在武装起义上，孙中山坚持应当全力在两广、云南边境地区发动，因为这一带既有现成的会党力量可以利用，从国外接济军火又最方便，条件比之国内其他地区都较优越。1907、1908年间，他在中国南部亲自领导发动了潮州黄冈、惠州七女湖、防城、镇南关、钦廉上思、河口六次起义，耗费了大量心血，用掉了艰苦募集得来的几乎全部经费。这六次起义都很快地被清朝地方当局一一镇压下去，它们在政治上、军事上都未能给清朝统治造成明显威胁。这样，不少革命党人对于孙中山专在边境地区发动起义的策略是否正确，便发生了怀疑。许多革命党人认为，长江流域广大地区具有雄厚的革命基础，在这一带发动起义影响更大，可以在政治上、军事上给清政府以更大的打击，同时也较有成功的可能。他们要求同盟会将策动武装起义工作的重点从南部边境地区转向内地，特别是长江流域。可是，在相当一段时间中，孙中山对这些要求没有予以足够的重视，也没有从人力、财力、物力上给内地工作以必要的积极支持。矛盾于是扩大化，并让同盟会成员间原就没有很好克服的地域观念、小团体观念得到了膨胀的机会。
孙中山在1907年离日赴南洋后，因赠款问题、运械问题接连发生纠纷，感情受到了严重伤害。他对同盟会总部不再信任，因而“不承认为彼等之总理”，转而倾注其心力于建立南洋支部。他依靠胡汉民、汪精卫等人，创办了《中兴日报》作为南洋支部的主要喉舌；他积极筹款，除自己亲自经手外，也只委托南洋支部成员进行。在他心目中，“南洋之组织与东京同盟会不为同物”。他发动黄冈、河口等六次起义，也只用“革命党本部”名义，“并未一用同盟会名义”。对封禁《民报》一事他没有及时表态，对陶成章南下募捐他又未予支持，除去客观上的困难外，主观上正是出于这样一种指导思想。陶成章、李燮和等人一再受挫以后，对孙中山的不满日益强烈，终于爆发了。
同盟会章程曾规定：“凡会员皆得选举被举为总理及议员及各地分会长。”总理“四年更选一次，但得连举连任”。1909年8月，正值四年到期，陶成章即利用这一机会，策动在南洋颇有影响的李燮和、陈威涛等人，以“东京南渡分驻英、荷各属办事川、广、湘、鄂、江、浙、闽七省之同志”的名义，提出一份《宣布孙文南洋一部之罪状致同盟总会书》，罗致“罪状三种十二项”，提出“以后办法”九条，要求同盟会总部罢免孙中山“总理”职务，甚至要求将孙中山开除出同盟会。
关于总理任期期满之时，正常提出改选要求，并未违背同盟会总章。可是，陶成章等人为了达到自己的目的，却采取了一系列不可容忍的错误做法。第一，他们无视孙中山对革命事业的一片赤诚和献身精神，置孙中山的巨大贡献于不顾，不负责任地根据一些道听途说和主观臆断，给孙中山强加了一连串莫须有的罪名，肆意诋毁孙中山“残贼同志”、“蒙蔽同志”、“败坏全体名誉”，这不仅败坏了孙中山个人的声誉，也败坏了整个革命党的声誉，做了亲痛仇快的蠢事。第二，他们采取了突然袭击的方法，在将《宣布孙文南洋一部之罪状致同盟总会书》交给同盟会总部之前，就自行用药水印刷百余张，分寄南洋各埠同盟会分部及报馆，企图扩大影响，增加对总部的压力。这样做，实际上，只是使他们在错误的道路上走得更远。第三，1909年8月，陶成章亲携《宣布孙文南洋一部之罪状致同盟总会书》赶到东京，不听黄兴等人对事实真相的耐心说明和再三劝解，一意孤行，多方活动，强行要求总部开会，将他们提出的九项要求逐一付诸实施，即“开除孙文总理之名”、“另订章程，发布南洋各机关所，令其直接东京总会”、“由总会执事出名，令各埠将孙文所筹去之款，令其自行报告总会，加给凭单，以为收拾人心之具”等等。这样，便将内部纷争冲突一下子推到了破裂的边缘。
陶成章到东京后，将李燮和等联名所写《宣布孙文南洋一部之罪状致同盟总会书》交给黄兴。黄兴拒绝广为散发，“并不发布与各分会看”。他一面对陶成章解释种种误会，一面与谭人凤、刘揆一联名写信给李燮和等，辨明真相，“以促南洋诸人之反省”。此时，正如黄兴所说，“在东京与陶表同情者，不过为江浙少数人与章太炎而已”。
