，国会决定将其中所谓超出美国在义和团运动中实际损失数的那部分款项“退还”中国。这部分金额定为一千零七十八万美元，专供清政府派遣留学生赴美读书使用。清政府对美国这一行动深为感激，特派唐绍仪为专使，赴美表达致谢之意，谋求加强清美关系。清廷在上谕中说：“美国与中国立约以来，邦交素笃，此次减收赔款，尤征友谊敦睦，允宜遣使致谢，用酬嘉意。”这一切，日本当局都看在眼中。尤其使日本当局紧张的是，就在确定唐绍仪赴美致谢不久，司戴德奉召回国，旋被任命为美国国务院远东司代理司长。司戴德回国时，携有与东三省当局订立的美国在中国东北投资的合同草件，其中订明，美国将投资两千万美元，组织“东三省银行”，用以稳定东北金融，投资建筑东北的铁路，开发东北的农矿森林。舆论哄传，唐绍仪赴美的真正使命，就是正式接洽这笔投资，并进而建立所谓清美同盟。在这一形势面前，采取最为有效的措施，破坏清美所谓“同盟”以及引进美资于中国东北的计划，就被日本政府看成了外交上最紧迫的任务。
1908年7月14日，日本内阁更迭，桂太郎内阁取代了原来的西园寺公望内阁。为了把外交的重点放在对华关系上，桂太郎特地任命以顽强地谋求实现日本对华侵略要求、坚决反对美国插足中国东北而著称的小村寿太郎为外相。9月25日，小村向内阁会议提出《对外政策方针》及《有关满洲若干问题之方针》两项议案，中心就是解决中国东北所谓各项悬案，对清、英、美、法、德诸政策，几乎都是为了实现这一目的。这两项议案都得到了内阁同意。10月2日，小村训令驻清公使伊集院彦吉与清政府开始谈判。为了破坏清美外交格局，诱使清政府屈从日本所提出的侵占中国东北各项权益的无理要求，日本政府在外交上做出了两个重要姿态：其一，指示日本驻美大使高平小五郎与美国国务卿卢特以换文形式，协定对华政策；其二，就是决定乘唐绍仪使美经日的机会，下令封禁《民报》与中国革命党人在日本出版的其他革命刊物，以示对清政府的“亲善”。正是在这一背景下，爆发了封禁《民报》与反封禁的激烈斗争。
1908年10月19日，经小村寿太郎与内务大臣平田东助的秘密策划，日本警察总监龟井三郎签署了一份由平田东助发布的命令，借口《民报简章》和《民报》第二十四号发表的《革命之心理》一文违反了日本出版条例，勒令“停止其发卖颁布” 。20日晚，由东京牛警察署出面，向章太炎宣读了上项命令。事出突然，章太炎当即以笔谈方式，提出严重抗议，指出：
报中所说，本无涉及日本之事，但说革命，全无“无政府”一派议论。此《民报》历来主义如此，有何嫌疑？不由自发，实唐绍仪要挟之力耳。
21日，章太炎直接致书平田东助，退回他的命令书；对他的无理决定表示强烈抗议，指出：“《民报简章》六大主义，前经贵内务省认可，今未将此项保证退还，突令不许登载与此简章同一主义之事项，本编辑人兼发行人不能承认，特将此纸缴还贵内务省。如以扰害秩序为嫌，任贵内务省下令驱逐退出日本国境可也。”
当天，内务省警保局就将双方首次交锋的这些情况一五一十呈报给了外务省政务局。23日，牛警察署署长奉命对章太炎“恳切晓谕”，说服他接受平田东助发布的命令书。这位署长当着章太炎的面，承认“此事关于外交，不关法律”。章太炎于是给平田东助又写去一信，痛斥日本当局同清朝政府的肮脏交易，并严正表示，日本政府“若以威吓利啖之故，而以《民报》之革命宗旨与满洲政府所赠利益交换，本编辑人兼发行人宁为玉碎，不为瓦全”。信中还说：“贵内务省既勒令本报改变简章，请以新假定六大主义疏写呈览：一、灭尽世界立宪国，二、破尽世界伪平和，三、以中华帝国统一东亚，四、以专制政府攘逐蛮夷，五、不与兽性民联合，六、不求卖淫国赞成。若作是说，语语与现在简章异撰或且反对，未知贵大臣允许否也？”
在发出上函的次日，即10月24日，一名日本人自称铁路技师高桥孝之助突然来到《民报》社，找章太炎洽谈购买《民报》一事。章太炎立即示以平田东助所发的封禁命令，并毫不客气地指出，日本政府的措置简直是一种“娼妓之行为”。对此，高桥表示同情，但又说：“日本政府阻碍《民报》，实则赞助革命，恐他国无有如日本者。”章太炎立即意识到来者其实是为日本政府作说客的。为此，26日，章太炎又第三次致书平田东助，直斥高桥孝之助以“奢阔之言”而“挠乱视听”，揭露日本政府“迫胁《民报》使变其革命宗旨”，其实是“舍永远停止之名而取永远禁止之实”，指出日本当局不敢将此事公诸日本报章而“惟欲深秘其事”，正暴露了他们干的是见不得人的鬼蜮勾当。信中再次明确表示：“本编辑人兼发行人，虽一介草茅，素不受权术笼络，若贵大臣有意督过之，封禁驱逐，唯命是听，幸勿令纵横之士腾其游说也！”
日本政府封禁《民报》的决定，激起了中国革命党人和留日学生的普遍愤怒。他们于11月13日在早稻田大学清国留学生部门口贴出一份传单《请看东胡、倭奴封〈民报〉之恶劣手段》，这份传单通过日本侵略朝鲜、中国台湾、琉球和“又以对韩、台湾之手段，收拾吾留学界”的罪恶行径，深刻揭露了日本所谓“文明国家文明法律”的真面目，说明了封禁《民报》完全不是出之偶然。“日俄战后，日占领满洲，席卷南下，向之觊觎湖、浙者，今更思蚕食直隶、山东、河南矣！抟抟大地，磊磊汉族，竟使区区三岛日本，日侵削吾疆土，日封杀吾汉民。……痛哉痛哉！此皆四万万男女同胞之远仇近恨，思以卧薪尝胆，报复征讨于异日者。”这份传单，明确地把反对封禁《民报》与反对日本整个对华侵略政策联系在一起，在日本外务省和内务省都引起了震动。在这同时，一位署名为“东京居留之一广东革命党”的留学生，致函平田东助，警告他说：“今香港排斥日货，致劳动社会不与其起卸”，就是中国革命党人为反对日本政府封禁《民报》而发起的抵制日货运动的先声；日本政府若坚持反对中国革命事业，中国各地之“同盟会、共进会、哥老会、三合会、三点会、兴中会、义兴会、大刀会、虎头会等等”，都将奋起投入这一运动。
为了冲破日本当局的新闻封锁，把封禁《民报》的真相公之于世，章太炎以“中国革命党”名义发表《报告〈民报〉二十四号停止情形》，并“以英文单行本投寄各方，吁请世界人士给予同情”。1908年12月7日檀香山《太平洋商业广告报》便曾全文刊登了这份报告的英文本，日本驻檀香山总领事还特地将这天的剪报寄呈小村寿太郎。章太炎还与同盟会领导人黄兴、宋教仁等反复磋商，决定一面积极筹备将《民报》迁往美国、法国或南洋出版，一面继续坚持同日本政府针锋相对进行斗争，相约“勿以小挟灰心，勿以威武屈节，庶几松柏后凋，竟伸其志”。