正在这时，汪精卫从南洋来到东京，秘密筹备《民报》复刊事宜。他故意将章太炎排斥于外，自行编辑出版了《民报》第二十五号。这在原来的分歧与冲突上，又不啻火上加油。章太炎怒不可遏，在陶成章的鼓动下，撰写了致美洲、南洋等处公函《伪〈民报〉检举状》，印成传单，散发各处，并在东京《日华新报》上揭载。陶成章以为，事态之所以发展到决裂，责任主要在汪精卫，因为汪精卫由南洋赶来，“以术饵克强，遂不由公议，而以《民报》授之，以精卫为编辑人，由秀光社秘密出版，托名巴黎发行，东京同人概未与闻。为易本羲兄所知，告之章太炎先生，太炎大怒，于是有传单之发”。而黄兴、汪精卫等解释章太炎发布《伪〈民报〉检举状》的原因，则以为：“(一)由章君好信谗言，往往不计是非，不问情伪，卤莽与人绝交。前年已与孙君逸仙绝交，后知误会，乃复和好。今复为谗言所中，又为满纸污蔑之言，以精卫、汉民两君与孙君同事，遂辞连及之。(二)由章君夙反对《新世纪》报，前所著《台湾人与〈新世纪〉记者》及屡与吴君敬恒书，可见其意。今兹闻《新世纪》诸君兼任《民报》发行印刷之事，故断然反对。由此二者，遂有此举。”这里所谓“复为谗言所中”，指的当是陶成章向章太炎进言。黄兴在《复孙中山书》中便将责任明白归之于陶氏，说陶成章“反对将续出之《民报》，谓此《民报》专为公一人虚张声势，非先革除公之总理，不能办《民报》。见弟不理，即运动章太炎在《日华新报》登一《伪〈民报〉之检举状》”。推究两造所述，事态急遽恶化并非因为在纲领、政策问题上发生了新的重大分歧，而主要是由于一些具体事务处理不够妥当，双方又互不谅解，意气用事远远超过了对原则问题的认真思考，终于酿成悲剧。
章太炎的《伪〈民报〉检举状》，将汪精卫所编第二十五号《民报》斥之为“伪《民报》”，说汪氏系“假托恢复之名，阴行欺诈之实”，“思欲腾布南洋、美洲，借名捐募”。该文还词连孙中山，甚至宣称：“昔之《民报》为革命党所集成，今之《民报》为孙文、汪精卫所私有。岂欲伸明大义，振起顽聋？实以掩从前之诈伪，便数子之私图。”章太炎在这份广为散发的传单中，回溯了自己在困苦的条件下惨淡经营《民报》的经过，公开了为《民报》经费数次向孙中山告急求援而未得资助的情况，内容大体属实；传单同时借用了李燮和等《七省同志致同盟总会书》中的材料，攻击“孙文怀挟巨资，而用之公务者什不及一”，其余皆为“干没”，以至于“身拥厚资，豢养妻妾”，内容则全属臆断。章太炎这份传单以海外广大华侨为主要对象，号召广大华侨抵制汪精卫所编《民报》，拒绝从经济上继续给孙中山等以支持，说什么：“诸君果眷怀祖国，欲为毁家纾难之谋，当得信义交孚、小心谨慎、一芥不苟取、一言不诳人者，与之从事，斯可矣。若效命游食之徒，借资肥家之竖，舒手一放，后悔无及。”“诸君若为孙文一家计，助以余资，增其富厚可也；若为中国计者，何苦掷劳力之余财，以盈饕餮穷奇之欲？”
章太炎的名声地位与李燮和等不同，他的这份传单所发生的影响，自然也就比李燮和等的公开信大得多，也坏得多。他的许多挑拨性的言辞，将孙中山等人放到了海外广大支持革命的华侨的对立面，它不仅对孙中山等个人继续从事筹款等项工作造成重重障碍，而且给整个革命事业的发展带来了损害。
章太炎贸然发布传单，将内部争吵公之于世，“从外人视之，吾党已成内乱之势”。保皇派的喉舌《南洋总汇新报》于1909年11月6日转载了《伪〈民报〉检举状》，改题为《请看章炳麟宣布孙汶罪状书》，乘机对孙中山和革命党人大肆进行辱骂与攻击。这就从反面教育了许多同盟会成员，他们对章太炎这样做越来越感到不满，甚至“现在东京之非同盟会者亦痛骂之”。章太炎的行动还激怒了黄兴。从1907年章太炎与孙中山冲突以来，黄兴在同盟会总部中一直坚持协调人地位，耐心进行调解。这一次陶成章携来《七省同志致同盟总会书》，黄兴也仍然尽力疏导，力求使冲突在内部用和平的方式解决。章太炎的唐突举动，使黄兴的努力一下子化成了泡影。加上汪精卫来东京筹划《民报》一事时，黄兴曾给予汪精卫支持，现在，章太炎不分青红皂白地对复刊《民报》的全部工作一概骂倒，不仅打击了汪精卫，而且也污辱了黄兴，他更觉得难堪。为了澄清事实真相，维护孙中山和孙中山周围一批革命党人的威信，保护正在复刊的《民报》，不让章太炎感情用事的冒失行动对革命事业的发展造成损害，黄兴和其他许多同盟会会员决定与孙中山一起，对章太炎、陶成章等公开进行反击。
黄兴在反击时所使用的办法，是所谓“以火救火，以水救水”。第一步，“太炎传单出后，克强屡使人恐吓之，谓有人欲弑足下，以破坏团体故也”；第二步，将刘师培早先交来用以挑拨离间的章太炎六封信交《日华新报》发表，“诬太炎以侦探，谓因其与刘光汉有来往也”；第三步，致书陶成章，隐约暗示他的行为系受“政府之指使”；第四步，以“中国同盟会庶务”的名义，发布《致美洲各埠中文日报同志书》，说明章太炎、陶成章等发往美洲、南洋等地“公函”绝不代表同盟会总部之意，强调“近日奸细充斥，极力欲摇撼本党，造谣离间之事陆续不绝，同人可置之不理”，暗示章、陶“为清政侦探奸细”。很明显，只要把章太炎、陶成章等人说成清朝政府的间谍，就可以使他们在革命群众中信誉扫地，他们对孙中山及其周围一些革命党人的攻讦自然就可不攻自破了。
就中，闹得最厉害的就是刘师培寄交黄兴的章太炎六封信。